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我想用GROMACS软件包模拟碳纤维的扩散系数不知可行否，能否提供一下技术路线
最近刚看一些分子动力学的资料，想用GROMACS软件包模拟，现在还没理出头绪
多谢您的热情回答，愿意多向您请教，我的邮箱是
不知楼主说的粗糙化处理是不是粗粒化处理，怎么进行粗粒化，需要看哪方面的书籍，还需要自己编程吗
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GROMACS中mdp文件注解小结
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你可能喜欢[分子动力学模拟]求推荐分子动力学模拟的入门书籍？_分子动力学模拟-牛宝宝文章网
[分子动力学模拟]求推荐分子动力学模拟的入门书籍？ 分子动力学模拟
[分子动力学模拟]求推荐分子动力学模拟的入门书籍？题主是做实验的，生物物理化学方向，但是很多工作和MD联系比较紧密。所以题主想自学一些MD的基础，请问有没有值得推荐的入门书籍呢？非常感谢！另外，在入门的时候学习那种语言比较好呢？题主现在会用一点matlab。有同学推荐我学一些python会有帮助，请问大家怎么看。谢谢啦！下面就看看www.niubb.net小编为您搜集整理的参考答案吧。网友傅渥成对[分子动力学模拟]求推荐分子动力学模拟的入门书籍？给出的答复：谢邀，抛砖引玉一下。入门阶段，首先你要知道你想做什么，最好是找个看起来不太难的照着把里面的模拟自己重复一遍。因为全原子模拟大都是用一些软件来进行的，因此你首先需要的是学会一些软件的使用，常用的生物分子模拟软件包括：Gromacs、Amber 和 NAMD 等等，材料有关的模拟还有 Lammps 等软件。学这些东西的时候首先主要是要知道模拟的基本流程以及实现的方法，包括怎样搭建模拟的体系、各种文件格式的转换、系综与盒子的选择、水及离子、能量极小化等等，等到模拟的轨迹出来怎样对数据进行处理，等到之后还可以学习软件里面的一些插件，例如一些加速采样的方法等等。自己学一种语言的话，在初期，做 MD 比较重要的是脚本语言，包括 Shell 脚本或者其它你自己喜欢的脚本。因为最终你还是不太可能完全在自己的电脑上跑程序的，所以要有一个你自己用得比较熟的、能对大规模的数据进行处理的语言，我觉得 Python 是很适合的，而且里面的 Prody，Matplotlib 等等各种包都非常好用。入门之后，如果希望自己通过一些量子化学的计算结果去调整和修改现有的力场，那么需要能看懂其他人的代码，这种时候很可能会需要能读懂 Fortran 的代码。如果自己喜欢做一些简化模型自己弄着玩，用 Python 之类的写起来是简单，但是效率太低，还是需要会一点点 C 或者 C++，当然语言只是一方面，更重要的是自己要结合实际的体系做一些最简单的优化。相比起书籍来，还可以关注一些做模拟的学术们聚集的论坛和社区，例如：小木虫、分子模拟论坛、ResearchGate 等等。参考书的话，其实有很多，不过还是要看你自己需要哪方面的内容：分子模拟方面的经典书籍：Understanding molecular simulation: From algorithms to applications 和 Molecular Modelling - Principles and Applications ，两本书的侧重点有些不同。中文书籍：《分子模拟的理论与实践》《计算化学――从理论化学到分子模拟》中的部分章节；偏统计和计算物理方面：Statistical Mechanics: Algorithms and Computations。网友赵亮对[分子动力学模拟]求推荐分子动力学模拟的入门书籍？给出的答复：说说我个人的入门经历：1. 基本的是要熟悉LINUX操作系统，会写Shell 脚本，熟悉awk，sed和grep。这些会对后期处理数据带来极大的方便。会编写C程序。分子动力学软件Gromacs也自带了一些分析命令，但很有限。如果要得到自己想要的一些物理量，如摩擦系数，团簇分布，扩散系数之类的，很多得自己编程。至于如何通过编程计算这些物理量， @傅渥成 提到的那书很经典，还有是通过找相关的分子动力学的文献，去看他们是怎么定义，怎么计算的。2. 至少熟悉一门分子动力学的软件。比如Namd, Lammps, Gromacs. Namd可以自己修改分子间作用函数的形式（一般的分子动力学软件只能修改作用函数的LJ和电量等参数），可以自己写Tcl脚本控制计算流程，并且和后期的可视化软件VMD结合非常紧密。Gromacs最大优点是计算速度快，并行效率高，主要针对大分子如蛋白质和水的体系。我选择了Gromacs。3. 接下来看Manual, 不需要细看，一些基本原理了解下，有个大概印象就行。但尤其注意大概的流程，需要准备哪些文件（Gromacs：系统构型文件.gro/.pdb，分子参数文件.itp/.top，运行的参数配置.mdp）如何准备输入文件之类的内容。4. 找一个和自己要研究的系统类似的例子，可以程序自带的，也可以是文章中的。看看输入文件如何写，每一个内容代表什么意思，再回到Manual中去找。运行程序的时候出现的问题和报错都会给出很多有用的信息。遇到问题可以去分子模拟论坛，或者直接Google.最好能够先明白自己需要解决什么问题，要建立怎样的模型通过软件来实现。分子动力学模拟能驾驭的时间尺度，一般是几十-几百纳秒，大的有微秒的量级。空间尺度的话，对于水溶液，蛋白体系，边长为8-10nm就已经很大了，如果要计算几十纳秒，没有一定量的cpu资源根本不够。比如我自己的体系做过大约7.2*7.2*7.2 nm的，64cpu计算核心，主频1Ghz，每天能算15ns，算了10天的样子。实验中的可以影响结果的因素太多了，但哪个是最本质的，要如何用分子动力学的模拟和你的实验结果方面的东西结合，最重要的是多查查相关文献，看看别人是怎么联系起来解决问题的，主要分析什么物理量能抓住问题的本质。不知道你是做什么方向的，就我自己看过的文献中，用分子动力学做生物方面的在PNAS上有很多的文章。或者可以看看 周如鸿，Pablo G. Debenedetti, Lipowsky, R. , Chandler, Xiaocheng Zeng.这些都是分子动力学模拟的大组。网友蒙面大侠对[分子动力学模拟]求推荐分子动力学模拟的入门书籍？给出的答复：题主做生物物理化学？具体什么方向？如果是蛋白质折叠或者分子对接什么的，可以关注一下Michelle Parrinello的文章以及他们所开发的方法和软件等。生物物理方面貌似都有专门的软件，方法方面近年来加速分子动力学研究比较多，可以关注一下。大面上的书，楼上的大神已经推荐的差不多了，个人建议还是要看最新的文献综述，然后再针对性反查相关一次文献网友王大二对[分子动力学模拟]求推荐分子动力学模拟的入门书籍？给出的答复：我做的是生物分子动力学模拟，算是分子动力学模拟的一个比较大的方向。首先非常同意 @傅渥成的答案，作为一个硕士，我认为这些书足够作为支撑三年研究的理论框架。Pearson - Molecular Modelling: Principles and Applications, 2/Eby A.R.Leach 在我们这边是作为给研一新生的教科书使用的，给了我对分子模拟领域内大部分流程最初的认识。个人十分推荐。Leach真乃大牛一枚，我后来竟然还看过他一本化学信息学的书。。。MD上手其实很快，以我主要使用的AMBER为例，网站上有非常详尽的教程，跑一遍教程也可以让你对MD的流程有一个大致的认识，再结合手册其实已经可以跑大部分通常的MD了。事实上你完全可以不管理论不看书直接进入实践，遇到问题再从理论中寻求解决办法。我不太喜欢这种方式，不过确实有人这样做的。这里面还需要少量的LINUX基础。PS：强烈不推荐CHARMM上手，这东西太难用了。。。如果要更好的研究这个领域，编程和统计是不可避免的，这两部分都自成学科，已经超出了分子动力学，相关的书非常多。另外补充一点，除了MM，QM也是很重要一个方面，所以量子化学也是题主可能会涉及到的方向。现在计算机越来越快，已经有人进行渴(sang)望(xin)已(bing)久(kuang)的全量子计算了。这方面的书只看过Modern Quantum Chemistry: Introduction to Advanced Electronic Structure Theory，讲的还是比较清楚的。如果说有什么大方向上的建议的话，勿跳此坑。网友蒙面大侠对[分子动力学模拟]求推荐分子动力学模拟的入门书籍？给出的答复：Statistical Mechanics: Algorithms and Computations在Coursera的课程刚刚结束，建议LZ可以去看看。PS：Coursera.org课程链接网友李雷对[分子动力学模拟]求推荐分子动力学模拟的入门书籍？给出的答复：说来惭愧，也做这个方向有一段了，一直没有把 @傅渥成 提到的那几本书看完过，《分子模拟：从算法到应用》一直放在手边，有些地方讲得还是蛮清楚的。不过有点统计力学的基础再读这本可能会更顺畅些。网友蒙面大侠对[分子动力学模拟]求推荐分子动力学模拟的入门书籍？给出的答复：书：Art of molecular simulation, rapaport Understanding molecular simulation, frenkel 代码：Hoomd-blue, python Openmm,
c++. 也有python接口这年月一般md都玩gpu了，openmm是比较活跃的code。入门一定自己写一遍代码反正也不长，不然理解不深入。网友匿名用户对[分子动力学模拟]求推荐分子动力学模拟的入门书籍？给出的答复：不知道题主要的是多基础的东西，自认为，课本算是最基础的了。首先最基础的莫过于《物理化学》第五版 高等教育出版社 傅献彩以及《lehninger生物化学原理》第三版 高等教育出版社 david l nelson然后就是《蛋白质结构预测与分子设计》北大出版社 来鲁华这三本应该够了，之后要是想了解一些新鲜的科研上的发展，直接可以去找sci，nature,science欢迎您转载分享：
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正烷醇在二氧化碳中无限稀释扩散的分子动力学模拟
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