求助paml smilh正选择分析

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[求助]使用paml计算正选择,请问我应该选择什么模型?
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这个帖子发布于8年零121天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。
大家好,我是刚开始学习使用paml软件计算正选择的菜鸟。在此向大家请教. 我构建了一棵由170多条序列的组成的树,这棵树形成了几个明显的大分支,我想分析其中的某个分支的正选择。而这个大分支中当然也存在很多小分支,现在我就是不清楚,我应该如何来标记这个大分支,是在生成的树的每个序列后面都标记#1,还是只要在这个大分支的最后一个括号后面进性标记#1就行了?另外我看了paml 的使用说明。有三个概念我一直没有办法搞清楚:branch model,branch-site model 和 clade model。我想知道这三个model的区别以及我应该选用哪个model来计算正选择呢?谢谢!
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请高手帮我解答啊,万分感谢!
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能否把该软件给我发一个?多谢!
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关于丁香园以上内容摘取自《SLAⅠ类经典基因多态性及正选择检验的分析.pdf》,若想查看原文格式,请如果您觉得不放心或未尽人意,请复制链接到电脑端访问(同时支持支付宝和微信支付)。PAML一般使用操作_百度文库
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&&分​子​生​物​学​中​计​算​物​种​适​应​性​进​化​过​程​中​的​软​件​P​A​M​L​,​该​软​件​以​基​于​严​格​的​遗​传​算​法​计​算​物​种​核​苷​酸​序​列​中​受​到​自​然​选​择​的​正​选​择​位​点​。​中​文​的​很​好​学​哦​?​~​~
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