已知序列怎么查基因的genebank查找基因序列 ID是多少

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2017-06-14 08:25 标签： genebank怎么用
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如何在genbank中查找一基因的序列
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之前的课本有。。但是我的书不知道丢哪去了。。哪位好心人指点下
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GenBank序列文件由单个的序列条目组成。序列条目由字段组成，每个字段由关键字起始，后面为该字段的具体说明。有些字段又分若干次子字段，以次关键字或特性表说明符开始。每个序列条目以双斜杠“//”作结束标记。序列条目的格式非常重要，关键字从第一列开始，次关键字从第三列开始，特性表说明符从第五列开始。每个字段可以占一行，也可以占若干行。若一行中写不下时，继续行以空格开始。[链接1.2.3.1.1-1]
序列条目的关键字包括LOCUS (代码)，DEFINITION (说明)，ACCESSION (编号)，NID符(核酸标识)，KEYWORDS (关键词)，SOURCE (数据来源)，REFERENCE (文献)，FEATURES (特性表)，BASE COUNT (碱基组成)及ORIGIN (碱基排列顺序)。先版的核酸序列数据库将引入新的关键词SV (序列版本号)，用“编号.版本号”表示，并取代关键词NID。
LOCUS (代码)：是该序列条目的标记，或者说标识符，蕴涵这个序列的功能。例如，图4.1中所示的HUMCYCLOX表示人的环氧化酶cyclooxygenase。该字段还包括其它相关内容，如序列长度、类型、种属来源以及录入日期等。说明字段是有关这一序列的简单描述，如本例为人环氧化酶-2的mRNA全序列。
ACCESSION (编号)：具有唯一性和永久性，如本例中代码M90100用来表示上述人环氧化酶-2的mRNA序列，在文献中引用这个序列时，应该以此编号为准。
KEYWORDS (关键词)字段：由该序列的提交者提供，包括该序列的基因产物以及其它相关信息，如本例中环氧化酶-2 (cyclooxygenase-2)，前列腺素合成酶(prostaglandin synthase)。
SOURCE (数据来源)字段：说明该序列是从什么生物体、什么组织得到的，如本例中人脐带血(umbilical vein)。次关键字ORGANISM (种属)指出该生物体的分类学地位，如本例人、真核生物等等(详见图4.1)。
REFERENCE (文献)字段：说明该序列中的相关文献，包括AUTHORS (作者)，TITLE (题目)及JOURNAL (杂志名)等，以次关键词列出。该字段中还列出医学文献摘要数据库MEDLINE的代码。该代码实际上是个超文本链接，点击它可以直接调用上述文献摘要。一个序列可以有多篇文献，以不同序号表示，并给出该序列中的哪一部分与文献有关。
FEATURES (特性表)：具有特定的格式，用来详细描述序列特性。特性表中带有‘/db-xref/’标志的字符可以连接到其它数据库，如本例中的分类数据库（taxon 9606），以及蛋白质序列数据库（PID：g181254）。序列中各部分的位置都在表中标明，5’非编码区(1-97)，编码区(98-1912)，3’非编码区()，多聚腺苷酸重复区域()，等等。翻译所得信号肽以及最终蛋白质产物也都有所说明。当然，这个例子只是特性表的部分注释信息，但已经足以说明其详细程度。
接下来是碱基含量字段，给出序列中的碱组成，如本例中1010个A，712个C，633个G，1032个T。ORIGIN行是序列的引导行，接下来便是碱基序列，以双斜杠行“//”结束。
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EMBL的序列字母解释也发给你看看吧。。
EMBL数据库结构
EMBL数据库的基本单位也是序列条目，包括核甘酸碱基排列顺序和注释两部分。序列条目由字段组成，每个字段由标识字起始，后面为该字段的具体说明。有些字段又分若干次子字段，以次标识字或特性表说明符开始，最后以双斜杠“//”作本序列条目结束标记。
条目的关键字包括ID（序列名称），DE（序列简单说明），AC（序列编号），SV（序列版本号），KW（与序列相关的关键词），OS（序列来源的物种名），OC（序列来源的物种学名和分类学位置），RN（相关文献编号或递交序列的注册信息），RA（相关文献作者或递交序列的作者），RT（相关文献题目），RL（相关文献杂志名或递交序列的作者单位），RX（相关文献　Mediline引文代码），RC（相关文献注释），RP（相关文献其他注释），CC（关于序列的注释信息），DR（相关数据库交叉引用号），FH（序列特征表起始），FT（序列特征表子项），SQ（碱基种类统计数）。
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总结的太好了
更新你的简历，加入生物秀人才库，高薪工作基因编辑峰会支持人类胚胎研究(胚胎、基因细胞治疗：生物医药产业下一个风口(细胞治聚焦“基因剪刀”奠基人的科研历程已开始要求细胞STR鉴定的期刊一览表
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murongxiaoxiao大叔级摄影爱好者，喜欢分享绝对零度积极有责任心，热心公益事业yiii红米达人，爱拍照的北京女孩知 | 手把手教你如何查基因
我的图书馆
知 | 手把手教你如何查基因
当导师给你一个课题，假如是某个已知蛋白的基因克隆和表达，那么首先要知道这个蛋白和基因，找到这个蛋白的基因序列，然后才能进行后面的科研工作。怎么找呢？让我一步一步教你。首先，查找该蛋白的相关文献，本文以乙酰乳酸合成酶（ALS）为例。基因名位 alsS，来源菌种是枯草芽孢杆菌 168。然后，打开我们的查找工具——NCBI，在搜索框左边的下拉框里选择 Gene。图 1输入基因 alsS，点击搜索框右侧的 Search。图 2搜索结果有 12 个，查看符合要求的菌种来源。图 3点击对应菌种左侧的基因进入新的页面。图 4进去到乙酰乳酸合成酶的具体页面，点击右下角的 GeneBank，进一步查看具体编码基因。图 5通过查看基因说明，我们发现这个酶的基因 alsS 的大小为 1713 bp。图 6继续往下翻，就得到了 alsS 基因的全部序列，如下图。图 7这个基因比较特殊，它的来源菌种是枯草芽孢杆菌 168，该菌种有完整的测序基因组。因此可以在全基因组中寻找该 alsS，如下图所示。图 8按下图所示查看对应菌种的全基因序列。图 9在全基因组中查找 alsS 基因，里面有对应的 GeneID，点击进入再按照图 5 之后的步骤查找。图 10怎么样？你学会了吗？不要忘记点赞哦。如果觉得有用，请分享出去哦。生物学霸分子生物学系列教程作者：霸霸配图来源：丁香园图库、霸霸
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