利用NCBI查找基因信息
利用NCBI查找基因信息
检索基因的注释信息，在我们平常的学习和工作中经常会遇到，现总结归纳一下，好备不时之需。以human “UST”基因为例。1、打开，在数据库下拉框中选择”Gene”数据库，然后在边上的文本框中输入”UST”，点击”Search”，如图。2、由上可进入如下界面，此界面是对检索基因的一个简短描述。首先你要确定基因名称是否是你所搜的基因名称，如果结果的名称不是你搜索的名称，在基因名称别名（Other Aliases）那一行中看有没有你找的基因名称，如果还是没有，重新搜索一下这个基因其它的比较常用的名称。接着需要确认的是结果第一行右边中括号中物种名称是不是你想找的物种，如果只需要你所要物种的结果，可以点击右边栏中相应的物种结果。3、点击上面每个结果的第一个链接就可进入基因的详细注释信息。首先是一个对基因来源的注释，如下图。4、接着是基因所在基因组的一个图形化描述（如下图），可以很直观的看到其基因组信息，如6q25.1就是说明在第六条染色体25.1的位置，NC_是基因的accession号，各种accession命名可参考，（..）是此基因在其染色体上碱基范围。在右边的Epigenomics链接可以看到这个基因的功能注释信息，如组织表达关系，Cp岛等，MapViewer就像google地图一样，可以看到相邻基因及基因簇及整个染色体的情况，在其界面底下的Map 5: RefSeq Transcripts On Sequence下的Download链接可以得到所在基因簇的基因注释信息。5、接着下面是基因图形化显示（如下图）。基因组序列一般可以选择NC_开头的和AC_开头的，个人觉得默认的NC_更常用。右上方有三个链接分别可以以三种不同格式显示基因序列，如果对基因只想进行一个宏观的了解，就选择Graphics格式，如果只想得到基因序列就选择FASTA格式，如果想要得到基因的详细注释信息就要选择GeneBank格式，关于GeneBank格式注释说明，可以参考。6、如果想知道其mRNA及编码蛋白信息，可以看下面的NCBI Reference Sequence(RefSeq)信息，下面会列出所有注释过的RefSeq信息，例如想知道mRNA NM_的注释信息，直接点击就可以看到了。对于通过基因查找mRNA信息这未尚不是一种很好的办法。还有一些信息就不一一在这里描述了，如果需要，可以进行深入的研究。原文地址：/?p=107#more-107
发表评论：
TA的最新馆藏细胞库/细胞培养
ELISA试剂盒
实验室仪器/设备
原辅料包材
体外检测试剂
「干货」 如何利用 NCBI 寻找所需基因的信息？
「干货」 如何利用 NCBI 寻找所需基因的信息？
来源：丁香园论坛
点击次数：4361
今天在坛子里应助站友问题时，觉得有必要把自己在人类基因缺陷疾病基因诊断过程中积累的经验跟大家分享下。 以白仁战友应助的 CCR9 基因为例。 一、如何寻找基因信息
首先，打开 NCBI 网页 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/，选择「gene」，输入您要的基因名称（可简写），如 CCR9，搜索 然后，选择种属，如 homo sapiens，点击进入，http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/10803； 然后，使劲往下拉网页，在&NCBI Reference sequence (Refseq)&下方， NG_ 就是该基因的 genomic DNA 序列号， NM_ 就是异构体 B 的 mRNA 序列号，而 NP_ 就是 NM_ 相应的氨基酸序列号， 同理，NM_ → NP_ 分别是异构体 A 的 mRNA 和氨基酸序列号。 点击进入相应页面就会出现详细的外显子、编码序列等信息。 二、如何选择目前公认的 mRNA 序列号？ 在这儿推荐一个网站：mutation@glance，http://rapid.rcai.riken.jp/mutation/（您只能在 google 搜索中才能快速搜到，百度是搜不到的）。 输入您查找的基因，如 CCR9，&submit&提交，便会出现 CCR9 的相应界面，Reference sequence: NM_ 这里所显示的就是公认的序列号。 这样您参照的序列号对了，您设计引物、基因突变的命名及表述才是对的，发文章时才不会错。（基因突变命名也是一个系统，可以到 NCBI 上下载相关文献）。 另外，这一网站也提供了目前文献报道的已知的突变位点和 SNP 位点。非常好用。 三、如何看懂 mRNA 的相关信息？ 选好公认的 mRNA 序列号后，我们就可以利用其序列设计引物了。 以 CCR9 的公认序列号 NM_ 为例。 1. source 中 map=map=&3p21.3&是指此基因位于 3 号染色体短臂（p）2 带 1 区 3 亚区； 2. gene 1..2567 表示 CCR9 mRNA 长度 2567bp； 3. &CDS& 为 mRNA 编码氨基酸的序列： translation=&MTPTDFTSPIPNMADDYGSESTSSMEDYVNFNFTDFYCEKNNVRQFASHFLPPLYWLVFIVGALGNSLVILVYWYCTRVKTMTDMFLLNLAIADLLFLVTLPFWAIAAADQWKFQTFMCKVVNSMYKMNFYSCVLLIMCISVDRYIAIAQAMRAHTWREKRLLYSKMVCFTIWVLAAALCIPEILYSQIKEESGIAICTMVYPSDESTKLKSAVLTLKVILGFFLPFVVMACCYTIIIHTLIQAKKSSKHKALKVTITVLTVFVLSQFPYNCILLVQTIDAYAMFISNCAVSTNIDICFQVTQTIAFFHSCLNPVLYVFVGERFRRDLVKTLKNLGCISQAQWVSFTRREGSLKLSSMLLETTSGALSL& 引号所引就是 CCR9 基因编码的 CCR9 蛋白的氨基酸序列。 &60..1169&，60 是编码 mRNA 的起始位置，所以 CCR9 基因（人）编码序列长度是 =1110bp，编码蛋白是由
个氨基酸构成。 4. exon 是外显子相应的 mRNA 序列。如 exon 1..152 number=1，是指 exon1 对应的 mRNA 位置为 1 到 152，以此类推； 5. CDS 181..1290 可见 exon1（1..152）是不参与氨基酸的编码的，就是说转录了，但是经后期的翻译时被剪切修饰掉了； 6. ORIGIN 部分就是具体的碱基序列了，可以用来参照设计引物的。 这里我也还有没弄清楚的，如 STS、misc_feature 是什么意思？ 注：我说的只是人的，病毒、动物的会有差异吧，不对之处请大家指出来我会虚心学习。 本文来自丁香园论坛 想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法的你，都可以成为师兄的好伙伴 师兄微信号：shixiongcoming
wudihero007
相关实验方法
本网站所有注明“来源：丁香园”的文字、图片和音视频资料，版权均属于丁香园所有，非经授权，任何媒体、网站或个人不得转载，授权转载时须注明“来源：丁香园”。本网所有转载文章系出于传递更多信息之目的，且明确注明来源和作者，不希望被转载的媒体或个人可与我们联系，我们将立即进行删除处理。
难度系数：
共405人点评打分
难度系数：
共183人点评打分
难度系数：
共153人点评打分
难度系数：
共147人点评打分
难度系数：
共125人点评打分
丁香通采购热线：400-
Copyright (C)
DXY All Rights Reserved.如何用NCBI查找一段基因序列的启动子？ - 实验交流 - 生物秀
标题: 如何用NCBI查找一段基因序列的启动子？
摘要: [如何用NCBI查找一段基因序列的启动子？] 如何用NCBI查找一段基因序列的启动子？急急急急 关键词:[启动子 基因 序列 基因序列 重复序列 序列分析 拟南芥]……
如何用NCBI查找一段基因序列的启动子？急急急急回复可以先找到该基因然后在注释中找到CDS区
从CDS区向上推bp具体推多少就要看文章了回复在TAIR网址上面找拟南芥(Arabidopsis thaliana)的，很全，但只是相似序列回复这个网站可能会有帮助，当真正找到启动子序列很难，一般都是预估多少bp吧。/view/fdf.html回复:D:D:D:D:D:D回复
可以先找到该基因然后在注释中找到CDS区
从CDS区向上推bp具体推多少就要看文章了 可是genebank中好多序列的CDs区前只有60bp，那么其他的部分怎么找啊？回复基因的启动子位于基因前2kb区域左右，核心区域也就几百bp，建议把基因前的序列分析一下一般会有重复序列，从重复序列后端到ATG前端克隆启动子比较完全。回复
可是genebank中好多序列的CDs区前只有60bp，那么其他的部分怎么找啊？... 你别搜索nucleotide，要搜索chromesome，去全基因组序列里，找到这个基因的位置，然后，复制它上游大概3kb的序列，里面会包含启动子元件，你用预测软件找一下，或者传统方法，逐渐剪短做启动子系列载体来寻找。如果是研究功能，研究特定蛋白作用位点，还是建议预测一下有针对性地设计。:hand:
相关热词：
..........
生物秀是目前国内最具影响力的生物医药门户网站之一，致力于IT技术和BT的跨界融合以及生物医药领域前沿技术和成功商业模式的传播。为生物医药领域研究人员和企业提供最具价值的行业资讯、专业技术、学术交流平台、会议会展、电子商务和求职招聘等一站式服务。
官方微信号：shengwuxiu
电话：021-温馨提示！由于新浪微博认证机制调整，您的新浪微博帐号绑定已过期，请重新绑定！&&|&&
以学为主,学以致用！
LOFTER精选
网易考拉推荐
用微信&&“扫一扫”
将文章分享到朋友圈。
用易信&&“扫一扫”
将文章分享到朋友圈。
新界面中选择：“genome”
新窗口中选择：“Prokaryotes”：
出现“genome project”选项，选择下拉框内的你要查找的菌的域名：例如：“Euryarchaeota（广古菌域）”
下拉滚动条，选择要下载基因组的菌株名，例如：
&点击对应的基因组号：
选择：&进入Methanococcus voltae A3 chromosome, complete genome
【注：若选择&可直接进入“Methanococcus voltae A3, complete genome”。】
1. 查找蛋白序列：
选择：Protein coding: &，此界面上可以看到蛋白功能等方面的信息：
display选项中选择：“Protien FASTA”，如果想下载序列，选择send to中的文件格式，保存即可。
&2. 查找核酸序列：
选择：GenBank:
然后选择页面右上角的send to 可以进行下载。
&初步总结如上，NCBI的强大功能还要不断摸索！
阅读(3334)|
用微信&&“扫一扫”
将文章分享到朋友圈。
用易信&&“扫一扫”
将文章分享到朋友圈。
历史上的今天
在LOFTER的更多文章
loftPermalink:'',
id:'fks_',
blogTitle:'如何在NCBI中查找及下载原核生物基因组序列',
blogAbstract:'
ncbi主页，search中选择“BioProject(Genome Project)”，点击：“search”
新界面中选择：“genome”
新窗口中选择：“Prokaryotes”：',
blogTag:'',
blogUrl:'blog/static/4',
isPublished:1,
istop:false,
modifyTime:3,
publishTime:7,
permalink:'blog/static/4',
commentCount:0,
mainCommentCount:0,
recommendCount:1,
bsrk:-100,
publisherId:0,
recomBlogHome:false,
currentRecomBlog:false,
attachmentsFileIds:[],
groupInfo:{},
friendstatus:'none',
followstatus:'unFollow',
pubSucc:'',
visitorProvince:'',
visitorCity:'',
visitorNewUser:false,
postAddInfo:{},
mset:'000',
remindgoodnightblog:false,
isBlackVisitor:false,
isShowYodaoAd:false,
hostIntro:'以学为主,学以致用！',
hmcon:'0',
selfRecomBlogCount:'0',
lofter_single:''
{list a as x}
{if x.moveFrom=='wap'}
{elseif x.moveFrom=='iphone'}
{elseif x.moveFrom=='android'}
{elseif x.moveFrom=='mobile'}
${a.selfIntro|escape}{if great260}${suplement}{/if}
{list a as x}
推荐过这篇日志的人：
{list a as x}
{if !!b&&b.length>0}
他们还推荐了：
{list b as y}
转载记录：
{list d as x}
{list a as x}
{list a as x}
{list a as x}
{list a as x}
{if x_index>4}{break}{/if}
${fn2(x.publishTime,'yyyy-MM-dd HH:mm:ss')}
{list a as x}
{if !!(blogDetail.preBlogPermalink)}
{if !!(blogDetail.nextBlogPermalink)}
{list a as x}
{if defined('newslist')&&newslist.length>0}
{list newslist as x}
{if x_index>7}{break}{/if}
{list a as x}
{var first_option =}
{list x.voteDetailList as voteToOption}
{if voteToOption==1}
{if first_option==false},{/if}&&“${b[voteToOption_index]}”&&
{if (x.role!="-1") },“我是${c[x.role]}”&&{/if}
&&&&&&&&${fn1(x.voteTime)}
{if x.userName==''}{/if}
网易公司版权所有&&
{list x.l as y}
{if defined('wl')}
{list wl as x}{/list}ncbi基因序列:在NCBI上查找目的基因时，怎么知道基因名称-中国学网-中国IT综合门户网站-提供健康,养生,留学,移民,创业,汽车等信息
ncbi基因序列:在NCBI上查找目的基因时，怎么知道基因名称
来源：互联网 更新时间： 1:45:23 责任编辑：李志喜字体：
摘要：在NCBI上查找目的基因时，怎么知道基因名称或基因序列的编号啊... 先搜到目的基因，然后display里面选genbank里面会给基因编号完全说明的最下面还会...
网友：NCBI是什么? 回复：NCBI是美国国立生物技术中心(National Center for Biotechnology Information)的英文缩写．NCBI是NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。网友：生物学 怎么做序列比对啊，怎么做基因查找呢，找到以后要用那部分呢？我目前在做基因...回复：找基因的话从NCBI。打开NCBI主页，右上方有个可选框，即可查找。序列比对的话可以用DNASTAR软件。挺好用的。 网友：基因结构 人的基因存储在一个螺旋形的大中。现在科希望能准确地知道在哪一种基因...回复：可以上NCBI里，选择基因组，然后搜索进入基因组 网友：请你根据所学的生物学知识，寻找合适的基因，对马肉和牛肉... 回复：请你根据所学的生物...（提示：在NCBI的gene数据库中，寻找合适的基因，该基因要在牛和马两个物种间有差异，差异越大越好，请附上DNA序列。并说明拟采取什么方法进行检测）#圈 网友：请问那儿能找到人类基因库数据 请问那儿能找到人类基因库数据回复：: .gdb./ 基因数据库Genome Database(GDB)的人类基因计划的基因图谱数据的列馆。: .pathobio.sdu.edu/bioinf ... 网友：基因区间是否与生物进化退化后不表达的基因有关 基因区间有什么功能回复：我们所常说的基因是编码蛋白质的脱氧核糖核苷酸（DNA）序列。这段序列最终会按着中心法则（DNA-RNA-蛋白质）转录、翻译成有功能的蛋白质。但是编码蛋白的序列在... 网友：212的文献学考试的问题 一些回复：中 Fujian University of Traditional Chinese Medicine 中医 Fujian College of Traditional Chinese Medicine 摘要 summary 治疗 therapy...
网友：BT蛋白的基因名是什么啊？我要在NCBI上查他的基因序列~_... 回复：cry1ab/cry1ac网友：在NCBI上查找目的基因时，怎么知道基因名称或基因序列的编号啊... 回复：先搜到目的基因，然后display里面选genbank 里面会给基因编号 完全说明的最下面还会有mRNA和蛋白编号 网友：如何用NCBI查鸭子的基因序列 回复：鸭子的基因没有测序，查不出来的，你可以查果蝇、酵母和线虫等。鸟类测序的少 网友：你好，请问怎么在NCBI全基因组序列？或者有别的地方可以... 回复：如果是基因组的话，选择框里先选择：Nucleotide 然后，输入序列号或者输入你要找的基因的名称 找到以后，点击FASTA，可以，也可以直接。一般都是存... 网友：ncbi上的基因序列是编码链还是模板链呢？如果通过基因名选择，... 回复：是编码链。用错链对引物设计有影响，因为核苷酸结构不对称，分三端和五端。所以5'-ATCGXXXXXXXXXXXXXX 和 3‘-ATCGXXXXXXXXXXXXXX是两个不同的引物。引物... 网友：OMPA的基因序列是什么？怎么在NCBI上查？& 回复：打开NCBI，数据库选择Nucleotide，用OMPA搜索就行了。再加上目的物种一起搜索就更好了 网友：求Cryptococcus laurentii 罗伦隐球酵母全基因组序列？PDE基因... 急！我在NCBI上查到了Cryptococcus laurentii的表达序列EST，请问谁知道如何...回复：这里是的。悬赏分我看是白给了。还是到NCB上面再去搜搜，实在不行请教专家去吧。别在上浪时间了。希望对你有用，希望你的分数对我 有用！
06-0806-0906-0906-0901-1701-16
相关文章：
上一篇文章：下一篇文章：
最新添加资讯
24小时热门资讯
Copyright © 2004- All Rights Reserved. 中国学网 版权所有
京ICP备号-1 京公网安备02号