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即送15丁当
请教如何应用KEGG做pathway分析的问题？
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请问，我在获得质谱数据后，想对所获得的蛋白做KEGG的pathway分析，我该如何做?请教高人指点详细步骤，比如：需要蛋白的那些信息？将这些信息上传的KEGG的那个选项中，如何操作，等等？望好心人不吝赐教，谢谢。
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最简单的方法是用David在线工具。这里有详细的protocols： Huang DW, Sherman BT, Lempicki RA. Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID Bioinformatics Resources. Nature Protoc. ):44-57.另外的一些方法可参考上传的PDF文档
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最简单的方法是用David在线工具。这里有详细的protocols： Huang DW, Sherman BT, Lempicki RA. Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID Bioinformatics Resources. Nature Protoc. ):44-57.另外的一些方法可参考上传的PDF文档
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非常感谢 的解答，另外，我想对一些蛋白做功能分类，有个(http://www.genome.jp/tools/motif/)数据库，能否指点一二？谢谢。
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不客气。也许可以比较实验和对照两组或多组含某一DOMAIN或motif的数目，看有无统计差别。不过以前没看到这样的文章，不知reviewer 会否认可。
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看到一篇paper（Proteomic analysis of the hippocampus in Alzheimer’s disease model mice by using two-dimensional ?uorescence difference in gel electrophoresis）中，提到应用http://www.genome.jp/tools/motif/进行蛋白的简单功能分类，本人现在就是困于将蛋白或基因进行一个简单的功能功能归类，有了这个归类，我的文章就要好得多。请问，阁下能进行归类？
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谢谢。。。。拿了附件
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谢谢，拿了附件。
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谢谢，学习了。
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然而还不会看
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楼主这个问题解决了吗？how？我现在也遇到相同的问题，请赐教
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同学习，感谢楼主及各位大神指导！
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不错的问题
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拿了附件，谢谢了
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关于丁香园使用KOBAS进行KEGG&pathway和Gene&Ontology分析
现在使用在线的通路注释，一般使用DAVID、KOBAS等工具。不同的工具可能需要输入不同的基因名或基因编号。下面举例操作一遍。
在gprofiler网站进行基因ID转换。
进入网址“”，选择g:convert，将要转换的物种基因名列表贴进去，选择相应物种，然后选择输出格式，例如我选择“ENSG”，就是输出ensembl格式的ID。得到附件“基因ID转换.xls”
<img BORDER="0" src="/blog7style/images/common/sg_trans.gif" real_src ="http://mail./jy3/s?func=mbox:getMessageData&sid=MAcTsCXvmvpVLXkspSvvowJYLPwvFYwX&mid=20:1tbiFAk34VIUzkTUpAAAs3&part=3" STYLE="width: 480 height: 244 cursor:"
ALT="使用KOBAS进行KEGG&pathway和Gene&Ontology分析"
TITLE="使用KOBAS进行KEGG&pathway和Gene&Ontology分析" />
进入kobas网站“”，该网站不能识别基因name，而可以识别ensembl
ID，所以上面我就转换了一下。
如下图，进入“Annotate”，将上面转换得到的ensembl ID列表贴进去，选择相应的物种，进行run即可；
<img BORDER="0" src="/blog7style/images/common/sg_trans.gif" real_src ="http://mail./jy3/s?func=mbox:getMessageData&sid=MAcTsCXvmvpVLXkspSvvowJYLPwvFYwX&mid=20:1tbiFAk34VIUzkTUpAAAs3&part=4" STYLE="width: 480 height: 343 cursor:"
ALT="使用KOBAS进行KEGG&pathway和Gene&Ontology分析"
TITLE="使用KOBAS进行KEGG&pathway和Gene&Ontology分析" />
然后选择“use this file as identity input”
<img BORDER="0" src="/blog7style/images/common/sg_trans.gif" real_src ="http://mail./jy3/s?func=mbox:getMessageData&sid=MAcTsCXvmvpVLXkspSvvowJYLPwvFYwX&mid=20:1tbiFAk34VIUzkTUpAAAs3&part=5" STYLE="width: 480 height: 257 cursor:"
ALT="使用KOBAS进行KEGG&pathway和Gene&Ontology分析"
TITLE="使用KOBAS进行KEGG&pathway和Gene&Ontology分析" />
然后选择注释的数据库，一般选择Gene ontology 和kegg pathway；如下:
<img BORDER="0" src="/blog7style/images/common/sg_trans.gif" real_src ="http://mail./jy3/s?func=mbox:getMessageData&sid=MAcTsCXvmvpVLXkspSvvowJYLPwvFYwX&mid=20:1tbiFAk34VIUzkTUpAAAs3&part=6" STYLE="width: 480 height: 315 cursor:"
ALT="使用KOBAS进行KEGG&pathway和Gene&Ontology分析"
TITLE="使用KOBAS进行KEGG&pathway和Gene&Ontology分析" />
然后就能得到结果列表了，如下图所示。也可全部导出，如附件的KEGG、GO。
<img BORDER="0" src="/blog7style/images/common/sg_trans.gif" real_src ="http://mail./jy3/s?func=mbox:getMessageData&sid=MAcTsCXvmvpVLXkspSvvowJYLPwvFYwX&mid=20:1tbiFAk34VIUzkTUpAAAs3&part=7" STYLE="width: 480 height: 244 cursor:"
ALT="使用KOBAS进行KEGG&pathway和Gene&Ontology分析"
TITLE="使用KOBAS进行KEGG&pathway和Gene&Ontology分析" />
注：基因name、ID转换有多种方法、KEGG和GO注释也有多种工具，灵活选择、尝试。
以上网友发言只代表其个人观点，不代表新浪网的观点或立场。请教如何应用KEGG做pathway分析的问题_百度知道
请教如何应用KEGG做pathway分析的问题关注今日：3 | 主题：99426
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请问如何整合分析不同基因的pathway
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这个帖子发布于5年零284天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
我有多个感兴趣的基因，也查到他们不同的pathway，但是能否用一些软件或网站把把这些pathway进行整合分析呢？这样的话就综合性更强些谢谢
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可以分析的，但是具体软件部知道，可以加我QQ探讨下：
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希望知道的前辈指点一下，
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到这个网站可以做到
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目前有很多分析pathway的软件的有免费的，比如david, kegg-pathway,GO et al.更好的是商业的，PANTHER and INGENUITY,MAGENTA等当然最好综合分析他们得出的结果
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免费的都不太好，很多Pathway分析出来是得不到的，比如wnt通路，需要更详细了解，请加qq：
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请教下：小麦的pathway怎么分析呢，看到好多的分析软件都没有小麦这个物种呢，是否必须要做同源转换才可以呢
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可以上去看看，可能会对你有帮助
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你可以用cy软件的enrichmentmap插件分析一下path－net
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楼主，你之前把这个问题解决了吗？
现在我也遇到了这样的问题。能分享一下你的解决办法吗？
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同问。不知道现在有没有什么好办法，软件？
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