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由于大肠杆菌本身不含T7 RNA 聚合酶，需要将外源的T7 RNA 聚合酶引入宿主菌，因而T7 RNA 聚合酶的调控模式就决定了T7系统的调控模式——非诱导条件下，可以使目的基因完全处于沉默状态而不转录，从而避免目的基因毒性对宿主细胞以及质粒稳定性的影响；然后用λCE6噬菌体侵染宿主细胞——CE6是lambda噬菌体含温度敏感突变(cI857ts)和pL/pR启动子控制T7 RNA 聚合酶的衍生株，在热诱导条件下可以激活T7 RNA 聚合酶的合成。
转染效率受多种因素影响，主要因素有下面几个：1．转染试剂?不同细胞系转染效率通常不同，但细胞系的选择通常是根据实验的需要，因此在转染实验前应根据实验要求和细胞特性选择适合的转染试剂。病毒载体对特定宿主细胞感染效率较高，但不同病毒载体有其特定的宿主，有的还要求特定的细胞周期，如逆转录病毒需侵染分裂期的宿主细胞，此外还需考虑一些安全问题（如基因污染）。
60．卫星RNA(satelliteRNA，satRNA) 必须依赖于辅助病毒进行复制的小分子单链RNA片段，它被包装在其辅助病毒的壳体中，其对于辅助病毒的复制不是必需的，它们与辅助病毒基因组无明显的同源性，但其存在往往可影响辅助病毒引起的感染症状。(1)腺病毒 (2)痘病毒 (3)小RNA病毒 (4)嗜肝DNA病毒。16．负链RNA病毒、双链RNA病毒和正链RNA病毒一样，均需利用病毒复制新合成的依赖于 RNA的RNA聚合酶进行基因组的复制与转录。
08 DNA是一个团队，每个核苷酸是个体，DNA内切酶是人与人之间矛盾的剪刀手，DNA连接酶是人与人之间相互理解的桥梁，矛盾不可避免，因此我们要用好“DNA内切酶和连接酶”，增进理解，促进融合，完整我们的团队。所以从今天开始，快乐基因将在您身上不断复制表达，健康基因不断转录翻译，幸福基因不断延伸延伸。22 癌症基因：癌基因在世，始终有个非此即彼的选择，要么背叛基因（癌基因不激活），要么背叛DNA（癌基因激活）。
A.A－DNA、 B.B-DNA C.Z－DNA D. H-DNA.A. 因子、核心酶和双链DNA B. 全酶、模板DNA和新生RNA.◆DNA指导的DNA聚合酶活性；1．DNA分子的多样性：碱基的排列顺序，而构成了DNA分子的多样性100bp DNA分子可能排列方式就是4100 ，DNA中的碱基排列顺序是DNA分子的重要属性。A、 A－DNA、 B、 B-DNA C、 Z－DNA D、 H-DNA.A. RNA聚合酶I B. RNA聚合酶II C. RNA聚合酶III D. RNA酶。
（四）T7表达系统T7表达系统 大肠杆菌T7噬箘体具有一套专一性非常强的转录体系，利用这一体系中的元件为基础构建的表达系统称为T7表达系统。它是一种高活性的RNA聚合酶，合成mRNA的速度比大肠杆菌RNA聚合酶快5倍，并可以转录某些不能被大肠杆菌RNA聚合酶有效转录的序列。这种可在需要时才把T7 RNA聚合酶基因导入的方式可以使本底转录降到很低的水平，尤其是用于表达对大肠杆菌宿主有毒性的重组蛋白质。
3.1 与组蛋白的甲基化相关：miR-15a、miR-20a、miR-20b、miR-93和miR-101与UVB诱导的皮肤衰老相关，miR-101的靶基因为EZH2，但下调miR-101并不能阻断UVB诱导的衰老，提示可能存在UVB诱导衰老过程中，其余途径参与调控miR-101的表达上调［19］。与之有关联的miR-709、miR-449、miR-9随朗格汉斯细胞的衰老而表达上调，miR-200c、miR-10a却表达下调。
2.细胞生物的遗传物质就是DNA，有DNA就有RNA，有5种碱基，8种核苷酸。6.细胞克隆，就是细胞培养，利用细胞增值的原理。83.需要熟悉的细胞：人成熟的红细胞、蛙的红细胞、鸡血细胞、胰岛B细胞、胰岛A细胞、造血干细胞、B淋巴细胞、T淋巴细胞、浆细胞、效应T细胞、记忆细胞吞噬细胞、白细胞、靶细胞、汗腺细胞、肠腺细胞、肝细胞、骨骼肌细胞、神经细胞、神经元、分生区细胞、成熟区细胞、根毛细胞、洋葱表皮细胞、叶肉细胞。
只有病毒 DNA 或 RNA 的情况下是否能复制完整的病毒出来？正链RNA病毒，比方说登革病毒，它的RNA直接就是mRNA，可以用来翻译蛋白，这些蛋白里面除了组装病毒之外，还有可以利用病毒的RNA合成RNA的酶，所以，如果登革病毒的RNA转入细胞的话，是会有病毒产生的。再比如负链RNA病毒，@子小说的流感病毒就是其中一种，这种病毒需要利用负链RNA生成正链RNA来翻译蛋白再用来组装病毒，而利用RNA生成RNA的酶，细胞里也没有。先说DNA病毒。
调控基因：指其表达产物参与调控其它基因表达的基因。在有乳糖时，乳糖与阻遏蛋白结合，使其空间构型发生改变，而不能与操纵子DNA结合，这样RNA聚合酶起始转录结构基因，产生乳糖代谢酶，开始代谢乳糖。组成结构包括3个结构基因B、A、D和三个调控位点R、O、I，其中R是araC基因编码调节蛋白AraC蛋白，O包括两部分，O1不参与调控、O2是AraC蛋白负调控结合位点，I是调节位点，CAP-cAMP复合物结合位点，AraC蛋白正调控结合位点。
如今，科学家们越来越了解这种被命名为CRISPR（成簇规律性间隔的短回文重复序列） 的元件，并且将其作为了一种研究工具，然而虽然大多数生物医学的研究人员更关注的是CRISPR-Cas9如何用于编辑基因，但是Mojica和其他微生物学家仍然 希望了解有关这个系统的一些基本问题及工作原理：它是如何演变的？Mojica等人从位于与病毒基因组有时匹配的CRISPR回文重复之间的DNA序列中，推导出CRISPR-Cas的功能。No.5 有多少种CRISPR-Cas？
今天，人们已经了解到更多关于这个团簇的信息，即定期中间短回文的重复序列，这使它获得了CRISPR的名字，并帮助CRISPR-Cas微生物免疫系统毁灭入侵细菌。CRISPR-Cas更具活力。Mojica和其他人在看到CRISPR回文重复之间的空间中的DNA有时和病毒基因组中的序列相匹配时，他们推断了CRISPR-Cas的功能。例如，备受科学家喜爱的CRISPR—Cas9属于II 系统，该系统利用转录自间隔区序列的RNA分子导向一种酶，切断入侵病毒或DNA质粒。
病毒专题知识归纳1 知识归纳： 1.1病毒是一类体积微小的、结果简单的非细胞型微生物。1.3病毒的分类： ⑴根据病毒寄生的宿主细胞不同，可分为动物病毒、植物病毒和细菌病毒。动物病毒有乙肝病毒、流感病毒、麻疹病毒等，植物病毒烟草花叶病毒、车前草病毒等，细菌病毒也称为噬菌体。DNA病毒有乙肝病毒、噬菌体等，RNA病毒有禽流感病毒、艾滋病毒、SARS病毒、脊髓灰质炎病毒、EV71病毒等。
9．促红细胞生长素（ EPO ）基因能在大肠杆菌中表达，但却不能用大肠杆菌的基因工程菌生产人的促红细胞生长素，这是因为（ E ） Ａ．人的促红细胞生长素对大肠杆菌有毒性作用 Ｂ．人的促红细胞生长素基因在大肠杆菌中极不稳定 Ｃ．大肠杆菌内毒素与人的促红细胞生长素特异性结合并使其灭活 Ｄ．人的促红细胞生长素对大肠杆菌蛋白水解酶极为敏感 Ｅ．大肠杆菌不能使人的促红细胞生长素糖基化。
还有来自酵母染色体的自主复制序列(ARS)，以及作为酵母选择标记的URA3基因和TRPl基因(色氨酸合成酶基因1)，能在大肠杆菌或酵母细胞中复制，重组质粒导入酵母细胞中可获得中等拷贝数的质粒。目的基因的获得可以通过构建基因文库或cDNA文库来筛选目的基因片段， 文库一般适用于原核微生物基因筛选， 文库一般适用于真核生物基因筛选。(1)嗜热微生物 (2)嗜冷微生物 (3)嗜酸微生物 (4)嗜压微生物。
PNAS：干扰DNA修复酶或有助研发新型抗病毒药物 加州大学 Irvine 分校（UCI）的微生物学家们发现了某些病毒利用宿主细胞进行复制，从而为研发病毒性疾病的广谱治疗找到新的方法。他补充说道：“作用于病毒复制所需的宿主细胞功能而非病毒自身，这为寻找抗病毒药物克服了最重要的困难。”因为作为一种生存机制，RNA 病毒经常变异，作用于这些病毒的药物往往很快就过时了。
VigeneCre-loxP重组系统腺相关病毒产品说明。Cre-loxP系统存在几种诱导重组的方式，这是基于Cre重组酶与loxP位点的相互作用而实现的。（2） 两个loxP位点位于同一条DNA链上且方向相反，Cre重组酶诱导loxP间的序列翻转；VigeneCre-loxP重组系统AAV载体。多个重组AAV的共转染效率高达90%，ViGene将较大基因分为两部分构建于两个AAV载体上。目前为您提供的AAV 血清型为AAV1，AAV2，AAV5，AAV7，AAV6，AAV8 & AAV9。
质粒载体pBR322.pBR322是一个人工构建的重要质粒，有万能质粒之称。pBR322质粒载体的基因组图谱如下：pBR322质粒DNA分子的长度为4363bp，此载体中有两个标记基因，一个是氨苄青霉素抗性基因（Apr），另一个是四环素抗性基因（Tetr）。pBR322质粒载体的构建pBR322质粒载体的构建过程可简单地概括如下：1、由于pBR322质粒的亲本之一是pMB1质粒，故首先以pMB1为基础，引入Rldrd19质粒的Tn3易位子，得到13.3kb的pMB3质粒；
其原理是：从被测试者的血滴或口腔上皮提取DNA，用限制性内切酶将DNA样本切成特定的小片段，放进凝胶内，用电泳推动DNA小片段分离，再使用特别的DNA“探针”去寻找特定的目的基因。34．（8分）聚合酶链式反应(PCR技术)是在实验室中以少量样品DNA制备大量DNA的生化技术，反应系统中包括微量样品DNA、DNA聚合酶、引物、足量的4种脱氧核苷酸及ATP等。（2）DNA连接酶 目的基因随受体细胞DNA复制而复制，并在子细胞中表达。
⑶.将酶切的DNA片段与载体DNA（载体能在宿主细胞内自我复制连接），构建重组DNA分子；一个DNA片段只有与适合的载体DNA连接构成重组DNA后，在载体DNA的运载下，才可以高效地进入宿主细胞，并在其中复制、扩增、克隆出多个拷贝。在pH为8左右的DNA溶液中，DNA分子是带负电荷的，加入一定浓度的氯化钠，使钠离子中和DNA分子上的负电荷，减少DNA分子之间的同性电荷相斥力，易于互相聚合而形成DNA钠盐沉淀。
4. 指从病毒识别宿主细胞受体开始，到子代病毒从宿主细胞外排释放的整个过程，分为吸附、穿入、脱壳、生物合成及装配释放五个步骤。10. 病毒侵入易感的宿主细胞，依靠宿主细胞的酶系统、原料和能量复制病毒的核酸，借助宿主细胞的核糖体翻译病毒的蛋白质。(2) 穿入 大部分有囊膜病毒通过囊膜与宿主细胞膜融合方式进入，一部分有 囊膜和大部分无囊膜病毒通过胞饮方式进入，某些无囊膜病毒通过蛋白变构直接进入细胞。
南京师范大学生命科学学院教授连宾表示，这具体涉及多个不同领域的应用，如农业微生物、医学微生物、工业发酵微生物、制药发酵微生物、食品加工微生物和环境微生物等等。它不再对单一种微生物进行遗传分析，而是针对环境样品中所有微生物的基因组总和进行研究，通过测序分析找到微生物与微生物之间，或者微生物与环境之间的相互作用关系，同时通过功能基因筛选，对优势基因加以开发和利用。
(a)ATP的供应增加 (b)许多新的质粒 (c)比 原有菌还小的DNA片段 (d)新的DNA片段。(a)新鲜的细菌细胞 (b)DNA连接酶 (c)细菌的质粒 (d)淀粉和糖原分子。__10．感受态的细菌是转化中提供DNA给受体菌的细菌。__16．跳跃基因是指能够在质粒与质粒之间及质粒与染色体之间发生移动的基因。(a)除去病原微生物 (b)降低微生物的数量 (c)消灭所有的生物 (d)只消灭体表的微生物 2．高压灭菌器杀死微生物需要下列所有条件，除了( )之外。
开启写轮眼看穿质粒的神秘图谱 开启写轮眼看穿质粒的神秘图谱 原创
X湿兄 小张聊科研 小张聊科研。这样改造后的质粒才是咱们平常实验室的质粒载体，用起来就溜了。质粒为何要有抗性基因？因为质粒对于一般细胞来讲不是必需元件，在没有抗生素的培养基中不断增殖的过程中，质粒载体慢慢就丢失了，只有培养基里面加入抗生素，抗性基因赋予宿主菌分解抗生素的能力，细胞才会需要该质粒。五、质粒载体获得的途径。
29、滤菌器用于除菌的孔径是0、22微米。36、转化：受体菌直接提取供体菌提供的游离DNA 片段整合重组使受体菌的性状发生变异。转导：以噬菌体为媒介，将供体菌的基因转移到爱体菌内而致受体菌基因改变，分普遍和局限。接合：受体菌和供体菌直接接触，供体菌通过性菌毛将所带的F质粒或类似遗传物质转移到受体菌。61、血清出芽试验有芽管出者为白念菌，念珠菌中仅白念菌产厚壁孢子，试管培养是真菌分离、传代、保存菌种最常用的方法。
微流控芯片，化学和生物医学检测的“下一场革命”在微流体的世界中，随着流体尺寸的缩小，其比表面积逐渐增加，这就使得其呈现和宏观流体不同的特性。这些特征使得使用小型化设备控制和操纵单个流体以及流体界面成为可能，也使得微流体在包括物理，化学，生物，医药，以及工程的多个领域受到追捧。此外，液滴微流体，微流体的一种，已经能够成功地进行细胞水平的分析，很多经典的细胞操作都可以在微液滴中进行。
（四）基因和遗传信息　　1．基因——蕴含遗传信息的特定核苷酸序列　　（1）基因和性状的关系——基因是决定生物性状的基本单位　　（2）基因和DNA的关系——基因是有遗传效应的DNA片段　　（3）基因和遗传信息的关系——基因中脱氧核苷酸的排列顺序代表一定的遗传信息。②基因诊断：一段用放射性同位素（32P）、荧光分子等标记的单链DNA分子作探针，利用DNA分子杂交的原理，鉴定被检测标本上的遗传信息。
MicroRNAMicroRNA发表评论(2)编辑词条摘要： MicroRNA（miRNA）是一类内生的、长度约20-24个核苷酸的小RNA,是发夹结构的约70-90个碱基大小的单链RNA前体经过Dicer酶加工后生成。1. pre-miRNA 约70bp含microRNA茎环结构的pre-miRNA。2. pri－miRNA 天然pri－miRNA 从染色体基因文库中调取300bp－1000bp完整的microRNA基因，克隆到质粒载体（普通载体或病毒载体），以强大的CMV启动子操纵该300bp－1000bp microRNA。国科金lncRNA和自噬，两个热点应该怎么串？ -
国科金lncRNA和自噬，两个热点应该怎么串？
lncRNA和自噬无疑是现在非常火热的两个主题，今天给大家推荐一篇文章是最近刊登于Cell Death Differ的一篇文章，对于国自然标书写作，其研究方法、意义都有很重要的参考价值。还记得上次小张讲过国科金写作，如何根据疾病选信号通路？（点击查看），另外之前有一篇（文章篇）S5E33：RNA甲基化，从一篇PNAS到基金课题设计（点击查看），那么今天的这篇文章，仔细看应该会有很大收获。The lncRNA HOTAIRM1 regulates the degradation of PML-RARA oncoprotein andmyeloid cell differentiation by enhancing the autophagy pathway.（Cell Death Differ.2016 Oct 14.IF8.2）下载链接：/s/1gf2YXqj这是中山大学陈月琴教授课题组的一篇lncRNA研究的文章。我们在昨天的lncRNA研究大神，看看你都认识谁，之二（点击查看）介绍过陈教授，陈教授主要从事非编码RNA与疾病相关的研究。在该研究中，陈教授团队第一次报道了lncRNA-HOTAIRM1调控自噬以及在骨髓细胞分化阻滞过程中降解肿瘤蛋白PML-RARA，并暗示着该lncRNA是白血病的一个潜在治疗靶点。HOTAIRM1能通过自噬通路调控骨髓细胞分化，并降解肿瘤蛋白PML-RARA。lncRNA-HOTAIRM1在不同细胞中，存在不同丰度的表达变异体，在急性早幼粒细胞白血病（APL）病人中其表达模式与肿瘤蛋白PML-RARA相关。下调HOTAIRM1能抑制APL细胞全反式维甲酸诱导的PML-RARA降解，阻滞早幼粒细胞至粒细胞分化过程。并且发现，HOTAIRM1能调控自噬，当下调HOTAIRM1时细胞中的自噬体形成受到抑制。通过荧光素酶报告基因实验、RIP、RNA pull-down发现HOTAIRM1通过miRNA sponge功能吸附miR-20a、miR-106b、miR-125b。主要内容：1、确定骨髓细胞中的HOTAIRM1的剪接体HOTAIRM1是HOXA基因簇反转录形成的483nt的lncRNA。通过Ensembl数据库发现，HOTAIRM1有5个不同的剪接体。接着用ATRA处理NB4细胞，发现其中HOTAIRM1-1、3、5要比HOTAIRM1-2、4表达量要高。研究团队在下面的实验中，主要开始关注HOTAIRM1-1、3、5。ATRA能诱导NB4细胞分化，当敲减HOTAIRM1时，分化作用减弱。同时，在临床上发现，AML-M3-CR病人（完全缓解）HOTAIRM1的丰度要高于AML-M3病人。前期已经报道了肿瘤蛋白PML-RARA对APL发生发展起到很重要的作用，而HOTAIRM1却似乎能在预后起正相关作用。研究团队就想了解一下他们俩之间是否存在相关性。实验发现，在AML-M3-CR中，肿瘤蛋白PML-RARA的水平显著降低，且PML-RARA的表达与HOTAIRM1的三个剪接体成负相关。所以，作者们猜测下调HOTAIRM1对PML-RARA影响APL发生过程中细胞分化有很重要的作用，或者影响治疗诱导的PML-RARA的清除。2、在APL细胞中，HOTAIRM1能增强ATRA诱导的PML-RARA降解接着研究团队思考，HOTAIRM1与PML-RARA之间是否有相互调控的关系。U937-PR9细胞系，携带有PML-RARA基因，能通过硫酸锌进行诱导。实验中通过诱导（过表达）PML-RARA或干扰它，对HOTAIRM1的表达水平无明显变化。而干扰掉HOTAIRM1后，则PML-RARA水平则显著调高，这表明HOTAIRM1能调控PML-RARA，PMLRARA对HOTAIRM1起不到调控作用。干扰HOTAIRM1后，粒细胞表面markerCD11b下降，这表明APL病人中低表达HOTAIRM1能提高PML-RARA表达，促进粒细胞分化。到此，其中涉及到的通路还未明确。3、确定HOTAIRM1调控PML-RARA的方式及通路前面我们已经了解过，lncRNA调控下游靶分子的表达主要通过几个层次，转录前、转录后、翻译前、翻译后。在翻译后调控途径中有一个最经典的方式是降解作用。国科金写作，lncRNA的机制该怎么设计？（点击查看）一文中，刚刚开始我们就提到：lncRNA最最经典的竞争性内源RNA（ceRNA）的作用模式。lncRNA通过碱基互补配对吸附miRNA（miRNA sponge），使得miRNA功能丧失或降低（loss-of-function），ceRNA作用机制主要是影响了miRNA的丰度。通过DIANA TOOLS、BiBiServ2-RNAhybrid软件，作者们预测到了HOTAIRM1有三个miRNAs的结合位点，三个miRNA分别为miR-20a、miR-106b、miR-125b。很巧的是，前期报道了这三个miRNA分子通过靶向一些自噬基因，从而参与了自噬相关信号通路。通过透射电子显微镜发现，在干扰HOTAIRM1细胞中，自噬体的形成受到了抑制。激光共聚焦显微镜也证实自噬作用减弱。WB检测自噬溶酶体相关蛋白LC3B-II、 GABARAP-II、p62的表达，发现LC3B-II、 GABARAP-II的蛋白水平在干扰HOTAIRM1细胞中被抑制了，而其mRNA水平是没有显著差异的。荧光素酶报告基因实验，证实HOTAIRM1参与自噬体的形成。最后，使用自噬抑制剂和诱导剂验证了之前的猜想，下调HOTAIRM1能减弱自噬作用，并抑制NB4细胞中的PML-RARA蛋白降解。上面讲到HOTAIRM1通过增加自噬体的形成来增强PML-RARA蛋白的降解，这或许暗示着在自噬通路中HOTAIRM1作为ceRNA的功能。通过RNA pull-down，检测到AGO2与HOTAIRM1结合，反过来通过RIP检测HOTAIRM1与AGO2也结合。通过荧光素酶报告基因确定了HOTAIRM1与miR-20a、miR-106b、miR-125b结合。前期已经报道ULK1、 E2F1、DRAM2分别是miR-20a、miR-106b、miR-125b的靶蛋白，参与自噬过程。双荧光素酶报告基因分析，HOTAIRM1-siRNA能抑制miR-20a、miR-106b、miR-125b靶基因的翻译。所以，HOTAIRM1通过miRNA微调整机制来调控自噬基因及下游信号通路。并且，干扰HOTAIRM1能提升miR-20a、miR-106b、miR-125b水平，导致PML-RARA蛋白上调。这表明，HOTAIRM1通过miRNA介导的通路抑制自噬相关基因调控PML-RARA蛋白降解。4、动物实验抑制HOTAIRM1能阻遏PML-RARA蛋白水解，抑制早幼粒细胞分化。想了解详细内容，请阅读文章全文。That's all. Thank you!请长按二维码识别关注“小张聊科研”。关注后即可获取《科研修炼手册》1.0和2.0。报道& 来自青岛大学、中科院动物研究所的研究人员在新研究中鉴别出了一种叫做APF的长链非编码RNA（lncRNA），并证实它可以通过靶向miR-188-3p调控自噬和心肌梗死。研究论文发表在4月10日的《自然通讯》（Nature Communications）杂志上。
论文的通讯作者是青岛大学转化医学研究院院长李培峰（Pei-Feng Li）教授。其曾在国际上首先提出“抗氧化酶自身被氧化”的新理论，是国际上少数几个最早将细胞凋亡引入心血管研究的科学家之一。
心肌梗死（myocardial infarction）是指心肌的缺血性坏死，是在冠状动脉病变的基础上，冠状动脉的血流急剧减少或中断，使相应的心肌出现严重而持久地急性缺血，最终导致的心肌缺血性坏死。目前，心肌梗塞作为一种严重危害人民健康的心血管急症，而颇受关注。
自噬（autophagy）是一种细胞利用溶酶体对自身细胞器进行分解、将产生的大分子物质予以回收利用的高度保守的细胞降解过程。饥饿、缺血、氧化应激等均可诱导其发生。自噬在细胞的发育和分化过程中起着至关重要的作用,和许多心血管疾病的发生、发展密切相关。正常的细胞自噬对心肌细胞有保护作用,自噬不足或自噬过度则可促发疾病或加重病变。
lncRNA是一类转录本长度超过200nt的功能性RNA分子。作为一种新型的基因调控因子，lncRNA参与调控了机体的许多过程如生长发育、细胞凋亡、增殖、分化等,与多种疾病密切相关（延伸阅读：）。目前已有一些研究表明，lncRNAs是参与心血管疾病发生发展的重要调控分子。
在这篇文章中研究人员报告称发现了一种他们称作为自噬促进因子（autophagy promoting factor，APF）的长链非编码RNA。他们证实APF通过靶向miR-188-3p和ATG7调控了自噬性细胞死亡。进一步的研究结果表明，miR-188-3p可靶向ATG7抑制自噬和心肌梗死。APF lncRNA是通过调控miR-188-3p，由此影响ATG7的表达、自噬性细胞死亡和心肌梗死的。
新研究揭示出了由心脏中的APF、miR-188-3p和ATG7组成的一个新的自噬程序调控模式。由此为开发出针对心肌梗死和心力衰竭的新治疗策略提供了潜在的靶点和诊断工具。
（：何嫱）
作者简介：
毕业于军事医学科学院获博士学位，随后留院任助理研究员，在德国医学研究机构 Max-Delbruck Center for Molecular Medicine 任Medical Researcher 10年,入选中国科学院“百人计划-国外引进杰出人才”，为研究员、博士生导师。现为青岛大学转化医学研究院院长、教授、博士生导师。
从年主要从事于神经元衰老的研究，发现超氧自由基是造成神经细胞衰老的最初启动因子。从年主要从事于自由基生物医学研究。在国内和国际学术刊物上发表10余篇有关抗氧化酶氧化修饰的研究论文，在这一领域的一系列研究曾获军队科技成果二等奖（排名第一）。随后主要从事心血管疾病研究，研究工作发表在 Molecular Cell, EMBO Journal, Nature Medicine, Nature Communication, Circulation, Circulation Research, PNAS, MCB, Gene & Development 等国际著名杂志。其中发表在PNAS和Nature Medicine的文章分别入选为年中国百篇最具影响国际学术论文。研究成果获中华医学科技奖二等奖，北京市科学技术奖三等奖。许多著名刊物（如Nature China, Nature Review Drug Discovery, Circulation Research等）对我们工作给予高度评价。
美国心脏病学会和国际心脏联合会会员、北京细胞生物学会理事、荷兰国家健康基金特邀评审专家、自然科学基金委评审专家、科技部 973评审专家。迄今为止，在国内外期刊杂志上发表论文70 余篇，获得专利7项，论文总引用次数超过2000 余次。
推荐原文摘要：
APF lncRNA regulates autophagy and myocardial infarction by targeting miR-188-3p
The abnormal autophagy is associated with a variety of cardiovascular diseases. Long noncoding RNAs (lncRNAs) are emerging as new factors in gene regulation, but how lncRNAs operate in the regulation of autophagy in the heart is unclear. Here we report that a long noncoding RNA, named autophagy promoting factor (APF), can regulate autophagic cell death by targeting miR-188-3p and ATG7. The results show that miR-188-3p suppresses autophagy and myocardial infarction by targeting ATG7. Further, we find that APF lncRNA regulates miR-188-3p, and thus affects ATG7 expression, autophagic cell death and myocardial infarction. Our present study reveals a novel regulating model of autophagic programme, which comprises APF, miR-188-3p and ATG7 in the heart. Modulation of their levels may serve as potential targets and diagnostic tools for novel therapeutic strategies of myocardial infarction and heart failure.
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circRNA的主要功能及其与疾病的关系。最近的研究显示，circRNA 将超越线性 RNA 分子，成为下一代的&miRNA 海绵&. 针对这类 RNA 分子的鉴定和功能研究，不仅丰富了我们对真核生物转录组的认识，而且对于如肿瘤、动脉粥样硬化及糖尿病等常见、多发及难治性疾病的发病机制及治疗手段的研究提供了新的方向，如探索 circRNA 在疾病发生中的作用机理、作为分子标记物的诊断价值及在疾病治疗中的作用等。
环状RNA在临床疾病中的应用。环状RNA（circRNAs）与疾病的发生和发展有密切关联，是一种充满前景的生物标记物甚至治疗靶点，成为继miRNA及长链非编码RNA(LncRNA)之后又一临床疾病研究热点。环状RNA与阿兹海默病。环状RNA与细胞周期。Foxo3基因编码的环状RNAcirc-Foxo3,与细胞周期进程密切相关，干扰circ-Foxo3后，细胞周期和增殖能力加快，过表达circ-Foxo3后，细胞周期进程被抑制。环状RNA与细胞衰老。环状RNA与动脉粥样硬化。
1、通过表达谱芯片筛选到了一个circRNA分子MTO1，检测到其在肝癌中显著低表达。4、细胞实验表明，干扰MTO1能下调miR-9靶基因p21的表达，结果促进细胞增殖、侵袭。b、小样本验证：通过21对肝癌及正常肝脏组织，验证上述20个circRNAs分子表达变化，确定了跟芯片结果最匹配的6个circRNAs分子。2、分子功能实验：沉默MTO1能促进肝癌细胞株增殖及侵袭。到这里，作者已经证明了MTO1通过ceRNA机制抑制HCC细胞增殖及侵袭。
曹雪涛院士Hepatology发文环状RNA新研究成果。曹课题组采用MiRanda Program 进行预测，在肝癌细胞中发现了99个相关性的miRNA, 并且在预测的miRNA中采用circMTO1探针技术进行RIP实验富集到了miR-9。FISH技术在肝癌细胞中分析 circMTO1与miR-9 共同定位在细胞浆中，且与对照组相比，肝癌细胞的数目较少。课题组在8种细胞中进一步做了circMTO1与miR-9的表达水平的鉴定，选择敏感HepG2 和SMMC-7721 细胞系做敲除circMTO1的表达；
本文作者希望找到circ-0016347影响Caspase-1表达的通路，结合已报道的miR-214在骨肉瘤中的作用，于是分别从miR-214对Caspase-1的影响及它与circ-0016347的关系两个方面进行了探索。接着，作者在骨肉瘤细胞中将circ-0016347干扰后看miR-214的抑制分子（AMO-214）对miR-214，circRNA和Caspase-1表达的影响情况。本文主要讲述了骨肉瘤中circ-0016347如何通过miR-214调控Caspase-1表达的情况，整体思路属于传统的ceRNA研究思路策略。
接着通过预测的发现了一些可能与ZNF609结合的miRNAs，其中有一些miRNAs的靶基因是AKT3，最后，通过RIP、荧光素酶报告基因实验证实ZNF609能Sponge miR-150-5p，调控AKT3的表达。既然circRNA-ZNF609可能参与了致病过程，那么通过细胞实验来确定，circRNA-ZNF609到底能引发细胞的哪些表型变化。前期已经报道，大多数环状RNA属于内源性非编码RNA，其物种之间有较高的保守性，相对于线性的RNA，circRNA具有很高的稳定性。
四月份环状RNA研究汇总。在本中，作者通过芯片法分析了口腔癌和癌旁组织中环状RNA的表达情况，发现了环状RNA circRNA_100290与CDK6均在口腔癌中高表达。拟南芥中发现环状RNA调控RNA剪接作用。本中作者探索了拟南芥中发现SEPALLATA3（SEP3）基因第六外显子形成的环状RNA对所对应的同源mRNA剪接作用的影响，该环状RNA能够稳定结合所对应的DNA序列，形成RNA:DNA杂交体，导致转录暂停，募集RNA拼接因子，形成可变剪切[12]。
本文发现circHIPK3可以竞争性结合miR-30a-3p、miR-30d-3p和miR-30e-3p，这些miRNA分子没有出现在之前的报道中，属于新发现的circHIPK3竞争性结合miRNA分子。为探索circHIPK3与糖尿病视网膜血管障碍的关系，作者分别进行circHIPK3的敲低或过表达实验分析circHIPK3在视网膜内皮细胞中的效应。干扰circHIPK3后可明显释放所竞争性结合的miR-30a-3p分子，注射miR-30a-3p拮抗剂RNA则可抑制干扰circHIPK3所带来的变化。
同样是circHIPK3，这次出现在了《EMBO reports》上。在16年《Nature communications》上的研究中，研究人员通过不同肿瘤组织的高通量检测，第一次报道了一个名为circHIPK3的环状RNA，通过sponge to miR-124调控细胞生长发挥功能。为探究circHIPK3的生物学功能，研究人员在两个细胞系中过表达circHIPK3，进行细胞表型检测。结果显示，过表达circHIPK3，HPSE，VEGF，MMP-9表达显著降低，而当敲降circHIPK3时，都显著上调。
作者主要分析了之前就报道的20个可以在HCC中起作用的miRNAs（miR-204, miR-760, miR-4476, miR-6876, miR-152, miR-3686, miR-3159, miR-199a, miR181a-2, miR-211, miR-218-2, miR-3155a, miR-6730, miR-15a, miR-199b, miR-223, miR-3156, miR-4286, miR-4302, miR-9），结果发现miR-9有明显的富集（Fig. 3A&B），而其他miRNAs则没有明显的富集，于是确定了miR-9为circMTO1的结合miRNA（circMTO1终于选好媳妇了~）。
伯4豪生物circRNA芯片服务助力肝癌研究新成果环状RNA（circular RNA，circRNA）的研究近几年一直在如火如荼的开展着，一直致力于为大家提供科研服务的小豪（伯豪生物）也早已推出了环状RNA芯片“Shbio human circRNA array V1.0”，探针设计基于最新最全的国际主流circRNA数据库信息，希望能加快大家对环状RNA的相关研究！
circRNA典型研究策略：看circHIPK3如何抑制膀胱癌侵袭转移。1、circHIPK3在人膀胱癌组织和细胞系中下调。接下来，检测circHIPK3在膀胱癌组织与正常组织中的表达水平发现，与正常组织相比，79.5%的膀胱癌组织中circHIPK3的表达显著减少，分别与膀胱癌分级，侵袭和淋巴结转移呈负相关（图3G）。为了确定circHIPK3是否通过与miR-558相互作用抑制膀胱癌细胞的迁移和侵袭，作者将miR-558 mimics和circHIPK3表达载体共转染膀胱癌细胞。
circRNA MTO1通过ceRNA机制与miR-9结合来抑制肝细胞癌的病程发展。通过生物素标记的circMTO1探针在HCC细胞中做体外的RIP，研究者发现了circMTO1的关联miRNA——miR-9，而在HCC中沉默circMTO1能使miR-9的靶基因p21下调，导致HCC细胞的扩散和迁移。研究者通过沉默circMTO1来研究它与HCC癌症病程及miR-9的关系（Fig.4A），发现在HepG2和 SMMC-7721细胞中，沉默circMTO1表达会促进细胞的增殖及其迁移并抑制凋亡（Fig.4B-D）。
《hepatology》案例：深度剖析circRNA研究。本研究用了7个癌和7个配对癌旁的样本进行circRNA芯片筛选（circRNA芯片，咨询）。四．circRNA机制研究。circRNA作用机制多样，其中，ceRNA机制是大家很容易想到的机制，那么，circMTO1是否通过ceRNA机制发挥功能呢？该研究先检测了8个不同HCC细胞系，找到最高表达circMTO1,低表达miR-9细胞系HepG2 和SMMC-7721，最低表达circMTO1，高表达miR09细胞系SK-Hep1 和 QGY-7701。
通过凝集素诱导的凝集法从尿液中分离外泌体mi-RNA：通过对尿液外泌体miRNA的评估提供了一种前列腺癌诊断的全新的、高特异的方法，这是对前列腺癌诊断中缺乏可靠和廉价方法的挑战。在可检测的miRNA中，发现了前列腺癌患者的尿液外泌体中的miR-574-3p，miR-141-5p和miR-21-5p显着上调。尿中外泌体的不同miRNA图可以反映前列腺癌的进展情况。因此通过凝集素诱导的凝集法从尿液中分离的外泌体miRNA可能是前列腺癌有希望的诊断工具。
缺氧诱导因子可调控心肌肥厚缺氧诱导因子可调控心肌肥厚核心提示：有研究首次证实，缺氧诱导因子可调控心肌肥厚，哈医大药学院初文峰教授在杨宝峰院士的指导下完成了这项研究。哈尔滨医科大学一项研究首次证实，当机体轻度缺氧时，HIF-1α（缺氧诱导因子-1α）可以调控心肌肥厚，该诱导因子有望为生理性或病理性心肌肥厚的防治提供新的靶点和药物干预策略。
但lncRNA的ceRNA机制文章很多都在5分以下，要么就是OT，这不师兄啪啪啪滴甩出了9月份新鲜出炉的2篇circRNA的ceRNA机制”文章，让你boss怦然心动一下。文章思路：口腔细胞癌样本microarray→139个circRNA上调，141个circRNA下调，circRNA_100290和CDK6表达相关→体外、体内功能试验→Targetscan、miRanda预测，FISH、荧光素酶实验→circRNA_100290和miR-29a吸附→双色荧光实验证明miR-29a调控CDK6基因，表型验证→ceRNA机制完成。
在该研究中，陈教授团队第一次报道了lncRNA-HOTAIRM1调控自噬以及在骨髓细胞分化阻滞过程中降解肿瘤蛋白PML-RARA，并暗示着该lncRNA是白血病的一个潜在治疗靶点。所以，作者们猜测下调HOTAIRM1对PML-RARA影响APL发生过程中细胞分化有很重要的作用，或者影响治疗诱导的PML-RARA的清除。而干扰掉HOTAIRM1后，则PML-RARA水平则显著调高，这表明HOTAIRM1能调控PML-RARA，PMLRARA对HOTAIRM1起不到调控作用。
3.1 与组蛋白的甲基化相关：miR-15a、miR-20a、miR-20b、miR-93和miR-101与UVB诱导的皮肤衰老相关，miR-101的靶基因为EZH2，但下调miR-101并不能阻断UVB诱导的衰老，提示可能存在UVB诱导衰老过程中，其余途径参与调控miR-101的表达上调［19］。与之有关联的miR-709、miR-449、miR-9随朗格汉斯细胞的衰老而表达上调，miR-200c、miR-10a却表达下调。
PNAS：发现新的肿瘤代谢机制。近日，来自美国弗雷德里克国家癌症研究所的研究人员James M. Phang等人发现，致癌转录因子c-MYC能够改变脯氨酸及谷氨酰胺之间的代谢过程，促进c-MYC所调节的细胞增生及代谢反应。脯氨酸氧化酶，通常也被称为脯氨酸脱氢酶(POX/PRODH)，是脯氨酸分解代谢途经里的第一种酶，同时也是一种线粒体的肿瘤抑制因子，能够抑制细胞增生，并诱导细胞凋亡。
为了探讨miRNAs是否参与N-cadherin表达调节，作者通过数据库筛选出8个可能靶向N-cadherin的miRNA，分别是hsa-miR-26a, hsa-miR-26b, hsa-miR-199-5p, hsa-miR-190, has-miR-204, hsa-miR-211, hsa-miR-218 and hsa-miR-369-3p（Figure 2A）。在确定miR-199b-5p和N-cadherin的相互作用之后，作者开启表型实验研究，这里供选择3个表型：细胞凝集，细胞侵袭和细胞转移。接下来的实验中作者在HCC细胞中加入TGF-β1诱导细胞EMT。
miRNA开关上面携带的miRNA靶向序列能够被我们感兴趣的细胞所特异表达的miRNA识别，一旦miRNA开关上的识别序列被细胞特异表达的miRNA所结合，这种编码荧光蛋白的miRNA表达就会受到调节，从而将特定的细胞类型与其他细胞区分开来。不同的miRNA开关在细胞发育不同阶段作用效果不同，这表明我们可以根据心肌细胞发育不同阶段表达的不同miRNA将心肌细胞进行分段纯化筛选。
文献导读：细胞倒闭了，外泌体不是人，带着MiR21跑路了。这篇文章讲的是心肌祖细胞，好像就是心肌干细胞，会形成一种外泌体，而这种外泌体会抑制心肌细胞的凋亡。接着发现，巧的是，虽然普通心肌细胞氧化应激后，也会凋亡，但是普通心肌细胞的miR21会降低。最后，也是最复杂的，用心脏祖细胞/心肌干细胞在氧化应激下产生的外泌体来刺激心肌细胞，发现可以抑制心肌细胞凋亡。心脏祖细胞/心肌干细胞要和心肌细胞一样多？
基金 | 可以点亮标书的2015年miRNA最新研究机制。科学家们发现，随着年龄的增大，造血干细胞（HSCs）中会富集miR-212/132基因簇（Mirc19）在自噬过程中可以调控HSC的自我更新、功能和存活，在小鼠骨髓强行表达miR-132，会使HSC快速循环并消耗。6miRNA-122，遇到饼干（丙肝病毒）咋就造反了。这个一见丙肝病毒就捣乱的miRNA是miRNA-122，只在肝细胞中生成，通常情况下它还是比较安守本分的，肝细胞利用它来调控自身一些基因的表达。
骨科外泌体研究套路：破骨细胞对成骨细胞的影响 骨科外泌体研究套路：破骨细胞对成骨细胞的影响 原创
医生科研助手 解螺旋 解螺旋。其中有四个关键字：成骨细胞、破骨细胞、外泌体、miRNA，四部分连起来这篇文章也就是研究源自破骨细胞的外泌体中miRNA能够抑制成骨细胞的活性，来看看具体是怎么做的。Fig1作者是要鉴定破骨细胞来源外泌体及miRNA，那首先就要做一个破骨细胞的模型。