ChemDraw教程:如何查询化学结构信息
ChemDraw Std 14是ChemDraw最新版，通过ChemDraw Std 14可以轻松地实现实现化学中常用的化合物结构式的直观表示、模拟化合物的质谱碎片峰及化合物的1H-NMR和13C- NMR化学位移等等。查询m/z信号强度比例:查询m/z信号强度比例的具体操作方法是选中化合物结构后，从View菜单选择Show analysis windows（显示分析窗口）命令。随后弹出的对话框中会给出分子离子峰不同m/z信号强度比例，点击Paste按钮即可将该化合物的相关信息显示在分子结构的下方。如下图所示：预测化合物位移:ChemDraw Std 14可以预测1H-NMR和13C- NMR的化合物位移，在实际的图谱解析中，特别是对NMR谱有时由于谱线重叠严重，不得不使用各种复杂的经验公式计算后对图谱进行解析。ChemDraw最新版提供的化学位移计算功能帮助用户从繁琐的查找公式和各种表格中解脱出来，同时，在没有实验图谱的情况下，提供模拟图谱也可以给用户提供“仿真”的信息。预测化合物位移的具体操作方法是在绘制窗口选中化合物结构后，从Structure菜单下选择1H-NMR或13C- NMR命令。该化合物的预测1H-NMR或13C- NMR数据便会自动标在相应的原子上。
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绝对实用chemdraw教程
ChemDraw软件 Chemdraw7.0 是 Cambridgesoft 公司出品的 Chemoffice 系列的最新版本 Chemoffice2002 的重要组成部分。 一、ChemDraw 软件简介 1、 启动：在 Windows 下，有两种打开方式：在桌面上，双击 ChemDraw 图标； 或者在“开始菜单”里选择 ChemDraw 选项。 2、界面简介：下图为 ChemDraw 的图形化用户界面（GUI） 。关于画图的主要工具――工具栏，其主要功能如下图所示：1ChemDraw 为绘制化学结构，提供了以下工具。 化学键工具, 环工具, 脂肪链工具, 自动错误矫正, 在 ChemDraw Ultra 中还新增 了从化学名称到结构的功能。 ⑴、化学键的绘制： 绘制化学键有以下几种工具，利用这些工具，可以直接在文档中单击或者拖拉来绘 制化学键。默认的键长和键角用 Object 菜单中 Fixed Lengths 和 Fixed Angles 选项 固定。2⑵、环的绘制： 环的绘制， 可以使 具： 环的绘制可以用 法，注意以下的细节： 工具之后，在一个原 以 下 的 方 如果选择环 子上单击， 用右边的工则会在该原子上添加一个环，如果在一条键上单击，则会在键上添加环，具体的演示如 下：如果想要绘制共轭环结构， 可以按下 CTRL 键的同时， 在文档中单击放置环。 这样， 会在环中出现一个圆圈。当然，这种情况下，环已烷的椅式结构除外。 ⑶、脂肪链键的绘制： 选择脂肪链工具，在文档上拖动鼠标即可画出长链。也可以在文档空白区域或者一 个原子上单击，在出现的对话框输入想要链长的原子数。3⑷、键的编辑：改变键的类型： 选择键工具，指向已经存在的键， 单击， 的类型的键。 改变楔形键和虚格键的方向：选择楔形 具，点击适当的位置，则方向被自动调整。 ⑸、移动原子：选择键的工具，指向一个原 Shift 键的同时，拖动这个原子，就可以改则会出现新键和虚格键工子，然后按下 变键的方向。⑹、自动绘制结构从化合物的名字： 从 ChemDraw Ultra 的 Structure 菜单中选择 Convert Name to Structure 命令， 在出现的对话框中输入 2-bromobenzoic acid， 点击 OK 后， 就可以在文档中看见结构 了。也可以先用文本工具在文档中输入一些化合物的名字，然后选择这个名字，在选择 Structure 菜单 Convert Name to Structure 即可得到结构。43、在 ChemDraw 中，可以在状态栏和信息区域显示使用信息。 4、用户自定义 ChemDraw 的一些功能。 Preferences 允许用户改变应用于每个打开文档默认的选项。 Document Settings 可以允许你改 于激活文档的 Preferences ChemDraw 应 作方式。 从 File Preferences. Use Defaults 变仅仅作用 默认属性。 影 响用程序的工 菜单中选择 选项，点击 选项可以载 方式。入默认的工作Document and object settings 用来定义正在使用的文档格式. 包括： 在 layout 框可以设置文档成格式海报或者页面. 在 footer 框可以设置页眉、页角和一些注解。 在 Drawing 框中可以定义所绘结构的默认的键长，键角等参数。 在 Captions 框中定义所输入的文字的字体和大小。 在 Atom Labels 可以设置所输入原子符号的字体和大小。 在 colors 框中可以改变文档的背景、前景与其它颜色。 绘图设置是影响绘图中使用的化学键和其他单位的文档设置。使用者可以为整个文 档或者文档的特殊对象配置绘图设置：对于整个文档，在文档设置窗口中进行配置。对 于一个对象，在对象设置窗口中进行配置。 在绘制设置中的改变只影响当前激活文档，这些设置可以在 Style Sheets/Stationery Pads 保存。5为了为整个文档设置绘图设置：从 File 中选择 Document Settings，在出现的对 话框中选择 Drawing 标签，出现如下：完成设置后，OK 保存，该设置应用于整个文档。 为所选对象进行绘图设置：先选择你要定义的对象，然后从 Object 打开 Object Settings 对话框：在其中进行完设置后，OK 保存，该设置只用于该对象的属性。 5、添加说明与原子标志 ChemDraw 可以帮助你创建以下类型的文本。6说明文本：-创建注解，化学名称，化学式，页标题和表中信息。 原子标识文本-用化学符号标识原子和子结构 使用者可以利用文本工具创建和编辑说明和原子标识，同时，可以在文档设定对话 框和对象设定对话框编辑文本。 只需打开 File 菜单中的 Document Settings 对话框， 在其中选择 Captions 或 Atom Labels 来调整说明文本和原子标识。创建文本说明： 你新创建的文本的格式被在 Document Settings 对话框中的 Captions 标签中设 定。在你创建文本前修改成你想要的格式。 为了创建一个文本说明，首先单击文本工具，然后指向文档窗口的一个空白区域， 单击插入文本框，然后输入文本。利用回车键可以换行输入。鼠标点击文档的空白地方 即可文本输入框。 利用文本框旁边的把手可以改变文本框的 拖动到希望的宽度即可。7大小。只需如果想要改变已经存在的文本，只需选择文本工具，然后在文本上单击，即可修改 文本。 在该版本的 ChemDraw 中， 还可以利用 Structure 菜单中的 Convert Structure to Name 命令直接把已绘出的结构加上名字。 利用文本工具添加原子标识： 你新创建的文本的原子标识被在 Document Settings 对话框中的 Atom Labels 标 签中设定。在你创建文本前修改成你想要的格式。 为了在一个原子上添加原子标识，首先选取文本工具，然后指向一个原子（当鼠标 指向一个原子上的时候，指示器就变形状了。点击，然后输入原子标识即可。如果是想要在一个环上添加原子标识， 只需指向一个原子双击， 然后输入文本即可。 6、绘制轨道，标记，箭头，化学符号和其它形状 ChemDraw 提供了如下工具让使用者可以添加化学符号和标记到你的文档中。 ? ? ? ? ? ? ? Orbital tool-绘制轨道 Chemical Symbols tool-绘制电荷、激发集团和其它符号。 Arrow tool-绘制各种箭头 Drawing Elements tool-绘制各种方框，圆圈和线。 Brackets tool-绘制方括弧，圆括弧等 Arc tool-绘制符号 Pen tool-手绘各种形状二、ChemDraw 基本操作 1、 设计反应式8打开 ChemDraw，然后用 File/Save As 命令将文档以 Draw1.cdx 文件名保存。通 过 View 菜单选择 Show General Toolbar 和 Show Info Window 以显示一般工 具栏和信息栏。 点开 Object 菜单确定 Fixed Lengths 和 Fixed Angles 是选定的。注意：应用 fixed lengths 和 fixed angles 可以使你在创建结构时使用固定的键 长和键角。The fixed length 长度可以在 Drawing Settings 对话框中设定。创建一条单键： （1） 、选定实心单键工具，把指示器(+)定位到文档窗口的任何位置，然后点击。单 键以固定角度―30 度，固定长度显示。 添加第二条键： （ 2） 、将指示器指向右边的原子，点击原子以加一条键。 这条键和第一条键之间 夹角 120 度。 注意：添加键的角度可以在 Drawing Settings 对话框 利用 Chain Angle setting 设置。 添加第三条键： （3） 、 按照以上方法添加第三条键， 完成后如右图所示： 改单键为双键： 点击中间的原子，按下鼠标， 按照下图方向拖动鼠 开鼠标。 向结构中添加标签： 用指示器（+）指向双键上方的原子，双击该原子，在出现的文本框中输入大写字 母“O” ，然后可以通过点击别的区域和选择别的工具关闭输入文本框。 接下来，利用复制这个结构，并利用复制品创建一个新的结构。 复制结构： 选择套锁工具，所绘结构会被自动选取。指向选择框，按下 Ctrl 键，向右侧拖动选 取框。就会复制出一个结构。9标，然后松修改复制结构： 选择实心单键工具，指向复制结构右下 单击。并在同一个原子上多次单击以添 完成图如右： 方的原子， 加多条键。注意：多次单击不可过快，否则， 框。应在单击之间稍做停留。选择要添加的标签的原子，在 “OH”。 排列结构：会出现文本上 面 输 入选择两个结构，在 Object 菜单下，指向 Align,并选择 T/B centers，将两个结构 对齐。结果如下：接下来，使用不用的方式选择结构，并将两个结构分开一定的距离以添加箭头： 选择选取框工具，最后一个绘制结构会被选择。按下 Shift 键以保持结构的整齐， 并拖动选取框至右边。 向反应式中添加箭头： 点击箭头工具以显示箭头模板。选择箭头后，松开鼠标。指向第一个结构的后方， 并按下鼠标，拖动箭头至你想要的长度，然后松开鼠标。注意：在箭头工具右下方的三角形说明该图表包含有模板内容。如果你想改变箭头 的长度和箭头与 X 轴的夹角，可以这样：1.按下 Shift 键并指向箭头，这时，一个 高亮的框将会出现， 如果你选择正确的对话。 2. 拖动箭头至你所想要的长度和角度。利用文本工具在添加反应条件与催化剂：10选择文本工具，指向箭头上方，单击插入文本框，在出现的文本框中输入 OH，完 成如下图：注意： 如果你想重新放置文档，可以利用选择工具然后拖动该说明。 利用在化学符号工具模板中可用 号加一个电荷符号： 选择化学符号工具， 选择环型负电 向“OH”的中间，并单击放置电 荷符号，指 荷工具。 的特殊符注意：如果你在放置符号之后，按着鼠标，就可以沿着符号通过拖拉将其旋转到固 定位置。从化学符号模板中添加的符号自动和离他们最近的结构相结合。一些诸如箭头之类 的符号不能自动结合，使用者可以使用群组命令手工合并这些符号。 为了组合符号： 点击选择工具―套锁或者选取框。按下 Shift 键的同时，点击箭头 ，OH 标签和电 荷符号。在 Object 菜单中选择 Group 就可以组合这些目标。注意：如果你按着“Shift”点击一个已被选择的目标，则该目标可以取消选择。 你 可以通过在一个群中点击单个的物体来选利用文本工具可以创建包括反应物的名字 说明： 工具，指向第一结构的下方，单击创造一个 “ Text ”菜单中选择“ Centered”命令，择他们。和数量的 选择文本 文本框，在 鼠标会移到文本框的中间，然后输入文本“2-propanone” ，点击 “Enter or Return”按钮 可以输入新的一行。 然后输入“2 moles” ，11为另一个结构创建一个平行的说明： 先放置一个文本框，然后输入 4-hydroxy-4-methyl-2-pentanone, 和 1 mole。 最后，为了完成方程式，我们给方程式一个阴影框： 选择“绘制元素”工具，从模板中选择阴影框， 如下图所示圈出阴影范围。然后，将文档存盘就完成了。最后结构如下：2、绘制中间产物 在这部分你可以从一个环开始绘出一个中间产物结构首先，利用 File/New Document 新建一个文档，然后利用 File/Save As 命令以文 件名 Draw2.cdx 存盘。然后，选择环已烷环工具，指向文档窗口，单击即可放置一个 六元环。12从环中删除一个原子： 指向一个要删除的原子，点击所选原子，如右图： 独的删除化学键通过选取键的中间并点击。 选择实心单键工具，指向要添加的单键的原子，点 着，在以下位置接连添加 2 条单键， 图： 指向一个原子，拖动创建一个双键。选择橡皮工具， 注意： 你可以单 添加单键： 击添加单键。 接 完成之后如 创建双键：然后，指向双键，点击两次，将双键由上方移至下方。 注意：当一个绘键工具被选取时，你可以通过点击它来移动双键。 添加原子标签： 指向你要添加标签的原子，双击原子打开一个文本框， 输入“O”和“-” ，然后在另 一个原子上添加“OH”的标签。 下一步是你需要添加一个箭头， 这个箭头不包含在箭头模板里， 是用来表示电子得失的。 利用钢笔工具创建一个自定义的箭头： 选取钢笔工具，从 Curves 菜单中选择 Arrow at End，指向双键你想标注电子转移开 始的地方附近，向下拖动鼠标至左边，松开鼠标。再选择你所要绘制弧线的端点，拖动 鼠标定义方向后，完成如下图：13修改箭头的形状： 用鼠标指向曲线右边控制线的控制点， 这是控制切线的控制点。 拖拉把手至需要的角度， 使用把手工具调整曲线至适当的内弧。完成后，按 Esc 键退出。 创建余下的箭头，完成后，如下所示：完成后，注意保存修改结果。3、利用环绘图 在这部分中，使用者可以利用环画更多的复杂结构。 首先，利用 File/New Document 新建一个文档，然后利用 File/Save As 命令以文件名 Draw3.cdx 存盘。然后，选择环已烷环工具，指向 单击即可放置一个六元环。 合并第二个环到第一个环上： 指向右下方键的中央，单击放置合并第二个环， 同 置第三，第四个环。结果如下： 利用橡皮工具擦除原子和他们之间的键： 选取橡皮工具，指向要擦除的原子，一个高亮的框会出现在要擦除的原子上面，点击删 样的方法放 文档窗口，14除原子和键。所得结果如下：接下来，添加双键到结构上去： 点击实心单键工具，指向你选中的原子，向上添加双 键，按照相同的方法，再添加一个双键，在需要的位置。 添加原子的标签： 指向需要添加标签的原子，利用文本框工具添加“C”原子，氢原子会自动的被添加上 去。相同的方法在适当位置添加“O”原子，结果如下：最后，一定要记着保存结构。4、Fischer 结构式 这个教程演示创建一个葡萄糖的 Fischer 结构式。当然，你也可以利用模板工具创建相 同的结构。 通过模板创建一个文档：15首先， 利用 File/New Document 新建一个文档，利用 File/Save As 命令以文件名 Draw4.cdx 存盘。 画第一条键： 选择实心单键工具，指向文档，垂直向下拖动画第一条键。 添加第二条键： 指向第一条键的下方的原子， 向下拖动画第二个原子。 重复上面两步 3 次， 画出 5 条键。注意：当你沿着键的长度拖动指示器，指示器在箭头和十字架之间变换。箭头说明你在 键的中间，十字架说明你在一个原子上。添加水平的键在第二个原子上： 指向第二个碳原子，并添加一个垂直的键。在相反的方向再添加一条键，以相同的方式 在以下的几个原子上添加水平的键。具体步骤如下：标记 C1 和 C6： 指向 C1， 双击打开文本框， 输入 “CHO” ， 接下来指向 C6， 打开文本框， 输入 “CH2OH” 。 接下来，我们可以给结构标记上“H”和“OH” 。16查看所绘结构的基本性质，并把这些性质贴在文档里面： 利用选择工具将整个结构选定，利用 View menu 菜单下的 Analysis Window 可以查 看该结构的性质。利用“PASTE”按钮把性质贴在文档里面。175、绘制透视图 在这部分中，使用者可以通过学习绘制学习绘制 -D 葡萄糖学习透视图的创建。 首先，新建一个文档，在 File/Open Special 中选择 New Document 新建一个文档。 然后利用 File/Save As 命令以文件名 Draw5.cdx 存盘。 画一个环： 选择环已烷环工具，指向文档窗口，单击即可放置一个六元环。 旋转环： 从 Edit 菜单中选取 Select All 命令，将鼠标 的右上角。转动旋转把手向右约 30 度角。转 被显示在信息窗口中。 指向选择框 动的信息会注意：当选择工具的旋转功能被激活的时候，指针变成了弯曲的双面箭头。固定键角功能只是在画图时将键角固定，也就是说，使用者可以在修改时改变这些固定 键角。点击结构外部，取消选择，指向一个原子，将其转换为“O” 。 添加垂直的键： 选择实心单键工具。指向要添加键的原子，向上拖动画出一条单键。重新指向 C1，再 想下拖动绘出另一条键。重复上述操作，创建出所需结构，具体步骤如下：18在 C5 上画一条向上的键，在绘制此键时，应注意键的长短，因为这条键很容易和 C3 上的键重叠。 扭转结构，以改变结构的纵横比，给结构以从 果： 指向重置大小指示器，并按下 Shift 键，拖动 口中显示比例约为 50%为好。 上添加标签：具体结果如图所示： 接下来，要改变一些键的类型： 选择粗体键工具，然后指向中间键上，当鼠标变成一个粗体箭头的时候，点击将其该为 新的键的类型。然后选取粗体楔型键工具，将结构前面两侧的键的类型改变过来，具体 结果如下： Z 轴看的透视效 选择套琐工具， 该结构至信息窗 下一步，向结构注意：如果楔型键指向了错误的方向，你可以单击它以改变方向。最后，记着将结构存盘保存。6、纽曼式的绘制 这部分主要介绍如何绘制 Newman 结构，你也可以通过模板绘制相同的结构。 首先，利用 File/New Document 新建一个文档，然后利用 File/Save As 命令以文件名 Draw6.cdx 存盘。 选择实心单键工具， 指向文档窗口， 并在文档中绘出一条键。 继续指向下面的一个原子， 并添加上第二条键。在同一个原子上，添加上 第三条键。19选择套锁工具，则最后绘制的结构会被选择。指向选择框内部，按下 Ctrl 键，拖动鼠 标在其右边对角线方向复制一个结构。松开鼠标和键盘当复制品到了它的位置。 在两个相同的结构间添加一条键： 选择实心单键工具，指向较低结构的中间原子，点击并拖动 至上方结构的中心原子，松开鼠标在高亮框出现在中心原子 的上。注意：当你连接已经存在的原子的时候，固定的键长和键教 都会被忽略的。在这部分中，你可以利用轨道工具绘制 Newman 式的空心圆而不是轨道： 选择轨道工具，选择空心的 S 轨道，指向左边的中心原子，并且向外拖动。轨道的大小 象键长一样是被固定的，注意：轨道不会自动的和其相近的结构组合成一体。如果你需要，你要用群组命令。移动结构的一部分至前方使其与轨道交叠。 选择选择框工具，选择上面结构的三条键，然后双击右上方结构的旋转把手打开旋转对 话框， 在对话框中输入 180 度。选择 degrees CW,然后点击旋转。 命接下来，利用 Object/ Bring to Front 令改变所选结构至前方。 然后指向选择框直 到指示器变成了手的形状。拖动选择部分直至所选部分的部分的中心位于轨道内部。松 开鼠标，点击文档空白部分，取消选择，一般步骤表示如下：将文件存盘保存。 7、显示立体化学。 这部分教授怎么使用立体化学标记。20首先，利用 File/New Document 新建一个文档，然后利用 File/Save As 命令以文件名 Draw7.cdx 存盘。 绘制以下结构：选择实心单键工具，在文档区域点击并向下创建第一条键。继续指向较低的原子，单击 它加入第二条键。同样，加入第三条键。 用以前说的方法创建出以下结构：接下来，我们为原子添加标签： 利用文本工具，单击下面的原子，在出现的文本框中输入“NH2，O，OH” ，添加过文 本后的结构为：然后，显示立体化学标记： 利用套锁工具或者选取框工具选取整个结构，然后从 Object 菜单中选取 Show Stereochemistry 命令。则 S 标签出现如下：21如果选择 Object 菜单下的 Flip Horizontal.命令，则 R 标签出现。最后，我们保存文 三、对结构进行工作 你可以对你创建的结构完成以下功能： ? 检查结构来鉴 价和原子标签 ? 查看一个结构 信息 ? 显示一个结构 性质 ? 显示结构立体 计算分子性质 ? 计算结构的 H-NMR 和 C13-NMR 光谱并分析峰的归属 化学并 的化学 别化合 错误 的分析检查结构： 使用者可以利用 Check Structure 命令检查选定结构的化学式、结构的一部分、或 者文本。 首先，利用选择工具选择一 构的一部分或者一个文本说明。然后22个结构、结 选 择Structure 菜单中的 Check Structure 命令。这样，每一个标识都会被检查，当一个地 方出错时，一个信息框就会出现。可以用“Ignore”继续检查。 “Stop”停止检查。 查看分析报告： 分析窗口会显示化学式，精确质量，分子量，质核比和元素分析。 为了查看分析报告，只需打开 View 菜单下的 Show Analysis Window 命令即可。 接下来，只需按下“PASTE”即可把这些信息当作文本贴在文档中，注意，M/E 图是 不会出现的。 查看化学性质报告： 这些性质都是根据结构，用最可靠的办法计算出来的。其中，Log P 和 MR 是基于 文献值的。 观察化学性质窗口， 首先， 要选取一个结构， 然后选择 View/Show Chemical Properties Window 命令，出现的窗口如下，也可以把这些信息象分析报告一样贴在 文档上。显示立体化学： 我们知道一些化学结构是具有立体化学特性的，我们可以显示其立体化学信息。选 择一个结构，然后右击鼠标，选择 Show Stereochemistry 命令即可。23另外，我们还可以利用 Edit/Get 3D Model 命令来获得结构的三维结构。当选择这 个命令后，Chem3D 会打开，显示结构的三维结构。 计算结构的 H-NMR 和 C13-NMR 光谱并分析峰的归属： 这是 ChemDraw 一个很重要的功能。 在我们绘制出一个结构后， 可以利用 Structure 菜单下的 1H-NMR Shifts 或者 13C-NMR Shifts 来查看结构的光谱并可以选择结构中 的原子来查看其相应光谱峰。2425
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