如何利用基因表达数据集来区分胃癌不同的亚型

来源:《中国医科大学学报》2016年第05期 作者:王硕;李智;郑春雷;曲秀娟;刘静;曲晶磊;车晓芳;刘云鹏;
利用TCGA数据集分析AKT3在胃癌中的表达及临床意义
胃癌是我国最常见的恶性肿瘤之一,虽然手术联合放、化疗及靶向治疗的应用使患者的生存期延长,但晚期患者的5年生存率仍很低。其关键因素是转移机制不明,且无有效的标志物预测转移发生。因此从分子水平深入探讨胃癌的转移机制对延长晚期患者生存时间至关重要。AKT是一种丝/苏氨酸蛋白激酶,通过依赖PI3K的机制参与肿瘤发生发展的多个过程。AKT有3种亚型:AKT1、AKT2和AKT3[1-3]。3种亚型发挥不同的作用,目前对AKT3的研究相对较少,且主要集中于乳腺癌[4-6]、卵巢癌[7]、恶性胶质瘤[8]等,AKT3在胃癌中的表达及作用鲜有报道。因此,明确AKT3在胃癌中表达情况及预后作用,阐明AKT3参与肿瘤发生发展的作用机制具有重要的意义。本研究通过癌症基因组图谱(the cancer ge-nome atlas,TCGA)公共数据集,研究AKT3在胃癌中的表达对预后生存的影响,为进一步研究AKT3在肿瘤发生发展中的作用机制提供线索和思路。1材料与方法1.1数据资料收集利用Bioconductor/TCGAbiolinks函数包从TC-GA数据库(https://t......(本文共计4页)
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中国医科大学学报
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胃溃疡和溃疡型胃癌的区别
病情描述:我经常胃痛,而且特别能吃,我担心是胃癌,医生说是胃溃疡,我想知道怎样区分胃溃疡和胃癌?两者有什么差别?想得到怎样的帮助:胃溃疡和胃癌是怎么区分的呢
病情分析:胃溃疡和胃癌是性质完全不同的两种疾病,但临床表现往往有许多相似之处,极易造成误诊。了解有关知识,便于尽量做到癌症的早期发现、早期治疗。指导意见:年龄溃疡多见于青壮年,90%的病人均有上腹痛,而且呈周期性发作,每次疼痛可持续几天、几周甚至几个月。然后有一定时期缓解,之后又再发作,常迁延多年。而胃癌多见于40岁以上的中老年人,早期胃癌一般无明显不适。一旦出现上腹痛等症状,病情便加重,发展较快,病程短。食欲胃溃疡病人一般食欲尚可,对药物治疗反应良好,很少发生贫血,全身淋巴结无肿大;而胃癌患者食欲较差,晚期可无食欲,全身进行性消瘦,多有贫血。晚期在左锁骨上可触到肿大淋巴结,上腹有时可摸到肿物
胃溃疡的疼痛多与饮食关系密切,即餐后半小时开始,疼痛持续几个小时,有烧灼感,其后逐渐消失,直到下次进食后再次发现上述节律,服碱性药物疼痛可以缓解。胃癌的疼痛无规律性,与进食无关,进食后疼痛可加重,也可减轻。疼痛性质不定,可以是钝痛或剧疼,常有饱胀感;晚期疼痛加重,多为持续性,服碱性药物也不能缓解。服用抗癌中药人参.皂苷Rg3可以有效抗癌防癌
胃炎与胃溃疡有何区别?
胃溃疡:症状主要特点是:慢性、周期性、节律性上腹痛,体征不明显。部分患者(约10-15%)平时缺乏典型临床表现。而以大出血、急性穿孔为其首发症状。典型症状:一)上腹痛、慢性、周期性节律性上腹痛是典型消化性溃疡的主要症状。疼痛产生的机理与下列因素有关:①溃疡及其周围组织的炎症病变可提高局部内脏感受器的敏感性,使痛阈降低;②局部肌张力增高或痉挛;③胃酸对溃疡面的刺激。溃疡疼痛的特点是:①慢性经过,除少数发病后就医较早的患者外,多数病程已长达几年、十几年或更长时间。②周期性:除少数(约10-15%)患者在第一次发作后不再复发,大多数反复发作,病程中出现发作期与缓解期互相交替。反映了溃疡急性活动期、逐
你好!首先祝你早日恢复健康!我来给你谈谈“胃炎与胃溃疡的区别”:
胃炎,指各种病因所值得胃粘膜炎性变化。主要表现为粘膜充血、水肿,可伴有渗出物、出血或糜烂。也可伴有粘膜皱襞平坦或消失。
胃溃疡实际上是指发生在胃和十二指肠的慢性溃疡。该病的形成均与胃酸和胃蛋白酶的消化作用有关,故称消化性溃疡。溃疡常呈圆形或椭圆形,直径一般小于2.5厘米,深达粘膜肌层,边缘整齐,溃疡进一步发展时,可累及肌层或浆膜,甚至引起穿孔。当穿破血管时,可导致大量出血。
慢性胃炎和消化性溃疡的临床表现有时缺乏特异性。比如都存在腹痛、嗳气、腹胀、食欲不振、恶心、呕吐、甚至呕血及黑便。全身症状可有周身乏力、消瘦、头晕、腰痛
严重胃溃疡会不会转为胃穿孔会转为胃癌吗?吃药想想得到回答
病情分析:目前能共同治疗胃溃疡和十二指肠溃疡的药物,主要有三大类,即(1)抑酸剂和制酸剂。这类药物有奥美拉唑(洛赛克)、雷尼替丁、法莫替丁、西米替丁、罗沙替丁、尼扎替丁、恩前列素、氧化镁和胃舒平等。(2)抗幽门螺杆菌药物。如胶态次枸橼酸铋(德诺)、阿莫西林、甲硝唑和呋喃唑酮等。指导意见:(3)黏膜保护剂,如麦滋林S颗粒、硫糖铝、胃必治、乐得胃、复方丙谷胺、米索前列醇(喜克溃)和生胃酮等。凡由胃酸过高和幽门螺杆菌感染引起的胃溃疡和十二指肠溃疡,上述三类药物均可应用,但以前两种药物为主。以上建议请在临床医生的指导下服用
病情分析:您好,胃溃疡是消化性溃疡中最常见的一种,主要是指胃黏膜被胃消化液自身消化而造成的超过粘膜肌层的组织损伤。
指导意见:
建议在当地医生指导下服用阿莫西林,克拉霉素,丽珠得乐和奥美拉唑等治疗。注意保持心情舒畅和忌烟酒,忌生冷辛辣刺激性饮食,适当活动。
了,但是效果不好。请问会是胃癌吗,胃溃疡到胃癌需要多久时间
病情分析:抗溃疡药物无效虽说胃溃疡易反复发作,但平时服用抗溃疡药物后,症状一般能够缓解。意见建议:如果按常规服用抗溃疡药物治疗一段时间后,效果变得不明显,甚至无效,就应该怀疑是癌变的先兆。
病情分析:目前您的情况还不能诊断为诶胃癌,建议行胃镜检查。溃疡癌变时间目前无确切的报道。但要注意一下几个情况,有助于您及时发现情况,及时解决。意见建议:果出现下列情况,要提高警惕。1.疼痛性质和规律发生改变胃溃疡的疼痛多表现为上腹部隐痛,呈烧灼样或钝痛,且疼痛的发作与进食有关,一般在饭后1~2小时内出现,以后逐渐减轻。如果疼痛失去了上述规律性,变为不定时发作,或成为持续性隐痛,或疼痛性质与以往相比发生了明显的改变,则应警惕为癌变的先兆。2.用抗溃疡药物无效虽说胃溃疡易反复发作,但平时服用抗溃疡药物后,症状一般能够缓解。如果按常规服用抗溃疡药物治疗一段时间后,效果变得不明显,甚至无效,就应该怀疑
我爸平时身体很好就偶尔会出现腹部阵痛,最近心窝偶尔会出现疼痛,吃上止疼药就好了,一直没当回事,就在前几天突然吐血了,去医院做了胃镜大夫说胃溃疡说溃疡面积挺大的,大夫怀疑是胃癌,病理切片化验要过几天才能出结果,我爸大便的时候出了好多黑色的血。需要医生帮助提供远程诊断:我想问下我爸是胃癌的几率大吗?
病情分析:你好,这样的情况是有一定的可能性的,暂时不能确定的指导意见:您只能先注意进行一下对症的处理的,看看回复的具体情况的,具体还是要等等结果的
病情分析:这种胃癌的几率不大的,出现这种情况的原因主要是由幽门螺旋杆菌感染,或者是吃辛辣食物造成的,初步诊断消化性溃疡。指导意见:这种情况也可以口服奥美拉唑治疗观察的,在治疗期间,避免着凉,不要吃辛辣的食物,以免加重病情,属于慢性疾病。
胃癌于胃炎的区别是什么
胃炎和胃癌有很大区别,胃癌主要由胃溃疡转变面来.表现为胃里面有个"疙瘩",而胃炎是比较广泛的,没有疙瘩的炎症.患有胃炎的一定还要注意饮食戒刺激性的食物:咖啡,酒,肉汁,辣椒,芥茉,胡椒等,这些会刺激胃液分泌或是使胃黏膜受损的食物,应避免食用.每个人对食物的反应都有特异性,所以摄取的食物应该依据个人的不同而加以适当的调整,毋须完全禁食.此外,炒饭,烤肉等太硬的食物,年糕,粽子等糯米类制品,各式甜点,糕饼,油炸的食物及冰品类食物,常会导致患者的不适,应留意选择.2吃饭要定时定量进餐要细嚼慢咽,且心情要放松,少量多餐━可以避免胃涨或胃酸过多,胃酸过多可能会逆留至食道,刺激食道黏膜.除三餐外并於上,下
你好,胃癌各期症状1,早期胃癌70%以上无明显症状,随着病情的发展,可逐渐出现非特异性的,类同于胃炎或胃溃疡的症状,包括上腹部饱胀不适或隐痛,泛酸,嗳气,恶心,偶有呕吐,食欲减退,消化不良,黑便等.2,进展期胃癌(即中晚期肺癌)症状见胃区疼痛,常为咬啮性,与进食无明显关系,也有类似消化性溃疡疼痛,进食后可以缓解.上腹部饱胀感,沉重感,厌食,腹痛,恶心,呕吐,腹泻,消瘦,贫血,水肿,发热等.贲门癌主要表现为剑突下不适,疼痛或胸骨后疼痛,伴进食梗阻感或吞咽困难;胃底及贲门下区癌常无明显症状,直至肿瘤巨大而发生坏死溃破引起上消化道出血时才引起注意,或因肿瘤浸润延伸到贲门口引起吞咽困难后始予重视;胃体
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基于基因表达数的胃癌特征基因选取研究
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捅要 捅 要 胃癌是世界上危及人类身体健康的主要癌症之一。胃癌的早期发现,对胃癌
的诊断和治疗有重要的意义。基因芯片技术的发展,促进了胃癌分子水平上的研
究技术。从海量的胃癌基因表达数据中,挖掘出有用的信息和知识,可以更加全
面的认识胃癌的基因本质,更加全面的了解“胃癌一基因”之间的关系,对推进 胃癌的临床诊断和治疗,进一步研究胃癌、发现胃癌的致病机理有至关重要的作
用。论文实验数据采用北京肿瘤医院提供的胃癌基因表达数据。该数据采集的样
本全部来自中国,是中国人自己的数据。论文基于胃癌基因表达数据,主要围绕
三个方面进行了研究:胃癌样本与正常样本的分类、胃癌亚型分类、胃癌的特异
表达基因的选取。重点工作是在胃癌Lauren分型中的特征基因选取工作。实验
最后得到一些比较有意义的基因。例如:CHRNA4、MEAl等。这些基因在临床
上已有人证明与胃癌的发生发展和分型有密切关系。 在分析方法上,本文取得的主要研究成果如下: 1.提出有效的特征基因选取方法,基于巴氏距离的混合方法。混合方法结
合了特征选取方法中过滤法和融合法的优点,能够快速有效地选取特征基因,从
而大大降低基因表达数据的维数,提高胃癌样本的分类准确率。混合方法先对原
始数据进行基于巴氏距离的基因排序。巴氏距离既考虑到基因在样本中的均值,
也考虑到基因在样本中的方差分布,是比较好的信息度量指标。然后,采用顺序
前向搜索方法去除基因冗余。实验最后得到7个肠型胃癌样本与弥漫型胃癌的分
类特征基因,9个胃癌样本与正常样本的特征基因。 2.提出一种PLS系数选择特征基因的方法。偏最小二乘 PLS 和
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