测序结果怎么比对可以伪造么

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如何分析DNA测序结果
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DNA测序结果分析比对-教你怎么看测序图
先来看一组测序结果吧:
从测序公司得到的一份DNA测序结果通常包含.seq格式的测序结果序列文本和.ab1格式的测序图两个文件,下面是一份测序结果的实例:
.seq文件可以用系统自带的记事本程序打开,
.ab1文件需要用专门的软件打开。
软件名称:Chromas
下载地址:
.seq文件打开后如下图:
.ab1文件打开后如下图:
通常一份测序结果图由红、黑、绿和蓝色测序峰组成,代表不同的碱基序列。测序图的两端(本图原图的后半段被剪切掉了)大约50个碱基的测序图部分通常杂质的干扰较大,无法判读,这是正常现象。这也提醒我们在做引物设计时,要避免将所研究的位点离PCR序列的两端太近(通常要大于50个碱基距离),以免测序后难以分析比对。 我的课题是研究多态性的,因此下面要介绍的内容也主要以判读测序图中的等位突变位点为主。 实际上,要在一份测序图中找到真正确实的等位基因多态位点并不是一件容易的事情。由于临床专业的研究生,这些东西是没人带的,只好自己研究。开始时大概的知道等位基因位点在假如在测序图上出现像套叠的两个峰,就是杂合子位点。实际比对了数千份序列后才知道,情况并非那么简单,下面测序图中标出的两个套峰均不是杂合子位点,如图并说明如下:
说明:第一组套峰,两峰的轴线并不在同一位置,左侧的T峰是干扰峰;第二组套峰,虽两峰轴线位置相同,但两峰的位置太靠近了,不是杂合子峰,蓝色的C峰是干扰峰通常的杂合子峰由一高一略低的两个轴线相同的峰组成,此处的序列被机器误判为“C”,实际的序列应为“A”,通常一个高大碱基峰的前面1~2个位点很容易产生一个相同碱基的干扰峰,峰的高度大约是高大碱基峰的1/2,离得越近受干扰越大。一个摸索出来的规律是:主峰通常在干扰峰的右侧,干扰峰并不一定比主峰低。最关键的一点是一定要拿疑似为杂合子峰的测序图位点与测序结果的文本序列和基因库中的比对结果相比较;一个位点的多个样本相比较;你得出的该位点的突变率与权威文献或数据库中的突变率相比较。通常,对于一个疑似突变位点来说,即使是国际上权威组织大样本的测序结果中都没有报道的话,那么单纯通过测序结果就判定它是突变点,是并不严谨的,因一份PCR产物中各个碱基的实际含量并不相同,很难避免不产生误差的。对于一个未知突变位点的发现,通常还需要用到更精确的酶切技术。
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【求助】怎么看测序结果的?急
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这个帖子发布于9年零189天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。
请问各位师兄师姐,我是个新手,刚刚测序了,可是不知道怎么看测序结果的。拿到序列不知道怎么看。我觉得应该和设计的引物有关系的吧!可具体什么关系、怎么看就不知道了。请大家告诉我一声。谢谢了!
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当然和引物有关系,你把测序结果和目的基因的结果,一起拿到Blast上的Align sequence上比对,前提公司已经把测序结果拼接好。
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1. 现在测序一般引物及其后35-50个bp是测不出来的,即使有也不是很准确。2. 如果是PCR产物,最好T-A克隆后再测,T载体的测序引物离PCR产物最少大几十个bp。3. 如果是测质粒(比如说连接后的产物),那么最好在载体上选一段来做引物,离开PCR产物几十个bp的距离。4. 测序本质上是PCR反应,不过是单引物扩增,类似于PCR,但是只有1条引物。5. 测序结果有2种可能,一种就是你需要那条链的序列,另一种可能是反向互补那条链的序列,转化一下就行了。
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菜鸟的方法:把公司给你的测序序列(记事本格式的那个)打开,复制到WORD文档中,调整好格式(如统一大小写,没有空格等),然后将你的目的基因复制,然后用WORD的查找功能,如果能够完全对得上,那么恭喜你,如果个别对不上就要分析一下了。不知道这个回答是否有帮助。如果你牛的话,就用软件看拉!
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建议下载一个chromas lite网址:http://www.bio-soft.net/dna/chromas.htm先看看峰形图如何,把不漂亮的片断去掉以后再分析。
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dingshaohong 当然和引物有关系,你把测序结果和目的基因的结果,一起拿到Blast上的Align sequence上比对,前提公司已经把测序结果拼接好。 怎么拼接测序结果啊。。
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还是没有看懂啊
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测序 两端 不准确为什么基因测序的结果一般会认为序列两端不准确?
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因为测序的时候荧光标记的ddNTP是过量的,反应结束后一并沉淀下来干扰了小分子量的引物后面几个核苷酸的信号.至于后面一般800bp以上的区段也是不可信的,这也是目前测序公司技术优劣的一个指标,技术好的能读到1100bp,技术差的可能只有500bp.原因就在于用的分离胶好不好,因为分子量越大,同样相差1个核苷酸所造成的影响越小.21个bp的片段和22个bp的片段可以分的比较开,而801bp和802bp就几乎贴在一起了,越到后面贴的越紧,最后就连成一片分不清谁是谁了.具体从哪里到哪里可信要看测序结果的信号峰.强烈的单峰才是有效的.
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