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一、我们将如何应对海量的基因信息
新一代测序技术带给人们大量遗传信息的同时，却成为限制其广泛应用的一个障碍。
1980年，英国生物化学家Frederick Sanger与美国生物化学家Walter Gilbert建立了DNA测序技术并获得诺贝尔化学奖，至今已有近三十年了。在这三十年，DNA测序技术取得了令人瞩目的进展。目前已进入市场的循环阵 列测序平台采用的是与Sanger生物化学测序方法完全不同的原理。在过去几年，应用极为广泛的毛细管电泳测序法采用的则是多线并行阵列格式，它运用尖端 的荧光成像技术进行碱基识别。上述各类新技术为生物学研究领域开辟了新的视角，也使实验研究达到一个新的水平。学界对开发这类新技术的兴趣持续高涨，与此同时，人们却发现这些技术存在一定的不足&&大量信息数据的产生限制了技术更加广泛的应用，并降低了其市场价值。
过去，研究人员使用Applied Biosystems（ABI）公司的3730XL毛细管电泳测序仪进行基因分析，每年至多能完成六千万碱基的测序量。随着测序技术日新月异的发展，这种情况已经成为历史。在2005年刚刚开始进行新一代测序技术开发时，Roche公司和454公司联合开发的焦磷酸测序仪的分析速度就已经达到了上述提及的ABI仪器速度的50倍之上。也就是从那时起，因基因数据过多而产生的问题凸显了出来，而且这个问题随着其他制造商开发出更多更快的测序仪而愈加严重。举个例子，ABI的新一代测序平台SOLiD（supported oligonucleotide ligation and detection）单次运行，便可以分析6Gb的碱基序列；而Roche/454测序仪单次运行可以将上述结果转换成12-15个千兆字节 （gigabytes）的数据信息；Illumina Genome Analyzer（GAII）测序系统仅在两个小时的运行时间里，就得到10兆兆字节（terabytes）的信息。尽管对于像Applied Biosystems这样的制造商而言，可以为用户提供高达11.25TB的存储量，但对于多数实验室所具有的信息管理系统来说，规模如此庞大的数据信息，就好像是迎面而来的洪水，让人感到难以控制。
过量信息所带来的一个副作用在于，用户无法将初始图像数据进行分类存档，而必须交给相关公司，利用软件对数据进行读取，然后才能对数据进行保存。对于大多数研究人员来说，像这样在每次实验后对原始数据进行处理的方式既繁琐又不经济。与花费上万美元对每一段序列进行备份分析相比，对每一次测序结果进行重新测定显然是一个更简单、更便宜的选择。测序仪制造商称，对原始数据再次进行分析并不能得到更多新的信息。但是，对于454测序仪而言，用户至少可以通过更新的软件从原始数据得到质量更高的序列，从而提高碱基识别分辨率，减少误差。
除数据处理问题之外，研究人员还需要拥有一个足够强大的计算机平台，以便将来自多个测序技术的短小基因片段进行组合，形成基因组外显子。目前问题在于，测序仪生产商仅仅提供用于某些特定基因信息分析的软件，如靶标重测序、基因表达分析、染色质免疫沉淀反应或基因组从头测序等，而并未提供任何其它类型的下游生物学信息分析软件。研究界越来越熟悉这些测序平台对循证生物学的巨大潜力，这也就产生了新的研究问题以及全新类型的试验方法，而这单凭依赖目前的 生物学信息是无法满足的。
从这个角度看，SOLiD软件研发公司（/gf/）于今年七月刚刚兼并了两个新的软件公司，这一举动无疑朝正确的方向迈进了一步。该公司在开放源码许可证下开发软件分析工具，目
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dna测序服务合同 正文
dna测序服务合同
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篇一：测序服务合同(院外) [doc] - PICB 编号：
量化生物学平台测序服务合同
甲方： 地址： 负责人： 电话：
乙方： 地址： 负责人： 电话：
签订时间：年月日 有效期限：年月日至年月日 依据《中华人民共和国合同法》的规定，通过友好协商，本着诚信与互利的原则，双方就高通量测序和信息分析服务事宜达成协作如下： 一、合作内容 甲方提供合格的实验样品，提供样品的相关详细资料信息，乙方对甲方的实验样品质量进行检测，确认样品质量符合要求后开展建库和测序实验，并按要求提供足够的原始数据（FASTQ格式），具体要求按所附的《测序样品信息登记单》执行。 二、服务周期 服务周期约定为乙方收到符合实验要求的样品和预付款后的个月内。如因为甲方样品经乙方检测不符合实验要求，乙方有义务及时将信息反馈给甲方，待甲方重新送样检测合格后进行实验。同时，合同的服务周期将相应延长。 三、验收标准和方式 1.
乙方完成服务的形式： 乙方向甲方提交实验总结报告，说明项目完成情况； 2.
技术服务工作成果的验收标准： 甲方认可乙方提供的实验总结报告，并确认乙方已完成约定的所有实验内容； 3.
技术服务工作成果的验收方式： 双方相关负责人书面确认。 四、项目延期责任 1. 如因乙方原因不能按时完成项目，由乙方承担全部责任。同时，乙方应及时与甲方 沟通，协商项目延期方式。 2. 如因甲方样本因素或样本未能按时到位等原因导致的项目延误，乙方不承担责任。 3. 如因不可抗拒的客观因素导致的项目延误或不能继续履行时，双方均不承担责任。 不可抗拒力包括地震、洪水、战争、军事行动、法律或政府政策等相关因素。 五、付款及价格 本合同总额为人民币元（圆整），其中建库实验费用为元（圆整），高通量测序费用为元（圆整）。甲方应在实验开展之前将合同总金额，即人民币元整（圆整）汇入乙方账户。实验完成后，乙方将实验总结报告和原始数据发送给甲方。
六、知识产权该项合作的所有成果及知识产权归甲方所有，请在文章或报告中致谢中国科学院上海生科院计算生物学研究所量化生物学平台（Omics Core, CAS-MPG Partner Institute for Computational Biology, Shanghai Institutes for Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences）。 七、保密责任 1. 甲乙双方对该项目原始资料、技术路线、实验报告、服务价格等有保密义务。未经甲方书面同意，乙方不得将本项目相关的资料、样本、实验数据泄漏给第三方；未经乙方书面同意，甲方不得将本项目技术路线等涉及乙方机密的资料泄漏给第三方。 2. 保密期限 自合同生效日起3年。 八、解决合同纠纷的方式 在履行本合同的过程中发生争议，双方当事人和解或调解不成，双方约定向合同履行地人民法院起诉。 九、合同解除 双方确定，出现下列情形，致使本合同的履行成为不必要或不可能的，可以解除本合同： 1. 发生不可抗力。 2. 因对方违约使合同不能继续履行或没有必要继续履行。 十、合同生效 本合同一式四份，由甲乙方各持两份，四份具有同等法律效力。本合同自双方授权代表签字并盖章后生效。 十一、 补充约定 1. 乙方只保留原始数据2个月，如需延长保留时间将产生额外费用。 2. 未尽事宜，双方可协商解决并予以补充。
甲方： 乙方： 上海生命科学研究院计算生物学研究所 量化生物学平台 负责人签字：
日期： 负责人签字：
日期：篇二：转录组测序合作协议
关于 xxxx 转录组高通量测序合作
甲 方：xxxx大学 注册地址：xx省xx市xx路xx号
乙 方：xxxxx有限责任公司 注册地址：xx经济技术开发区xx街xx号
甲乙双方在平等互利和自愿的原则下，根据《中华人民共和国协议法》的有关条款和国家有关政策，经友好协商达成如下协议。
一、 合作内容 甲乙双方合作进行 xxx的转录组测序和生物信息学分析的研究工作。 1.
甲方向乙方提供 x份 样品，其中实验设为两组，x个品种。 2.
乙方对甲方样品进行Total RNA提取，mRNA纯化与cDNA合成。 3.
乙方进行高通量随机测序：乙方利用Genome Analyzer Ⅱx测序系统对样品完成 Solexa双末端测序，每个样品的数据量至少为5G，双向reads的平均读长大于70nt。 4．乙方对甲方样品的测序结果进行生物信息学分析。 （1）去除测序结果中质量较差的结果以及测序接头和标签序列。 （2）进行转录本拼接，得到较完整的转录本片段。 （3）进行新基因发现分析，基因完整性分析，基因表达丰度分析，基因功能注释等 高级生物信息学分析。
二、 费用标准 项目 1. Solexa Genome Analyzer Ⅱx 测序 2. 生物信息学分析 （包括直至文章发表所 需的所有生物信息学分 析） 每个样品的价格（万元） xx万（x万/G X4 G) 转录组测序及分析 xx万（免费赠送）
每个样品费用为：
万元，x个样品费用总计：xx 万元。
三、 工作时限和验收标准 1. 甲方在本协议生效之后提供样品，乙方在转录组测序样品检测合格后和试剂到位后x个月内完成高通量随机测序和生物信息学分析。 2. 若因甲方提供的样品错误或污染等原因造成测序结果错误，甲方应按本协议约定的费用标准向乙方支付相应的费用。 3. 若因乙方原因造成基因组测序结果不符合标准，相应费用可退还甲方。 四、费用结算与支付 本项目费用总计为
xx万 元人民币，全部由甲方承担。 支付方式为： （1）自本协议生效之日起xx日内，甲方向乙方支付 xx万元人民币，用于项目启动； （2）自甲方获得高通量测序分析数据起xx日内，甲方向乙方支付其余xxx万元人民币。
五、成果归属 1. 知识产权： 完全由甲方所有。 2. 发表文章： 甲乙双方协商决定。
六、保密条款1. 双方对本协议涉及的实验材料、技术和资料均负有保密责任。 2. 未经对方允许，一方不得向第三方转让和泄露本协议项下的菌株材料、技术与资料。 七、不可抗力 任何一方在履行本协议中，如因受到超出该方可以合理预见和控制范围内的任何因素（包括国家政策）的阻止、限制或干预而导致该方不能履行其义务或影响其履行义务的能力时，应及时书面通知对方，并尽量减少对方的损失，共同协商解决方法(转 载 于: 在 点 网:dna测序)。 八、协议的生效、解除和终止 1. 协议的生效：协议经双方法定代表或者授权代表签字并加盖公章之后生效。 2. 协议的变更和解除应经双方协商确定。
九、违约责任 双方应诚实履行本合同，一方违约给另一方造成损失的，违约方应承担相应赔偿责任。 十、争议的解决 双方在履行协议时发生的或与本协议有关的争议，应经双方友好协商解决；如协商不成，可向有管辖权的人民法院提起诉讼。
十一、其它： 本协议一式肆份，双方各执两份，具有同等法律效力。
甲方 单位名称 ：（章）
项目负责人（签字）： 单位名称：（章） xxx公司 经办人（签字）： 乙 方 年月日 单位地址： 邮政编码：
银行帐号：
日 单位地址： xx经济技术开发区xx街xx号x区 邮政编码：
xxx 电 话：xxxx 传 真：xxxx 开户行： xxx支行 银行帐号：xxxx篇三：基因突变检测服务合同 基因突变检测服务合同 项目名称： 委托人（甲方）： 受托方（乙方）：北京三博远志生物技术有限责任公司 签订地点： 签订日期：
日 有效期限：
日 至 2010 年 月
日 依据《中华人民共和国合同法》的规定，合同双方就完成人类基因组 位点突变检测进行专项技术服务，并支付相应的技术服务报酬。经协商一致，签订本合同。 一、 服务内容和服务要求 (一) 服务内容 甲方委托乙方用技术进行人类基因组样本的个 位点的检测，样本总量
个。主要服务流程： 。 (二) 服务要求 乙方为甲方提供样品总量
个，每个样品
突变位点检测服务，出具分型结果电子报告和详细实验报告。在样品正常情况下乙方检测成功率&,检测准确率&。 二、 工作条件和协作事项及工期 (一)工作条件 甲方负责提供个基因组DNA样本和
个待测位点信息。样品量大于10ug。 提供上述工作条件时间：合同正式生效后5个工作日内。 (二)协作事项及工期 1. 乙方在样品和预付款到位后的
个工作日内完成检测工作并出具检测结果电子报告。 2. 定合同后不得更改实验方向。甲方重新提供样品或重新设计引物的时间从合同规定工作日中扣除。 三、 履行期限、地点和方式 本合同自2010 年
日至2010年
日在北京三博远志公司生物技术有限责任公司履行。 四、 验收标准和方式 (一)乙方完成技术服务工作的形式 乙方向甲方提交检测结果和项目实验报告。 (二)技术服务工作成果的验收标准 甲方认可乙方提供的SNP检测结果和结题报告，表明该项目达到本合同第一条第二点要求所列出的指标。 (三)技术服务工作成果的验收方式 甲方在收到乙方检测结果后两周内不提出异议，视为对结果认可。 五、 报酬及其支付方式收费约定 (一)项目报酬项目报酬合计：￥ （人民币
元）。具体费用如下： 预实验费用：￥ 。检测费用：￥。 (二)支付方式 1. 在乙方预实验成功后1周内，甲方将项目报酬的%作为预付款￥（人民币
元）转入乙方帐户。 2. 乙方的检测结果达到合同第一条第三点所述标准后，将检测结果和结题报告交付甲方。课题结束后一周甲方将尾款￥ （人民币
元）转入乙方账户。 (三)收费约定 分型检测中存在一定比列的样品或位点不能正常检出。如果乙方的检测结果符合第一条第二点所述标准，即未检出的位点数在总位点数的10%以下，甲方支付全部检测费用。未检出位点数在10%以上的部分，按照元/位点从项目报酬中扣除。 六、 违约金或者损失赔偿额的计算 违反本合同约定，违约方应当按照《中华人民共和国合同法》有关条款的规定承担违约责任。 (一)项目延期责任 1. 如因乙方原因不能按时完成项目，由乙方承担责任。乙方应及时与甲方沟通，协商项目延期方式。 2. 如因甲方样品、资料不合格或未能按时到位等原因导致的项目延误，由甲方承担责任。 3. 如因不可抗拒的客观因素导致的项目延误或不能继续履行时，双方均不承担责任。不可抗拒力包括地震、洪水、战争、军事行动、法律或政府政策等相关因素。 (二)项目终止责任 签约各方理解，生物技术服务带有不确定性和技术风险。如因不可克服的技术障碍导致本项目不能完成，签约各方协商后中止项目，按照乙方实际已完成的工作量计算成本费用，双方各承担50%的损失。 七、 解决合同纠纷的方式 在履行本合同的过程中发生争议，双方当事人和解或调解不成， 双方约定向合同履行地人民法院起诉。 八、 合同变更 合同如需对合同内容进行变更，须经双方讨论达成一致意见后，签订补充条款。补充条款双方盖章有效。并各自存档。 九、 合同解除 双方确定，出现下列情形，致使本合同的履行成为不必要或不可能的，可以解除本合同： (一) 发生不可抗力 (二) 因对方违约使合同不能继续履行或没有必要继续履行 十、 保密责任 (一) 甲乙双方对该项目原始资料、技术路线、试验报告及与试验有关的资料结果及服务价格等有保密义务。未经甲方书面同意，乙方不得将本项目相关的资料、样品、实验数据泄漏给第三方；未经乙方书面同意，甲方不得将本项目技术路线等涉及乙方机密的资料泄漏给第三方。(二) 保密期限 自合同生效日起2年。 十一、 数据及中间产品的保存期限 （一） 测序数据，将在项目结束并数据结果提交3个月后删除。 （二） 项目进行过程中将产生的中间产品有:PCR产物、DNA模板等。如甲方无特殊说明，上述中间产品将在项目结束并数据结果提交3个月后销毁。 （三） 提取血液产生的血清需返还甲方。 （四） 未使用完的血液样品返还甲方。 十二、 合同生效 本协议一式两份，各份具有同等效力。自双方授权代表签字盖章后生效。 十三、
补充约定 未尽事宜，双方可协商解决并予以补充。 甲方：乙方：
北京三博远志生物技术有限责任公司 委托代理人： 委托代理人：
地址： 地址：北京市海淀区东北旺南路26号 电话： 电话：010-69359 开户行：
开户行：北京农行圆西路支行 账号： 账号：11- 日期： 日期：
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DNA测序什么情况收费，什么情况不收费的约定--测序业收费标准
（由重新整理 ）
已从小量实验室实验，发展到大规模专业化、社会化商品生产实验，但生物学毕竟是一门新兴的学科，我们知之甚少，不明白的太多。目前测序成功率一般在70%&80%，三博远志测序平均成功率93%。序列是否能测出相关因素是样品前期处理、样品结构特点、测序过程优化。
&&&&&&& 实验能否成功有一定的概率，需要一定的条件，影响的因素很多。有些因素我们现在无法说清楚。例如：同样的样品一次测不成功，重做后就成功了，而有的样品却始终测不出来，换一个公司却可测出。
&&&&&&& 有的样品反复调整3次之多，投入成本每个样本在60元以上，但还是没有结果（由各方面因素造成）。测序没有信号不收费。但是，有时主要是样品本身的原因或是样品前期处理不好导致信号不好（暂且说是样品的原因，其实也不是绝对的），所以这种情况下是要收费的。这样双方对于某个样品有一方可能觉得不合理，但我们总体做一个事先约定，作为解决问题的办法，从长远来说我们认为是公道的，这样可减少争议，增强友谊。
具体的约定如下： &&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&
反应无信号或全部杂峰
引物与模板结合不好（引物或模板原因）
质粒抽提未成功
质粒太大或活化方式不好、转化不好
鉴定质粒或PCR浓度
建议用20ul(pcr)/30ul(质粒)去离子水溶解
帮助客户和序列拼接
（设计引物有可能不成功，收引物、测序费）
300bp以前中断或衰减
高级结构 GC结构 重复序列
300bp以后中断或衰减
高级结构 GC结构 重复序列
非单克隆、杂合子、双引物结合、Polay结构、PCR非特异性扩增
3kb以上walking测序，按实际反应收费，或成功反应1.5倍价格收费
客户提供引物导致
结果不理想
质粒抽提成功率
60%以下（大单）
&质粒太大或活化方式不好、转化不好
质粒抽提不成功的，加收3元/质粒
验证实验结果，两次结果
PCR原液纯化后
无反应结果
&引物与模板结合不好（引物或模板原因）
不收测序 费
公司地址：北京市海淀区东北旺南路26号院4号楼&&京ICP备号&&网络支持：三博远志测DNA测序服务
&分子生物学产品
&&&&&&&&&&&
&生化及分子生物学试剂
&蛋白研究产品
测DNA测序服务
服务特色：
设备先进：
拥有国际先进的ABI 3730XL型DNA测序仪（96道毛细管）2台；
ABI 3700型测序仪（96道毛细管）2台。
高素质队伍：
测序人员都是分子生物学本科以上学历，并经过了严格培训；
熟练掌握所有测序仪器和测序相关实验。
性价比高：
以市场最低的价格提供最优质的服务：测序质量高(正确读长不少于750碱基)；
效率高(2个工作日内发送电子版测序结果)
测序引物设计和评估；
简单序列拼接；
DNA序列的简单分析等；
PCR产物未纯化
PCR产物已纯化
数据保密：公司对客户的样品情况和测序结果严格保守秘密，客户持有数据所有权。
样品保管：在没有特殊申明的情况下，客户样品免费保留1个月，客户测序数据（电子版）免费保留半年。
测序收费细则
DNA测序是一个鉴定基因序列的检测方法，能否测序成功主要与样品质量及其结构有关,实验过程以及一些人为因素会对测序结果有些影响。 测序是否成功有一定的概率，影响实验成功的因素很多，有些不成功的实验我们能知道原因，也有些我们现在很难知道确切原因。不知道原因的结果，有样品的因素，有实验的因素，也有人为的因素。如果全部由客户或者我们来承担，可能对双方都不公平。为了公平合理，减少争议，尽快解决问题。我们结合各种可能出现的问题，事先制订一个收费规则：
菌培养不好或失败
挑克隆有误，菌污染，订单提供信息有误
质粒抽提不成功
质粒太大或活化方式不好、转化不好、拷贝数低、 培养方式不当
测序无信号、信号弱
引物与模板结合不好（引物或模板原因）
引物不纯，模板不纯
鉴定质粒或PCR浓度
建议PCR（20ul） 、质粒（30ul）去离子水溶解
设计引物和序列拼接(大片段测序)
可抽提出质粒但测序不成功
引物与模板结合不好（引物或模板原因）
信号中断或衰减
高级结构 GC rich 重复序列
非单克隆、杂合子、引物特异性差、重复序列、 Poly（A/T/G/C）结构、PCR非特异性扩增
插入失败,培养过程中片段丢失
客户提供引物导致结果不理想
引物不纯，引物不合适测序
验证实验结果， 两次结果
送错了样品，测错了样品。
PCR原液纯化后但测序不成功
引物与模板结合不好（引物或模板原因）
不收测序费
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