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Linux_workshop_Part2
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Linux软件安装代码
你可能喜欢Linux下如何修改终端提示符 - 萧飞IDO - 博客园
Linux终端大家想必都清楚吧，最近在使用的时候发现在进入到某个文件夹目录比较深的层次后，终端提示的绝对路径很长，这样给人的感觉很不习惯，在这里给大家介绍下如何修改终端的提示，顺便介绍下提示符的颜色:
PS1变量简介
PS1是Linux终端用户的一个环境变量，用来说明命令行提示符的设置。
可以使用 man bash命令查看bash手册，找到该变量支持的特殊字符，以及这些特殊字符的意义：
\d ：#代表日期，格式为weekday month date，例如："Mon Aug 1"
\H ：#完整的主机名称。
\h ：#仅取主机的第一个名字，如上例，则为fc4，.linux则被省略
\t ：#显示时间为24小时格式，如：HH：MM：SS
\T ：#显示时间为12小时格式
\A ：#显示时间为24小时格式：HH：MM
\u ：#当前用户的账号名称
\v ：#BASH的版本信息
\w ：#完整的工作目录名称。家目录会以 ~代替
\W ：#利用basename取得工作目录名称，所以只会列出最后一个目录
\# ：#下达的第几个命令
\$ ：#提示字符，如果是root时，提示符为：# ，普通用户则为：$
修改终端提示符
查看默认提示符设置
$ echo $PS1
\[\e]0;\u@\h: \w\a\]${debian_chroot:+($debian_chroot)}\u@\h:\w\$
修改默认设置,将如下命令添加到当前登录用户的~/.bashrc文件中,然后使用source使其生效，如果有不明白~/.bashrc文件作用的，可以参考我的这篇文章介绍：
$ vi ~/.bashrc
#在文件最后添加如下设置
export PS1="[\u@\h \W] \$ "
$ source ~/.bashrc #使其设置生效
在PS1中设置字符序列颜色的格式为：[\e[F;Bm]
其中“F”为字体颜色，编号30~37；“B”为背景色，编号40~47。
下面看下颜色表：
------------------------
效果控制代码：
-------------------------
修改提示符颜色示例
$ PS1="\[\e[32m\]#\##\[\e[1;31m\]\u@\[\e[36m\]\h \w]\$\[\e[m\"
’用来设置‘#\##’的颜色为绿色，#\##就是显示现在运行的是第几条命令
‘[\e[31m\]’设置‘\u@’的颜色为红色并高亮显示，如果指定多个数字需要用分号隔开。\u@ 就是当前登录的用户名后跟一个‘@’符号。
’设置‘\h\w’为青蓝色，\h表示主机名的第一位，如果主机名为centos6.lampbo.org，那么就显示centos6；\w将显示完整的绝对路径。
‘\$’ 提示字符，如果是root时，提示符为：# ，普通用户则为：$。
’使用来关闭颜色设置的。要是你没有这个的话；那么，你的命令提示符，包括你通过命令提示符输出的东西都是和最后一次的颜色设置相同。
为了能够在启动和登录是可以保持刚刚设置的变量，需要将PS1的设置加入到用户home目录的.bashrc文件后。
随笔 - 149Samtools 详解 - 简书
Samtools 详解
如今序列比对已成为各种生物学分析中不可缺少的重要环节，通过将未知的基因片段与已知具体信息的基因或基因组进行比较，并分析其中的相同部分与差异部分，就可以得到该基因片段SNP位点、所属物种以及可能具有的生物学功能等重要信息。
sam与bam 格式
sam与bam是两种最常用的比对结果输出文件格式，如转录组Tophat分析软件输出的比对结果为.bam文件，而BWA、bowtie等比对软件则主要输出为.sam文件。bam文件格式是sam文件的二进制格式，占用的存储空间更小，更利于节省存储资源，而且bam文件的计算处理也更快，但二进制无法直接查看则是它的一个明显缺点。
Samtools 软件
顾名思义就是用于处理sam与bam格式的工具软件，能够实现二进制查看、格式转换、排序及合并等功能，结合sam格式中的flag、tag等信息，还可以完成比对结果的统计汇总。同时利用linux中的grep、awk等操作命令，还可以大大扩展samtools的使用范围与功能。
Samtools 基本命令
查看sam文件（sam 格式转bam）
$ samtools view [options] &输入bam文件&
-b：以bam格式输出
-u：以未压缩的bam格式输出，一般与linux命令配合使用
-h：在sam输出中包含header信息
-H：只输出header信息
-f [INT]：只输出在比对flag中包含该整数的序列信息
-F [INT]：跳过比对flag中含有该整数的序列
-o [file]：标准输出结果文件
标准sam/bam 文件
read名称，通常包括测序平台等信息
SAM标记（Flag），没有mapping的标记为“ * ”
chromosome
比对上的位置，注意是从1开始计数。
MAPQ（mapping quality，描述比对的质量，数字越大，特异性越高，说明该read比对到参考基因组上的位置越唯一）
CIGAR字串，记录插入，删除，错配以及splice junctions（后剪切拼接的接头）
mate名称，记录mate pair信息
mate的位置
模板的长度
程序用标记
2 flagstat
统计bam文件中的比对flag信息，并输出比对统计结果
$ samtools flagstat &输入bam文件&
Flag 标签说明
在sam/bam文件中输出的比对falg信息，是这条reads符合含义的十进制数值之和，网上也有许多在线工具可以通过输入结果flag值来标识出其对应的所有含义。
total：分析的总reads数（bam文件所有行数）
mapped：比对上的reads数（总体比对率）
paired in sequencing：成对的reads总数
read1：属于reads1的reads数量
read2：属于reads2的reads数量
properly paired：正确配对的reads数量
with itself and mate mapped：一对reads均比对上的reads数
singletons：只有单条reads比对上的reads数
以上计数均以reads条数计，一对reads计为两条。
根据左起位点对序列排序，并输出为bam文件
$ samtools sort [options] &输入bam文件& &输出bam文件名&
-n：以reads名称排序而不是以比对上染色体位置排序
-m [INT]：设定内存使用量（默认值为）
将多个排序后的序列文件合并为一个文件
$ samtools merge [options] &输出bam文件& &输入bam文件1& &输入bam文件2&…
-n：指定输入文件是以reads名称排序的（与sort中的-n参数配合使用）
-h [file]：将file文件中的header信息拷贝到输出的bam文件中
对排序后的序列建立索引，并输出为bai文件，用于快速随机处理。在很多情况下，特别是需要显示比对序列的时候，bai文件是必不可少的，例如之后的tview命令
$ samtools index &排序后的bam文件&
以文本定位查看器的方式来展示各条reads的比对情况
$ samtools tview [options] &排序后的bam文件& [参考基因组fasta文件]
-p [chr:position]：直接从该染色体上的该位置开始查看
-s [string]：只显示该样品或组别的reads
第一行为参考序列的碱基坐标，第二行为参考序列，第三行开始即为按排序顺序依次比对上参考序列的各条reads，其中仍以碱基字符表示的则是与参考序列有差异的部分。
同时，还可以在该界面中按g键，并在出现的方框内输入想要查看的参考序列名及对应位置信息就可以快速跳转到该位置上了。
计算每个位点的深度值（所有reads中包含该点的总数）
$ samtools depth [options] &排序后的bam文件1& &排序后的bam文件2&…
-q [int]：基础reads质量阈值
-Q [int]：mapping质量阈值
-r [chr:from-to]：选择需要统计深度的区域
从左到右依次为参考基因组、在基因组上的位置、深度值。
将多个bam文件合并为一个bam文件（与之前merge命令的区别是cat不需要将bam文件提前进行排序）
$ samtools cat [options] &输入bam文件1& &输入bam文件2&…
-h [sam文件]：将该文件中的header信息提取输出到结果文件中
-o [输出bam文件]：将结果输出到该文件中
知行合一，浩然正气；
没有记录就没有开始
这篇文章很长，超过1万字，是本系列中最重要的一篇，因为我并非只是在简单地告诉大家几条硬邦邦的操作命令。对于新手而言不建议碎片时间阅读，对于有一定经验的老手来说，相信依然可以有所收获。在开始之前，我想先说一句：流程的具体形式其实是次要的，WGS本质上只是一个技术手段，重要的是...
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