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植物生态学报
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植物蛋白质组学研究进展
梁 宇 荆玉祥 沈世华!
（中国科学院植物研究所光合作用和环境分子生理学重点实验室，北京 !&&&#$ ）
摘 要 蛋白质组学是后基因组时代功能基因组学研究的新兴学科和热点领域。该文简要介绍了蛋白质组学产
生的科学背景、研究方法和研究内容。蛋白质组学研究方法主要有双向聚丙烯酰胺凝胶电泳（
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组织器官的分化过程，以及不同亚细胞结构在生理生态过程中的作用等诸多方面。同时对植物蛋白质组学的发展
前景进行了展望。
关键词 双向电泳 质谱 蛋白质组 植物蛋白质组学
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蛋白质组学技术及其在植物逆境生物学中的应用
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植物蛋白质组学研究进展Ⅰ蛋白质组关键技术
&&植物蛋白质组学
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植物蛋白质组学研究进展
导读：植物蛋白质组学研究进展，蛋白质组学是后基因组时代功能基因组学研究的新兴学科和热点领域，该文简要介绍了蛋白质组学产生的科学背景、研究方法和研究内容，蛋白质组学研究方法主要有双向聚丙烯酰胺凝胶电泳、质谱技术、蛋白质芯片技术、酵母双，其应用的范围包括植物群体遗传学、在个体水平上植物对生物和非生物环境的适应机制、植，同时对植物蛋白质组学的发展前景进行了展望，关键词双向电泳质谱蛋白质组植物蛋白质组学，1植物蛋白质组学研究进展 摘要
蛋白质组学是后基因组时代功能基因组学研究的新兴学科和热点领域。该文简要介绍了蛋白质组学产生的科学背景、研究方法和研究内容。蛋白质组学研究方法主要有双向聚丙烯酰胺凝胶电泳、质谱技术、蛋白质芯片技术、酵母双杂交系统、植物蛋白质组数据库等。其应用的范围包括植物群体遗传学、在个体水平上植物对生物和非生物环境的适应机制、植物的发育和组织器官的分化过程，以及不同亚细胞结构在生理生态过程中的作用等诸多方面。同时对植物蛋白质组学的发展前景进行了展望。 关键词双向电泳 质谱
植物蛋白质组学 1 蛋白质组学概念、内容及其产生背景 1.1蛋白质组学的概念 蛋白质组一词是由英文单词蛋白质的前半部分加上基因组的后半部分组合而成，它是指基因组表达产生的所有相应的蛋白质，即细胞或组织或机体全部蛋白质的存在及活动方式。蛋白质组学一词是由澳大利亚学者威尔金斯和威廉姆斯在1944 年意大利召开的一次科学会议上首次提出，并由Wasinger等第一次在出版物中使用。蛋白质组学是以蛋白质组为研究对象，从整体蛋白质水平上，在一个更加深入、更加贴近生命本质的层次上去探索和发现生命活动的规律和重要的生理、病理现象等。 1.2植物蛋白质组学的研究内容 蛋白质组学研究主要包括蛋白质的表达模式和蛋白质的功能模式两个方面。蛋白质表达模式的研究是蛋白质组学研究的基础内容，主要是研究特定条件下某一细胞或组织的所有蛋白质的表征问题。常规的方法是提取蛋白质，经2D-E分离形成一个蛋白质组的二维图谱，通过计算机图像分析得到各蛋白质的等电点、分子量、表达量等，再结合以质谱分析为主要手段的蛋白质鉴定，建立起细胞或组织或机体在所谓“正常生理条件下”的蛋白质组图谱和数据库。然后，在此基础上，可以比较分析在变化了的条件下蛋白质组所发生的变化，如蛋白质表达量的变化、翻译后的加工修饰、蛋白质在亚细胞水平上定位的改变等，从而发现和鉴定出特定功能的蛋白质及其基因。 1.3植物蛋白质组学的产生背景 蛋白质组学是在基因组学的研究成就和高通量的蛋白质分析技术得到突破的背景下产生的新兴学科，基因组研究的发展是蛋白质组学产生的重要前提。 基因组研究是生物科学近十几年来的研究热点。人类基因组计划被誉为20世纪的3大科技工程之一，并取得了辉煌的成就。2000 年6月科学家公布人类基因组工作草图，标志着人类在解读自身“生命之书”的路上迈出了重要一步。2001年2月，中、美、日、德、法、英等( 国科学家和美国塞莱拉公司联合公布人类基因组图谱及初步分析结果，宣告了一个新的纪元―――后基因组（即功能基因组）时代的到来。 植物基因组学的研究主要集中在拟南芥和水稻（两种模式植物上。2000年12月美、英等国科学家宣布测出拟南芥基因组的完整序列，这是人类首次全部破译高等植物的基因序列。2002 年是水稻基因组学研究取得重大成就的一年，首先中国的科学家和syngenta 公司的科学家分别发表籼稻和粳稻基因组“工作框架图”，继后日本和中国的科学家又分别公布了粳稻第0 号和第F 号染色体的全序列以及籼稻粳稻基因的“精细结构图”，被认为是基因组学研究的又一个重要里程碑。 基因组密码的破译，拉开了生命科学研究的序幕，但是，要真正揭示生命活动的奥秘，基因组研究本身又无能为力。因为，基因组仅仅是遗传密码和遗传信息的载体，在生命活动的不同过程中恒定不变，不能反映有机体在生命活动过程中基因表达的时空关系和网络调控。在后基因组时代，研究重心转移到基因功能的解析，即利用结构基因组所提供的信息和高通量的实验手段在转录组和蛋白质组水平上系统地分析基因的功能。 拟南芥和水稻的功能基因组学研究已经开始，其中美国和日本科学家做了大量的工作。其它植物如玉米、小麦、苜蓿、松树等的功能基因组学研究也已经有人涉及。 蛋白质是基因功能的体现者和执行者。现在已经证明，一个基因并不只产生一个相应的蛋白质，它可能会产生几个，甚至几十个蛋白质。机体所处的不同环境和本身的生理状态差异，会导致基因转录产物有不同的剪切和转译成不同的蛋白。蛋白再进行加工修饰和转移定位，才具有活性和生物功能，产生相应的生理作用，适宜相应的生存环境。在转录水平上所获取的基因表达的信息并不足以揭示该基因在细胞内的确切功能。直接对蛋白质的表达模式和功能模式进行研究就成为生命科学发展的必然趋势。因此，研究基因组编码的全蛋白质功能及其相互作用关系的蛋白质组学应运而生。尽管蛋白质组学在20世纪90 年代中后期才出现，但由于学科的前沿性和巨大的应用市场，Nature、Science 杂志在公布人类基因组序列草图的同时，分别发表了述评和展望，将蛋白质组学的地位提到前所未有的高度，认为它是功能基因组学前沿研究的战略制高点和新世纪最大的战略资源―――“有用基因”争夺战的重要战场”。 2 蛋白质组学的研究方法 蛋白质组学研究方法和技术有很多，并且不断发展和出现新的技术。本文限于篇幅，只能简要介绍主要的蛋白质组学研究技术。 2.1 双向聚丙烯酰胺凝胶电泳2D-PAGE 2D-PAGE方法的应用始于20世纪70 年代，但迄今为止，它仍然是分离蛋白质的最有效的方法。与基因组研究不同的是，蛋白质组学并没有类似于,-. 反应的扩增方法，因此，分离样品的精确性就成了至关重要的问题。目前常用的大规格胶（是可再生的，并且借助于考马斯亮蓝和银染，可以对蛋白质进行定量；应用荧光染料，还可以使一定范围内的上千种蛋白质定量地显现出来，这些都大大提高了2D-PAGE的精确性，当然2D-PAGE 技术还远远没有达到完善的地步，例如要使低水平表达的蛋白质（即“低拷贝数蛋白质”，每细胞10~1000个拷贝）显现出来仍有困难，而高水平表达的蛋白质（即所谓“管家蛋白质”，每细胞大于1 000 个拷贝）有时也会出现小部分的模糊。最近一些/2D-PAGE相关技术，如高度敏感的质谱和EST 数据库的发展，使分离和鉴定蛋白质的工作又大大前进了一步。 2.2质谱（Mass-spectrometric）技术 质谱技术是近年来蛋白质组学研究最重要的技 术突破之一（，其原理是将样品分子离子化，根据离子间质荷比的差异来分离并确定质量，是高灵敏度高特异性地快速鉴定生物分子的技术。质谱测定中首先将通过2D-PAGE分离到的蛋白质用特定的蛋白质酶（例如胰蛋白酶）消化成肽段，然后用质谱仪进行分析。 质谱鉴定有两条主要途径。一是“肽链质量图谱”途径。测量质谱的方法是基质辅助激光解吸附I电离法（MALDI），通过测定一个蛋白质酶解混合物中肽段的电离飞行时间来确定其分子量等数据，所以也称为基质辅助激光解吸I 电离飞行时间质谱法（MALDITOF），最后通过相应的数据库搜索鉴定蛋白质。随着数据库中的全长基因序列越来越多，MALDI 鉴定的成功率也越来越高。二是串联质谱途径，将胰蛋白酶消化后的蛋白质单个肽链直接从液相经“电喷离子化”而被电离，分解为氨基酸或含有c 末端的片段，片段化离子被喷射到“串联质谱仪”进行质量测定，以得到序列信息。它的主要优点是：对鉴定蛋白质来说，由几个肽链片段化得到的序列信息比一系列的肽链质量更具有特异性。片段的数据不仅可以在蛋白质序列数据库中搜寻，还可以在核酸数据库，例如EST 数据库，甚至原始的基因组数据库中搜寻。 2.3 蛋白质芯片（prontein chips）技术 蛋白质芯片技术是一种高通量、微型化和自动化的蛋白质分析技术。在蛋白质芯片技术途径中，首先将一系列的“诱饵”蛋白质（如抗体）按照一定的排列格式固定在经特殊处理的材料表面上。然后以我们感兴趣的样品为探针来探查该表面，那些与相应的抗体相结合的蛋白质就会被吸附在表面上。而后把未与抗体结合的蛋白质洗掉，把结合的蛋白质洗脱下来，经凝胶电泳之后通过质谱法进行鉴定。这种技术实际上是一种大规模的酶联免疫分析。可以迅速地将我们感兴趣的蛋白质从混合物中分离出来，并进行分析。蛋白质芯片上的“诱饵”蛋白可根据研究目的不同，选用抗体、抗原、受体、酶等具有生物活性的蛋白质。 蛋白质芯片要比DNA 芯片复杂得多。芯片制作过程中保持蛋白质的生物活性，成为限制蛋白质芯片发展的瓶颈技术。近年来，在蛋白质芯片制作方面获得突破性进展。对蛋白质芯片的检测可以通过对不同状态细胞的蛋白质进行荧光标记，从测定荧光的强度上可以得知结合在抗体上的蛋白质的富集程度。或直接利用MALDI/MS 技术检测结合到芯片上的物质来检测。 2.4 酵母双杂交系统 酵母双杂交系统正成为研究蛋白质间相互关的有力工具。其理论基础是转录因子的结构模型，即当转录因子的DNA-结合结构域与激活结构域紧密结合以后，将导致一系列基因转录的增加。酵母双杂交系统利用转录因子GAL4的DNA-结合结构域GAL4-BD与激活结构GAL4-AD的特异载体，将许多开放阅读框架(ORFs)分别连在这两种载体上，构成文库，然后转入酵母细胞，并与酵母细胞克隆杂交。当其中两个ORF 编码的蛋白质在酵母细胞中表达，并发生相互作用时，就会将GAL4-BD和GAL4-AD 结合在一起，从而导致报告基因转录的增加。通过培养基营养缺陷筛选法，可将没发生相互作用的酵母克隆筛选掉，而将发生相互作用的酵母克隆保留下来。然后对发生相互作用的蛋白质进行分析，通过测序就可以鉴定ORF。因此，酵母双杂交系统对大规模筛选分析蛋白质间的相互作用来说是一项简便易行的方法。 3 蛋白质组学在植物科学研究中的应用 3.1 植物群体遗传蛋白质组学 3.1.1 遗传多样性蛋白质研究 基于基因组学的一些遗传标记，如RAPD、RFLP、SSR、ISSR等，已经广泛地应用于植物遗传研究中。与基因组学的遗传标记相比，由于蛋白质组学的研究对象是基因表达的产物，是介于基因型和表型之间的特性，因而蛋白质组学标记是联系基因多样性和表型多样性的纽带，具有独特的意义。 通过蛋白质组比较来检测遗传多样性的变化已有许多成功的尝试。Barreneche 等比较了X个欧洲国家的23 种橡树，分析了幼苗的总蛋白质，共得到530 种蛋白质，其中101个具有多态性。实验结果显示种内和种间的距离非常接近，并且证实无梗花栎和夏栎两个种的遗传分化水平很低。Pacard等利用2D-PAGE 分析了亲缘关系很近的硬粒小麦不同株系的遗传多样性，发现品系间的多态性很低并且7 个蛋白可以用于基因型的鉴定。David 等也利用2D-PAGE 技术比较了栽培于不同环境下但起源于同一种群的小麦，结果所有的种群都与原种群有差别，David等认为，这不是由随机漂移引起，而是由适应其各自的气候条件而形成。 3.1.2 突变体的蛋白质组学研究 突变体研究是植物遗传学的重要研究手段之一，应用蛋白质组学的方法对基因突变引起的蛋白质表达变化进行研究可以揭示一些植物生理生态过程的机制。具体做法通常是对在相同条件下栽培的突变体及野生型植物的2D-PAGE图谱进行比较，受到影响的蛋白质通过质谱法或Edman 测序法进行鉴定，为研究表型突变背后的生化过程提供有价值的信息。 Santoni等对模式植物拟南芥发育突变体的总蛋白质进行了分析，结果显示突变体具有与野生型植物不同的独特的2D-PAGE 图谱，并且得到了与下胚轴长度有关的一个肌动蛋白的同源异构体。 Herbik等分析了野生型和缺铁突变体番茄的蛋白质2D-PAGE 图谱，鉴定了参与无氧代谢和胁迫防御的几种酶，如甘油醛-3 -磷酸脱氢酶、甲酸脱氢酶、抗坏血酸过氧化物酶、超氧化物歧化酶、质体蓝素等，并分析了这些酶在获得铁的过程中的功能。 Von Wiren 等（比较了野生型和铁摄取缺陷型突变体玉米的蛋白质2D-PAGE图谱，确定了4 个与铁离子跨膜运输有关的多肽。 Komasu 等比较了水稻绿苗和白化苗的蛋白质2D-PAGE 图谱，发现了在绿苗中参与光合作用的蛋白质，而白化苗中仅有此蛋白质前体。而抗坏血酸过氧化物酶只在白化苗中存在，说明抗氧化酶在白化苗中起细胞保护功能。 3.2 植物环境信号应答和适应机制蛋白质组学 3.2.1 非生物环境因子蛋白质组学研究 在植物的生存环境中，一些非生物因子胁迫，如干旱、盐渍、寒害、臭氧、缺氧、机械损伤等，对植物的生长发育和生存都会产生严重影响。这些胁迫可以引起大量的蛋白质在种类和表达量上的变化，而蛋白质组学研究可以使我们更好地了解非生物胁迫的伤害机制以及植物对非生物环境的适应机制。 Salekdeh 等研究两个水稻品种干旱胁迫下以及恢复灌溉后的蛋白质组。分析叶提取物电泳胶上的1000 多个蛋白点，发现有42个蛋白点的丰度在干旱胁迫状态下变化明显，其中27个点在两个品种中显示了不同的反应方式。恢复正常灌溉10d 以后，所有蛋白的丰度完全或是在很大程度上恢复成与对照一样。 Costa等发现海岸松中38个受干旱影响的蛋白质，其中24个由干旱诱导，并且不同基因型对干旱胁迫的反应差别很大。 3.2.2 生物环境因子蛋白质组研究 植物的生长发育不仅与非生物因子密切相关，还受到生物因子如动物、植物、微生物等的极大影响。例如，当植物受到竞争、动物取食、微生物共生或寄生、病菌侵害时，植物将改变体内蛋白质的表达和酶类的活性等来完成这些信号的感应、传递以及生物学效应的实现。因此，通过对蛋白质的研究有助于人们更好地了解生物之间的相互作用机制。目前关于非生物因子对植物影响的蛋白质组学研究主要集中在植物与根瘤菌以及植物与菌根真菌的共生关系上。 众所周知，根瘤菌与植物相互识别后，进入植物细胞内变成具有固氮能力的类菌体。类菌体周隙是类菌体周膜与细菌质膜之间的间隙，是共生体成员之间交换代谢产物的媒介。Saalbach 等用蛋白质组分析的方法，鉴定了PBM 与PS 中的蛋白。结果表明PS 甚至PBM的制备物中含有大量的类菌体蛋白。有趣的是，除了一些PS /PBM 蛋白，还有许多内膜蛋白，包括V-ATPase，BIP 和一个完整的’COPI-coated vesicles的膜蛋白存在于PBM，这证明了PBM 是由宿主细胞的内膜系统产生的。 Wienkoop和Saalbach选取豆科模式植物日本百脉根，用蛋白质组学的手段研究PBM的蛋白质组。通过纳米液相色谱分离多肽，然后用串联质谱进行分析。检索非丰度蛋白数据库和通过串联质谱得到的绿色植物表达序列标签数据库，鉴定了大约94个蛋白，远远多于迄今为止所报道的PBM 蛋白的数目。特别是一些膜蛋白得到检测，如糖和硫酸盐转运子、内膜联合蛋白和囊泡受体、信号相关蛋白。通过非变性凝胶电泳分析了两个特征蛋白复合物。结果鉴定了PBM 中参与特定生理过程的蛋白和结瘤特异表达序列标签数据库中的PBM 蛋白质组。 3.2.3植物激素蛋白质组学研究 激素在植物一生中起着重要的调控作用，研究植物激素的信号传导和作用机理是蛋白质组学的重要组成部分之一。 Moons 等鉴定了水稻根中3个受ABA 诱导的蛋白质，其氨基酸序列测定确定其中2 个属于胚胎后期丰富蛋白的2 组和3 组，第三个未知。用ABA 处理水稻根并提取其mRNA，构建cDNA文库，然后用由氨基酸序列推导出的寡核苷酸做探针进行筛选，分离到了相关的cDNA，但在cDNA 数据库中找不到与之相同的序列。通过在基因组DNA 文库中筛选及免疫杂交分析，表明这是一个新的基因家族，编码高度亲水具有双重结构域的蛋白质，并被ABA 诱导在不同组织中表达。 Rey 等在马铃薯的叶绿体中发现了一个受干旱诱导的蛋白质，没有已知的蛋白质与之相同。利用N-端序列制备的血清在叶子cDNA 表达文库中筛选，分离到了新的具有典型硫氧还蛋白特征的cDNA 序列，并被硫氧还蛋白活性的生化实验所证实。 3.3 植物组织器官蛋白质组学 对于植物来说，蛋白质组学上的差异不但存在于不同基因型以及同一基因型的不同植株之间，也存在于同一植株的不同组织和器官之间。在植物的发育过程中，不同组织和器官在功能上的分化，也表现在不同器官蛋白质的组成和数量的差异上，蛋白质组学的研究有助于我们对植物发育过程机制的理解。 Tsugita 等用2D-PAGE分离了水稻根、茎、叶、种子、芽、种皮及愈伤组织等部位的蛋白质，总共得到4892个蛋白点，其中3%的蛋白质得到了鉴定。对水稻胚、胚乳、叶鞘和悬浮细胞蛋白质组学的研究也取得了进展，并且水稻的蛋白质数据库已经建立。其它组织和器官，如拟南芥的愈伤组织和花粉，也有研究涉及。 3.4植物亚细胞蛋白质组学 植物的蛋白质组学研究目前已经深入到亚细胞水平，即研究在一个细胞器内表达的蛋白质组。研究比较多的细胞器是叶绿体。据估计高等植物大约共有约21000 到25000个蛋白质，叶绿体的蛋白质占其中10%~25%，充分证明了叶绿体在植物细胞中的重要性。另外，关于线粒体与细胞壁的研究也有报道。 peltier 等利用2D-PAGE、质谱及Edman N-端序列测定等方法，系统地分析了豌豆叶绿体中类囊体的蛋白质，并在数据库中进行了搜索，鉴定了61个蛋白质，其中33 个蛋白质的功能及功能结构域得到了确认。 Yamaguchi 和Subramanian利用2D-PAGE、色谱、MS、Edman 测序等多种方法鉴定了菠菜叶绿体中的核糖体30S和50S亚基的蛋白质。发现菠菜的质体核糖体是由59 个蛋白质组成的，其中O# 个与大肠杆菌有同线性，而6 个是非核糖体质体特异性的蛋白质。 Peltier等通过蛋白质组分析法与基因组预测筛选法结合，研究拟南芥叶绿体类囊体基质蛋白质组。通过双向电泳分离类囊体可溶蛋白质，再用质谱进行分析鉴定。鉴定了81 个蛋白，用N-端测序对蛋白质的定位进行预测。通过实验数据修正所鉴定蛋白的基因注释，发现了一个有趣的选择性重叠。实验中还发现了大量同源基因的表达。研究表明基质蛋白质组的主要功能包括帮助折叠，催化类囊体蛋白的水解和抗氧化。 包含总结汇报、资格考试、旅游景点、办公文档、专业文献、人文社科、考试资料、文档下载以及植物蛋白质组学研究进展等内容。本文共2页
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