VMD能建立多晶用户模型建立么

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2016-12-16 16:09 标签： 模型建立
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VMD中两个模型如何合并，输出为lammps可以使用的文件？
我最近要建一个碳纳米管，在碳纳米管的末端建一个水盒子的模型，怎样把两个模型合并通过writelammpsdata **.data将两个模型输出到一个文件中？因为每次输出的时候只能输出顶层的分子信息。谢谢~
两个模型都是在VMD中建立的，一个是碳管，一个是水盒子，还没有生成pdb格式。我想输出为lammps可以用的data文件格式。
可以在最后部分加上两句话。
package require topotools
topo writelammpsdata mydata.lmp full
谢谢~我还麻烦请问一下 对topotools中的topo deldihedral命令总是无法实现，报告错误，这个命令怎么使用呀？
麻烦你问问题的时候，陈述的完整一些。
比如，错误是什么？你的操作又是什么？
总之，如何reproduce你的错误。:)
抱歉我没有表述清楚~我建了一个碳管和在碳馆末端建了一个水盒子，我把两个分子合并起来了，我用topo writelammpsdata myfile.data输出，但是我不希望输出碳管中碳碳间的二面角和键的信息，所以想在输出前把成键和二面角信息删除，但是运用topo deldihedral命令时无法实现，说是不正确的命令。
如果是去除健bond，二面角dihedral和improper的话，得用这些命令
topo clearbonds
topo cleardihedrals
topo clearimpropers
以此类推，去除角的话，就是topo clearangles
之后，在topo writelammpsdata data.lmp full
非常感谢你，我当时使用命令的时候没有在clearbond后面用复数导致了命令的错误。;)
再请教一个问题，我建立了一个碳管，我用topo atomtypenames 命令知道原子的名称是CA，但是我想使用PIS作为原子类型的名称，我该采用什么命令呢？
你可以先选中你要的原子,在修改名字。
set sel&&// 选中类型为1的原子
$sel set name PIS // 设定选中的原子名字为PIS
:hand: 非常感谢你
请问，我要建立双层纳米管或者一个单层纳米管加一个石墨烯平板 可以用你这种方法吗？
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lvupUID82037 葱籽2313
发表于 13-4-12 23:48
本帖最后由 泉泉 于 13-4-12 23:52 编辑
尊重动作数据的制作者，我将把原始的配布地址链接分享给大家。
每个VMD动作数据都配有MP3音乐，很难收集呀！
1【ふわりクレヨン】
VMD动作数据【】
视频预览【】 2【スノートリック】
VMD动作数据【】
视频预览【】 3【Byba Maniacs】
VMD动作数据【】
pass:bonmisu
视频预览【】 4【Electric Love】
VMD动作数据【】 5【積乱雲】
VMD动作数据【】
视频预览【】 6【君がそばにいるように】
VMD动作数据【】
视频预览【】 7【ゆめゆめ】
VMD动作数据【】
视频预览【】 8【こっち向いてBaby】
VMD动作数据【】
pass:mikumiku
视频预览【】 9【マイルームディスコナイト】
VMD动作数据【】
四人舞蹈，很遗憾我不知道密码，大家只能自己去找了。
视频预览【】 10【パズル】
视频预览【】
百度网盘下载（配有MP3音乐） 游客，如果您要查看本帖隐藏内容请
追加两个动作
11 薛定谔的小猫
下载链接【http://bowlroll.net/up/dl10697】
pass：SHMotion
视频预览【http://www.nicovideo.jp/watch/sm】
12 HeartBeats
下载链接【http://bowlroll.net/up/dl14423】
巡音流歌 音源
我不知道你用的什么电脑。同样的链接。ファイル名 ： リップ付きモリガンミクマニアックス.zipファイルサイズ ： 805.6 KB
http://bowlroll.net/up/dl13387
里面只有2个Vmd+一个Readme
こっち向いてBaby 这个好像早就配布了。
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葱籽 + 40&
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lvupUID91707 葱籽251
发表于 13-4-12 23:58
非常感谢楼主分享
积分193在线时间23 小时精华0阅读权限10主题帖子UID79085 葱籽12
酒瓶0 注册时间12-10-3
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lvupUID79085 葱籽12
发表于 13-4-13 00:20
主要看看曲子
大叔追随者
积分118在线时间28 小时精华0阅读权限10主题帖子UID62990 葱籽63
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lvupUID62990 葱籽63
发表于 13-4-13 00:41
好东西～～～
积分4490在线时间679 小时精华0阅读权限30主题帖子UID82258 葱籽1889
酒瓶0 注册时间12-10-27
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lvupUID82258 葱籽1889
发表于 13-4-13 01:15
感謝分享！mp3真是幫助大了！
积分1477在线时间484 小时精华0阅读权限20主题帖子UID80884 葱籽878
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lvupUID80884 葱籽878
发表于 13-4-13 01:21
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lvupUID62990 葱籽63
发表于 13-4-13 01:45
那个要密码的密码好像是&&マイルームディスコナイト&&这个的平假名········好吧，谁能把它弄成平假名
积分4490在线时间679 小时精华0阅读权限30主题帖子UID82258 葱籽1889
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lvupUID82258 葱籽1889
发表于 13-4-13 02:19
Sunny_Day 发表于 13-4-13 01:45
那个要密码的密码好像是&&マイルームディスコナイト&&这个的平假名········好吧，谁能把它弄成平假 ...
まいるーむでぃすこないと
解壓成功了！
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lvupUID93198 葱籽10
发表于 13-4-13 02:35
好好好好好好好好好好
总评分:&葱籽 -5&
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酒瓶25 注册时间12-4-20
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lvupUID47284 葱籽5239
发表于 13-4-13 02:36
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lvupUID87265 葱籽61
发表于 13-4-13 02:54
感谢楼主分享~~
积分118在线时间28 小时精华0阅读权限10主题帖子UID62990 葱籽63
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lvupUID62990 葱籽63
发表于 13-4-13 03:08
chen014126 发表于 13-4-13 02:19
まいるーむでぃすこないと
解壓成功了！
为什么我是错误啊·····
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酒瓶0 注册时间12-3-16
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lvupUID43743 葱籽1014
发表于 13-4-13 08:30
不管怎样 先看看歌曲如何把
积分680在线时间135 小时精华0阅读权限20主题帖子UID71405 葱籽621
酒瓶1 注册时间12-8-18
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lvupUID71405 葱籽621
发表于 13-4-13 08:32
Electric Love终于找到这货了
积分4480在线时间1219 小时精华0阅读权限30主题帖子UID47363 葱籽4677
酒瓶134 注册时间12-4-20
黄黄的空间明明很文艺（｀・ω・′
, 积分 4480, 距离下一级还需 220 积分
lvupUID47363 葱籽4677
发表于 13-4-13 11:57
感谢分享！！！
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我只围观不说话
时间多就耗着吧
橘子50个购入
每天都努力成长
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