DNA怎样形成茎环结构与发夹结构构

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2016-12-11 11:49 标签： 单链dna的发夹结构
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【求助】关于这几个名词：回文序列，茎环结构，发夹结构
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这个帖子发布于11年零97天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
这几个词的关系我一直都弄不太明白发夹结构是存在于蛋白质中的吗，DNA中也有吗？怎么样就会在DNA中形成hairpin的结构呢，要在同一条链的前后有对应的互补序列对吗？回文序列是形成的条件吗？
不知道邀请谁？试试他们
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1. 回文序列回文序列是指DNA某一片段旋转180度后顺序不变的序列。回文序列中的单链可形成发夹结构，双链可形成十字架结构。2. 茎环结构和发夹结构（参考有关资料二者是指同一回事！）是指单链核酸在序列上存在局部互补关系，在一定条件下互补形成双链，非互补区域突起形成单链，根据其形态称其为茎环结构或发卡结构。
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为什么回文序列就可以形成发夹结构呢？这一点我想不明白像AGGCTTCGGA是回文序列吧 它怎么能局部互补呢
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AGGCTTCGGA不是回文序列，AGGCTAGCCT才是回文序列，看下面两条链的配对：AGGCT|AGCCTTCCGA|TCGGA沿着两条坚线旋转后，是不是可以重合？所谓回文序列，就是指反向重复序列，“DNA 序列中，以某一中心区域为对称轴，其两侧的碱基对顺序正读和反读都相同，即对称轴一侧的片段旋转 180 °后，与另一侧片段对称重复。 较长的回文结构，在某些因素作用下，可形成茎环式的十字结构和发夹结构。功能还不完全清楚，但转录的终止作用与回文结构有关。 较短的回文序列，可作为一种特别信号，如限制性核酸内切酶的识别位点。”以上来自
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关于丁香园　　& 免疫球蛋白和T细胞受体的可变区的重组过程－，是一系列按部就班的步骤。一些步骤是DNA的发夹结构在variable
(V)，diversity (D) or joining (J) elements的末端形成。随后这些发夹打开，末端通过NHEJ（non-homologous
end joining）途径聚合在一起。
尽管已知所谓的RAG复合物能够产生发夹，但打开发夹的机制还不清楚。Klaus
Schwarz, Michael Lieber and colleagues 在Cell上的报道发现一个蛋白Artemis与此过程有关。不仅如此，他们还发现Artemis被一个NHEJ途径的元件DNA－PK
cs－DNA依赖激酶的催化亚基调控。
&&& 缺乏DNA-PKcs的小鼠表现出与缺乏Artemis的人类细胞同样的表型，这让研究者猜想这两的蛋白之间有某种联系，或者是呈复合物作用的。他们在体外和体内都确实发现了它们是可以形成复合物的。
研究者接着研究它们的活性是否可以相互影响，他们发现Artemis单独是5－3外切酶的活性，但加入DNA-PKcs后，变成了内切酶的活性，在单链DNA和双链DNA的接头处切割。
&&& 因为缺乏DNA-PKcs或Artemis的小鼠不能完成V(D)J
recombination重组的发夹打开步骤，所以研究者接着研究DNA-PKcs－Artemis复合物是否作用于发夹结构。Artemis单独的条件下没有活性，而在DNA-PKcs存在时即可以切开发夹结构。研究者用三种不同的条件都发现Artemis－DNA-PKcs复合物能够打开RAG复合物形成的发夹结构。
用研究者的话，这是第一次用脊椎动物的核酸酶在含镁离子的溶液中打开RAG复合物形成的DNA发夹结构。
ORIGINAL RESEARCH PAPERS
Ma, Y. et al. Cell 2002 March 1 (DOI
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关于DNA分子的问题DNA分子有两条链,那么如果在解旋后单链的DNA应该是一个分子还是两个分子?DNA的碱基序列一定是正反互补的吗?（3‘-5’,5‘-3’两个方向）发卡结构是不是普遍可以形成的?
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从头开始回答吧.“在解旋后单链的DNA应该是一个分子还是两个分子?”——每条单链都是一个分子,一共是两个分子.“发卡结构是不是普遍可以形成的?”——发夹结构是普遍存在的.只要满足一定区域内的碱基互补的条件,单链分子都可以形成发夹结构,无论DNA还是RNA.DNA发夹结构较少因为DNA以双链存在,单链DNA（比如病毒DNA及DNA因复制或其他原因暂时解旋成单链时）同样存在发夹结构.即使是双链DNA,也可以局部形成发夹结构,形成分子内或分子间的三链.“DNA解旋以后单链是不是可以正反互补?”——双链解旋后,这两条单链是正反互补的.“两条链是不是一样的碱基排序?”——重点说一下这个.与其他人看法相反,很遗憾,从你的描述来看,我认为你的想法并不正确.不一定是一样的碱基排序.第一链的5'-3'的序列,与第二链的5'-3'序列不一定是相同的,与第二链3'-5'也不一定是相同的.最极端的例子,一条链是AAAAAA,那么其互补链是TTTTTT,这无论从哪个角度说,明显不可能是一样的碱基顺序.只有完全回文结构的DNA,两条链的同一方向才能是一样的碱基排序,比如5'-GGTACC-3',其互补链是3'-CCATGG-5',这两条链的5'-3'序列是相同的.天然DNA都很长很长,局部回文比较普遍（这也是发夹结构的必要条件）,而完全回文是不可能的.所以双链解旋后,单链DNA只有局部能形成双链结构（发夹）,而其他部分只能以单链形式存在.如有问题或者我有误解,欢迎继续追问=)
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DNA分子有两条链，那么如果在解旋后单链的DNA：DNA解旋是复制一部分，解开一部分，就是说其实还是双链DNA分子，只是一部分成为单链而已，不会一起解开，不然工作量太大了，形成新的DNA后又结合在一起，转录过程类似…DNA的碱基序列一定是正反互补的：沃森-克里克提出双螺旋结构的要点之一就是两条单链反向平行…发卡结构不是普遍可以形成的：转录终止的一种方式是形成发卡结构，还有就是tRNA存在发卡结构…...
DNA是双螺旋结构，解旋后是两个单链分子。两个碱基一定配对，方向可以换
DNA分子有两条链，在解旋后单链的DNA是两个分子，并且这两个分子叫做DNA单链分子。这两条DNA的碱基序列一定是正反互补的，就是您所说的3‘-5’，5‘-3’两个方向发卡结构是单链DNA或者RNA 形成的特殊结构，在tRNA和rRNA中普遍存在，在DNA中很少有。
DNA解旋以后单链是正反互补的，你的想法是正确的...
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