测序仪知识大全,测序仪—生物秀
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日前，国家发改委发布了《关于促进医药产业健康发展的指导意见重点工作部门分工方案》（下称《指导意见》），旨在推动我国医药产业持续健康发展，其中重点任务之一是加快医疗器械转型升级，推动高通量基因测序(high-throughputgenomesequencing)仪等体外诊断设备和配套试剂产业化。测序技术从一代发展至三代，经历了Sanger、Roache、I………
精准医疗是未来医疗的发展方向，基因测序作为精准医疗的入口，在今年两会期间引起高度重视。我国的基因测序行业还处于起步阶段，政策方面经历了灰色地带到全面叫停，从2014年下半年开始，逐渐破冰。随着我国人口的老龄化，肿瘤等的发病率的提高，医疗需求也将继续增加，基因测序在我国有着广阔的发展前景。2008年，二代测序技术NGS的出现和推广，让测序成本开始加速下降，并明………
这是一种国际上认为不适合基因检测的模式，却是中国市场证明行之有效的基因检测模式，现在，国际社会开始重新认识并推广这种称为IVD(InVitroDiagnostics,体外诊断)的产品模式。4月，世界银行邀请贝瑞和康CEO周代星参加一个在华盛顿举行的高通量测序及医学检验研讨会议，贝瑞和康是一家成立仅六年、在无创产前检测排名第一的中国基因检测公司。周代星在世行会………
基因产业正受到前所未有的重视。今年，精准医学不仅被纳入“十三五”规划，作为精准医学的“排头兵”，基因组学也被纳入“十三五”百大项目名单，要“加速推动基因组学等生物技术大规模应用”。对著名基因组学专家、中国基因组学奠基人于军教授来说，基因组学引领的技术应用得到如此重视，既让他感到欣慰———20多年前他参与的“人类基因组计划(genomeproject)”，今………
21小时47分12秒，这组数据被定格为了千人全基因测序的“中国速度”。4月20日，来自“华大基因”的公号发出了一则消息：“华大基因、阿里云和安徽医科大学在深圳、杭州、合肥共同宣布，基于华大基因开发的新一代基因元计算平台BGIOnline，在21小时47分12秒内完成了1000例人类全外显子组数据的分析。”据了解，此次“千人基因组”项目共处理了1000份人类全………
日，国家食品药品监督管理总局(CFDA)经审查，批准了BGISEQ-1000基因测序仪、BGISEQ-100基因测序仪和胎儿染色体非整倍体(T21、T18、T13)检测试剂盒(联合探针锚定连接测序法)、胎儿染色体非整倍体(T21、T18、T13)检测试剂盒(半导体测序法)医疗器械注册。这是国家食品药品监督管理总局首次批准注册的第二代基因测序…………
图片说明：新方法测序无需进行DNA扩增。（图片来源：Getty）美国Helicos BioSciences公司研究人员近日称，他们开发出了一种新型的测序设备&&单分子DNA测序仪（single-molecule DNA sequencers）。该仪器能够&阅读&单分子DNA的单个碱基。相关研究文章发表在4月4日………
据日本共同社报道，日本理化学研究所基因组医科学研究中心日前通过新一代DNA测序仪成功绘制出首份日本人基因组图谱。该成果10月24日发表在美国《自然&遗传学》杂志网络版上。DNA一共有4种碱基排列组合，人类大约有30亿对碱基对。新一代测序仪可将DNA进行极其精细的切片，对大量切片同时进行高速测序。研究人员采用美国illumina公司的仪器，从一名日………
研究人员在日前在线出版的《自然&方法学》期刊报告说，下一代的测序仪将能够读出单个细胞的全部核糖核酸分子池（RNA pool），即转录组。转录组提供了有关活性基因的功能、调控和互相依赖的信息。最近，研究人员们将高通量测序仪应用于转录组分析（RNA-Seq），新方法让研究人员能够更为详细地了解有多少基因组被转录、每个基因产生了多少RNA变异。这种转录………
美国食品和药物管理局（FDA）近日宣布，计划将规范成千上万的诊断测试，包括来自基因检测领域的许多重磅研究，长久以来，美国FDA对它们也是睁一只眼，闭一只眼。现在美国FDA将采取相关行动以此规范这一市场。在美国，有超过2000家的独立实验室进行着11000多项的检测，它们即将进入到FDA的规范化文件中，FDA将会把这份文件上传至国会，从而使其具有法律约束力。&…………
继国家食品药品监督管理总局（CFDA）首次批准基因测序产品三类医疗器械注册证之后，近日，卫计委评估公布了第一批高通量测序技术临床应用试点单位，此前两家获得二代测序注册证的华大基因和达安基因再次入选，即将开展产前筛查与诊断专业试点。这是今年基因测序市场上的又一重大事件，卫计委的这次评估将直接关系到基因测序及相关申报单位能否进入医疗系统，真正用于临床。这次评估是…………
[基因测序重启：狼来了还是粮来了(基因测序,华大基因,测序仪,临床,基因,全基因组测序,阳性)]
最近，两款来自华大基因的仪器成为中国监管部门首次批准注册的第二代基因测序诊断产品。对此，外界褒贬不一。 ■本报见习记者 赵广立 今年2月的一纸禁令，让中国无创基因产前检测市场突然陷入&休克&。 孰料4个多月后，峰回路转。最近，国家食品药品监督管理总局在官网上发布消息称，已批准BGISEQ-1000基因测序仪、BGISEQ-100基因测序仪和胎儿染色体非整倍体检测试剂盒、… [关键词……
[DNA测序仪市场遭遇冬天 削减研究经费所致(测序仪,经费,加州,测序,基因组,基因,荧光)] 本报讯（记者王丹红）DNA测序仪目前主要供研究之用，是生物学家们所能购买的最昂贵仪器之一，然而，在美国政府削减研究经费且未来的经费前景也不容乐观之际，许多研究机构正暂缓购置设备，仪器生产商受到重创。据《自然》杂志在线新闻报道，在经历了2011年第三季度市场销售下滑后，许多测序仪制造商开始裁员和削减成本，同时寄希望于医学诊断需求的扩大能有助于市场的繁荣。迄今为止，DNA测序仪制造商或测序服务在美国的… [关键词:……
[北大谢晓亮教授：单分子技术透视生命之谜(单分子,染色体,透视,基因,基因组,癌症,测序仪)] 年，由北京大学多个研究团队合作完成的世界首个高精度人类男性和女性个人遗传图谱相关论文相继发表于《科学》和《细胞》杂志。这一工作采用的单细胞DNA扩增技术MALBAC，与以前的技术相比,该技术将单细胞全基因组测序的精确度大幅度提高，以至于能够发现个别细胞之间的遗传差异。MALBAC技术是由北京大学生物动态光学成像中心（BIOPIC）主任、哈佛大学终身教授、美国科学院院士谢晓亮… [关键词:单分子……
[任鲁风：做中国的基因测序仪(基因,测序仪,基因组,基因芯片,基因测序,经费,病毒)] 任鲁风&这一个项目我做了7年，这辈子能做几个这样的项目？它就像我的孩子一样，对于自己的孩子，哪怕再难、再苦我都要坚持。&■本报见习记者 郭爽&做科研就不能怕走弯路，我跌跌撞撞地走了这么多年，只是为了基因测序技术的国产化，哪怕没有资金和支持，我也要坚持做下去，因为这是我的&孩子&。&说这话的人是中国科学院北京基因组研… [关键词:基因 测序仪 基因芯……
[斯坦福教授获Lemelson-MIT发明大奖(斯坦福,奖金,发明人,基因组测序,测序仪,商业化,基因)] 据国外媒体消息，久负盛名的Lemelson-MIT发明大奖日前揭晓，斯坦福大学生物工程与应用物理学教授、HHMI研究员斯蒂芬&奎克（Stephen Quake）获得2011年度大奖，奖金50万美元。Quake教授的主要贡献在于将集成芯片的原理和技术成功地应用于生物学和医学研究。Quake在以前的采访中曾经说过：&我对测量各种各样有趣的东西很有兴趣，而且经常发现测量技术可以………
[基因测序仪打开国产化大门(测序仪,基因,基因测序,测序,资本,生物信息,试剂)] 基因测序 图片来源：雪球网在新的产业格局下，进一步推动基因测序技术产业的协作，已成为业内共识。多位专家表示，我国基因测序产业需要政策、资本、技术等各方面的共同努力，加强基础研发与应用领域的密切沟通，联合推动方能促进产业快速发展。■本报记者 李惠钰 见习记者 郭爽日前在&中科紫鑫BIGIS二代测序系统推介会&上，全场所有人都将目光锁定在我国第一款具有自主知识产权的… [关键词:测序仪 基因测序 测序……
[基因测序仪成人类“解密神器”(基因,测序仪,基因测序,大肠杆菌,疫情,疾病,个体化医疗)] 定制型基因诊断 图片来源：昵图网■本报见习记者 王庆神器，网络热词之一，形容特别好用的工具。目前，基因测序仪可谓生命科学的神器，帮助人们越来越快速准确地解开生命的奥秘，并影响着人们的生活。拉登被击毙后，如何确定死者就是其本人？德国暴发大肠杆菌(Escherichia coli)疫情背后的元凶是谁？怎样为不同患者有针对性地治疗？这些看似不相干的问题，基因测序仪都可以帮助人们找到答案。据透露，生物产业… [关键词:基……
[中国首个单分子测序仪样机发布(测序仪,单分子,医院,临床,基因,疾病,病毒)] 本报讯（记者赵广立）在10月27日南方科技大学举行的&基因组测序技术进展国际研讨会&上，深圳市瀚海基因生物科技有限公司发布了其自主研发的单分子基因测序仪&GenoCare&原理样机。据瀚海基因创始人兼CEO、南方科技大学副教授贺建奎介绍，这是亚洲首个具有自主知识产权、中国第一台制成样机的第三代测序仪。与已应用于临床的（第二代）基因测序设备相比，… [关键词:测序仪 单分子 医院……
[中国首个单分子测序仪样机发布(单分子,测序仪,测序,基因,临床,医院,基因测序)] 本报深圳10月27日讯 记者赵广立 今天，在南方科技大学举行的&基因组测序技术进展国际研讨会&上，深圳市瀚海基因生物科技有限公司（下简称&瀚海基因&）发布了其自主研发的单分子基因测序仪&GenoCare&原理样机。据瀚海基因创始人兼CEO、南方科技大学副教授贺建奎介绍，&GenoCare&是全球首个… [关键词:单分子 测序仪……
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电话：021-对于不同测序长度、不同测序样本量的最佳测序方案比较
对于不同测序长度、不同测序样本量的最佳测序方案比较
根据对于单个样本所需检测的基因范围分三档
测序范围&&=
100Kb，推荐用Sanger法测序
500Kb &= 测序范围 &
100Kb，推荐用扩增子法测序
200Kb & 测序范围 &=
100Mb，推荐用目标区域捕获测序
根据上面的分法，经济比较
Sanger法测序，适用范围：测序范围长度 &=
用传统sanger法测序，
每500bp测一对来回，每个测序20元（PCR +
sanger测序）。
每个样本的测序成本： * 20 =
4000元/样本。
数据分析，500元/样本
再加一点人工，总成本4500元/样本以内就完成了。是优势选择。
用高通量测序，建库2000元/样本，再加测序的上机费元/样本，还有二代测序必须的生物信息分析费，成本上不占优势。高通量测序在此的唯一的优势，是可以在一个试管中完成PCR，减少起始样本（DNA）用量
二代测序，适用范围：500Kb &= 测序范围长度
用扩增子（Amplicon）法测序
以200Kb，100样本为例
引物及PCR，设计多重PCR引物，每个扩增子约150Bp的长度，总120000元，分摊到每样本，1200元
PCR反应，成本 20元/样本
建库，2000元/样本
Miseq平台，5G数据/run，26500元/run
如果一次跑一个run，测24个样本，每个样本的测序部分的成本：4元/样本
如果一次跑超过24个样本，测序成本可以进一步分摊
数据分析， 500元/样本
1200 + 20 + 2000 +
1104 + 500 = 4824元
数据的覆盖深度：
Miseq平台，
PE 2*250 测序模式
总共5G数据/Flowcell，
分到24个样本，最多可到96个样本
被测范围， 200Kb
覆盖深度，5,000,000,000/24/200,000 =
1041倍覆盖；如果是96个样本，5,000,000,000/96/200,000
314芯片（也可以选用316/318等芯片，只有通量差别，没有质量差别）
分到4个样本
每个314芯片的数据产量0.1G
被测范围200Kb
覆盖深度，100,000,000/4/200,000=125倍
扩增子测序是100Kb~500Kb测序长度范围内的优势选择
用sanger法测序，200000 / 500 * 2
*30=24000，成本过高，不可行
用捕获测序，约元，较贵，且操作复杂，分析也复杂，
扩增子测序的限制因素：扩增子测序前一步要做多重PCR，到目前为止，多重PCR扩增效率的一致性一直是大难题。扩增子越多，不均一性越高。这使用大于500Kb的范围的测序，很难用扩增子测序的方法做好。
目标区域捕获法测序，适用范围：100Kb
& 测序范围 &=
用捕获法测序
采购捕获试剂盒，
Nimblegen的SeqCap
EZ Choice Library, 96 Reaction，USD30000
折合含25%税的每反应人民价格：*1.25/96=2421元/反应
建库，捕获反应
2000元/样本
捕获操作，
3000元/样本
测序，Hiseq
2500 Rapid PE150测序（临床样本追求速度，Rapid快，只用2天测序，比Hiseq
2000 high throughput PE100 的11天更合适），
每个Flowcell, 75G PF data
一次每个样本测2G PF data
一个Flowcell，24个样本，因为样本之间在测序过程中的相互竞争，所以上样按每个样本3G上样，这样可以保证大部的样本可以得到2G以上的数据。24*3=72G
测序深度，假设捕获区间为7M，捕获的效率为65%（有35%为非特异的片段），2,000,000,000
* 0.65 / 7,000,000 = 185倍，符合绝大多数的检测需求
测序成本，每个Hiseq 2500 rapid PE100
flowcell，8万元，分摊到24个样本，3元/样本
假设：2000元/样本
总成本：捕获试剂
+ 捕获操作 + 测序 + 数据分析 = 2421 +
2000 + 3000 + 3333 + 2000 =
12754元/样本
捕获测序是优势选择
扩增子测序，因为其测序所需的多重PCR的中的扩增子过多，所以不可行。并且Miseq或PGM的数据产量也不能很好地覆盖被测样本。
所用时间比较
sanger法，如果同步进行，10Kb以内的范围，可以在1~2天内完成
扩增子法，PCR用0.5天，建库2~3天，测序1~2天，数据分析2~3天，最快1周出结果
捕获法，建库2~3天，捕获2~3天（杂交反应，必须慢，没法更快），测序2~3天，数据分析2~10天，最快10天出结果
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以上网友发言只代表其个人观点，不代表新浪网的观点或立场。　　Monica HEGER供稿德国哈雷市（Halle）马丁•路德大学的研究人员已经开发出适用于低通量台式仪器的基因分型测序法，如Life Technologies的Ion Torrent PGM，他们认为，这种方法可以应用到非模式生物的群体研究中，并可能取代常规的方法，如微卫星基因分型法。并未参与这项研究的美国得克萨斯州AgriLife研究所基因组学和生物信息学主任查尔斯•约翰逊（Charles Johnson）告诉“In Sequence”说，“这真是一种非常明智的方法，并且相当有用……”。这项名为RESTseq的方法适用于限制性片段测序，于本月初发表在“PloS One”期刊上，其与利用限制性内切酶从大量样本中对准所关注的目标基因组区的其他基因分型测序方法相类似。然而，不同之处在于它采用了两步限制性内切酶切割以减少测序的片段数。在第一步中，该小组采用一种通常能在整个基因组中进行切割的限制性内切酶，产生多个片段。随后，该小组在这些片段上连接了专用于PGM的测序适配器。为减少必须完成的实际测序量，其采用了第二种限制性内切酶，以减少文库大小，从而使PGM测序变得易于进行。
“通过采用多种限制性内切酶，我们极大地减少了文库，以便于分析]1000种以上的SNP”，马丁•路德大学生物研究所的研究员和论文资深作者埃卡特•斯托勒（Eckart Stolle）告诉IS，“我们采用条码适配器和合并序列对其进行扩增和测序。”斯托勒的团队首次证实，其分别采用TaqI和MseI作为第一种和第二种限制性内切酶，通过在两种蜜蜂样本中的应用，该方法是可重现的。此外，由于限制性内切酶能产生极短的片段，该小组还纳入了一项大小选择步骤，只选择约90个碱基的片段。在PGM 316芯片上对每个文库进行测序，产生了367万和271万reads数，其平均读长分别为83个碱基和86个碱基。在第一种限制性内切酶进行酶解后，99%的reads启动了正确的三联体。选择第二种酶以减少AT含量，由此研究人员发现，事实上，与蜜蜂基因组约32%的总GC含量相比较，这两个文库拥有更高的GC含量，约为44%。作者表示，“这种可能富含编码区的片段在筛选选择性群体模式时是非常可取的”。采用保守性设置，该研究小组发现，72%和77%的reads与基因组明确匹配，且分别以20倍和17倍的覆盖率覆盖了11.06和10.05的巨碱基。为了检验该方法在无参考序列条件下对基因组的分析能力，研究小组采用两个样本的reads进行了de novo组装，并发现，产生的contig（重叠群）覆盖了71%的参考序列，这证实“由于组装计算，de novo方法比基于参考序列的方法产生较少的共识序列，但对于生成高质量的声分析数据仍是可行的。”接下来，研究小组证明，该方法可以应用于无参考序列基因组的物种，在几种无刺蜜蜂基因组中进行检验。对此，斯托勒表示，研究小组只查看了一对位点，但展望未来，研究人员计划对更多个体和更多的SNP进行基因分型，“甚至希望扩展至整个基因组。”此外，斯托勒还说，其希望改进该方法，以便能够产生更少的片段。他说，“我们确实希望减少片段的数量，以便您能够以较少量片段终止，从而去完成小规模的基因分型，这与人们处理微卫星相类似。”微卫星基因分型取决于产生已知位点的标记引物。斯托勒认为，该技术经济划算且效果良好，但在生物体不具有标记引物的情况下（如其研究小组研究的多个蜜蜂物种），采用按比例减少的迭代RESTseq法似乎更具吸引力，因为该方法不要求具有基因组的先验知识。&“即使我们事先并未获得任何信息，只要我们制作了限制性文库，我们就能 （通过其他限制性内切酶酶解）减少文库，然后对其进行测序。”斯托勒说，“最终，该方法将逐渐取代微卫星基因分型法。”约翰逊说，其有可能对该方法进行检验，其认为该方法是对其他基因分型测序法（如RAD-seq）的“很好改进”。AgriLife研究所是德克萨斯农工大学体系研究所是德克萨斯农工大学体系内的一个农业和生命科学研究机构，目前进行了大量基因分型的测序研究项目，主要集中于植物基因组。约翰逊补充说，该方法的一个潜在问题是，其在高度重复的区域进行测序时可能会遇到麻烦。限制性内切酶将 “在这些重复区域内造成多个切口”。 约翰逊认为，这可能使该方法在植物应用中变得具有挑战性，如棉花和甘蔗，因为这些植物中具有一段很长的重复序列。约翰逊说，所有基因分型测序方法都可能存在这方面的问题，但研究人员已经获得一种解决办法，即采用甲基化敏感的限制性内切酶，由于这种酶只剪切转录活跃的区域，因而使该过程变得更为容易。约翰逊补充说，也可以在第二次酶解中与RESTseq试验方案一起使用这种酶，这将使其更适用于处理具有重复序列的物种。
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