某基因的RNA可以检测出有表达，但蛋白提取发现却没有，是什么原因呢(基因,蛋白提取,蛋白,基因表达) - DNA技术 - 生物秀
标题: 某基因的RNA可以检测出有表达，但蛋白提取发现却没有，是什么原因呢(基因,蛋白提取,蛋白,基因表达)
摘要: [某基因的RNA可以检测出有表达，但蛋白提取发现却没有，是什么原因呢(基因,蛋白提取,蛋白,基因表达)] 该基因的RT检测该基因表达了，但是提取蛋白的时候却发现没有相应的蛋白存在（对照有），请问是什么原因造成的该现象呢？如何进行进一步的针对这一现象的研究？谢谢。 关键词:[基因 蛋白提取 蛋白 基因表达 何进]……
该基因的RT检测该基因表达了，但是提取蛋白的时候却发现没有相应的蛋白存在（对照有），请问是什么原因造成的该现象呢？如何进行进一步的针对这一现象的研究？谢谢。
回复能否说的详细点!比如你的材料和对照有什么区别,经过什么处理RT检测的是全长还是局部,是否考虑过再用其他的方法再次对这一结论进行验证?等等讲得详细些,别人才能从中看出问题.进一步的研究问题就可以先停一下,先确定目前的情况是否属实,否则浪费精力还浪费钱!回复谢谢，材料中应该一个有蛋白，另一个没有蛋白表达。RT检测的是全长，也测序了。怀疑是翻译的过程中哪个地方有区别，但是不知道如何下手，有没有好的思路呢？回复怀疑假基因的存在，所谓假基因是由于某些原因使个别核苷酸突变，致使CDS区中间出现终止密码，自然就没有蛋白表达了。这在国际上早就有报道了。回复楼上所说确实是有这样的情况,首先应该分析你的测序的结果,看看在两个样品中mRNA水平是否有差异!同时确认你的蛋白的检测结果是否能够充分说明你的蛋白的表达情况,是纯粹的不表达,还是表达的是截短体(某些时候用抗体检验的时候,由于抗体识别位点的问题,会出现有截断表达而检测不出来的情况)可以用其他的方法在确认一下!进一步的工作应该在确定了以上的情况后再进行吧!回复恩 谢谢两位提的意见，我会做进一步的试验验证一下。测序结果表明表达的mRNA的序列完全一致，并没有发现有个别碱基的突变。我想知道如果排除上面两位提到的可能，就是基因有表达，但是蛋白却不翻译的话，请问该如何下手准备下一步的试验呢？回复如果是这样的话,我觉的这样的情况就比较有趣了!我说几点意见吧!~首先是不是应该看一下这个蛋白的降解速率的问题,也就是研究一下它的半衰期是不是有变化,半衰期的缩短使得蛋白的量降低以至于蛋白水平检测不出来.其次,是不是细胞自身的问题,比如自身的microRNA的调节作用使该蛋白的表达降低了!现在只考虑到这里,还请高手出场指点指点!回复恩 是啊 不知道从哪里下手往后面做了，即使翻译的时候有调控上的差别的话，也不知道从哪点下手研究，RNA OLIGO-A后面的序列不知道可以拿到么，用什么方法做呢？回复读码框两端的序列可以通过5"RACE和3"RACE完成回复3‘RACE只能到OLIGO-A，后面的序列怎么得到？回复microRN可以调节mRNA的翻译,楼主可以关注一下这方面的东西回复microRN可以调节mRNA的翻译,楼主可以关注一下这方面的东西
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电话：021-下面有关遗传信息的传递的说法正确的是A.在细胞的不同阶段，DNA携带的信息一般是不变的，而RNA和蛋白质的种类可以变化B.DNA→mRNA主要是在细胞核中完成的，mRNA→蛋白质是在细胞质中完成的C.转录时是A和U配对，翻译时是A和T配对D.tRNA是翻译的直接模板，DNA是最终决定蛋白质结构的遗传物质
下列说法“①任意两个正方形必相似；②如果两个相似三角形对应高的比为4：5，那么它们的面积比为4：5；③抛物线y=-（x-1）2+3对称轴是直线x=1，当x＜1时，y随x的增大而增大；④若
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；小题2:在图11-2中补全表示B品牌电视机月销量的折线；小题3:为跟踪调查电视机的使用情况，从该商店第四个月售出的电视机中，随机抽取一台，求抽到B品牌电视机的概率小题4:经计算，两个品牌电视机月销量的平均水平相同，请你结合折线的走势进行简要分析，判断该商店应经销哪个品牌的电视机．
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<meta name="keywords" content="甘蓝,BoNR1,非编码RNA,表达分析," />
核农学报&2011,&25(4)&700-703&DOI:
&&&&ISSN:&&CN:&11-2265/S
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甘蓝非编码RNA基因BoNR1的克隆与表达分析
宋江华1,2, 汪承刚2,3, 王素2,3, 单国雷1,2, 朱世东1,2
1. 安徽农业大学园艺学院,安徽 合肥 230036;
2. 安徽省甘蓝工程技术研究中心,安徽 合肥 230036;
3. 淮南市农业科学研究所,安徽 淮南 232052
非编码RNA是近年来新发现的一类在生物体内广泛存在、能够在生命活动中行使重要功能的特殊基因。根据普通白菜花粉特异的非编码RNA基因BcMF11的全长序列设计引物,通过PCR直接扩增的方法从甘蓝中克隆出BcMF11的同源基因BoNR1,该基因全长798bp,缺乏明显的开放阅读框,而且在序列中多处出现终止密码子。生物信息学分析发现,BoNR1具有非编码RNA基因的序列特征。RT-PCR表达分析结果显示BoNR1只在甘蓝花药中特异表达,推测该基因对调控甘蓝的花粉发育起作用。
MOLECULAR CLONING AND EXPRESSION PATTERN OF NON-CODING RNA GENE BoNR1 FROM brassica oleracea L. VAR. CAPITATA
SONG Jiang-hua1,2, WANG Cheng-gang2,3, WANG Su2,3, SHAN Guo-lei1,2, ZHU Shi-dong1,2
1. College of Horticulture, Anhui Agricultural University, Hefei, Anhui 230036;
2. Centre of Cabbage Technology, Hefei, Anhui 230036;
3. Institute of Agricultural Science, Huainan, Anhui 232052
Non-coding RNAs exist widely in organisms and play important roles in biological switching. BoNR1 gene, homologous to the BcMF11 encoding pollen-specific non-coding gene of Chinese cabbage,were cloned from Brassica oleracea L. var. capitata?by PCR amplification. BoNR1 gene has a total length of 798bp. Sequence analysis revealed that BoNR1 is a novel non-coding RNA gene containing a high density of stop codons and lacking any extensive open reading frame. RT-PCR analysis showed that BoNR1 was expressed exclusively in anther indicating that the ncRNA gene may act in pollen development in Brassica oleracea.?
Brassica oleracea&&
收稿日期&&修回日期&&网络版发布日期&&
国家自然科学基金()和安徽省自然科学基金()
通讯作者: 朱世东(1963-),男,教授,主要从事植物发育调控研究。E-mail: sdzhuaau@
作者简介: 宋江华(1980-),女,博士,副教授,主要从事植物发育调控研究。E-mail: jianghua_
作者Email: sdzhuaau@
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在生物体内性状的表达遵循“DNA→RNA→蛋白质”的表达原则，下面是几种与此有关的说法，你认为不正确的是
DNA与RNA上的碱基比值总为2，DNA：1B．“DNA→RNA”一般是在细胞核中完成的，“RNA→蛋白质”是在细胞质中完成的C．在同一个体不同的体细胞中在生物体内性状的表达遵循“DNA→RNA→蛋白质”的表达原则，DNA相同，下面是几种与此有关的说法，RNA和蛋白质不同D．在细胞的一生中，你认为不正确的是（ ）A．在细胞的一生中
提问者采纳
DNA数量一般不变，翻译（RNA→蛋白质）在细胞质的核糖体上进行，B正确，但是肯定大于2，D正确．故选，DNA的含量基本是不变的，很可能发生突变，而基因是选择性表达的；B，不同体细胞的RNA和蛋白质可能不同，由于基因的选择性表达，但是细胞分裂时增加，C正确：1，RNA和蛋白质种类和数量是可以改变，此外在细胞质的线粒体和叶绿体中也能进行，所以不同时期RNA含量不断发生变化，所以DNA与RNA上的碱基比值没有固定的值、转录（DNA→RNA）主要在细胞核中进行，由于细胞分化、同一生物体的细胞是由受精卵经过有丝分裂产生的A；C；D．在细胞的一生中、在细胞的一生中，不同体细胞中核DNA相同，A错误
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出门在外也不愁猪核仁小RNA和类mRNA非蛋白编码基因的鉴定、表达与功能初步分析--《华中农业大学》2010年博士论文
猪核仁小RNA和类mRNA非蛋白编码基因的鉴定、表达与功能初步分析
【摘要】：在猪的基因组中,除了传统的蛋白编码基因之外,还存在着一种以RNA形式直接行使功能的特殊基因——非编码RNA基因。由于其广泛参与细胞中的各种生命活动,近年来已成为研究热点。鉴于目前,人们的注意力高度集中于短链非编码RNA的状况,本研究将重点聚焦于猪核仁小RNA和mRNA-like两类新型非编码RNA上。主要采用cDNA文库构建与生物信息学预测相结合的方法,对新基因进行了分离,特性鉴定和表达模式检测,同时还对其功能分别做了初步的分析。主要研究内容和结果如下：
1猪两类非编码RNA新基因的分离与预测
在对核仁小RNA基因进行的研究中,我们以中外两猪种各三个不同发育时期背最长肌总RNA混合样品池为材料,利用人工接头配合聚丙烯酰胺凝胶电泳的方式,对特定分子长度的RNA进行分离、纯化,成功构建了一个核仁小RNA的特异性cDNA文库。在我们通过测序鉴定出65个全长目标基因的同时,还利用生物信息学方法预测得到了另外55个新的基因,最终,我们共计发现了120个猪核仁小RNA新基因。
在对mRNA-like非编码RNA基因的研究中,我们利用来源于全长非编码RNA数据库中的,共计512对进化保守的转录本作为种子序列,搜索具有同源性的猪源EST序列。经过软件拼接,我们初步得到了119条可能的候选基因拼接产物。接下来,在预先设定参数阈值的情况下,将所得序列再逐一经过DNA、mRNA以及蛋白序水平的3次检测,剔除具蛋白编码潜力的假阳性结果,最终得到了93个新的猪mRNA-like非编码RNA基因。
2两类非编码RNA新基因一级结构的特性鉴定
在核仁小RNA基因方面,我们对通过测序发现的65个全长基因的序列特征(包括长度、GC含量以及C、D、H和ACA box等4个结构元件的序列保守性等3个方面)做了统计与比较。结果发现：H/ACA类核仁小RNA的序列长度与GC含量分布均表现出取值范围窄但均值高的特点——这与C/D类宽且低的特点正好相反；另外,D和ACA box的碱基保守性也明显分别高于C和H box。
在mRNA-like非编码RNA基因方面,我们选择了8个代表性基因进行序列进化保守性分析,结果发现：猪mRNA-like非编码RNA总体上在不同物种间的保守性较低——仅在真兽亚纲动物,这一较窄范围内中表现出一定的序列相似性。
3两类非编码RNA新基因的染色体定位
对全体120个核仁小RNA新基因的染色体定位分析显示：共有91个新基因得以成功定位,其中9号染色体上包含了22个新的基因,而第2、5、18和Y染色体则没有发现任何定位结果。接下来,在综合考虑人类同源基因与相应宿主基因关系的基础上,我们将这91个基因根据其定位信息进行归纳,发现了9种不同的基因组织形式。
同时,借助已公布的猪基因组序列,我们成功将所有新发现mRNA-like非编码RNA基因中的72个进行了染色体定位。其中,1号染色体上定位了8个基因,为各染色体定位基因数量之首,同时,17号和Y染色体上却没有发现本研究涉及的各mRNA-like非编码RNA基因。
4两类非编码RNA新基因的功能分析
我们依据推定的猪各新核仁小RNA基因的引导序列,参考判断其特异性修饰位点的经验性原则,绘制出了猪U6 snRNA、5.8S和18S rRNA序列的修饰位点图,结果发现多数位点在物种间高度保守。
由二级结构预测与同源性比对结果,我们发现名称为sTF35495的mRNA-like非编码RNA基因可能编码—尚未在猪中验证过的微RNA——microRNA-568;同时,后续的RACE-PCR试验成功获得该基因长达3 kb的全长cDNA序列,对其进行的开放式读码框预测分析确未发现其具有说服力的蛋白编码证据。
5两类非编码RNA新基因表达模式分析
利用基因特异性引物逆转录所得的,不同猪种不同发育时期背最长肌的cDNA样品,我们定量检测了6个分别属于两类核仁小RNA目标基因的表达模式,结果发现：随着发育时期的推进,参与定量试验各基因的表达模式在两猪种间的差异明显。在湖北通城猪中,所有基因的表达量均呈现出先下降后上升的波浪式表达,而长白猪中各基因的表达量则一致地随时间轴呈现上调表达。
在对8个mRNA-like非编码RNA基因进行的半定量PCR研究中,我们发现了2种不同的表达模式：部分基因表现出了明显的组织特异性而其余则呈现出广泛表达的特征。对其中的2个我们还进行了进一步的定量PCR验证,结果与半定量表达谱相吻合。
【关键词】：
【学位授予单位】：华中农业大学【学位级别】：博士【学位授予年份】：2010【分类号】：S828【目录】：
中文摘要8-10ABSTRACT10-121 前言12-36 1.1 研究问题的由来12-13 1.2 文献综述13-35
1.2.1 非编码RNA的定义13
1.2.2 非编码RNA的分类13-16
1.2.2.1 依据分子大小分类13-15
1.2.2.2 依据表达模式分类15-16
1.2.2.3 依据细胞功能分类16
1.2.3 核仁小RNA16-25
1.2.3.1 主要核仁小RNA种类与结构特点18-20
1.2.3.2 核仁小RNA的基因组织形式20
1.2.3.3 核仁小RNA功能的研究进展20-25
1.2.4 长链非编码RNA25-32
1.2.4.1 类mRNA非编码RNA25
1.2.4.2 长链非编码RNA的生物学特性25-28
1.2.4.3 长链ncRNA的生物学功能28-31
1.2.4.4 长链非编码RNA进化来源31-32
1.2.5 非编码RNA基因在猪中的研究进展32-34
1.2.5.1 参与猪骨骼肌生长发育的短链非编码RNA32-34
1.2.5.2 参与猪骨骼肌生长发育的长链非编码RNA34
1.2.6 现阶段对猪类非编码RNA基因研究的不足34-35 1.3 本研究的目的与意义35-36
1.3.1 目的35
1.3.2 意义35-362 材料与方法36-53 2.1 实验材料36-40
2.1.1 组织样品、细胞系、感受态菌株36
2.1.1.1 组织样品36
2.1.1.2 细胞系36
2.1.1.3 感受态菌株36
2.1.2 主要仪器36-38
2.1.3 引物和接头序列38-39
2.1.3.1 核仁小RNA特异性cDNA文库接头与引物38
2.1.3.2 核仁小RNA逆转录接头引物与定量引物38-39
2.1.3.3 长链非编码RNA基因定量、半定量试验引物39
2.1.4 主要药品、试剂及溶液的配制39-40
2.1.4.1 主要药品、试剂39
2.1.4.2 溶液的配制39-40
2.1.5 主要分子生物学软件40
2.1.6 在线生物信息学数据库40 2.2 实验方法40-53
2.2.1 核仁小RNA特异cDNA文库构建40-43
2.2.2 猪核仁小RNA新基因分离与预测方法43-45
2.2.2.1 通过文库测序获取新核仁小RNA基因43-44
2.2.2.2 通过生物信息学预测新核仁小RNA基因44-45
2.2.3 猪核仁小RNA新基因的生物信息学分析45-47
2.2.3.1 文库测序所得核仁小RNA新基因的序列特征分析45
2.2.3.2 核仁小RNA新基因的染色体定位45-46
2.2.3.3 核仁小RNA基因的基因组织形式46
2.2.3.4 核仁小RNA新基因功能预测46-47
2.2.4 猪新核仁小RNA基因的表达模式分析47-48
2.2.4.1 核仁小RNA基因定量PCR步骤与参数47
2.2.4.2 荧光定量数据分析47-48
2.2.5 猪mRNA-like非编码RNA基因的分离预测48-49
2.2.5.1 拼接产物的获取48
2.2.5.2 mRNA-like非编码RNA基因的筛选与确认48-49
2.2.6 猪mRNA-like非编码RNA基因的生物信息学分析49
2.2.6.1 mRNA-like非编码RNA基因染色体定位49
2.2.6.2 mRNA-like非编码RNA基因物种间保守性分析49
2.2.6.3 mRNA-like非编码RNA基因编码microRNA潜力预测49
2.2.7 5'RACE PCR49-51
2.2.8 全长mRNA-like非编码RNA基因的蛋白编码能力检测51
2.2.9 猪mRNA-like非编码RNA基因的定量、半定量分析51-533 结果53-74 3.1 猪新核仁小RNA基因分离预测结果53-56
3.1.1 文库测序结果53-56
3.1.1.1 随机挑取克隆的测序结果53-54
3.1.1.2 测序所得新核仁小RNA基因种类与丰度分布54-56
3.1.2 部分基因组搜索预测核仁小RNA基因结果56 3.2 新核仁小RNA基因生物信息学分析结果56-65
3.2.1 新核仁小RNA基因特征鉴定56-59
3.2.1.1 长度与GC含量分布56-58
3.2.1.2 序列元件的碱基多样性58-59
3.2.2 新核仁小RNA基因基因组定位59-60
3.2.3 新核仁小RNA基因的基因组织形式60-63
3.2.4 猪核仁小RNA基因的基因功能预测63-65
3.2.4.1 猪核仁小RNA基因可能靶标RNA序列的获得63
3.2.4.2 猪核仁小RNA基因引导序列的确定63-64
3.2.4.3 猪核仁小RNA基因指导修饰位点的确定64-65 3.3 猪核仁小RNA基因的肌肉发育特异性表达模式65-66 3.4 猪mRNA-like非编码RNA基因的分离与预测66-67
3.4.1 拼接结果66
3.4.2 筛选结果66-67 3.5 猪mRNA-like非编码RNA基因命名规则与GenBank编号67-68 3.6 猪mRNA-like非编码RNA基因的生物信息学分析68-71
3.6.1 mRNA-like非编码RNA基因染色体定位分析68-69
3.6.1.1 染色体定位结果68
3.6.1.2 基因组织形式68-69
3.6.2 mRNA-like非编码RNA的物种间保守性分析结果69-70
3.6.2.1 典型mRNA-like非编码RNA基因的选择69
3.6.2.2 mRNA-like非编码RNA基因的物种保守性分析结果69-70
3.6.3 猪mRNA-like非编码RNA基因的潜在功能:pre-microRNA70-71 3.7 猪mRNA-like非编码RNA基因全长cDNA序列获取71-72 3.8 猪mRNA-like非编码RNA基因的组织表达谱72-744 讨论74-81 4.1 提高文库构建与克隆测序效率的方法74-75 4.2 部分基因组预测策略的理论依据75 4.3 研究核仁小RNA基因组织形式的意义75-77
4.3.1 有利于猪基因组信息的解读75-76
4.3.2 对猪核仁小RNA基因进化的启示76-77 4.4 猪核仁小RNA与核仁组织区在染色体定位上的联系77-78 4.5 猪核仁小RNA的功能分析中的不足78 4.6 猪核仁小RNA基因表达模式特点探讨78-79 4.7 猪mRNA-like非编码RNA基因群体的来源及代表性79 4.8 验证猪mRNA-like非编码RNA基因蛋白编码潜力的方法79 4.9 猪mRNA-like非编码RNA基因低种间保守性与表观遗传学79-80 4.10 猪mRNA-like非编码RNA基因蛋白表达模式的探讨80-815 小结81-83 5.1 本研究的主要结果与结论81 5.2 本研究的创新点与特色81-82 5.3 本研究的不足和进一步的研究建议82-83
5.3.1 本研究有待改进之处82
5.3.2 进一步的研究建议82-83参考文献83-92附录92-157 附录1 120个核仁小RNA基因序列92-101 附录2 核仁小RNA基因的染色体定位101-105 附录3 核仁小RNA基因在猪体内预测鉴定的靶基因、同功基因以及引导序列105-109 附录4 新核仁小RNA基因在部分靶标RNA上的修饰位点109-118 附录5 93个猪mRNA-like非编码RNA基因序列118-154 附录6 72个猪mRNA-like非编码RNA基因的染色体定位结果154-157攻读学位期间撰写论文题录157-158致谢158-159
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邢双;[D];华中农业大学;2007年
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【二级参考文献】
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陈文元,王子淑;[J];遗传;1979年05期
王子淑;[J];遗传;1982年06期
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