lammps 中怎么计算链的链条长度的计算方法

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平衡晶格常数(equilibrium lattice constant)对应的体系能量是最低的,因此只需要计算一些列不同晶格常数下体系的能量,那么体系能量最小时对应的晶格常数就是平衡晶格常数。
在初次计算时,建议将晶格常数增加的步长取得大一点,比如0.1A,这样通过结果数据就可以大致确定晶格常数的范围。
然后再将晶格常数的范围缩小,减小步长,比如0.01A,这样做就可以获得精度比较高的结果。
下面以金刚石为例介绍具体如何计算平衡晶格常数。
输入文件: in.diamond
# This input script is used to calculate
# the lattice constant of diamond
# Powered by Xianbao Duan
# Email: xianbao.
# Website: http://www.52souji.net/
atom_style
x equal 2.5+0.1*$i
x equal 3.5+0.01*$i
# build the model
diamond $x
box block 0 10 0 10 0 10
create_box
create_atoms 1 box
# specify the potential
pair_style
pair_coeff
* * SiC.tersoff C
n equal count(all)
P equal pe/$n
v equal vol
# minimize the total energy
1.0e-12 1.0e-12
in.diamond
脚本很简单,只要一个简单的能量最小化就可以了,然后输出晶格常数和结合能log文件中。
然后从log文件中将晶格常数和结合能的数据提取出来。
$ grep ^@ log.lammps & lat.vs.Ecoh.step1
grep是一个linux命令,上面的意思就是将log.lammps文件中以@开始的行输出到 lat.vs.Ecoh.step1 文件中。
得到的文件中,每一行开头会有一个@,通过列编辑器一起删掉,就可以获得有如下内容的文件。
上面的数据实际上对应的就是结合能曲线,其能量最低点对应的就是平衡晶格常数。当然,能量最低点的能量就是晶体的结合能。
具体如何从上面的数据中获得最终结果,可以参考我之前写的一篇文章:。
晶格常数表可以参考:。
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& LAMMPS分子动力学模拟计算技术应用
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北京海思煜人科技发展有限公司海思煜人培[2015]第(08)号
关于开展“
LAMMPS分子动力学模拟计算技术应用”培训班通& &知各相关单位:
近年来,随着计算技术的快速发展,计算机分子模拟已成为在分子水平上研究分子结构及其性质的一种强有力的工具。随着科研水平的提高,分子模拟及其工程应用越来越受到人们的重视。
分子模拟在现代科学技术研究开发中发挥着重要的作用,一方面,它能从本质上定量化探索机理和规律,另一方面,又能促进我们的研究开发工作向经济、高效和有预见性的方向发展。& && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && & 近年来,分子动力学计算模拟,发展和普及得异常迅速,出现多款功能强大的计算模拟软件,如LAMMPS全称是“大规模原子分子并行模拟器”主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作。LAMMPS可以支持包括气态,液态或者固态相形态下、各种系综下、百万级的原子分子体系,并提供支持多种势函数,且LAMMPS有良好的并行扩展性。为普及分子动力学计算软件LAMMPS的使用, 北京海思煜人科技发展有限公司特举办“LAMMPS分子动力学模拟应用”培训班,具体事宜通知如下:【培训目标】通过培训提高学员应用LAMMPS解决实际问题的能力,使学员在以下三个方面得到提高:1、结合问题特征分析问题和选取模型的方法;2、了解针对解决实际问题使用LAMMPS功能模拟的方法;3、通过实例参考了解解决实际问题的途径与软件操作。【时间地点】
日-----01月18日& && &北 京
(时间安排:第一天报到、授课三天)【培训对象】从事化学&化工、材料、生物、物理、医药等领域相关的企事业单位技术骨干、科研院所研究人员、高校和大专院校相关专业教学人员及在校研究生、硕士、博士等相关人员。
北京海思煜人科技发展有限公司
二〇一五年十二月十日
附件1:“LAMMPS分子动力学模拟计算技术应用”培训班事宜一、主讲专家:
主讲老师来自高校及相关科研院所的高级专家,拥有丰富的科研及工程技术经验,长期从事该领域的重大项目研究工作,具有资深的技术底蕴和专业背景。三、培训方式:
1、课程讲座;& && &&&2、专题小组研讨与案例讲解分析结合;& && &&&3、上机操作;(欢迎学员带着自己在工作中遇到的实际问题与老师一起探讨)四、培训费用:RMB:3900元/人(含报名费、授课费、教材资料费、会议注册费、场地费等)食宿可统一安排,费用自理。二、培训内容:时间[size=12.0000pt]课时[size=12.0000pt]课程题目[size=12.0000pt]内容[size=12.0000pt]第一天[size=12.0000pt]一课[size=12.0000pt]时分子力场分子间相互作用势,全原子力场,粗粒化力场,反应力场二课时分子动力学基础牛顿运动方程,周期性边界条件,控温、控压方法,长程作用的处理方法三课时建模和输出文件可视化[size=12.0000pt]Packmol及Vmd的使用第二天[size=12.0000pt]一课[size=12.0000pt]时Lammps应用1-安装[size=12.0000pt]、输入文件、运行[size=12.0000pt]Lammps介绍,安装[size=12.0000pt]要[size=12.0000pt]求[size=12.0000pt],输入文件格式[size=12.0000pt],平衡的判断条件,误差分析,二课时Lammps应用2-特殊关键字运用函数形式的选择,fix关键字,computer关键字三课时Lammps介绍3-物理性质的计算密度、蒸发焓、表面张力、RDF等常见性质的计算第三天[size=12.0000pt]一课[size=12.0000pt]时Lammps应用实例1[size=12.0000pt]-复杂流体表面活性剂CMC的预测,表面活性剂自组装过程的研究二课时Lammps应用实例2-含能材料固体材料的建模,计算条件设置,体积模量、升发焓的计算三课时Lammps应用实例3-反应力场沸石催化MTO反应,沸石合成机理的研究
五、报名方式:报名表请传真至会务处,传真至:010-或邮件至E-mail: 。收到报名表后我们会以邮件或电话与学员确认报名成功,并提前一周发 报到通知(详细培训地点及乘车路线)。六、联系方式:联系人:程帅
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听师兄们说上次学习后什么都没学到还不如看手册
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您好,请问您是哪个学校的?或者您可以把您师兄的名字告诉我们,我们会有专人进行打电话做调查的。另外,我们上次的培训效果非常的好,参加的人员都挺满意的。
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好好看看,非常好的帖子
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一个简单的计算SiO2的lammps输入文件
一个简单的lammps计算SiO2晶体结构的输入文件,可以得到一个六方晶系的SiO2分子结构
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#计算 弹性模量
晶格类型:diamond
晶格常数:3.567 A
region box block 0 20 0 20 0 20 units lattice
create_box 1 box
create_atoms 1 box
pair_style tersoff
pair_coeff * * SiC.tersoff C
每步的修正:
fix& 1 all deform 1 z delta 0.0 0.21402 units box
运行lammps:
提取出每次修正的初始能量:(附上 python 数据提取代码)
def read(path):
&&& f=open(path)
&&& fw=open(path+'.output','w')
&&& for line in f.readlines():
&&&&&&& b=b+1
&&&&&&& if 'Energy initial' in str(line):
&&&&&&&&&&& b=0
&&&&&&& if b==1:
&&&&&&&&&&& print(line)
&&&&&&&&&&& fw.write(line)
提取的数据如下:
& -475&&&& -475&&&& -475
&&&&&&& -965&&&& -965&&&& -967
&&&&&&& -058&&&& -058&&&& -058
&&&&&&& -192&&&& -192&&&& -192
&&&&&&& -964&&&& -964&&&& -964
&&&&&&& -114&&&& -114&&&& -114
&&&&&&& -529&&&& -529&&&& -529
&&&&&&& -236&&&& -236&&&& -236
&&&&&&& -399&&&& -399&&&& -399
&&&&&&& -319&&&& -319&&&& -319
&&&&&&& -425&&&& -425&&&& -425
&&&&&&& -279&&&& -279&&&& -279
&&&&&&& -564&&&& -564&&&& -564
&&&&&&& -089&&&& -089&&&& -089
&&&&&&& -778&&&& -778&&&& -778
&&&&&&& -674&&&& -674&&&& -674
&&&&&&&& -93&&&&& -93&&&&& -93
&&&&&&& -811&&&& -811&&&& -811
&&&&&&& -686&&&& -686&&&& -686
&&&&&&& -026&&&& -026&&&& -026
&&&&&&& -406&&&& -406&&&& -406
只取第一列数据:
并绘制 能量-应变 曲线:
Matlab 五次多项式拟合:
Linear model Poly5:
&&&& f(x) = p1*x^5 + p2*x^4 + p3*x^3 + p4*x^2 + p5*x + p6
Coefficients (with 95% confidence bounds):
&&&&&& p1 =&& 3.509e+06& (3.507e+06, 3.51e+06)
&&&&&& p2 =& -1.294e+06& (-1.294e+06, -1.294e+06)
&&&&&& p3 =& -1.245e+06& (-1.245e+06, -1.245e+06)
&&&&&& p4 =&& 1.214e+06& (1.214e+06, 1.214e+06)
&&&&&& p5 =&&&&&& 943.2& (943.2, 943.2)
&&&&&& p6 =& -4.716e+05& (-4.716e+05, -4.716e+05)
Goodness of fit:
& SSE: 2.548e-10
& R-square: 1
& Adjusted R-square: 1
& RMSE: 4.122e-06
二次项系数:1.214e+06
&&& Vc=3.567**3*20**3
&&& C2=1.214e+06
&&& C11=2*C2/Vc/6.2415e-3
同样也可以计算C12=101.7246
体弹性模量:B=1/3(C11+2*C12)=424.9569
第二种方法:
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