这个问题水太深了。。。。这个回答会是个超长文，阅读的人最好有心理准备（在《三体》小说解读领域，任何一个小问题都会【一个问题带起一大串问题】，因为《三体》原作各种细节设定盘根错节，牵一发必动全身，这也是大刘写小说常有的【全局各细节紧密相关】的特点决定的，其他人的小说的解读就不大会出现类似情况，这也就是三体粉丝圈常说的【看大刘的小说必须有全局观】的意思）。
首先要说四件事（别害怕，在三体吧原版我写了十几件事呢，这里都已经只挑关键的说了）：
【1】
三体原作中，回归计划是完全不靠谱的。我以前在百度三体吧写过一贴介绍过十几点不靠谱的原因，这里只说几个关键的：
1-----输送记忆没有操作性：回归运动发起者说让小宇宙的文明只把记忆送到新宇宙，怎么送？新宇宙连维数都不确定，物理规则也可能与旧宇宙完全不同，归零者说送，小宇宙里的文明就有能力送？就算能送过去，能不能读取都是未知数，有什么意义？再说只送记忆，不过是个墓碑而已，人还是死在旧宇宙了，有用吗？你都不告诉我用什么技术送过去，怎么读取，怎么让我复活，我就听你的把小宇宙物质送还给大宇宙？你回归运动发起者当我傻吗？稍微有脑子的文明谁会响应这种号召？恐怕只有程心会相信这事。
2-----回归运动发起者本身没有证明自己的可信性和权威性：回归运动发起者是谁？没人知道。是不是归零者？没人知道。如果不是归零者，那么归零者同意你这个回归运动吗？宇宙里最厉害的文明如果不同意你这个回归运动，我们这些小虫子文明跟着乱蹦有意义？我们小虫子文明如何去证明这个什么回归运动不是骗我们出来被你们一网打尽的黑森打击行动？只要归还质量，就意味着我要冒生命危险，你回归运动发起者连个身份证明都不给我看就让我去冒死？当我傻吗？
3-----智子机器人说回归运动发起者要把一个恒星系的质量转化为能量来发送回归运动声明广播，而且这个回归运动声明是跨宇宙发送（从旧的大宇宙发送给大宇宙之外的各个小宇宙甚至其他大宇宙，假如有的话），这意味什么？意味着回归运动发起者把旧的大宇宙里的恒星系那么多的质量送到了外宇宙去。你们随随便便发个声明就让旧的大宇宙丧失这么多质量，我们小宇宙里这点质量归还不归还还有意义？当我们傻么？
4-----三体宇宙里没有超光速飞行技术，连小宇宙的门都要最快以光速飞行，虽然小宇宙能在大宇宙里各处开门，但不是跳过去的，因为小宇宙里面时间流逝极为缓慢，小宇宙开门的时间在小宇宙里的人看来只有几分钟，在外面大宇宙看来可能是几百万年。。。。几百万年里小宇宙开门过程中都以光速飞过几百万光年了知道吗？而广播技术不可能超光速，毕竟不是智子通讯，智子通讯超光速是因为提前花很多年把智子送到远方去，算上智子飞行时间，这个通讯还是没超光速。所以，你回归运动声明信息也不可能超光速发布，那么问题就来了：【距离回归运动发起者几千万光年远的文明，没等信息发过去，人家早就搬家了，你这信息发的还有意义？】
5-----你说让我们归还质量，老大我这些垃圾往哪扔啊？你倒给我说个地方啊。我们文明的小宇宙里有十六个星系团的质量要倒出来，没有足够空间你是想让我制造黑洞玩吗？我倒垃圾的时候和别人撞车了怎么办？而且我要把这么多物质倒出来，没个千百万年肯定是不可能倒干净的，谁敢保证这么久时间里我都不会被别人降维打击？你回归运动发起者来给我当保镖？你在哪呢？
所以回归运动纯属扯淡，绝对是假的，除非你们告诉我《三体》是奇幻网文，我告诉你《西游记》都不敢拿回归运动这种设定当真事说。
【2】
许多疑点表明智子和关一帆是一伙的，我只说几个：
1----智子居然知道回归运动可靠？说得信誓旦旦，好像智子机器人就是回归运动发起者一样。关一帆居然也相信这个运动靠谱？哪来的自信？他俩居然还都一样知道归零者，而且给归零者起的名字都一样，要是我，也许给归零者起个名字可以叫【灭空者】（零维了不就没有空间了吗）或者别的，名字可以起很多种，哪有那么巧合三体人和星舰人类都把归零者叫同一个名字？三体叫黑域，星舰人类叫光墓，歌者叫慢雾，这都明显不一样，都是同一个东西的不同名字，这才合理。难道这个关一帆和智子是一伙的？
2----热寂理论早在量子场论诞生的时代（上世纪60年代）就已经被量子涨落说否决了，你们能想象这样一个早就被人类这种低等文明否决的理论，全宇宙里的其他高等文明还会信？程心犯傻信这个也就算了，其他文明都是傻子？最重要的是关一帆是天文学者，他也装傻？智子来自三体世界早该知道热寂理论多可笑，她也信？他俩为什么口径这么统一？
3----程心说要离开小宇宙，关一帆二话不说就同意了，程心想死是因为她傻，关一帆又是什么动机？智子也就那么轻易同意了程心的决定？离开小宇宙开始要冒生死危险的，难道是开玩笑？宇宙里什么时候变这么安全了？智子和关一帆他俩为什么这么统一？
【3】
云天明到底是怎么回事？
熟读三体原作的人都知道三体入侵时智子能监控全球每个人的行动，否则人类就不用搞什么面壁计划了，随便弄些个不引人注意的小活动，然后突然组成大项目就能骗过三体。小说里最明确的设定就是三体人对人类的一举一动一览无余，而且俩一些专业术语和行话乃至网络流行语都能看懂，只要你说话写字写程序发信息，没有三体智子看不懂的。甚至智子的监控范围可以达到近地轨道，章北海射杀航天大佬智子都知道。
所以，当初程心和维德讨论云天明去三体世界卧底的事情时，三体智子绝对听到了。也就是说从一开始三体人就知道云天明是去干什么的。
再说云天明在三体世界，他那脑子绝对是被研究个透彻无比了，那么他有什么记忆，他说的话哪些是真哪些是假，三体人不知道？很多三体读者就相信三体人没有识破【云天明说三个童话故事是程心写的】这事是假的，你们高兴就好，反正我觉得三体人绝对识破了，云天明大脑里有什么记忆，三体人应该全知道，里面肯定没有程心写故事这事。
但三体人还是让云天明给程心讲故事。
有很多三体读者相信云天明给人类透露黑森相关的三大奥义【光速飞船破威慑（逃逸终极黑森打击：降维，所以破威慑。神奇赫尔辛根默斯肯香皂、黑伞、深水王子和渊龙等诸多内容都暗示了这事。）】【终极黑森打击是降维（针眼画师的画）】【黑域是安全声明（赫尔辛根默斯肯大漩涡）】。但三体人真的不知道吗？
如果云天明暗示的东西是三体人熟知的，那么最能够看破的人首先应该是三体人，人类不了解寓意背后所指都能看懂暗示，你们告诉我三体看不懂？
而且就算三体一开始没发现，云天明讲完故事之后，人类对他的故事做了一系列解读，程心和艾AA还发现了曲率驱动原理的暗示，智子难道看不到？留在地球上的智子绝对会知道云天明放出了什么信息，知道云天明对三体世界的背叛。
但三体人完全没有追究。
许多年后，云天明居然有了三体社会中的人都不见得拥有的权限【给别人赠送小宇宙】。这简直就是人类把一个大猩猩推举成公司总裁去给大猩猩种族捐款的节奏。人类会给大猩猩这种决策权？
说到底，云天明不过是三体人的傀儡，一个与人类文明友好接触的【代言人】，如果看不清这一点，我觉得你们肯定是把三体当童话故事看待了，然而三体不是童话故事。
【4】
原作里三体人与罗辑和人类之间进行博弈时，各种放水，我只说几个最显而易见的：
1----很多三体读者都没注意三体2里面罗辑的处境。他实际的处境是：
就算他把黑森理论公开，全人类都知道了这个理论可以威慑三体，但也绝不会有人允许罗辑或者任何人拿着全人类性命做赌注，雷迪亚兹的威慑结局就是证据。为什么那时候人类不能接受呢？因为人类那时还没有陷入绝境，就不可能拿自己的性命去冒险。
因此，只有当水滴摧毁人类太空军之后，人类意识到自己陷入绝境，才会允许罗辑实施黑森威慑策略，这里的前提就是水滴已经摧毁了太空军，让整个人类绝望了。而罗辑最初想黑森的时候，这种客观条件根本不成熟，就算他想出黑森，大概率也会出现一个【反黑森威慑主义】来禁止全世界的人实施黑森威慑，就像小说里【反逃亡主义】一样。
所以，罗辑没当面壁者之前，他是对三体绝对没有威胁的，无论他是否想到黑森，是否公开，结果都一样，因为人类没有陷入绝境，就不可能接受他这个威慑方案。
题外话：小说里的传奇智囊比尔·马修的《十万光年铁幕》，从标题看来就是一本研究黑森理论的书，小说里对比尔的诸多思想也有透露，都和黑森有关，有兴趣的人可以去翻书（这个细节只是很多人没注意到而已）。也就是说早在叶文洁和罗辑之前，早有人想到了黑森并且还出书了，该书在小说的人类世界里还很有影响力。
所以，如果三体无视罗辑，那么罗辑就不会被军方关注，就不可能成为面壁者。罗辑成为面壁者完全是三体人一手造成（居然还有军方卧底在智子眼皮底下给军方报信说三体要杀罗辑，智子居然没有提前发现和阻止也是奇了，准备信息是需要时间的，发布也需要时间，说智子没时间阻止他发信息，那只是梦话，时间肯定有。而且知道刺杀罗辑的事情的ETO本来就应该被智子重点盯防不是吗？这不是三体故意放水是什么？）。
三体放这个水的唯一结果就是让罗辑引起军方注意，让他一个籍籍无名者获得人类决策层关注。而实际上杀不杀他都没别的用，不杀他他也不会威胁到三体。叶文洁（已经领悟黑森）比罗辑的威胁大多了，三体人都把她随便交给军方了，还差个罗辑吗？
客观来说就算公开黑森理论都没用，那只能帮三体人，并且让人类陷入【反黑森威慑主义】无法自拔，结果就和【反逃亡主义】坑死人类一个样。请注意，大刘写雷迪亚兹被石头砸死，其实就是在暗示罗辑当时的处境：人类不可能接受黑森威慑计划。
2-----水滴摧毁太空军舰队之后，是朝着罗辑飞的，而且就差十几秒飞到的时候，扭头去封锁太阳了。干嘛那么着急就差这十几秒了？有人说水滴能源不足了，后面剧情对这个说法狠狠打脸：两个水滴跟着万有引力号一直追击蓝色空间号，全程没有半路补充燃料，而且请注意那是追击，是大部分时间都在加速的，一直在烧燃料，而且追击时间长达几十年！水滴到底有多少能源，这就是水滴真实实力的证据！摧毁太空军时，水滴远远没有达到最高速度。注意后面两颗水滴和摧毁舰队的水滴都来自三体第一舰队，而且那时候第一舰队还没有技术提升，三个水滴应该是完全一样的。
【题外话】水滴摧毁太空军的实力加上续航能力，可以证明【三体水滴有能力在半个月内摧毁人类全球各大主要工业设施，把人类送回农耕时代】，三体里没这么写而已，但类似情况的科幻片和小说却不少，那些毁灭性武器的威力还不如水滴呢（因为它们大多是一次性的，而水滴可以反复使用，毕竟【强互作用力材料】外壳，撞你千遍也不厌倦）。
3-----罗辑实施威慑前，在智子监控全球的条件下弄到一个摇篮系统，三体人居然不阻止他启动威慑（正常来说智子一发现罗辑去搞这个系统，就马上应该让水滴放弃封锁太阳直接来干掉罗辑了）。而且最关键的是，罗辑给核弹阵列做设计，肯定不是全在自己大脑里做计算的，计算过程和分布图都会在计算机画面上显示，罗辑才可能校对（毕竟那时代没有脑连技术，只能用眼睛看数据），那么你们告诉我智子没看到他在搞啥？智子瞎了？就算当时三体认为罗辑没有威胁了，必要的关注一点也没有？那么多核弹的数据罗辑要校对一遍就要十天半个月，三体都没发现？而事实上三体智子一直在重点盯防罗辑，罗辑在墓地用枪指着自己脑袋说话时，智子一下就冒出来了。你们来说说，三体人为什么就眼看着罗辑准备好了一切威慑三体？
3-----罗辑实施威慑时，三体第二舰队远在距离太阳系2光年之外，第二舰队转向的光影，最快要在两年后才能被人类天文观测验证，而三体人告诉罗辑说人类在40分钟后就能验证（十分钟后转向，转向后再过三十分钟人类就能验证），这是不可能的，罗辑没有意识到自己被三体骗了，又或者他选择向三体展示信任和和谈诚意，没有和三体计较这事。而且大刘似乎也靠着上帝之笔阻止了全人类知道罗辑被三体人骗了这事，否则人类可能会炸锅：【你罗辑这么草率就相信三体，你这威慑靠谱不？】【要不行咱们换个执剑人吧，你罗辑好像和三体达成了什么交易】。
其实罗辑提的条件是错误条件：首先，让三体舰队转向，人类无法快速验证。
其次，这对三体等于是一个无理条件，你人类不能验证，我答应你也没用，你会信我吗？这种条件我不答应你你就肯定认为我没有和谈诚意，我答应你你就会发现我想骗你。
客观上三体人在这个问题前处境无比尴尬，罗辑提出舰队转向这就是个最蠢的谈判条件。
所以三体人说了个谎来试探罗辑是不是真的要和三体同归于尽，罗辑要么是没有识破三体谎言，要么是默认相信三体展示了自己对三体的信任以及和谈的诚意，反正双方把这个和谈谈成了。
这里就涉及到三体对罗辑进行了放水的问题：你向我提了一个无理要求，我只好放水给你个台阶下，否则你得先把你自己弄死（其他人类要是知道你提了这个蠢要求，会怎么看你？你是想让大家一起为你的愚蠢陪葬吗？绝对要把你这个执剑人换下来然后审判你）。
4-----三体反攻日时，小说里说三体人智子无论如何都找不到罗辑在哪，但罗辑确实就在地球上。难道罗辑隐形了？有人说人类不是有智子屏蔽室吗？屏蔽室有多大？屏蔽室在哪罗辑就在哪，【此地无银三百两】的道理三体不懂？三体人傻吗？注意三体人说找不到罗辑只是一个说法而已，你们要当真那就是把三体当童话书了。
5-----三体反攻日时，三体第二舰队已经到达太阳系柯伊伯带（太阳系边上），三体人随手扔个什么人工智能制导的核弹什么的，就可以在一两个月内灭掉太阳系人类在各个行星上的据点。而且三体第二舰队是光速飞船，要去追星舰人类易如反掌，当时星舰人类距离地球只有一点几光年，三体光速飞船飞过去用不了两年，而这两年时间星舰人类基本原地没动（亚光速龟速飞行就这样，没办法，几十年才飞出一光年远啊，2年能飞多远）。小说里三体人说他们无论如何都找不到星舰人类，很多读者就高潮了，相信了，这星舰人类隐藏水平太高了。其实是三体人没有派出几百个智子地毯搜索，更没有派光速飞船直接去搜智子盲区，否则就凭星舰人类的龟速，三体找不到他们？那才见了鬼了。星舰人类后来都能天文观测到百光年外金牛座三体第二舰队覆灭我会乱说？三体的天文观测能力还不如星舰人类？一点几光年你就告诉我找不到？除非星舰人类一路全都躲着星际尘埃走千万别留下航迹！星际尘埃要是都能被提前观测到然后避开，那就不叫星际尘埃了。
6----关一帆和云天明几乎同时出现在蓝星，而三体第一舰队和星舰人类都是从距离太阳系差不多远的地方同时出发，就算假定双方一开始就都有光速飞船，现在云天明和关一帆开始比赛：
出发时间相同，出发地点几乎相同（那几光年差距在地球距离蓝星的300光年尺度可以忽略）目标地点都是蓝星，到达时间几乎相同。那么双方都是光速，速度也相同，说明飞行距离相同（都是410光年左右，这里410恰好是万有引力号发布广播开始到程心抵达蓝星的时间410年的数字）。
差别只是中间去过的中转站不一样，云天明跟着三体去了三体人殖民地，关一帆跟着星舰人类去了星舰人类的殖民地。
思考最简单情况：假定双方都只有一个殖民地，那么云天明和关一帆走的都是折线，先去了殖民地后去蓝星，学过中学平面解析几何中椭圆性质的同学想到什么了？
云天明从地球（焦点F1）附近去三体殖民地（A点）走的距离F1A，加上他从三体殖民地（A点）去蓝星（焦点F2）走的距离AF2的总距离：F1A+AF2=410光年
关一帆从地球（焦点F1）附近去星舰人类殖民地（B点）走的距离F1B，加上他从星舰人类殖民地（B点）去蓝星（焦点F2）走的距离BF2的总距离：F1B+BF2=410光年
两者一样，如果把地球和蓝星看作椭圆2个焦点，那么星舰人类和三体的殖民地都在这个椭圆的圆周上！也就是说，三体人只要看到关一帆出现在蓝星，就可以去这个椭圆圆周上找星舰人类殖民星系了，星舰人类同样也能用这个办法找三体殖民地（反正这个椭圆圆周---实际上是个椭球面---上就那么几个星系）！但三体人没有去灭掉星舰人类或者广播坐标。这水放大了！
三体人为什么要对人类全程【逼到绝境却不下杀手】？
上面都是按照原作细节进行的严谨分析，下面就只能用脑洞来解释了，因为原作里找不到三体人为什么要放水的答案，最大可能性是大刘写作时犯了网文套路的低级错误（Boss处处逼迫主角却没有成功干掉主角，最后客观一想简直就像Boss全程放水故意培养主角）。
【注】本注释原本并不存在于本回答中，但看了本回答下面的诸多回复，我有点不敢相信自己身处知乎，于是添加了本注释。即使是百度三体吧，我也极少见到这样一些网友，文章没看懂就吐槽。请所有答友注意，我上面这段已经说得很清楚【最大可能性是大刘写作时犯了网文套路的低级错误】，而下面内容介绍的是吧友脑洞。本答案之下那一大堆吐槽说什么【本答案不合原作设定】的答友，请你们仔细回去翻《三体》原作，上面我提出的一系列问题中任何一条都是原作确实存在的bug，不是我凭空杜撰的，而下面的吧友脑洞只是个脑洞，你们吐槽有意义吗？人家吧友提出来这个解释也只是给大家一个思路，又没说过这是大刘本意。我不知道你们到底在吐槽什么，我觉得我表述已经不能更清楚了，上面是原作bug，下面是吧友脑洞，你们吐槽原作bug不存在（然而这些bug客观存在）以及吧友脑洞不合大刘本意（吧友脑洞当然不合大刘本意，地球人都知道，用你们指出来？）之前，走过脑子没？知乎网友就这个水平？还不如百度三体吧？你们是在逗我吗？
但我这里要介绍另一种合理解释：
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三体吧的吧友提出过一种【黑森宇宙老油条】假说：
一个黑森宇宙里的老油条文明，尤其是复兴过上百次的，像三体这样的老油条，它会见到什么文明都杀吗？
我们把宇宙里的文明划为两类：【程心文明】和【维德文明】
【程心文明】顾名思义，是愿意想其他文明展示善意，避免冲突的文明，当然如果你确定要弄死它，它也会毫不客气和你拼命（请注意小说里程心就是如此，她放弃威慑是为了保住地球46亿年生命进化成果，而不是为三体着想，她为了保住地球上其他生物，选择了任凭三体毁灭人类，只要三体不毁灭其他生物，程心就满足了。但同样我们看原作里程心扔掉控制器时候的心态描写也能清晰看出：如果当时广播不会危急地球生命，程心绝对会毫不犹豫按下广播按钮，她并不惧怕和三体拼命）。
【维德文明】顾名思义，为了自己的生存可以不择手段抹杀其他文明的文明。
那么如果你是三体文明，你会两者都杀吗？
杀掉【维德文明】是必须的，这种害虫必须除之后快以免将来养虎为患。
但如果连【程心文明】一起杀了，那么本来应该被程心文明占据的资源，你能去占据吗？除非你确定只要你遇到一个文明，你就灭掉它然后让你的一个文明分支去占领那个文明所拥有的资源（甚至将来可能拥有的），否则你就等于是把原来会被【程心文明】占据的资源，拱手让给了其他文明（很可能是个【维德文明】），如果是【维德文明】在你走后占据了【程心文明】的资源，你这还是在养虎为患。
实际上【程心文明】的特征就是，对你不会有威胁，但它又能代替你去和【维德文明】竞争！
所以，理智的老油条，见到【程心文明】一定是不杀的，你不杀它它就会坚信自己释放善意是对的，以后它也会照样遇到讲道理的文明也讲道理，遇到不讲道理的文明就死磕。
如果宇宙里所有文明都这么理智，留着【程心文明】不杀，见到【维德文明】斩草除根，那么宇宙里的黑森格局迟早可以破掉，对所有文明来说都是一个好的结局。
见什么文明都杀的文明，不仅谈不上理智，而是可以说是智伤，黑森格局就是这种智伤文明创造的困境，这叫作茧自缚。
那么如果三体人就是一个老油条文明，它就要先测试一下人类文明到底是【程心文明】还是【维德文明】，确定是【维德文明】再杀也不迟。
所以，三体人可以出于这种目的，次次把人类逼上绝路却就是不下死手，这都是测试。
培养罗辑的目的性就很清晰了，让人类自己中的一个无名人物成为传奇，人类才会笃信黑森理论，人类笃信黑森理论知道宇宙黑森格局之后，才能试探出人类在知道这个格局的条件下会怎样对待三体，如果人类在得知全宇宙都黑森的前提下还想给三体展示善意，那么人类就有可能是个【程心文明】了。
而小说里，人类全体选出了程心，在三体反攻日让人类陷入绝境时，程心还是放弃威慑向三体展示出善意，三体自然意识到【人类文明有可能是个程心文明】，但还是不确定。因为程心确实可能只是为了保住地球生态系统而放弃了人类，这不是对三体的真实善意。
所以三体人给程心安排了最后一场考试，那就是小宇宙里的回归运动（三体人杜撰的运动）。
回归运动的实质就是：一个根本连一丝可信性都没有的运动声明，要求参与者必须勇敢地冒着自己生命危险，去为整个宇宙的生存牺牲自己。
而当时程心在小宇宙里生活无忧，这种条件下没有人会为了别人的生存去让自己冒险甚至牺牲（大宇宙毁灭，小宇宙也还在，这是原作设定），但程心做到了，她愿意放弃自己的安稳生活去为整个大宇宙的生存冒生命危险。
所以程心向三体人证明了【人类文明】是真正的【程心文明】，无论在身处绝境还是养尊处优时，都能愿意为了别人的生存去冒险。
所以全书最终结局是【程心选择离开小宇宙，这个选择让三体人没有对人类文明痛下杀手，程心或者星舰人类的后人得以延续人类文明，于是后来才有人引用程心的大作《时间之外的往事》来回顾《地球往事》（注意，《地球往事》是三体系列原始大标题）】。
最后解释楼主的问题：智子为什么同意留下五公斤，因为程心已经做出了她能做的最大牺牲，她已经通过了三体人为她设置的最后考试【回归运动】。
另外还有一种解释：假如回归运动是假的（比如说回归运动如果是高等文明骗出小宇宙里的文明并将其一网打尽的毁灭计划），那么程心留在小宇宙里的五公斤就是地球物种的仅存硕果，这也是程心考虑到【回归运动并不可信】所做的保险措施。其实程心并不是傻瓜