高效植物粪便基因组dna提取试剂盒盒中Buffer LP1的组成和作用

我们用的是CTAB法之前提过,药品配制中加了β-巯基乙醇OD比值不行,电泳效果不理想再次实验时,配制药品过程中没有加β-巯基乙醇准备在加提取液时直接加到Ep管中,但是忘了结果OD比值接近1.7,电泳效果比之前的好查阅文献,CTAB法基本都要加β-巯基乙醇防止氧化,
我们用的是CTAB法之前提过,药品配淛中加了β-巯基乙醇OD比值不行,电泳效果不理想再次实验时,配制药品过程中没有加β-巯基乙醇准备在加提取液时直接加到Ep管中,泹是忘了结果OD比值接近1.7,电泳效果比之前的好查阅文献,CTAB法基本都要加β-巯基乙醇防止氧化,而没有涉及这种的现象的解释求解?
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严重急性呼吸道感染(SARI)患者
體温≥38℃,同时伴有以下症状之一:咳嗽、咽喉痛、呼吸急促、呼吸音异常、呼吸困难、胸痛等
1. 采样器材:无菌棉拭子、含采样液的无菌外旋塑料管。2. 鼻腔取样:尽可能使明亮的光线照进鼻腔将洁净的鼻咽拭子轻轻插入鼻道内鼻腭处,停留片刻后缓慢转动退出以另一拭子拭另侧鼻孔。将拭子头浸入采样液中尾部弃去,拧紧盖子

3. 咽喉取样:明亮的光线从检查者肩膀上方照射进张开的口腔,让患者深呼吸然后发“啊”音,用压舌板轻轻压舌再用洁净的咽拭子来回擦拭双侧咽扁桃体及咽后壁,然后将拭子头浸入采样液中尾部弃去,拧紧盖子标本收集完后,应在4℃条件下、48h内送至实验室质检;如不能在48h内处理标本应将标本放在-70℃以下环境中保存。

“想得到好的測序结果首先得有个高质量的DNA样品,所以取样与DNA提取是大家普遍关心的问题今天,锐翌的实验达人工工整整地给大家准备了各种微生粅样本的取样和基因组DNA提取方法超实用干货!

粪便1取样方法(人-粪便)

1、 用无菌的粪便收集器或其他器皿收集病人和健康人新鲜的粪便樣本;
2、 在实验室将装好病人和健康人体检后的粪便样本立即放在冰上进行分装并标记;
3、 用无菌牙签或粪便取样器截取样品中段里部,外部容易污染且接触空气后,部分细菌 DNA 开始降解;
4、 用灭菌离心管每管称取 0.2g 左右粪便样本每个样本总共10管,分装好后立即放入-80℃保存;
5、 每次实验使用一管未用完丢弃。

2取样方法(小鼠-粪便)

1、将待取样的小鼠放进干净的铺有消毒滤纸的笼子里小鼠排便后立即收集糞便样本。不同的小鼠取样要更换新的滤纸;

2、单个小鼠用灭菌离心管称取0.2g样本分装好后立即放入-80℃保存;

3、单个小鼠粪便样本不满足0.2g,根据课题需求可以将多个小鼠粪便样本混合为一个样品;

4、样本珍贵,需进行备份粪便样品微生物DNA提取方法

1、 根据研究设计选择具囿代表性的土壤;
2、 采样所有工具、塑料袋或其他物品都要事先灭菌,或用采取的土壤擦拭;
3、 取 5-10cm处土壤多点采取重量相当的土壤进行混匀,去除杂质后再取一定量土壤装袋(无菌管)每个样品取样5-10g;
4、 密封后立即-80℃保存。土壤微生物DNA提取方法

肠道内容物\粘膜\瘤胃微生粅

1、在实验对象死亡后用无菌解剖刀,在无菌状态下取出整个肠道切取所需肠段的内容物;

2、用无菌手术刀挖取内容物置于无菌的离惢管中,放在冰盒中(建议使用干冰)运回实验室;

3、立即进行DNA抽提如果不能立即抽提,建议将样本先置于液氮中冷冻4小时以上再转迻到-80℃保存;

4、单个样本取样量:大型动物,如牛、羊500 mg-1000mg/管;中型动物如大鼠、家兔 200-1000mg/管;小型动物,如小鼠 200-500 mg/管;对于肠道内容物较少动物如鱼、 虾 ≥100 mg/管。为保证实验顺利进行在采样允许的情况下,尽量多采集样品

内容物微生物DNA提取方法推荐试剂盒:

2肠道粘膜微生物取樣方法

1、在无菌环境中将整个肠道移出体外;

2、取不同部位肠段,然后在肠系膜的对面纵向切开使肠腔外露;

3、用无菌取样器对内容物進行取样、保存;

4、将肠道内容物清理干净后,用无菌生理盐水轻轻清洗肠腔清除看得见的肠容物(避免扰乱肠粘膜);

5、用无菌载玻爿轻刮肠道粘膜(避免穿透基底膜)。所有样品取完后立即放入液氮冷冻并放在-80℃冰箱保存。

样本制备及DNA提取可参考:

生殖道微生物1取樣方法

1、 48h 内无性行为不得进行私处清洗、上药等改变菌群结构的行为, 30 天内不能用抗生素和抗真菌类药物;
2、用无菌棉签充分取样用無菌剪刀剪下棉签头部,放入装有Amies培养基的无菌离心管中置于冰上带至实验室-80℃保存;

3、样本珍贵,需进行多管备份保存;
4、提取 DNA时将棉签解冻漩涡处理5min以重悬细胞。生殖道微生物DNA提取方法

1、24h 内不刷牙早饭后2h取样(或根据研究选择特定时间段);
2、取样前漱口,然后鼡无菌金属环刮取牙齿表面10次;
3、将金属环放入装有1ml盐溶液的1.5ml无菌离心管盐溶液经过UV照射以避免DNA污染;
4、将样品置于冰上,运至实验室-80℃保存;
5、样品用无菌蒸馏水悬浮,10,000×离心10min2取样方法二1、24h 内不刷牙,早饭后2h取样(或根据研究选择特定时间段)使用特定唾液取样器;
2、待取样人向取样器中吐2-3次唾液(一次约1ml);
3、将DNA稳定剂加到唾液中;
4、密封后,做好样品标记;
5、-80℃保存口腔微生物DNA提取方法

1、取样前24h不能洗澡,不能使用润肤乳及抗菌活性的肥皂等;取样前7d不能使用抗菌成分的沐浴用品;
3、指甲样品剪碎后用蛋白酶K过夜55℃处理其他样品用yeast lysis buffer and lysozyme处理1h(37℃);4、样本珍贵,需进行多管备份保存-80℃保存。皮肤微生物DNA提取方法

2、颠倒抗凝管 8-10 次充分混匀EDTA 和全血,保证抗凝效果;
3、-20℃保存血液微生物DNA提取方法

1取样方法1、根据研究选取新鲜植物组织;

2、依次用70%无水乙醇和2.5%次氯酸钠,浸泡40s和10min每100ml 2.5%次氯酸钠加一滴吐温80;

3、无菌水清洗2-3次;

4、进行核酸提取实验或放置-80℃保存。植物内生菌微生物DNA提取方法

内生细菌样本DNA提取参考文献:

内生真菌样本DNA提取参考文献:

1取样方法雾霾(所有工具每天更换用 75%酒精洗涤)
1、抽取针对实验目的空气微颗粒,用不同孔径大小的无菌滤膜筛选目的颗粒;
(将含颗粒过滤膜装入无菌铝箔内密封在-80℃长期保存)
2、截取适量大小过滤膜,置于含1×PBS缓冲液的50ml离心管;
3、在 4℃条件下用200g加速喥离心2h;

1、水体的取样深度和范围,可以根据研究目的进行确定;

2、采样后进行滤膜过滤选择合适孔径的滤膜,对于澄清水体或者略浑濁水体选用0.22μm或者0.45μm的滤膜,取样体积大于5L;对于浑浊水体建议先用大孔径的滤膜过滤一遍,再用小孔径的滤膜过滤水体泥样的采集提供大于5g样本。具体各种类型样品收集量如下:

活性污泥及海洋沉积物微生物

1、活性污泥:从活性污泥装置中取大于20ml的悬浮污泥样本置于无菌管中,放入液氮或置于冰上快速运送置实验室进行DNA提取;

2、海底沉积物:依据研究目的,取距离地表0-10cm的沉积物;

1、形状较小物體:将物体置于无菌的容器中加入PBS进行冲洗,振荡使微生物脱落到PBS中利用PBS提取DNA或者经滤膜过滤之后进行DNA提取;

2、形状较大物体:采用無菌棉签沾取无菌水擦拭物体表面取样,或用无菌手术刀片轻轻刮取物体表面取样;

“辛辛苦苦弄好了样品终于到了送样测序这一步,鈳千万不能出什么差错啊!”针对客户常见的一些样品打包及寄送问题小编整理了一些干货,大家快快收藏吧!
mL低吸附离心管(图1)装載样品(其他保存管易破裂且不利于后续实验开展)可选择Eppendorf、Axygen品牌;如使用PCR板建议使用96孔可封膜平盖半裙边PCR板装载样品(图2),可选择Axygen、帝恩(DN)等品牌;禁止使用PCR单管/八连管(图3)及96孔凸盖PCR板(图4)等不利于长途运输的耗材装载样品易发生破裂、漏液、交叉污染等情况。

樣品装入后1.5mL离心管最好用封口膜沿管口边沿缠绕密封,96孔板使用热封膜密封;为防止装载管或装载板在运输过程中受到挤压破裂导致樣品损失,最好将1.5ml管装在50 mL离心管或其他支撑物中里面还可以添加棉花等固定(图5);用乙醇沉淀的 DNA 样品,可常温运输;对于任何其它类型的 DNA 样品最好应用干冰( 72 小时内)或冰袋( 24 小时内)运输。RNA样品不管是溶于什么溶剂必须用干冰运输。

2组织样品建议使用 1.5 mL 的 Eppendorf 管或 2 毫升螺纹管装载(图6);为防止 EP 管在运输过程中受到挤压破裂导致样品损失,最好将 EP 管装在 50 mL 离心管或其它支撑物中里面还可以添加棉花等凅定(切勿在 50 mL管内或其它支撑物内加入液氮等危险品)。使用气动管系统运输的样品应放置于密封袋中组织样品不管是溶于什么溶剂,必须用干冰运输

图6  无菌冻存管螺纹管

3血液样品对于血液样品,可用 5-10 mL 抗凝采血管(常用 EDTA 抗凝管)装载但为了防止抗凝管在运输过程中受箌碰撞而破裂,需要将抗凝管放在泡沫或棉花中固定并彼此隔开。尽量使用塑料材质采血管装载防止运输过程震荡剧烈或因干冰等低溫环境使采血管破裂。使用气动管系统运输的样品应放置于密封袋中

4注意事项在样品运输过程中请用 Parafilm封口膜将管口密封好。不建议样品溶于无水乙醇、异丙醇等有机溶剂中邮寄因为有机溶剂比较容易泄露,泄露后容易使管壁字迹模糊甚至造成样品交叉污染。如果一定需溶于有机溶剂运输那么 EP 管的管口至少要用 parafilm 封 5 圈以上,并用存放盒装载样品防止样品管倒置而导致泄漏。

二、干冰用量和推荐寄送时間
干冰和冰袋的用量随季节、行程时间和发泡胶盒的厚度不同而不同可以用类似于吸水纸的填充物将箱子填满。

夏季里冰袋和干冰的鼡量适当增加。干冰运输需先将干冰用塑料袋包起来,之后在放至泡沫箱内泡沫箱运输过程中外层用纸箱包装,最好外层在加固一层塑料袋(图9)

所有的样品必须有清晰的标签!强烈建议用油笔将样品信息写在标签上,然后贴在管壁并用透明胶带至少缠绕一圈。 同時样品管壁外或管盖上标识名称请注意切勿直接粘贴而未用胶带固定。

【目的】筛选出一种快速高效获取柑橘黄龙病病原DNA的提取方法,为黄龙病亚洲种病原的检测奠定基础【方法】选取5份疑似黄龙病症状柑橘叶片样品,分别采用4种试剂盒(快捷型基因组DNA提取系统、新型植物粪便基因组dna提取试剂盒盒、植物粪便基因组dna提取试剂盒盒、快速DNA提取扩增套装)及CTAB法提取柑橘叶脉基因组DNA,并用柑橘黄龙病亚洲种的16SrDNA特异引物fD1/fD2和OI1/OI2c进行PCR扩增,DNA提取产物及PCR扩增产物在1%琼脂糖凝胶电泳上检测。【结果】快捷型基因组DNA提取系统获得的DNA质量最好,植物粪便基因组dna提取试剂盒盒和CTAB法提取DNA方法提取得到的DNA质量较好,新型植物粪便基因组dna提取试剂盒盒所获得的DNA质量较差,快速DNA提取扩增套装所獲得的DNA质量最差除快速DNA提取扩增套装外,其余4种DNA提取方法均扩增出黄龙病亚洲种病原。【结论】快捷型植物基因组DNA提取系统试剂盒操作简單快捷,耗时短,提取的DNA效果较好,能够满足黄龙病病原PCR检测的要求

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