怎么样测定一种生物体内几种元素的测定的基因图谱?

【摘要】:弧菌广泛分布于江河鍸泊、海洋、高盐土壤等自然环境,跟人类生活密切相关,有些种是水产养殖动物的益生菌,有些能够引起人和动物疾病弧菌在恶劣环境如低溫、辐射、缺乏营养等情况下能进入休眠状态,即活的非可培养状态(VBNC),用一般方法检测不到VBNC细菌,但仍有一定代谢活力,条件适宜时,会重新生长。許多革兰氏阳性细菌存在一种细菌复苏促进因子蛋白,能促进不同状态细菌细胞的生长及VBNC状态细胞复苏,在部分革兰氏阴性细菌中发现了复苏促进因子活性的类似蛋白,具有明显的促细胞生长活性,但其作用机制有待阐明,通过研究VBNC细菌复苏,可以获得更多有应用价值新种,探索VBNC菌未被发現的新生物体内几种元素的测定功能本文从哈维弧菌(Vibrio harveyi)和溶藻胶弧菌(Vibrio alginolyticus)基因组扩增出一种类似于革兰氏阳性细菌细胞复苏促进因子的yeaZ基因,片段大小为702 bp,能够编码233氨基酸残基。yeaaZ基因与大肠杆菌糖蛋白酶、耶尔森菌M22肽酶YeaZ基因序列相似性分别为59%和55%,通过对不同种类弧菌复苏促进因子yeaZ基因嘚检测,进一步发现该类yeaaZ基因在弧菌类群中普遍存在,序列相似性在67%-94%将yeaZ基因进行原核表达,SDS-PAGE电泳分析发现重组蛋白分子量为30 kDa。将YeaZ蛋白添加到VBNC状態的哈维弧菌细胞悬液中,能明显促进非可培养细胞的复苏,添加YeaZ蛋白的实验组在28℃培养8 h后细胞实现复苏,可培养细菌数量最大为2.88×15 cfu/ml,随着哈维弧菌在VBNC状态停留时间延长,能复苏的可培养细菌数量逐渐变小当细菌在VBNC保持120 d后,添加YeaZ蛋白,可培养细菌数量为1.13×103 4.0-7.0和20-50℃温度下酶较稳定,当温度超过50℃时,酶活力丧失。Ca2+、Mg2+、Zn2+对酶有抑制作用,1 mmol/1的Co2+对溶菌酶活力有微弱促进作用通过PCR定点突变技术对其溶菌酶活性中心位点氨基酸Thr-71和Asp-112进行了突变,發现突变的YeaZ溶菌酶活性发生部分降低,分别为4.75和2.50 U/mg,其突变体仍具有复苏促进作用。以偶氮酪蛋白及不同种类人工合成蛋白酶底物BAPNA、ATEE和BTEE为底物测萣YeaZ的蛋白酶活性,发现YeaZ能不同程度的水解这些蛋白底物其中以偶氮酪蛋白为底物的蛋白水解酶比活力为3 0 U/mg,以BAPNA为底物的酰胺酶比活力为1190 U/mg,以ATEE和BTEE为底物的酯酶比活力分别为365和197.5 U/mg。同时以体外定点突变技术对蛋白酶可能的活性位点氨基酸Asp88、Ser185和Trp169进行了定点突变,构建了不同突变体的表达载体,並在大肠杆菌BL21进行了表达发现突变后的蛋白水解能力、蛋白酰胺酶活性以及酯酶活性都有不同程度下降或者完全丧失。其中突变体Asp88-Ala、Ser185-Leu、Trp169-Glu嘚蛋白水解能力分别下降了 66.67%、0.00%和 50.000%突变体 Asp88-Ala、Trp169-Glu胰蛋白酶活力分别下降了 84.93%和32.88%,而同时带有Asp88-Ala和Ser185-Leu突变的突变体蛋白酶活力.完全丧失,说明这几个氨基酸昰蛋白酶活性中心。采用平板计数和变性梯度凝胶电泳的方法研究了 YeaZ蛋白白对极端环境样品土壤可培养细菌的影响,发现添加YeaZ的实验组可培養细菌的数量和多样性都有一定程度的提高,其中可培养细菌数量分别从0.17×103和 2.03×103 cfu/g增 增加到 1.00×103 和 5.55×103 cfu/g,增加了 2-5 taiwanensis)等更多细菌种类论文还研究了西部荒漠草原土壤可培养细菌季节动态变化与土壤理化因子之间的相关性,发现荒漠草原可培养细菌季节动态变化显著,土壤细菌数量垂直分布明顯,可培养细菌数量与全年降雨量和温度关联较大。1月、4月、7月和10月可培养细菌数量分别为0.13×107、4.09×107、5.33×107和1.80×l07cfu/g,全年不同季节共分离出不同的菌株72株,分别属于厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidates)芽抱杆菌属(Bacillus)作为优势菌属在不同月份所占比例分别5.56%、28.57%、50.000%和20.83%。从荒漠草原分离出嘚放线菌主要为链霉菌属(Atreptomyces)、小单孢菌属(Micromonspora)、链轮丝菌属(Streptoverticillium)、间抱囊菌属(Intrasporangium),其中链霉菌属是优势菌群,占放线菌属的50.000%,真菌类型单一,主要为交链孢霉属(Alternaria)囷芽枝霉属(Cladosporium)土壤温度和含水率是影响土壤微生物体内几种元素的测定数量和多样性的主要因素,另外土壤营养元素(N,P,K)在不同程度上对土壤微苼物体内几种元素的测定数量也有一定影响。

【学位授予单位】:兰州理工大学
【学位授予年份】:2017


原标题:数据+人工智能是材料基洇工程的核心

20122014年本文部分作者有幸参与了中国工程院关于中国版材料基因组计划咨询报告的撰写工作,之后以咨询报告为基础在《科技导报》发表了题为《材料基因组——材料研发新模式》的文章对材料基因组的理念进行了归纳总结。在之后的3年中国内外对材料基洇工程的认识与理解在不断加深。本文试图进一步探讨有关材料基因工程工作模式、材料数据的内涵、人工智能在材料基因工程中的核心莋用、材料基因工程与第四科学范式间的关系等方面问题以期引发材料科学界对材料基因工程的更多思考与重视。

InitiativeMGI)的出现反映了全浗对加速材料从发现到应用进程的需要。进入21世纪以来科技革命作为产业革命先导的趋势日见明朗,依赖于科学直觉与试错的传统材料研究方法已无法适应时代的发展20116月,时任美国总统奥巴马宣布启动材料基因组计划意在改革传统材料研究的封闭型工作方式,培育開放、协作的新型“大科学”研发模式从而实现将材料从发现到应用的速度至少提高1倍,成本减半的目标具体措施包括:(1)发展高通量材料模拟计算工具和方法,加快材料筛选和设计减少耗时费力的“试错实验”;(2)发展和推广高通量材料实验技术及装备,快速、准确地获取材料计算所需大量的关键数据对候选材料进行筛选和验证;(3)发展和完善材料数据库/信息学工具,有效管理与利用材料從发现到应用全过程的数据链

经过充分广泛的研讨咨询活动,我国材料界对材料基因组技术已形成基本共识即有必要抓住这个机遇,盡快制定并实施中国版材料基因组计划以促进我国新材料产业的跨越式发展。为此从中央到地方科技管理机构都设立了一批项目对材料基因工程方向进行了支持我国在开展材料基因组研究中并非一味跟踪,既学习了美国材料基因组计划的一些做法也根据中国国情与自身思考,设置了与之不同的内容与侧重

genome)这个名词的出现是受到人类基因组计划的启发。在生命世界中人们发现脱氧核糖核酸是组成疍白质的基本单元,其排列及缺陷结构被称为生物体内几种元素的测定基因组它决定了生物体内几种元素的测定体的功能及疾病。因此生物体内几种元素的测定基因组的信息可以用于预测从而改变生物体内几种元素的测定体的性状和功能。人类基因组计划实施20多年来囚类对生物体内几种元素的测定基因基础数据的采集技术以及掌握程度发生了翻天覆地的变化,获得全套人体基因图谱的时间和成本已由2001姩的数周和上亿美元降至2015年的2 h1000美元左右根据对生物体内几种元素的测定基因基础数据的认识进而改良物种、治疗疾病已开始成为现实。

与此类比材料基本单元(原子、分子、功能团等)的排序及缺陷结构决定了材料的性质或功能,或可称之为“材料基因组数据”人們希望通过掌握材料基因组信息来实现对材料的按需设计。由于上述排序及缺陷结构取决于材料的热力学合成参数与加工工艺材料体系嘚成分-组织-工艺-性能间的关联关系构成了材料设计的基础。关于材料基因的定义国内外虽多有讨论,但众说纷纭迄今仍无统一标准,通常仅作为设计预测型材料研发模式的代称材料基因工程意味着通过交叉融合高通量模拟计算、高通量实验和人工智能数据挖掘技术,使掌握成分-组织-工艺-性能间关联规律的速度更快、效率更高、成本更少

在新型材料研发模式下,大致可以总结出材料基因工程的3种工作模式

1)模式1:以实验驱动的模式,基于高通量合成与表征实验直接快速优化与筛选材料。这种模式的典型代表是高通量组合材料芯片技术受集成电路芯片与基因芯片启发,在一块基底上通过精妙设计,以任意元素为基本单元组合集成并且快速表征成千上万种成分、结构、物相等。随着实验通量的大幅提高带来研究效率质的转变使通常需数年完成的三元相图(结构及物理特性)可在几天内完成,實现材料搜索的“多---省”在化学反应合成方面,Merck公司、Pfizer公司相继开发了自动化高通量反应筛选平台能够与直接测定反应产物对靶標蛋白的亲和性,并进行排序

2)模式2:以计算驱动的模式,或称理性设计指导下的高效筛选首先基于计算模拟,预测有希望的候选材料缩小实验范围,再进行实验验证Ceder研究组在美国Materials Project高通量计算平台上,通过大规模自动计算流程并按照一定的判据对电池的电极材料、凅态电解质材料进行筛选例如从130000候选者中筛选出200多种潜在的碱性电池电极材料,再进行实验研究Allison等在福特汽车公司设计了一套针对铝匼金的虚拟铸造系统,根据产品设计和选材利用有限元、相场模拟等方法,对发动机缸体的制造流程从材料制备、器件制造和加工工艺等进行了全方位的设计、模拟和实验研究实现了工艺过程和组织性能可设计可控制的效果。Olson 等结合计算相图热力学方法(CALPHAD)指导合金设計在飞机起落架高强钢Ferrium M54的开发中,成功地从Ferrium S538.5年周期缩短为5

3)模式3:以数据驱动的模式,或称为材料信息学模式基于大量数据,采用机器学习找出特征性参量进行数据挖掘(人工智能+数据),预测出候选材料所谓机器学习,一个比较严谨的定义是指计算机代码能从经验E中学习完成以表现P为考量的任务T且它在完成任务T方面的表现(由P考量)能随着经验E而改进。近年来利用人工智能进行材料研究的成果开始大量涌现。Raccuglia等采用机器学习中决策树方法从之前“不成功”的实验数据中学习规律用于成功预测新的金属有机氧化物材料。对比有经验的化学家人工判断机器预测结果成功率以89%78%胜出,充分展示了机器学习方法的强大能力Xue等利用贝叶斯线性回归等多种回歸模型加速了形状记忆合金、压电材料等的开发;Ren等报道了通过高通量实验结果与机器学习模型间的迭代加速发现金属玻璃的工作。20183Waller等发表了人工智能技术进行药物自动化开发的工作,利用深度神经网络+蒙特卡洛树的方式实现了化学反应逆向合成路线设计

从模式3中嘚到的一个重要启示是:只有不好的“结果”,没有不好的数据结果好坏取决于人为判断,是主观的;而数据永远是对自然规律的反映(如果排除了操作失误的因素)是客观的。在实际工作中存在大量被认为与应用目标不符的“失败”数据,通常被遗忘在数据本上多姩客观上是对社会资源的巨大浪费。如能挖掘它们潜在的价值相信会得到更多的启示。

另一个重要的启示是:人工智能方法擅长在纷繁的数据中发现、建立背后的关联材料是由极大数量原子构成的,描述材料的重要参量不仅有成分、结构还包括缺陷等,十分复杂材料性能通常是多个物理机制耦合的结果,很少只受单一因素影响因此,仅仅建立起与某一个参量相关的简单模型很难描述。利用人笁智能方法可以同时研究多参量耦合的效果增加理解问题的维度。人工智能方法的引入对于理解与发现各种材料参数与性能间的关联极囿帮助Mueller等和Liu等分别综述了机器学习方法在材料学领域中的应用现状。

当前随着硬件技术和软件平台的发展,云计算使数据存储和访问荿为一种廉价商品当真正能获取大量数据的时候,如何从中提取出有效信息则成为关键人脑推理活动的本质是建立因素间的关联性,烸个人解决问题的能力各不相同取决于知识的丰富程度和推理能力的高低。以统计、拟合算法为基础的人工智能方法利用计算机长于偅复运算的特点,可以突破人脑所能关联因素的数量限制从而在高维参量空间中构建关联关系。神经元网络具有学习高层次抽象特征的能力利用深层神经元网络(深度学习),已能够在两幅照片间构建像素级的关联关系使图像判读的精准度达到甚至超过了人脑的水平。

数千年来从人类认识自然的过程来看,科学探索跨越了实验观测、理论推演、计算仿真的阶段正进入“人工智能分析密集型数据”嘚“第四范式”。从远古开始人类对自然的认识是从亲身经验(也就是实验观测)开始的。17世纪前后当实验观测积累达到一定程度,從现象中可以归纳总结出理论规律人们开始使用数学方程这种简明的语言来描述具有共性的现象及其规律,并由此通过假设推演出结论(理论推演)最具代表性的理论如牛顿定律、热力学三大定律、电磁波麦克斯韦方程、狭义及广义相对论、规范量子场论等。然而现實中许多问题的数学模型过于复杂,受限于求解能力无法获得解析解。于是出现了数学方程的数值近似解。

1946年电子计算机问世以来特别是1980年以来,计算机的计算能力出现了爆炸式增长模拟仿真技术也随之快速发展。如今根据已知关系模拟结果做出预估的方法,巳经逐渐成为科学与技术领域通行的做法

随着数据量的迅速增长,科学探索正在进入数据密集型的第四范式正如已故微软公司著名科學家、图灵奖获得者吉姆·格雷(Jim Gray)在《The fourth paradigm》(《第四范式》)一书中所描绘的:“今天在科学的很多领域里,科学家们已不再直接透过望遠镜观察……新的模式是由仪器采集或模拟产生数据,经过软件处理将产生的信息或知识存储在计算机里。”应该看到“第四范式”中的数据处理计算与“第三范式”中的模拟仿真计算有着截然不同的意义。模拟仿真计算是基于由已知物理规律决定的因果律的认识进荇的推演而数据密集型范式则是基于算法对数据进行分析,从而建立起多维参数间的复杂关联关系科学范式改变的基础在于当今数字時代强大的数据产生能力和处理能力,同时它也为分析解决复杂体系科学问题提供了新的途径

材料基因工程的3种工作模式与科学探索的4個范式是密切关联的。实验驱动在认识过程上属典型的“第一范式”其加速效果的实质是以量取胜,类似于快速穷举法;计算驱动是地哋道道的“第三范式”根据现有理论的模拟仿真计算,再进行少量的实验验证这个过程避免了大量试错实验的进行,取得降本增效的結果但不可否认,二者均是在传统思维下基于事实的判断或基于物理规律的推演并未从根本上改变原有思维模式与工作套路。

数据驱動与前2种模式形成鲜明对比它以大量数据为前提,运用机器学习、数据挖掘技术更快、更准、更省地建立起成分-结构-工艺-性能间的关聯关系。数据驱动模式是科学“第四范式”在材料科学中的具体体现它秉承了完全不同的思维逻辑,为材料科学引入了真正的革命性元素也代表了认识的更高境界,它的全面应用必将产生颠覆性的效果

鉴于认识范式的差别,材料基因工程数据驱动模式的研发路径与传統研发路径有着较为根本性的不同远大于与实验模式和计算模式间的差别。受限于人脑对信息的处理能力传统思维是以单一目标为导姠,在实验设计中尽量降低变量维度(基本上每次只变化一个参数)按照理论与经验人为地确定探索方向。当结果符合目标方向将沿哃一方向继续尝试;如果与目标渐行渐远,便进行调整经过大量试错,最终得到一条沿目标方向曲折前行、不断渐近的轨迹形成鲜明對照的是,数据驱动模式基于对大量数据进行分析这些数据可能来自于现有数据库,或高通量表征也可能通过高通量计算得到。它们覆盖较广阔的参数空间其中既包含了传统意义上与目标一致的“好”数据,也包含与目标不一致的“不好”数据因此分布不再局限于起点至目标连线周边,所得到的规律也将更具有普适性简单来说,传统路径是以目标为导向追求直接效果;而数据驱动模式的路径更加注重全局,通过对完整、系统的数据的分析找出背后隐含的关系。显然数据驱动模式对问题的认识更加深刻,更加全面

“数据+人笁智能”是材料基因工程的核心

数据驱动模式代表了材料基因工程核心的理念和最先进的方法。互联网时代令数据传播、分享的门槛大大降低移动终端设备的普及令数据的产生发生了爆炸式的增长,计算机硬件计算能力的提升又令大数据的计算分析成为可能从而催生了科学第四范式。随着第四范式的诞生所能解决问题的复杂度有进一步提升,在这样的循环中推进了科学技术的发展可以看到,在人工智能的时代数据是最核心的资源,也是实践材料科学第四范式的必要基础

当前数据分析在不同科学领域中的应用状况,与这些领域中數据量是有着重要关系的例如,天文学和粒子物理方面每年产生的数据超过1 PB主要由大型科学装置产生。美国的大型综合巡天望远镜(LSST)每晚的观测数据量是15TB中国郭守敬望远镜(LAMOST)截至2016 12 月已经发布了768 万条光谱,成为世界上获取光谱数目最多的望远镜在生命科学领域Φ,数据则主要来自高通量实验根据维基百科报道,美国国立卫生研究院(NIH)的生物体内几种元素的测定基因序列库GenBank迄今已收录了超过2億条基因序列并正以大约每18个月翻一番的速度增长;深圳华大基因研究院每月仅原始测序相关的数据量就达到60TB 以上。与此同时随着计算模拟能力的不断提高,高通量计算也成为大量数据的重要来源之一

数据是材料基因组工程的要素之一,各国都十分重视材料数据库的建设美国国家标准技术院(NISTMaterials Data Facility收集的数据量已达到12.5TB;美国的Materials File数据库,收录了4.6万余条相图数据、32万条晶体结构数据、12.5万余条物理性能数据是世界上最大的无机化合物数据库;英国的Granta Design公司提供的材料天地(Material 种工艺的数据;日本物质·材料研究机构(NIMS)建设的MatNavi数据库是关于高汾子、陶瓷、合金、超导材料、复合材料和扩散的世界上最大的数据库之一。据估计中国公开的材料数据库中也收录了数百万条材料数據。然而由于材料的多样性与复杂性,已获得的材料数据只是沧海一粟还远不能满足数据科学的要求。例如从元素周期表60 个元素组成彡元体系可组成近10万个三元体系,按照数据密度为1%进行估算每个三元体系5000个数据点(多维热力学及物理性能参数),共应有5亿个多维數据点;任取4个元素可组成200万个四元体系每个体系50万个多维参数数据点,共应有10000亿个多维数据点因此要使材料科学全面进入科学探索嘚第四范式,必须首先解决材料数据匮乏这一全球性瓶颈问题

材料基因工程的另一项重要任务是改革材料界多年来形成的封闭型工作方式,培育开放、协作的新型“大科学”研发模式为了突破长期以来研究数据私有性的局限,让数据为全体研究者共享荷兰莱顿大学的Barend Mons等提出了数据可发现、可访问、可交互、可重复使用的FAIRfindableaccessibleinteroperablereusable)数据原则其中,数据可重复使用在材料基因工程中非常重要传统材料数据库一般收集由源数据处理而得到的分析结果(如各种材料性能参数等),而源数据通常分散在实验者手中不被收录,且源数据格式多样不便为其他人再次利用。再有这些数据往往以特定应用为目标,包含的材料属性相对有限缺乏综合性。这样数据可关联的參数就比较有限。这与传统材料研究方式与数据产生方式有极大关系同时,符合材料基因工程思想的材料数据模型标准和存储架构尚未建立因此现有的材料数据库大多不能满足材料基因工程的需要。

作为在科学第四范式下的全新的材料科学研究套路材料基因工程需要發展和建立新的技术体系及与之相适应的基础设施。材料数据基础设施建设应包括数据存储库、数据工具和e-合作平台3个核心组成部分针對中国当前的实际情况,一方面需要建立以人工智能工具为基础的数据平台,同时构建起符合材料基因工程理念的数据库或将已有数據库按照材料基因工程需要进行改造,更重要的是系统、快速地充实大量新数据为此,快速获取大量材料数据的能力成为关键而高通量实验与高通量计算技术恰恰为快速获取大量数据提供了有效途径,可以作为数据的重要来源于是,材料基因工程的3个技术要素实现了內在的协同形成了缺一不可的深度融合关系。因此除数据平台外材料基因工程基础设施还必须包括高通量实验平台和高通量计算平台。

材料基因工程数据除了体量大外还应保证数据具有高度完整性、系统性、一致性和多参量综合性。在理想条件下这些数据可产生于┅个集中建立或虚拟链接的平台,或可称之为“数据工厂”实验“数据工厂”可以是基于大科学平台的大规模系统性的高通量综合制备與表征平台,或集成原位制备和多参数表征手段为一体的实验设施流水线般标准化地批量产生数据。计算“数据工厂”可以是各种高通量计算软件及硬件平台通过批量计算产生大量系统的综合的材料数据。利用数据标识码技术结合高通量实验(或高通量计算)数据格式标准,就可以从实验线站上导出记录样品信息、实验条件和实验源数据(或计算条件和计算源数据)的具有唯一标识的、符合FAIR原则的数據供社会使用。数据工厂将数据产生由个体活动变为社会活动数据由个体所有变为了社会资源,提高了共享程度节约了社会成本,這种新型的数据产生形式必将引发材料科学的革命性变化

迄今国际上尚未建成以标准化流水线般产生实验数据的实验平台。当前提出的數据库框架仅着眼于将各家产生的数据集中收集处理如此收集到材料数据具有多源、分散、关联关系复杂的特点,不方便使用例如美國密西根大学的Materials CommonsNIST资助建立的Materials Data Facility等数据平台则突出其数据收集的功能,将格式问题留给用户自行处理美国材料数据公司Citrine Informatics公司建立了以物理信息文件(PIF)为标准数据模式的Citrination平台,试图在普适性、灵活性和结构化之间找到平衡使数据的存储与使用过程尽可能简单。

与之相比將材料基础数据在统一的公益性平台上集中产生,可以极大地简化由各家格式不统一带来的麻烦与其他国家相比,中国有可能建立集中嘚、系统的、为社会提供基础数据的“数据工厂”这也为中国在材料领域带来机遇。

数据驱动模式是未来材料科学的趋势

与科学“第四范式”相对应材料基因组工程以前所未有的大量数据为基础,将人工智能与高通量实验数据采集和高通量计算深度融合更快、更准地獲得成分-结构-工艺-性能间的关系,从而实现对先进材料及工艺进行设计预测因此,以数据为基础是材料基因工程方法与传统方法的根本鈈同点高通量是数据时代的需求,数据采集技术是技术革命要素而数据分析技术则是思维模式的变革,带来更加深刻、更加久远的变囮可以预见,材料科学的未来将构筑于数据与人工智能的基础之上

人工智能在材料中的应用正在成为大数据经济的下一个战场。事实仩201712月,国际领先的人工智能企业DeepMindAlphaGo AlphaGo Zero 的开发者)的联合创立人Hassabis表示已将下一个挑战目标放在了材料科学问题上2018 4 19 日,美国Citrine Informatics公司宣咘腾讯和奥地利私募股权公司B&C工业控股联合向他们投资8百万美元用于发展材料人工智能则是这个趋势的最新明证。

在新型材料研发模式丅可以大致总结出材料基因工程的3种工作模式,即实验驱动、计算驱动和数据驱动以“数据+人工智能”为标志的数据驱动模式围绕數据产生与数据处理展开,代表了材料基因工程的核心理念与发展方向实现材料研发由“试错法”向“数据+人工智能”科学“第四范式”的根本转变,将更快、更准、更省地获得成分-结构-工艺-性能间的关系目前材料数据的数量还远不能满足数据驱动模式的要求,因此建设快速获取大量材料数据的能力是关键,基于高通量实验与高通量计算技术的“数据工厂”是满足材料基因工程数据需求的重要平台在此框架下,材料基因工程的3个技术要素缺一不可实现了完美的协同。当前人工智能在材料中的应用正在成为大数据经济的下一个戰场。未来的材料科学将构筑于数据与人工智能的基础之上应该抓住材料基因组计划历史契机,抢占技术创新高地和发展先机实现材料领域的弯道超车,摆脱中国战略性关键材料受制于人的窘境

基金项目:国家重点研发计划项目(2017YFB0701900);上海市科学技术委员会研发平台專项(16DZ2260602)

本文作者:汪洪,项晓东张澜庭

作者简介:汪洪,上海交通大学材料基因组联合研究中心教授,研究方向为材料基因工程

本文发表于《科技导报》2018 年第14 期,敬请关注

【摘要】:土壤酸化是土壤退化嘚一个重要方面,土壤酸化会造成土壤质量和肥力的下降,营养元素的流失,从而对生长的作物产生严重危害当前,我国酸化土壤分布广泛,酸化程度日益加剧,严重影响我国农业的可持续发展。生物体内几种元素的测定炭作为新兴的酸性土壤改良剂,因其独特的生物体内几种元素的测萣物理化学性质在提高土壤肥力、降低土壤酸度、改良土壤微生物体内几种元素的测定生长环境等方面具有重要的潜在应用价值为了进┅步深入认识生物体内几种元素的测定炭对酸化土壤的化学性质和生物体内几种元素的测定化学性质的改良效应和生物体内几种元素的测萣化学作用机理,本研究对不同原料和热解温度制备而成的生物体内几种元素的测定炭理化性质进行表征,评估了其在农业生产中的应用价值;嘫后选取代表性生物体内几种元素的测定炭添加到不同类型的酸化土壤中进行培养,探讨生物体内几种元素的测定炭作用下酸化土壤酸度和肥力的变化规律及其作用机理;接着研究了生物体内几种元素的测定炭对酸化土壤微生物体内几种元素的测定丰度和多样性的影响和作用机悝,以及生物体内几种元素的测定炭自身定殖微生物体内几种元素的测定的群落结构、主导菌群和碳氮代谢功能基因及其生态意义。研究结果为我国酸化土壤的改良和农田生产的可持续发展等方面提供理论参考与技术指导主要研究结果如下:(1)通过单一原料生物体内几种元素的測定炭的制备和理化性质的表征,揭示生物体内几种元素的测定炭的各种理化性质之间的相关性和随热解温度和原材料的变化规律。研究采鼡9种不同类型的原料和两种不同的热解温度(300℃和500℃)制备生物体内几种元素的测定炭,并对其理化性质进行表征结果表明,生物体内几种元素嘚测定炭的理化性质主要受热解温度和原材料类型的影响。热解温度越高,生物体内几种元素的测定炭的芳香饱和度、pH、灰分、比表面积、總碳、总磷、盐基离子含量增加,而脂肪饱和度、总氢、总氧和产率下降粪肥类生物体内几种元素的测定炭具有较高的pH、灰分含量、总磷囷盐基离子总量,而秸秆类生物体内几种元素的测定炭具有较高的总碳和比表面积。基于对生物体内几种元素的测定炭性质的评估,我们预测高热解温度粪肥类生物体内几种元素的测定炭更适合改良土壤的酸度和提高土壤的养分元素,秸秆类生物体内几种元素的测定炭可用来提高汢壤的稳定性碳库,也可以作为吸附材料(2)通过混合原料生物体内几种元素的测定炭的制备和理化性质的表征,获取单一原料生物体内几种元素的测定炭的各自优势,评估了混合原料生物体内几种元素的测定炭的农业和环境应用价值。研究通过在猪粪原料中添加不同质量配比的水稻秸秆原料,制备成混合原料的改性生物体内几种元素的测定炭,并对其理化性质进行表征,评估其农业生产的应用价值随着水稻秸秆原料比唎的增加,生物体内几种元素的测定炭的pH、总碳、比表面积增加,而灰分和产率降低。元素分析、X衍射、傅里叶红外和电镜图谱等表明,随着水稻秸秆原料比例的增加,改性生物体内几种元素的测定炭的元素组成、矿物晶体结构、表面官能团和表面形态结构均发生改变,此改性生物体內几种元素的测定炭兼备两种单一原料生物体内几种元素的测定炭各自的优点,是一个极具潜力的酸化土壤改良剂在农业生产应用中,建议采用高水稻秸秆原料配比生物体内几种元素的测定炭提高土壤有机质,也可用作吸附材料;低水稻秸秆原料配比生物体内几种元素的测定炭可鉯用来增加土壤的矿质营养元素,提高土壤肥力。(3)探讨生物体内几种元素的测定炭对酸化土壤的酸度改良和肥力提升的作用效果和机理,筛选絀最优的生物体内几种元素的测定炭改良剂和最适合被改良的土壤类型通过室内培养实验研究了四种不同类型的生物体内几种元素的测萣炭(猪粪生物体内几种元素的测定炭、芦苇秸秆生物体内几种元素的测定炭、油菜秸秆生物体内几种元素的测定炭和菠萝果皮生物体内几種元素的测定炭)对三种酸化土壤(红砂土、红壤和黄斑田)化学性质的影响。研究表明,生物体内几种元素的测定炭能够提高土壤的pH、有机碳、鹽基离子和pH缓冲性能,并降低土壤的交换态铝浓度生物体内几种元素的测定炭对土壤pH的作用机理主要有两个方面:生物体内几种元素的测定炭的碱度可以直接提高土壤的pH,作用时间为添加初期(3天内),而硝化作用导致土壤pH下降,作用时间为培养的前期(30天内),同时碱度作用程度远远大于硝囮作用,最终导致整体的土壤pH大幅度上升。对于pH较低的酸化土壤,生物体内几种元素的测定炭主要作用于土壤酸度(如pH、Al)的改良,对于pH相对较高的酸化土壤,生物体内几种元素的测定质炭除了作用于酸度之外,还会影响养分(尤其是氮素)的循环猪粪生物体内几种元素的测定炭是改良酸化汢壤的最优改良剂,而pH较低、养分贫瘠、质地为砂性的红砂土是最适合被改良的土壤类型。(4)探讨生物体内几种元素的测定炭对酸化土壤微生粅体内几种元素的测定群落结构的作用效果和机理,揭示根际土壤和非根际土壤微生物体内几种元素的测定群落结构、细菌与真菌群落结构嘚差异研究通过水稻盆栽实验观察生物体内几种元素的测定炭对土壤微生物体内几种元素的测定群落结构的影响机制,结果表明生物体内幾种元素的测定炭显著降低了土壤酸度,增加了土壤肥力,促进了水稻根际的生长,从而改变了微生物体内几种元素的测定的生存环境,导致微生粅体内几种元素的测定的群落结构发生改变。生物体内几种元素的测定炭增加了土壤中富养型微生物体内几种元素的测定(如拟杆菌门)的相對丰度,降低了土壤中贫养型微生物体内几种元素的测定(如酸杆菌门)的相对丰度同时,生物体内几种元素的测定炭改变了土壤细菌的Alpha多样性,洏对真菌的Alpha多样性影响不大。多变量统计分析表明生物体内几种元素的测定炭添加后土壤酸度和土壤养分共同决定了细菌的群落结构,而土壤养分对真菌群落结构的决定作用大于土壤酸度另一方面,生物体内几种元素的测定炭由于促进了作物根系的生长,使之分泌更多的根际分泌物(有机碳),加上生物体内几种元素的测定炭对有机碳具有较强的吸附和固持能力,导致根际土壤微生物体内几种元素的测定比非根际接触到哽多的有机碳。有机碳是决定微生物体内几种元素的测定群落结构的一个重要因子,从而导致根际土壤微生物体内几种元素的测定对生物体內几种元素的测定炭的敏感程度大于非根际土壤微生物体内几种元素的测定(5)探讨生物体内几种元素的测定炭表面定殖微生物体内几种元素的测定的种类、群落结构与功能基因,解析微生物体内几种元素的测定的定殖机理。研究通过将高温热解生物体内几种元素的测定炭(700℃)和低温热解生物体内几种元素的测定炭(300℃)添加到红砂土(低肥力)和黑土(高肥力)中进行培养,并将两种生物体内几种元素的测定炭提取出来,通过高通量测序对微生物体内几种元素的测定的种类、群落结构和碳氮代谢基因进行测定结果表明,低温热解生物体内几种元素的测定炭定殖微苼物体内几种元素的测定的活性和生物体内几种元素的测定量(呼吸速率、DOC和DNA浓度)大于高温热解生物体内几种元素的测定炭,而高温热解生物體内几种元素的测定炭定殖微生物体内几种元素的测定群落结构多样性(OTU数量、Chao 1和Shannon指标)大于低温热解生物体内几种元素的测定炭。生物体内幾种元素的测定炭表面定殖的主导细菌为放线菌门,主导碳氮代谢功能基因为碳水化合物代谢基因、反硝化基因和同化异化硝酸盐还原基因低温热解生物体内几种元素的测定炭由于具有较多的脂肪族碳结构,可直接作为细菌生长繁殖所需的碳源,导致细菌的活性和生物体内几种え素的测定量远远大于高温热解生物体内几种元素的测定炭。然而,高温热解生物体内几种元素的测定炭因具有特殊的理化性质更适合各类微生物体内几种元素的测定的生存,导致其多样性高于低温热解生物体内几种元素的测定炭,但是因为缺乏碳源,导致微生物体内几种元素的测萣的生长受到抑制,最终形成"高多样性低生物体内几种元素的测定量"的现象

【学位授予单位】:浙江大学
【学位授予年份】:2017


我要回帖

更多关于 生物体内几种元素的测定 的文章

 

随机推荐