突变位点在非编码区，这可怎么办？
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突变位点在非编码区，这可怎么办？
在从临床样本出发的研究中，我们常常碰到这样的情况：某个基因的突变位点（或者SNP，在后文中统一用突变表示）与疾病进展有显著相关性，在一文中，我们说第一层相关性是比较弱的逻辑关系，基因突变与疾病进展两个因素之间有相关性，基因突变可能是疾病进展的原因（“Driver” mutation）或者结果。我们知道当基因突变发生在编码区，并且由于突变导致编码蛋白序列产生差异，从而导致疾病进展是完全可以解释，并有成熟研究套路的。理论基础比较简单：序列改变结构，结构改变功能，功能异常导致疾病。为了证明中间的因果关系，一般需要结合生物信息学预测（核酸序列改变如何改变蛋白序列、蛋白二级、三级结构）、功能实验（从体外细胞和体内动物水平对基因序列进行干预，并进行疾病对应的表型和指标检测）和分子实验（蛋白序列结构的改变导致疾病相通路和分子异常）来阐述。这一点大家应该可以理解。但是如果基因突变的位点正好在基因非编码区，或者在编码区却没有改变蛋白的序列（比如氨基酸密码子的简并性：比如ACU,ACC,ACA,ACG都是苏氨酸的密码子），临床统计结果强烈提示两者有相关性，而功能实验也确实证明了这个位点影响了细胞与动物表型，那机制该怎么解释呢？个人认为解释这种构突变和疾病进展的一个关键词就是：结合，就是说即使蛋白序列没有变化，只要该位点的变化导致了与之结合的分子功能异常即可，这里的结合分子可以是蛋白、RNA或者DNA。上面的内容大家看起来可能有些空洞，我们展开来说明：1. 突变位点位于mRNA 3'UTR区，影响microRNA对其结合，导致mRNA 降解受阻，mRNA表达上升。同样这种模式也适用于lncRNA。我们以肿瘤为例，正常情况下癌基因A的mRNA被microRNA B结合和降解，我们知道microRNA与mRNA结合一般是mRNA的3'UTR区（对应microRNA的“种子”区），当突变位点坐落于这个位置时，本来是A的序列变成了G，导致microRNA与mRNA的结合受阻，癌基因A mRNA被降解减少，表达上调，肿瘤发生。这个例子说明的是突变位点影响到了RNA与RNA的结合。相关文章：2. 突变位点位于转录因子的结合位点，从而导致转录因子不能（或者减弱）参与基因转录调控。这里突变包括胞嘧啶C的出现或者以及胞嘧啶C的进一步甲基化修饰影响转录因子的结合。比如：转录因子TF通过促进抑制癌基因B的转录抑制肿瘤发生，这个过程要求转录因子TF首先结合到基因B DNA上的一段序列上（转录因子结合位点，图中的CATA），如果突变位点正好位于转录因子结合位点上（上图中的红色A变为了T），这时转录因子与序列的结合就会变弱；甚至当A变为了C，而胞嘧啶C又进一步被甲基化变为Cm后，可能转录因子与新序列CCmTA的结合就会被完全阻断；最终结果是抑癌基因B转录被抑制，肿瘤发生。这个例子说明的是突变位点影响到了蛋白与DNA的结合。相关文章：3. 突变位点影响到可变剪接过程，从而调控不同转录本的平衡；关于可变剪接我们以前介绍过很多，一个基因的pre-mRNA经过剪接这个步骤会产生多条成熟的mRNA，而不同的mRNA功能可能类似，比如活性有高有底，也有可能完全相反。另外我们知道最近比较热的一类非编码RNA——环状RNA，也可能被剪接出来，比如正常情况下剪接出mRNA，疾病情况下剪接出circRNA。这里我们考虑一个比较极端的例子：基因A的两条转录本A1和A2的功能是完全相反的，比如A1是癌基因，A2是抑癌基因。那么正常情况下A2起主导作用，而突变位点正好影响到了可变剪接这个过程，从而导致A2不再产生，而A1却被大量剪接出来，导致肿瘤发生。这个例子说明的是突变位点影响到了蛋白与RNA的结合。相关文章：举了上面三个例子，我想大家应该能想到这点：当突变位点不能导致蛋白序列发生变化时，仍然可以从RNA或者DNA水平说明突变位点所造成的影响。尽管我们只举了microRNA、转录因子和可变剪接这三个例子，大家完全可以展开考虑，比如突变位点影响到：lncRNA-mRNA的结合，从而影响mRNA的稳定性；lncRNA对DNA的结合，影响基因的表观调控；lncRNA对RNA结合蛋白（RBP）的结合；RNA的二级结构；RNA的定位等等。最后需要说明一点：在很多情况下，单个碱基的改变并没有什么卵用，对影响分子之间的结合起效甚微，所以在做机制前一定要先做功能实验证明。That’s all. Thank you!
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你可能喜欢如何查询一个SNP位点位于基因的内含子、外显子还是编码区?
如何查询一个SNP位点位于基因的内含子、外显子还是编码区?
可以在NCBI上面找到基因的CDS..然后比对一下~ 再问： 那如果不在编码区的话怎么判断是内含子还是外显子？ 再答： 有没有rs号？有的话直接NCBI就出来啦~没有的话还是比对序列..再问： rs1801028 在11号染色体DRD2基因上，我看不懂NCBI的那个图…… 再答： 绿色框表示外显子..所以说rs1801028 在DRD2的exon上...
与《如何查询一个SNP位点位于基因的内含子、外显子还是编码区?》相关的作业问题
你可以试一下ncbi,打开后将自己知道的SNP位点的名称输入进行搜索,就会出现很多结果,其中可能就有你想要的.
比如说用primer3,你就把找到的包括这个SNP的一段序列copy进去,在你的snp周围用方括号包括一段序列,然后让primer3设计就可以了
非编码区上有操纵子,如启动子和终止子,是RNA聚合酶的识别与结合位点,没有非编码区,RNA聚合酶就不能结合到基因上,也就不能转录含有内含子的基因能转录出前体RNA,再由内含子转录出来的部分进行自我切割,才得到成熟的mRNA,没有内含子也就没有自我切割水不是光合与呼吸的主要限制因素,而且对于水生植物来说,水对光合与呼吸没
SNP 是 single nucleotide polymorphism意思是单个核苷酸的变异,如果这个变异出现在非基因区域,很大程度上不会影响基因,如果出现在一个基因中,就是一种等位基因,但不是基因型,你要弄清概念 再问： 对于一个个体来说，如果标出了物理位点的snp（如C变成了T），是不是就说明了这个人的基因型是T
单核苷酸多态性(SNP)是指在基因组上单个核苷酸的变异,包括置换、颠换、缺失和插入.从理论上来看每一个SNP 位点都可以有4 种不同的变异形式,但实际上发生的只有两种,即转换和颠换,二者之比为2 :1.SNP 在CG序列上出现最为频繁,而且多是C转换为T ,原因是CG中的C 常为甲基化的,自发地脱氨后即成为胸腺嘧啶.一
从理论上说一个SNP位点应该有4种等位基因型,即A.T.C,G,但是在现实情况中,往往只有2种,说以说是两种等位基因型.一个位点两种基因型AG,不是一条链为A,另外一条链为G.这个意思是说,比如人有两套染色体,一套来源母本,一套来源父本,所说的A和G的等位基因型说的是这两套上的不同基因型.
进入NCBI网站,点击BLAST,进入后,按照提示输入已知基因的序列,然后进行BLAST(比对的意思）.结果会告诉你有很多基因跟这个基因同源,只是同源度不同而已.然后你选择同源度为100%的那个基因,点击进去后,会告诉你这个基因的详细信息.比如,有几个外显子,几个内含子,分别位于基因的什么位置等等.查询SNP方法同上,
在含SNP位点的两侧的保守区设计引物,PCR扩增,对扩增片段（几百bp为宜）进行测序即可.
问题补充：但是PUBMED上似乎没有处于哪条基因上的信息,可否请您用我给出的你可以试一下ncbi,打开后将自己知道的SNP位点的名称输入进行搜索,就会出现
先给你贴个东西你先看一下 希望对你有帮助 将特定的外源基因构建在植物表达载体中并转入受体植物,并不是植物遗传转化的最终目的.理想的转基因植物往往需要外源基因在特定部位和特定时间内高水平表达,产生人们期望的表型性状.然而,近二十年的发展历史却表明,外源基因在受体植物内往往会出现表达效率低、表达产物不稳定甚至基因失活或沉默
功能snp一般指对相应基因表达蛋白活性或表达量有明显影响,从而有明确功能影响的snp,比如cyp2c19的*2、*3多态性的snp可以降低相应酶活性造成慢代谢.由于基因组上snp数量巨大,在做基因扫描确定与疾病关系研究时成本巨大,但遗传时距离近的基因往往形成连锁,snp也成片的传递,既距离越近的snp一起传递给下一代的
这个要看研究的对象了如果是单基因遗传,二代测序这个比较好做,特别是那种罕见遗传的疾病,可以通过外显子测序（因为罕见遗传病大部分都是外显子的突变造成的）,对一个家系的几个个体进行测序,筛选低频突变,随后找那种能改变蛋白功能的突变,最后做共分离分析.如果是多基因病或者质量性状定位,那么2个方法,1,全基因组关联分析GWAS
　　糖尿病分1型 和2型和妊娠期糖尿病.1型多发生于青少年,胰岛素分泌缺乏,必须依赖胰岛素治疗 .2型多见于30岁以后中,老年人,其胰岛素的分泌量并不低甚至还偏高,病因主要是机体对胰岛素不敏感　　意见建议:　　常见病因　　1,与1型糖尿病有关的因素有：　　自身免疫系统缺陷：因为在1型糖尿病患者的血液中可查出多种自身免疫
基因是有遗传效应的DNA片段,基因在DNA上的分布有线性不连续,也有重叠基因.基因之间的部分是基因间区.基因分为编码区和非编码区,非编码区位于编码区前后,同属于一个基因；真核生物的编码又分为可编码序列（外显子）和非编码序列（内含子）. 启动子是基因（gene）的一个组成部分,控制基因表达（转录）的起始时间和表达的程度.
【题干信息】两种病应该是位于11号和16号常染色体上突变产生的致病基因.甲、乙、丙、丁均有突变.但他们均正常,说明是隐性致病基因.设11号染色体上致病基因为a,16号染色体上致病基因为b则甲、乙、丙、丁的基因型分别为：AaBB、AABb、AaBB、AABb甲和丁产生的一女A（性别已知）有1/4AaBb（其他子代基因型概
直接双向测序,根据测序峰图就能判断了
假设人群中某位点的等位基因A和a,有AA、Aa、aa三种基因型,A的频率为p,a的频率为q,在平衡状态下,p+q=1在随机婚配人群中A或a精子与A或 a卵子随机结合,受精卵（子1代）的基因型及其频率可表示如下：子1代的基因型频率和基因频率分别是：AA:p2; Aa:pq+pq=2 aa:q2
先给你贴个东西你先看一下 希望对你有帮助将特定的外源基因构建在植物表达载体中并转入受体植物,并不是植物遗传转化的最终目的.理想的转基因植物往往需要外源基因在特定部位和特定时间内高水平表达,产生人们期望的表型性状.然而,近二十年的发展历史却表明,外源基因在受体植物内往往会出现表达效率低、表达产物不稳定甚至基因失活或沉默等
PCR产物全长用引物进行Blast就能找到,A2330G和A-340C这个是对具体的基因来说的,NCBI里面有个SNP数据库,用这个就能找到rs号