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Chem3d计算分子的长宽高
求教各位大侠，如何用Chem3d来计算分子的长宽高，希望得到具体的操作步骤。我是用的是Chem3d 2010，不胜感激涕零！
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ChembioOffice-软件的操作与使用_图文.ppt
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按钮逐项查看，可显示大名鼎鼎的尼古丁分子，其貌不扬但危害巨大。 输入“160-170”，按回车键 共找到14项相关信息，尼古丁和邻苯二甲酸都在其中。 使用化学反应数据库 执行【File】/【Open】菜单命令，弹出【Open】对话框 查找到“ISICCsm”数据库，单击选中之，单击“打开”按钮出现主界面 打开化学反应数据库“ISICCRSm”检索化学反应 查找免费网络资源 如果注意观察，会发现ChemFinder菜单栏上有一个【Online】菜单，可以在线查找化学信息； 该网址提供了大量的化学信息，当然我们也可直接用IE浏览查找。
/chemistry/ 检索举例：C6H6（苯） 1.输入分子式 2.检索出16个同分异构体 3.查看其各项物性数据 4.显示红外图谱数据 参考文献 化学化工中计算机应用技术丛书： 1. 胡立江 编著.
精通ChemDraw. 清华大学出版社，2002 2.李梦龙，王智猛，姜林等编.
化学软件及其应用.化学工业出版社，2004 3.王荣民 主编.化学化工信息及网络资源的检索与利用.化学工业出版社，2003
作业 画出如下的结构
输入如下的反应式
3. 画出1个实验蒸馏装置
4. 制作苯环分子的立体结构图，并进行分子几何的优化计算
5. 绘制N-甲基苯甲酰胺和苯乙酮的结构式，用表格列出其物理化学性质，并预测苯乙酮的质子和13C的化学位移 2.2.2 结构绘制功能 1. 简单的无机反应式和有机分子式 ChemDraw中可以一次性输入反应式文本，在应用“Formula” 进行优化，其Formula格式化的智能程度较其他软件有所增 强。 2. Fischer（费舍尔）投影式 3. Haworth（霍沃思）投影式 4. Newman（纽曼）投影式 5. 立体化学 1. Fischer（费舍尔）投影式 文本工具 单键工具 下图为葡萄糖分子的Fischer投影式 首先使用单键绘制工具建立主碳链接，重点是要确保下一个单键紧接在上一个单键的下面（鼠标会提示）。完成后仍然使用单键绘制工具建立其他C—H和C—OH键，也要保证每个键之间的链接点，最后使用文本输入工具输入文字，View菜单的Analysis Window功能可以提供一些当前结构的简单信息 这根直线其实是五个单键连起来的 2. Haworth（霍沃思）投影式 下图为α-D-葡萄糖的Haworth投影式 绘制这个图形使用单键、文本、楔键 等工具和对象的旋转、缩放等操作 首先建立一个六元环（环己烷），选中六元环并旋转90度（用鼠标或Object菜单的Rotate命令），用文本输入工具把六元环中的一个碳原子变为氧原子，然后使用单键工具栏建立其他化学键。 关键在于第五个碳原子的向下方向的键，为了避免与其他键交叉需要按住Alt键再绘制。接着选中整个图形，按住Shift键进行缩放（不对称缩放），把高度缩小至50%，用文本输入工具输入相应的基团，再用楔键工具修改即可 使用单键工具按住Alt键绘制，适当减少长度以免与下面的键接触 3. Newman（纽曼）投影式 Newman投影式绘制相对比较简单。 关键在于化学键的叠放顺序（图层相互覆盖的问题），方法是选中一部分对象，按鼠标右键选择Send to Back和Bring to Front以改变其层次关系。 4. 立体化学 下图中的四个结构式是同一种物质 第二个图形是使用Object菜单的ShowStereochemistry 命令建立的 第三个图形是第二个图形水平反转的结构 第四个图形是第三个图形垂直旋转180度的结果 为了出现Rotate180 Vertical，这个菜单项需要同时按住Alt键 2.2.3 ChemNMR-核磁谱的计算 ChemDraw提供了核磁位移的估计计算，可以在 选定分子后在Estimate菜单选择1H NMR Shift或1C
NMR Shift，相应给出分子各个H或C的位移。列表 给出详细资料： 心血管药物心得安（propranolol） 执行【Structure】/【Predict 1H-NMR-Shift】菜单命令 执行【Structure】/【Predict 13C-NMR-Shift】菜单命令 分别执行【View】/【Show Analysis Window】和【View】/【Show Chemical Properties Window】菜单命令 执行【View】/【Show Period Table Window】菜单命令，并可以得到该元素的物理性质 执行【View】/【Other Toolbars】/【Clipware，Part1或Part2】菜单命令 绘制实验装置图 可以用磨口玻璃仪器接插件迅速搭建化学反应装置 2.2.4
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chembiooffice2014破解版|化学结构绘图软件chembiooffice ultra14破解版下载 免注册机
分子式和结构式是化学家的语言，这类特殊的数据自然就需要专门的chembiooffice2014破解版软件来处理。虽然网上已经有了许多化学软件相继问世，但是ChemBioOfice却脱颖而出，成为世界上最优秀的化学软件，软件集强大的应用功能于一身，其结构绘图是国内外重要论文期刊制定的格式。化学工作者可以用ChemBioOfice去完成自己的想法，与同行交流化学结构、模型和相关信息，因此chembiooffice2014破解版也成为了化学工作者的必备软件。
chembiooffice2014破解版包含了ChemBio3D Ultra 14.0、ChemBioDraw Ultra 14.0、ChemBioFinder for Office 14.0以及ChemBioFinder Ultra 14.0四个套件，其中ChemBioDraw是ChemBioOffice2014中使用最为频繁的组件，也是国际上绝大多数杂志指定的论文排版软件，为不同的杂志备有不同的模板，应用最为广泛。用一句话来总结是“化学家能懂的，ChemBioDraw也应该懂”。除此之外，用户还可以很方便的从结构式生成化学名称并预测化合物的理化性质及光谱数据。更多功能还需要大家自己探索。
chembiooffice 14安装教程
1、点击“ChemBioDrawUltra140_Trial.exe”开始正式的安装，然后在弹出的界面点击“next”
2、在这里需要注意的是该协议框的中的下拉框一定要拉到底，不管你看或者是不看都要这么做，不然是无法进行chembiooffice 14下一步的安装的
3、这里建议默认勾选即可，chembiooffice 14的安装路径用户需要注意的是尽量不要默认去安装，以此来避免影响到计算机的正常运行
4、默认勾选即可，然后点击“next”
5、这里用户自行决定要进行什么组件的安装，选择之后点击“next”
6、直接点击install
7、安装完成，现在用户可免费使用chembiooffice 14
chembiooffice 14使用教程
一、从Word导入ChemDraw分子结构图
将画好的分子结构保存成图片格式插入Word
1.首先可以将画好的化学分子结构保存成jpg、bmp、png等图片格式
2.在Word菜单栏点击“插入”—“图片”—“本地图片”，在弹出的对话框浏览要插入的分子结构图片，选择并插入
利用插入对象的方法导入编辑好的化学分子结构
1.在你的电脑上正常安装ChemDraw软件后，在Word的菜单栏选择“插入”，然后选择“对象”
2.点击“对象”右边的小三角，选择“对象（J）”
3.弹出“对象”对话框，选择对象类型“CS ChemDraw Drawing”,然后点击确定
4.这时会打开ChemDraw Std软件，我们可以在该软件绘制化学分子结构，绘制完成后点击 “File”—“Close and Return to 文档”，绘制的化学分子结构就会显示在Word中
二、绘制五种化学图形
1.绘制二维结构式教程
从Structure菜单中选择Convert Name to Structure命令，并将阿莫西林英文名AMOXICILLIN复制到Insert Structure对话框中，点击确定按钮后绘制窗口即可出现化学结构式
在单键、双键、楔键、虚楔键之间来回切换，双击键尾或选择文本工具后单击键尾输入原子符号，绘制成功的结构式如下所示:
2.绘制三维结构式教程
启动ChemBio 3D软件，激活ChemBio 3D绘制窗口。在需要绘制十肽菌素分子模型的位置双击鼠标，此时Replacement Text框出现，在框中输入HAlaArgCysAlaGluGlyLeuLysPheValOH，此十肽菌素分子结构中除了H和OH都是子结构。点击Enter回车键，模型建立完成
用户还可以选择不同的键进行组合绘制，这种方法在绘制较为复杂的结构时比较浪费时间
3.绘制化学反应式教程
首先要绘制出反应物和产物的结构式，本案例中分别为水杨酸和乙酐，然后将结构式按照反应顺序移动到适当位置，再用鼠标在ChemDraw 工具栏中单击选取合适的箭头工具，在反应物和产物之间点击并拖动鼠标，形成箭头符号。ChemDraw绘制反应条件时需要用到【文本】工具，选择文本工具后在需要反应条件的位置单击并输入文字，这里注意需要选择“宋体”字体。绘制的乙酰水杨酸反应式如下所示：
4.绘制实验装置图教程
化学工程需要研究有关工程因素对过程和装置的效应，特别是在放大中的效应，以解决关于过程开发、装置设计和操作的理论和方法等问题。从ChemDraw绘制窗口左侧的模板(Templates)工具中选择Clipware Part 1和Clipware Part 2命令可以调用多种器具模板，包括基本图形工具和试验器材模板。选中需要的模板之后进行组装和调整，最后达到自己想要的效果
5.绘制化工流程图教程
化工流程图是用来表达化工生产工艺流程的设计文件，为化学工程研究和生产提供了极大的便利，绘制方法与绘制实验装置图类似。以下是绘图软件ChemDraw绘制的化学实验流程图:
chembiooffice 14新功能
1、ChemBio3D Ultra 14.0
ChemBio3D提供3D分子模拟图形，化学家们可通过研究化合物的三维结构来预测化合物属性和特异性
2、ChemBioDraw Ultra 14.0
ChemBioDraw全球上千万的科学家正在使用ChemBioDraw绘制化学结构、反应式、生物通路图，进行数据库查询，同时方便地从结构式生成化学名称并预测化合物的理化性质及光谱数据。
3、ChemBioFinder for Office 14.0
ChemBioDraw for Office在Office中增添了化学结构插件，并可以使用Office对化合物信息进行分析、排序和组织，进一步对化合物数据进行管理以及研究构效关系
4、ChemBioFinder Ultra 14.0
ChemFinder化学信息搜寻整合系统，可以建立化学数据库、储存及搜索，或与ChemDraw、Chem3D联合使用，也可以使用现成的化学数据库。ChemFinder是一个智能型的快速化学搜寻引擎，所提供的ChemInfo信息系统是目前世界上最丰富的数据库之一，包含ChemACX、ChemINDEX、ChemRXN、ChemMSDX，并不断有新的数据库加入
chembiooffice 14新特性
1、强大的化学、生物绘图功能
科学家可以利用丰富多样的化学生物模板来绘制各种化学结构、细胞及生物通路图，从而有助于准确地交流研究成果和观点。ChemBioDraw可编辑与化学和生物相关的绝大多数图形
2、增加新的生物绘图工具
科学家可以利用 ChemBioDraw 准确处理和描绘有机材料、有机金属、聚合材料和生物聚合物（包括氨基酸、肽、DNA 及 RNA 序列等），以及处理高级形式的立体化学结构。在BioDraw工具栏中新增tRNA工具和核糖核酸工具、质粒图工具以及序列工具
3、支持结构与性质关系
支持结构命名，系统对有确切化学意义的结构，可用IUPAC规则为结构命名，给出一个化合物名称，系统可将其展开为化学结构，ChemNMR可用于估算或显示分子中的1H、13C的化学位移
4、支持SD文件系统
SD文件是一种许多化学软件通用的格式文件，可在一个文件中包括许多结构。支持对数据库连接，可及时与Internet连接并不断更新化学数据。同时可将结构图插入到Word、Excel、PPT及FrontPage网页中
5、专业化学绘图工具
这是一个备受化学家和生物学家信赖的专业化学绘图工具，它能准确地处理有机、有机金属高分子、生物聚合物材料（包括氨基酸、肽和DNA和RNA序列）和高级形式的立体化学问题
6、预测数据属性、生成光谱
科学家通过使用ChemDraw Professional预测数据属性、生成光谱、建立正确的IUPAC名称、计算反应化学计量学，可以有效地节约时间并提高数据的准确性
7、化合物快速搜索命名功能
化学家可以使用ChemDraw Pro绘制并提交SciFinder化合物和反应直接搜索，无论是什么化学类型或结构类型，都能够更加迅速和准确地找到相关的化合物（结构），大大减少科研时间
8、便捷的科研交流工具
科学家可以使用生物模板创建生动形象的插图和细胞通路（包括生活化学物品），从而更加快捷、高效并准确地进行科研交流
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ChemBioOffice2010在化学教学中的应用
利用模板库获得。点击“”工具，选择复杂的有机分子进行组
合，实现各种分子绘图。
（3）快捷标记原子。当我们绘制的结构图需在适当地方标记原子时，在选择状态下将光标放在原子点处定位，此时出现蓝色选择块，小写状态下按“c ”键，适当数目的氢会自动出现，标记就被添加到定位的原子处了。也可用键工具选择部分结构进行标记，选中后操作同上。
（4）利用ChemBioDraw 建立自己的模板库。对于常用的或其它地方获得的结构素材，点击模板按钮
”选择最下面的
New Templates 出现新的模板窗口，在编辑区绘制或从其它地
方复制粘贴结构式，然后“另存为”形成自己的模板库。用好模板的功能对平时的教学工作将起到事半功倍的效果。
2.2利用ChemBioDraw 绘制有机反应实验装置图
ChemBioDraw 模板工具提供了有机化学反应实验的多种
仪器模板模型，可绘制形象的玻璃仪器，便于学生了解各种仪器的搭建，并可现场操作给学生看。还可以把从别的软件（如
ChemSketch 、化学金排等）或其它途径得到的仪器粘贴到ChemBioDraw 中，进行编辑、组装。常用的实验装置图也可创建
自己的实验装置模板库，操作同创建结构式模板库。
2.3利用ChemBio3D Ultra 12.0进行3D 结构的绘制、演示
和动画制作
3D 结构的绘制、演示
ChemBioDraw 和ChemBio3D 界面课同时存在展现物质的
2D 和3D 结构。利用ChemBio3D 可绘制各种有机分子的3D 结
构，并对绘制图形提供多种保存格式，使其具有很好的兼容性。
绘制好甲苯结构后，通过ChemBio3D 界面单击Rotate
”工具，在空间演示区任一点单击左键任意移动，就可旋
转有机分子并在立体空间内观察其结构。此外，也可点击
”使分子结构自动旋转展示空间结构。在中学有
机化学教学中，学生想象和理解有机分子的空间构型是有困难的。而通过ChemBio3D 可以很好地解决这一问题。在课堂教学时也可让学生自己操作观察，体验直观的立体结构，这样在提高学生学习的兴趣同时将会有较好的教学效果。
2.3.2有机分子各种模型的观察
通过ChemBio3D 我们可以观察到有机分子的各种模型，
包括线型、棒型、球棍模型、空间堆积型。对于有机分子每个键的原子类型可用
”键标出并编号，便于讲解。中学新
课程有机部分对于模型认识比较重视，在人教版教材选修模块《有机化学基础》中对每一个简单有机分子都给出了比例模型（如乙烷、乙醇、苯酚、乙醛、乙酸等）。教学中利用ChemBio3D 能清晰地展示其立体构型，也可将分子模型图复制到课件中。
2.3.3分子结构的3D 动画制作
在ChemBio3D 中，可利用3D 动画多角度展示有机分子在
空间的分布与运动。可对动画的相关参数进行设置，如动画时
2010年第8期(下半月) 软件导刊·教育技术
长、旋转方向（X 、Y 、Z ）、旋转速度等。保存到目标地址的动画文件可在上课演示时随时播放，也可在课件中设置超链接播放。这样，学生能更好地理解有机分子的立体结构。教师在中学化学教学中可以尝试更多的三维动画制作。
此外，ChemBioOffice 2010软件还提供了有助于中学化学教学的其他功能，如生物相关的蛋白质、糖类结构，核磁共振谱图分析等，在高中化学教学中有一定的辅助作用。
2.4利用ChemBioFinder 系列软件查询相关数据
ChemBioFinder 系列是一个数据库管理系统［DBMS ］，能够
在统一界面下进行跨数据库查询。其提供的ChemInfo 是目前世界上最丰富的数据库之一，包含ChemACX 、ChemINDEX 、
ChemRXN 、ChemMSDX ，并不断有新的数据库加入。根据分子质
量、名称或者自行绘制结构，从几十万个分子中搜索，得到二维结构、Smiles 、InCHI 字符串、分子量等简单信息。在ChemBio -
Draw 绘制分子结构式的同时，ChemBioFinder 动态链接窗口能
自动链接到与当前分子相关的数据库查询条目并同步实时更新。如画出苯的结构，ChemBioFinder 会显示其相关的数据信息，包括分子量、结构式等，便于对其性质的认识。
3ChemBioOffice 2010在中学化学教学中的应用举例
过氧化氢是一种重要的化学试剂和化工原料。目前工业上生产过氧化氢的新方法是用钯（Pd ）作催化剂的乙基蒽醌法，其生产流程可用循环图简单表示。写出有机化合物A 的分子
键实现，末端显示蓝色小方块时在大写状态下（小写状态出现
PH2）输入“P ”可出现“Ph ”。也如循环图的绘制：在ChemBio -Draw 中选择六元环，结合单双键和文字输入框画出A ，再复制
到右边，用橡皮擦和单键组合得到B 。在这个过程中笔者发现用橡皮擦擦除羰基键“=O”时自动生成了羟基键“—OH ”，可见
ChemBioDraw 的强大自动更正能力。接着利用箭头工具和文字
输入框画出题目最终的结构。在绘制过程中可利用ChemBio3D 观察立体结构，便于理解。
此外，在有机命题中需要拓展时，将框图中的某些物质或条件调换位置或改变，就会形成一道新题。
以上是笔者在化学学习与研究过程中使用较好的化学软
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ChemBioDraw和ChemBio3D软件均包含NMR、IR光谱预测工具
作者：Jesse Gordon 公司：CambridgeSoft 版本：19.2 　　ChemBioDraw、ChemBio3D软件中均包含NMR(核磁共振图谱)和IR（红外）光谱预测工具。 文本将介绍NMR和IR预测工具的主要功能和预测方法。与本文相对应的还有一个录制好的视频文件，以实例演示使用技巧，实例中的样本均可下载供用户亲自实践。
　　本文中涉及的主题：
　　CambridgeSoft的ChemBio3D软件在程序编写时整合了多个计算化学包，NMR和IR预测模块就是已整合的计算化学包的一部分。这两个模块加上GAMESS和MOPAC均已整合到ChemBio3D软件中，无需另外付费。此外，ChemBio3D还为其他计算化学软件编写了接口，如Gaussian，Jaugar等。ChemBio3D还能够整合其它的计算化学包-如果有其他版本的NMR或IR光谱预测，CambridgeSoft会在未来的版本中将其囊括。在本文的结尾，附上对应的视频文件和ChemBio3D支持的计算化学包的介绍文章链接。
ChemNMR: 在ChemBioDraw中预测1H-NMR和13C-NMR　　ChemNMR模块已整合在ChemBioDraw软件里 — 在绘制分子时候只需点击一个按键就能看到它的NMR图谱。要预测1H-NMR和13C-NMR图谱, 首先需要选定目标化学结构式，然后在&Structure&菜单选择&Predict 1H-NMR Shifts&或者&Predict 13C-NMR Shifts& 。ChemBioDraw根据预计的位移重绘一遍分子结构，显示出相关数据信息并在新的窗口中绘制出图谱。
图 1: （ChemBioDraw）选择要预测NMR图谱的结构式
　　在新窗口中执行NMR预测 (原来的分子式仍旧保留在初始窗口中)，新窗口中将标记以下内容：
标记出每个氢原子的位移值（PPM）。显示带有耦合分裂（如果有的话）的NMR光谱。在图谱的下面列出相关的数字描述,有节点信息，位移值和用来帮助用户识别各个氢原子的注解。将鼠标移至分子中任意氢原子（内含氢）上，其在光谱中对应的峰以绿色高亮显示。反之，鼠标移至光谱中任意峰，对应的氢原子（内含氢）也会在分子结构式中以绿色高亮显示。（如果是密集峰，则会有不止一个氢原子被高亮显示)。
图 2. ChemNMR显示出每个氢原子的位移值
　　当ChemNMR的预测质量比较一般时，位移值以粉红色显示，红色代表质量较低，蓝色则是质量较高的意思。如下例所示,阿司匹林, 酸式氢的预测质量不高，因此以红色显示。
　　ChemNMR以相对于TMS的PPM值评估位移,不能分配溶剂,因此属于无溶剂预测。一般，出现质量偏低或中等的结果是因为ChemNMR对特定氢的预测是依赖于溶剂造成的。
图 3. 预测质量比较粗糙时位移值以粉红色或红色显示
　　Carbon-13 NMR预测方式类似于Proton-NMR。先选择分子，在&Strcture&菜单选择&&Predict 13C-NMR Shifts&，然后ChemNMR预测位移，重绘分子，显示相关数据信息，并在新窗口显示光谱。Carbon-13 NMR光谱是以与四甲硅烷（TMS）的相对迁移值（PPM）来表示。
图 4. Carbon-13 NMR工作方法与Proton-NMR相似
在ChemBioDraw中设置NMR参数　　ChemBioDraw的用户常常会问如何用不同的试剂做NMR预测-ChemNMR不支持试剂选择，但在ChemBio3D中的NMR预测是可以通过调节参数来实现试剂选择。
　　在ChemBioDraw中，分子的形状与ChemNMR预测也是无关的 — 也就是说, 如果您画了一个过渡态或扭歪形状的分子，ChemNMR使用分子版的&cleaned up&功能。ChemNMR的输出仍保留您绘制的分子样式（或变形的），样式上的改变并不影响NMR的预测。
　　ChemBioDraw中的ChemNMR只有一个参数可以设置，并只在Proton NMR生效 — 即磁场强度。默认值是300MHz. 上述的光谱预测使用的都是这个磁场强度。如需重新设置，遵循以下步骤:
选择要进行&Predict 1H-NMR Shifts&预测的分子。按下&Alt&键，同时选择下一个菜单项。在&Structure&菜单选择&Predict 1H-NMR Shifts&。出现一个对话框，指导用户录入分光仪频率。
图 5. 分光仪频率输入窗口
　　注意，图谱的输出信息里不会指出磁场强度的改变,并且在退出ChemBioDraw时改变依然生效。换句话说，为了避免混乱，在执行下一次NMR预测前最好将磁场强度设回默认的300MHz。
　　改变磁场强度后选择&Predict 1H-NMR Shifts& (释放Alt键) NMR图谱即会出现。以下是900MHz下胆固醇的ChemNMR图谱预测,与300MHz下的做个比较。
图 6. 900MHz磁场强度的NMR图谱预测
　　换成60MHz磁场强度做出的NMR图谱，见下图。注意，PPM位移值一点都没有变化，峰更加分散。也就是说，峰形的变化导致光谱图像变了，但其数据是不变的。
图 7. 60MHz下胆固醇的NMR图谱预测
ChemBio3D中NMR的设定　　MOPAC计算化学包里包含NMR图谱预测功能。在此之前要先做结构优化，为图谱预测准备精确的构象结构。在ChemBio3D中绘制好阿司匹林分子后，最初的构象结构仅是基于几何学计算出来的(适当的键角,但不考虑3D约束)。如下图的3D渲染所示，两个氧原子间的位阻（现象）是可见的。为了强调初始的3D构象是扁平的，分子被旋转了（除了甲基上的氢原子）。
图 8. 阿司匹林最初的3D构象是扁平的,能看到位阻（现象）
　　用MOPAC进行结构优化,首先在ChemBio3D选择阿司匹林分子，然后执行以下步骤：
在&Calculations&菜单,选择&MOPAC Interface&。选择&Minimize energy/geometry&。点击&Run& （使用默认参数）。如下图所见，结构优化后 位阻（现象）和扁平的构象都没了。
图 9. 能量最小化后的阿司匹林3D构象不是扁平的，也没有位阻（现象）
　　一执行完能量最小化就可以做IR光谱预测了。以下是MOPAC-2002认可的参数。
　　为了强调一下能量最小化的必要, 现将同一分子的MOPAC结构优化和GAMESS结构优化后的结果做个比较。除了GAMESS用的时间比MOPAC长一些以外，操作基本类似。与MOPAC相比，GAMESS使用了一套完全不同的算法进行内部运算，自然得到的结果是一个不同的3D构象 -- 您可以用下面链接的文件做个比较&Aspirin_by_GAMESS.c3xml& compared to &Aspirin_by_MOPAC.c3xml&。我们把这两个不同算法得出的结构覆盖在一起比较一下它们的不同 — 绿色的是GAMESS的，MOPAC的是紫罗兰色。
图 10. MOPAC最小能量化结构覆盖在GAMESS的上面
　　增加内存容量是为光谱预测所做的另一项准备。使用GAMESS，需要10MB内存；但做光谱预测一般是不够用的（有时候运行能量最小化也捉襟见肘）。IR和NMR光谱预测需要的内存增加到30MB。要想改变内存参数，请在&Caculations&菜单选择&GAMESS Interface&。
图 11. GAMESS内存设定窗口
　　以下分子用于举例比较MOPAC ChemNMR和GAMESS NMR — 基于同一分子的IR光谱比较. GAMESS IR预测的步骤如下:
用GAMESS执行能量最小化。选择&Calculations & GAMESS Interface & Compute Properties& ，将内存设置成30MB。选择&Calculations & GAMESS Interface & Predict IR / Raman Spectrum&。计算过程大概会持续几分钟, 如ChemBio3D图标工具条上的进度指示。一旦完成，IR光谱将出现在光谱浏览器中，同时显示的还有内坐标和3D分子图形。通常ChemBio3D&View&选项是可用的。为了方便参照，我们将氢原子隐藏起来，只显示碳原子的序列号。用户可参阅内坐标窗口查看IR光谱预测的键长和原子角度。
图 12. 通过ChemBio3D的GAMESS预测出冰片烯的IR光谱
GAMESS: ChemBio3D中的NMR和IR预测功能　　GAMESS计算化学工具包括NMR和IR预测功能。以下举例说明GAMESS的NMR能够处理ChemBioDraw的NMR处理不了的案例 — 用7,7-dimethyl norbornene分子举例。这个分子有两个ChemBioDraw视为相同结构的甲基,但ChemBio3D则把它们当做不同化学结构区别对待。
　　如下面的ChemBioDraw图形所示，默认情况下ChemBioDraw以同一的化学结构方法绘制将这两个甲基。左面的ChemBioDraw结构式是为了突出化学机构的不同而用手工编辑的分子图形 -- 但ChemBioDraw和NMR仍把它们视为同一化学结构。
　　而ChemBio3D显示的结构则很清楚的将这两个甲基的不同区分出来 -- 一个接近环上的双键，一个靠近单键。下面的是最初的ChemBio3D结构 — 未经结构优化的 — 因此只是基于避免位阻和遵循其他标准规则的几何学计算结果。显而易见，与2D相比，在3D模式下观察分子结构具有其固有的优势。
图 13. 冰片稀中的两个甲基的化学结构是不同的
　　首先,让我们用ChemBioDraw执行一个ChemNMR图谱预测来做个基本的对比。ChemNMR给这两个甲基分配相同的位移值(0.99 PPM），这是因为ChemBioDraw的NMR将它们视为同一化学结构：
图 14. ChemNMR图谱预测
　　看一下通过GAMESS的NMR对同一分子做出的预测结果，在位移预测中有许多显著的不同。 比如，把焦点放在两个甲基的氢原子上。在ChemBioDraw的ChemNMR中位移值均是0.99 PPM。在GAMESS的NMR中，接近双键的甲基位移值是10.21 PPM，单键旁的是10.56 PPM。下图中高亮显示的是两个甲基中各自的一个氢原子 — 靠近双键的第20号氢原子和单键旁的21号氢原子。注意：GAMESS 1H-NMR光谱不显示ChemBioDraw NMR中带有的耦合分裂。
图 15. GAMESS NMR区分冰片稀中的两个甲基
　　看一下13C-NMR预测 — 处理方式是一样的。ChemBioDraw的13C-NMR预测模块也将两个甲基上的两个碳原子视为相同化学结构，位移值均是21.0 PPM。
图 16. ChemNMR 13C预测将两个甲基上的两个碳原子视为相同化学结构
　　相比之下, GAMESS的13C-NMR将两个甲基上的两个碳原子视为不同的化学结构，预测的位移值分别是8号碳原子34.7 PPM，9号碳原子31.8。双键旁的是8号碳原子，单键旁的是9号。为了使图像更清晰些，氢原子被隐藏起来了。&Atom Property& 窗口显示预测的数据。
图 17. GAMESS 13C-NMR预测将两个甲基上的两个碳原子视为不同化学结构
NMR和IR预测功能总结　　ChemBioDraw和ChemBio3D提供一整套NMR、IR光谱预测工具，有些参数是可调的。每种方法各具优势，将它们组合在一起可以满足大多科研机构的需要。各种不同方法具有的优势有：
ChemBioDraw中的ChemNMR：Proton NMR的耦合分裂预测分子结构自动映射谱峰，反之亦然NMR预测的数据信息可打印出来Proton NMR的磁场强度可调整ChemBio3D中的MOPAC：多种溶剂模型，还有其它参数可调NMR、红外光谱预测使用更加精确的3D构象预测光谱半经验计算方法带来更快的计算速度ChemBio3D中的GAMESS:多种溶剂模型，还有其它参数可调NMR、红外光谱预测从头算起计算方发，使得计算更精确ChemBio3D中的Schroedinger Jaguar：IR光谱预测从头算起计算方法，使得计算更精确
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改变能改变的，享受不能改变的
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Registered, 积分 13, 距离下一级还需 187 积分
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新的CHEMOFFICE12还没用过，不过这些整合在一齐的功能的确是很方便，多谢LZ的指教。谢谢！！
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Conqueror, 积分 920, 距离下一级还需 80 积分
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這個對我這個學生真的很有用，謝謝分享
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