如何开展比对实验室间比对方案

如何使用blast进行多序列两两比对 - 实验交流 - 生物秀
标题: 如何使用blast进行多序列两两比对
摘要: [如何使用blast进行多序列两两比对] 比如,我有四个核酸序列a b c d。现在需要两两比较他们的相似度。得出相似度的集合为:ab ac ad bc bd cd blast有没有这样的功能可以一次性做这些工作。如果手工两两输入比较根本就做不完太多了。我意思是,不管是网络版还是单机版,能不能直接输入a b c d,然后就得到所有两两 关键词:[序列 数据库 相似度 序列两两比对 生物信息 核酸序列 碱基序列]……
比如,我有四个核酸序列a b c d。现在需要两两比较他们的相似度。得出相似度的集合为:ab ac ad bc bd cd.
blast有没有这样的功能可以一次性做这些工作。
如果手工两两输入比较根本就做不完太多了。
我意思是,不管是网络版还是单机版,能不能直接输入a b c d,然后就得到所有两两比较的结果?回复如果用blast的话,那就拿所有的序列构建数据库;然后再拿所用的序列去blast。再看最后的结果咯……回复这个目的的话,可能FASTA更合适。
BLAST是适合于针对数据库的比对回复EBI的Clustal Omega可以实现。
网址:http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
输入fasta格式的序列名称和碱基序列。回复对呀,是不太合适。现在使用blast把所有序列在两个框里都输进去,也算凑合能用了回复
这个目的的话,可能FASTA更合适。
BLAST是适合于针对数据库的比对 我也了解了下fasta。似乎也不太合适。blast如果我把所有序列都放在两个框里,倒是凑合了。目前正在往上跑,得先看看结果再说了:hand:多谢帮助回复似乎现在的序列查询和搜索工具都没有类似功能,觉得有时候很不方便。尤其做信息(bioinformation)学的话,两两间相似度还是很常用的。回复vector也可以用的回复
vector也可以用的 vector 是什么工具?麻烦提供一下网址好么,谢谢回复两两对比的话可以编个脚本
我是一对多 用的blastall回复
vector 是什么工具?麻烦提供一下网址好么,谢谢... vector NTI回复用Clustalw在线软件啊,当然还是存在一点盲目性,但是相对方便的,Blast是与数据库的比对回复
两两对比的话可以编个脚本
我是一对多 用的blastall 琢磨出来了。用单机版的blastn,查询序列和数据库一样就行了。自己在做些后期处理就搞定了。回复
vector NTI... 多谢,学习中...回复
这个目的的话,可能FASTA更合适。
BLAST是适合于针对数据库的比对 还是不知道怎么弄啊!回复楼主 你好 麻烦问一下 你的问题解决了吗
我现在也需要做这个工作
本地blast已经安装完毕 接下来不会弄啊
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各位大哥,实验室人员比对怎么进行?不同人员测相同样品测几次?比对结果如何评定啊···谢谢 了···
率土之滨68G
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