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胰腺肿瘤β—连蛋白基因变异及其产物表达状况的研究.pdf 45页
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胰腺肿瘤β—连蛋白基因变异及其产物表达状况的研究
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--------------------------Page1------------------------------原创性声明本人郑重声明：所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究所取得的成果。除文中已经注明引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的科研成果。对本文的研究做出重要贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。本声明的法律责任由本人承担。论文作者签名：宝!蚕日期：垒丝≤：』：!三关于学位论文使用授权的声明本人完全了解山东大学有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留或向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅；本人授权山东大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或其他复制手段保存论文和汇编本学位论文。(保密论文在解密后应遵守此规定)论文作者签名：逭j盘导师签名：摊日期沙!』：￡：!竺--------------------------Page2------------------------------山东丈学硕t‘学位论文胰腺肿瘤13一连环蛋白基因变异及其产物表达状况的研究}硕士研究生申倩导师王家耀中文摘要【目的】：Wm信号转导途径是调控细胞生长增殖的关键途径，在胚胎发育和肿瘤发生中起着重要作用。近年来的研究表明，Wnt信号通路的紊乱与多种人肿瘤抑制基因结肠腺瘤样息肉病蛋白(adenomatouspolyposiscoli,APC)失活突变等因素引起的该途径的异常激活可以启动下游靶基因细胞周期蛋白D1常的核心机制是游离的p--catenin蛋白在细胞质和胞核中积累，并通过其下游途tumor(solid—pseudopapillaryofpancreas，SPD发生、发展及浸润的关系。并以期寻找鉴别胰腺实性一假乳头状瘤和胰岛细胞瘤的辅助指标，为临床病理诊断提供实验依据。【方法】：应用免疫组织化学链霉素抗生物素蛋白一过氧化物酶(streptavidin．chainperoxidase，SP)法及聚合酶链式反应(polymerase直接测序法检测20例胰腺实性一假乳头状瘤、10例胰岛细胞瘤、10例正常胰腺组胞瘤标本中13--catenin基因第3外显子变异的情况。和30％(3／10)：cyclinDl在实性一假乳头状瘤和胰岛细胞瘤中的表达率分别为--------------------------Page3------------------------------山东大学硕卜学位论史实性一假乳头状瘤浸润情况无关(P&O．05)。实性一假乳头状瘤中B—ca_tenin异常发现有13--catenin基因第3外显子的变异。在20例实性一假乳头状瘤标本中，有2例检测到B—catenin基因外显子3的错义突变，其变异率与胰岛细胞瘤无显著性差异(P&O．05)。胰腺实性一假乳头状瘤中B—catenin基因变异与其产物的表达无相关性(FO．1111。P&0．05)。胰腺实性一假乳头状瘤的发生机制中可能起重要作用；联合检测13--catenin和cyclinDl的蛋白表达可能有助于区分胰腺实性一假乳头状瘤和胰岛细胞瘤；实性常表达最主要的原因。【关键词】：胰腺肿瘤；p一连环蛋白；p一连环蛋白基因；细胞周期蛋白DI；免疫组织化学；DNA测序--------------------------Page4------------------------------山东大学硕卜学位论文SEARCHOFTHEMUTATIONOF3-CATENINGENEANDITSINPRODUCTSPANCREATICTIHⅥORSCandidate：shenQianJiaYaoSupervisor：WangABSTRACTlTheWntacriticalroleinboth[Objectivesignalingpathwayplaysandshownthathasbeendisturbancesembryonicdevelopmenttumorigenesis．ItoftheWnttransductionwererelatedtosignalpathwaysignificantlyhumanoftheWnttransformation．Deregulationsignalingby13neoplastic--cateninandadenomatouscoli(APC)mutationresultspolyposisin，13--cateninaccumulationandactivationofsuchastargetgenestranscriptionalspecificandtotransformationcyclinDlc-mycc
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【讲义】卢大儒-肿瘤遗传咨询分析报告.pdf 111页
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--------------------------Page1------------------------------肿瘤遗传咨询卢大儒复旦大学生命科学学院遗传工程国家重点实验室drlu@--------------------------Page2------------------------------I.何为癌症？II.癌症是一种基因组疾病III.癌基因与抑癌基因IV.DNA修复与癌症V.癌症与免疫VI.肿瘤易感基因VII.肿瘤药物遗传学VIII.肿瘤遗传咨询相关事宜2--------------------------Page3------------------------------I.何为癌症？肿瘤肿+瘤，细胞生长异常的组织。肿瘤可分为良性肿瘤和恶性肿瘤两大类，恶性肿瘤就是癌症。上皮组织的恶性肿瘤,才是癌症。良性肿瘤一般生长缓慢，生长方式大多为膨胀性生长，有包膜，与周围正常组织分界清楚.恶性肿瘤大都生长较快，一般无包膜，边界不清，肿块固定，与周围组织粘连而不能移动。--------------------------Page4------------------------------恶性肿瘤o恶性肿瘤通常称为“癌”，癌症是人类的一组疾病，其特征为异常细胞的失控生长，与正常细胞争夺养分，并由原发部位向其它部位播散，这种播散如无法控制，将侵犯要害器官和引起衰竭，最后导致死亡。o白血病,俗称血癌,也是恶性肿瘤。癌症的特征—具有异常的细胞结构—失去控制的细胞分裂—可侵犯其它组织—借助血液和淋巴扩散转移--------------------------Page5------------------------------WHO关于癌症的报告癌症影响着每个人—青年人和老年人、富人和穷人、男人女人和儿童—癌症给患者、家庭和社会带来巨大的重负。在世界上，癌症是主要的致死原因，尤其在发展中国家更是如此。许多癌症死亡是可以避免的：?40%以上的癌症是可以预防；?其它癌症可以被早期发现、治疗和痊愈。?即使是晚期癌症患者，可能通过良好的医疗减轻因病带来的痛苦。癌症是我国死亡第二因素，每年肿瘤死亡人数超过200万5--------------------------Page6------------------------------Thehallmarksofcancer?自足的生长信号?对抑制生长信号不敏感?无限的复制能力?持续的血管生成?组织浸润和转移?避免免疫摧毁?促进炎症?能量代谢异常?基因组不稳定和突变?抵抗细胞死亡Cell144,March4,2011--------------------------Page7------------------------------肿瘤的遗传性与遗传性肿瘤o肿瘤具有遗传易感性，家族聚集性，是多基因遗传病，受到基因与环境因素的共同作用；肿瘤的发生是环境作用下，体细胞多次基因突变的结果o遗传性肿瘤是指具有肿瘤家族史的呈现孟德尔遗传特征的肿瘤，如家族性乳腺癌,是生殖细胞BRCA1等基因突变后再在环境诱导下发生新的突变而产生的肿瘤。肿瘤有家族遗传性的，也有非遗传性的（散发性）。取决于发生变异的是体细胞还是生殖细胞。--------------------------Page8------------------------------o视网膜母细胞瘤(retinoblastoma)o儿童眼内恶性肿瘤，发病时期早（10-14个月），眼底有灰白肿块，易扩散。遗传型占35-45%，多见双侧发病，有家族史。Rb基因定位于13q14o肾母细胞瘤(Wilmstumor/nephroblastoma)o在儿童腹部肿瘤的首位，恶性实体瘤，多发于婴幼儿时期（出生后5年内）。遗传型多为双侧发病。WT1基因定位于11p13o家族性腺瘤样息肉症（familialadenomatouspolyposis,FAP）o在青少年时期结肠和直肠已有多发性息肉，其中一些随年龄增加而恶变成结肠癌。APC基因定位于5q21--------------------------Page9------------------------------癌症是一种基因组疾病肿瘤发生是一系列基因连续突变的累积结果o肿瘤发生率是一个和年龄正o在化工厂接触致癌物的工人相关的函数。随着年龄的增发生肿瘤的时间。接触时间加，肿瘤发生的概率增加，越长的工人越早生癌，且随且增加的幅度随着年龄增加着年龄的增加患癌的比率也而增加。逐年增加。--------------------------Page10------------------------------o只有连续的突变累积才能使癌变中的正常细胞逃脱机体各道防御机制，实现恶
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请教如何应用KEGG做pathway分析的问题？
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这个帖子发布于2年零280天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
请问，我在获得质谱数据后，想对所获得的蛋白做KEGG的pathway分析，我该如何做?请教高人指点详细步骤，比如：需要蛋白的那些信息？将这些信息上传的KEGG的那个选项中，如何操作，等等？望好心人不吝赐教，谢谢。
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非常感谢 的解答，另外，我想对一些蛋白做功能分类，有个(http://www.genome.jp/tools/motif/)数据库，能否指点一二？谢谢。
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不客气。也许可以比较实验和对照两组或多组含某一DOMAIN或motif的数目，看有无统计差别。不过以前没看到这样的文章，不知reviewer 会否认可。
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看到一篇paper（Proteomic analysis of the hippocampus in Alzheimer’s disease model mice by using two-dimensional ?uorescence difference in gel electrophoresis）中，提到应用http://www.genome.jp/tools/motif/进行蛋白的简单功能分类，本人现在就是困于将蛋白或基因进行一个简单的功能功能归类，有了这个归类，我的文章就要好得多。请问，阁下能进行归类？
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谢谢，学习了。
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楼主这个问题解决了吗？how？我现在也遇到相同的问题，请赐教
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同学习，感谢楼主及各位大神指导！
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学习了，kegg好神奇
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blue-water 最简单的方法是用David在线工具。这里有详细的protocols： Huang DW, Sherman BT, Lempicki RA. Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID Bioinformatics Resources. Nature Protoc. ):44-57.另外的一些方法可参考上传的PDF文档谢谢分享。准备好好学习一下
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关于丁香园GO是Gene Ontology的简称，是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目，从分子功能（molecular function）、生物学过程（biological process）和细胞定位（cellular component）三个面对基因功能进行全面定义。
基因本体论，用于蛋白的功能分类！
Gene Ontology可分为分子功能（Molecular Function），生物过程（biological process）和细胞组成（cellular component）三个部分。蛋白质或者基因可以通过ID对应或者序列注释的方法找到与之对应的GO号，而GO号可对于到Term，即功能类别或者细胞定位。&&&&&&&& 功能富集分析: 功能富集需要有一个参考，通过该项分析可以找出在统计上显著富集的GO Term。该功能或者定位有可能与研究的目前有关。&&&&&&&&& GO功能分类是在某一功能层次上统计蛋白或者基因的数目或组成，往往是在GO的第二层次。此外也有研究都挑选一些Term，而后统计直接对应到该Term的基因或蛋白数。结果一般以或者饼图表示。&&&&&&&& 1.GO分析&&&&&&& 根据挑选出的，计算这些同GO 分类中某（几）个特定的分支的关系，GO 分析会对每个有存在的GO 返回一个，小的p 值表示差异基因在该GO 中出现了富集。 &&&&&&&&& GO 分析对实验结果有提示的作用，通过差异基因的GO 分析，可以找到富集差异基因的GO分类条目，寻样品的差异基因可能和哪些基因功能的改变有关。&&&&&&&&& 2.Pathway分析&&&&&&&& 根据挑选出的差异基因，计算这些差异基因同Pathway 的关系，Pathway 分析会对每个有差异基因存在的pathway 返回一个，小的p 值表示差异基因在该pathway 中出现了富集。 &&&&&&&&& Pathway 分析对实验结果有提示的作用，通过差异基因的Pathway 分析，可以找到富集差异基因的Pathway 条目，寻样品的差异基因可能和哪些细胞通路的改变有关。与GO 分析不同，pathway 分析的结果更显得间接，这是因为，pathway 是蛋白质之间的相互作用，pathway 的变化可以由参与这条pathway 途径的蛋白的表达量或者蛋白的活性改变而引起。而通过芯片结果得到的是编码这些蛋白质的mRNA 表达量的变化。从mRNA 到蛋白表达还要经过microRNA 调控，翻译调控，（如，），蛋白运输等一系列的调控过程，mRNA 表达量和蛋白表达量之间往往不具有，因此mRNA 的改变不一定意味着蛋白表达量的改变。同时也应注意到，在某些pathway 中，如EGF/EGFR 通路，细胞可以在维持蛋白量不变的情况下，通过蛋白程度的改变（调节蛋白的活性）来调节这条通路。所以芯片数据pathway 分析的结果需要有后期蛋白质功能实验的支持，如Western blot/ELISA，IHC（），over （过表达），RNAi（RNA 干扰），（），trans gene（）等。&&&&&&&&&&& 3.分析&&&&&&&&&&& 目的：根据文献，数据库和已知的pathway 寻找基因编码的蛋白之间的相互关系(不超过1000 个基因)。
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