gromacs可以做空间联合分布函数数吗

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2017-03-18 03:08 标签： 联合分布函数
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&gromacs可以做空间分布函数(spatial distribution function)吗
gromacs可以做空间分布函数(spatial distribution function)吗
作者 mengsk
请问gromacs可以做空间分布函数(spatial distribution function)吗？就是描述体系中A离子周围，B离子的分布几率。有点类似RDF的图形化。请高手指点一下。
去查看 g_spatial 命令是否满足你的要求，
根据你的描述，你完全可以自己写个小程序，读入轨迹文件然后处理处理埃
用vmd试试，里面有插件，可以图形化。
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大家好，用gromacs跑完动力学以后，做空间分布函数，除了用gromacs自带的程序，还有别的程序可以作吗？
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引用回帖:Originally posted by yahoohoo at
你起码了解gromac的输出文件都含有什么内容和信息吧，这样自己编程都可以。 编程一直没敢学~~想着有没有现成的程序呢
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引用回帖:Originally posted by yahoohoo at
你起码了解gromac的输出文件都含有什么内容和信息吧，这样自己编程都可以。 编程一直没敢学~~想着有没有现成的程序呢
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引用回帖:Originally posted by sdu_x at
大家好，用gromacs跑完动力学以后，做空间分布函数，除了用gromacs自带的程序，还有别的程序可以作吗？
谢谢！ 你起码了解gromac的输出文件都含有什么内容和信息吧，这样自己编程都可以。
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&请教三维概率分布和空间分布函数的作图
请教三维概率分布和空间分布函数的作图
作者 小白如水
1.三维概率分布不知道用什么软件可以做出来，对这个一点都不了解，请教大家。
2.我在用Gromacs模拟，也在学VMD分析结果，了解到gromacs中有g_spatial可以得到空间分布函数，不清楚怎么根据密度的大小来作图呢？
请版主和大家帮帮忙，先谢过了
引用回帖:: Originally posted by sobereva at
see http://hi.baidu.com/sobereva/blog/item/351ddd34fa4159.html 谢谢
照着这个做出来空间分布函数的图了，可惜没有文献中的好看，不知道所选的等值面的单位是多少，VMD中只有等值面的数值没有单位，还请教你一下单位问题。
引用回帖:: Originally posted by 小白如水 at
照着这个做出来空间分布函数的图了，可惜没有文献中的好看，不知道所选的等值面的单位是多少，VMD中只有等值面的数值没有单位，还请教你一下单位问题。 我按照上述方法得到的只是整个体系的，如何得到楼主所示图中单个分子的呢？
引用回帖:: Originally posted by mqq at
我按照上述方法得到的只是整个体系的，如何得到楼主所示图中单个分子的呢？ 再打开一个新的图层，不选等值面显示，就显示你的溶质分子了，两个图层加起来应该就是SDF了
图中isovalue中的单位是什么呢？不知道这个做出来SDF是不是也没什么用啊。。。
引用回帖:: Originally posted by 小白如水 at
图中isovalue中的单位是什么呢？不知道这个做出来SDF是不是也没什么用啊。。。
c5/c8/.jpg 我叠加起来得到的是整个体系的。您得到了类似于一楼的那些图吗？可否将您按上述方法做出来的图贴出来看看呢？
引用回帖:: Originally posted by mqq at
我叠加起来得到的是整个体系的。您得到了类似于一楼的那些图吗？可否将您按上述方法做出来的图贴出来看看呢？ 得到的不是文献中的图，长的很丑。。。
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