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即送15丁当
【求助】百思不得其解，additive model到底是什么模型
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丁香园荣誉版主
这个帖子发布于2年零221天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
问题已解决悬赏丁当:10
第一次和朋友合作搞SNP的meta论文中做了4种模型，当时由于对“显性”、“隐性”等概念搞不清楚，所以就在方法中写了： The ORs for allele comparison were calculated for wild type homozygotes versus heterozygotes and mutant type homozygotes, wild type homozygotes versus mutant type homozygotes, wild type homozygotes and heterozygote versus mutant type homozygote. 最近反复思考SNP中的几种模型，有几个问题始终无法解决，查询过论坛，众说纷纭，不知道谁的说法正确。先说说我的理解，一个SNP位点，比如是“C123T”，我的理解是这样的：1，这说明在人群中，C可能占优势，T相对较少。或者说C是是 wild type，T是mutant type ,是否正确？2，也可以写成123 C&T或123C/T，是否正确？3，已知C对应的氨基酸为Arg，T对应的氨基酸为Gln，所以该SNP也可以写成Arg123Gln，是否正确？4，关于几种模型的计算方法问题，最麻烦：
显性模型（Dominant model）：TT VS CT+CC，在输入Review manager的时候events就是输入TT，total输入总数（CC+TT+CT），实际上就是相当于我说的：wild type homozygotes and heterozygote versus mutant type homozygote. ，只是我的写法不太标准，应该是mutant type homozygote versus wild type homozygotes and heterozygote。
隐性模型（Recessive model）：TT+CT VS CC，在输入Review manager的时候events就是输入CT+TT，total输入总数（CC+TT+TC）。实际上就相当于我的方法中描述的wild type homozygotes
heterozygotes and mutant type homozygotes，只是标准的描述应该是heterozygotes and mutant type homozygotes versus wild type homozygotes。
关于上述这两种模型的定义，应该是争议不大，但是我有一个疑问：以显性模型为例，本来在event那栏应该输入TT的样本量，但是我输成了CT+CC的样本量，是否可行？解释上稍微麻烦点（需要转个弯），这样是否可行？
最郁闷的就是additive mode，翻阅了论坛的各种帖子，看了不下10篇SNP的meta，绝大部分人认为additive mode就是TT VS CC。然而，最令人郁闷的是，审稿人的意见是：
Four different genetic models were tested. The standard practice is to test the additive model, and test other models only if the additive model is significantor there is a prior hypothesis to do so. In fact, it does not appear that the additive model was even tested.
审稿人认为我没有用additive model，那我就纳闷了，我那个wild type homozygotes versus mutant type homozygotes算啥玩意呢？
最郁闷的是，我查阅了一篇文章，作SNP meta的，很多人都在引用，是一个搞遗传统计学的人写的（全文见附件）：这篇文章总体上应该是很可信的。我读得一知半解，总认为additive model不是TT vs CC，而应该是 TT VS CT VS CC。依据之一就是表1（如下图）中说的那句话“Genotypes analysed by Armitage’s test for trend”。我认为，三组以上才谈得上Trend，两组哪里来的trend呢？问题来了：1，additive model到底是什么东西，为什么审稿人说我没有做additive model？有没有更简单或者权威一点的文献。2，如果additive model真是TT VS CT
VS CC，怎么在Review manager里面计算其OR？@
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hzdlj edited on
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以上这段文字解释了4种模型的理论，对于gwas而言基本上先做additive model，因为他可以同时代表additive model & dominant model，在additive model失败的情况下才会考虑其他模型，这可能就是编辑对您提出意见的原因。个人认为additive model是比较genotype，因为risk是线性叠加，如果是比较单个位点就变成了multiplicative model，risk是乘方。对于quantitative trials，赋值AA=0, Aa=1, aa=2对于case/control trials，赋值case=1, control=0以赋值进行分类回归在下也是新手，不知理解是否准确，求各位前辈指教！
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先打基础，搞清楚基本知识。分别计算多种遗传模型，个人认为不合理，应该让数据说话。
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丁香园中级站友
TT VS CT VS CC是共显性模型，co-dominant；要作的话，分3个计算，TT VS CT，TTVS CC，CC VS CT additive model 是位点比较，如C VS T。
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很好的问题
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xxsl_2007 TT VS CT VS CC是共显性模型，co-dominant；要作的话，分3个计算，TT VS
...这个应该是共显性模型，有的好像把里面的两种分别叫又叫纯合子，杂合子模型？
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丁香园荣誉版主
xxsl_2007 TT VS CT VS CC是共显性模型，co-dominant；要作的话，分3个计算，TT VS CT，TT VS CC，CC VS CT additive model 是位点比较，如C VS T。 怎么感觉越说我越糊涂啊～～～～C vs T应该是allele contrast吧。张老师主编号的那本书上的描述是：看了几篇文献，上面的描述是：到底是啥呢？
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丁香园中级站友
怎么感觉越说我越糊涂啊～～～～C vs T应该是allele contrast吧。张老师主编号的那本书上的描述是：看了几篇文献，上面的描述是：这张图片没有提到 比较 allele contrast倒数第4行，allelic contrast (C vs G) 即为allele contrast此外，如果additive model真是TT VS CT VS CC，怎么在Review manager里面计算其OR？TT VS CT VS CC 这种比较用得偏少关于：“这篇文章总体上应该是很可信的。我读得一知半解，总认为additive model不是TT vs CC，而应该是 TT VS CT VS CC。依据之一就是表1（如下图）中说的那句话“Genotypes analysed by Armitage’s test for trend”。我认为，三组以上才谈得上Trend，两组哪里来的trend呢？”这个trend，假设T是危险等位基因，是将TT
CC 分别视为 2
0，计算得到OR。这种模型用得偏少；有看到过文章分别计算 TT VS CT ；TT VS CC ；CT VS CC，两两比较的；不过，根据 Armitage’s test for trend的OR， 感觉用每篇文章得到的OR再合并，就像部分研究只提供多因素回归的OR及区间，直接使用多因素的OR，好像更靠谱？个人没有实战过TT VS CT VS CC。
此外，刚出来的一文：J Stat Softw. 2014 Jan 1;56(11):11. 不是知否能解决你的问题？ 此文还在下载中，如有下载成功，传一份我啊。mmeta: An R Package for Multivariate Meta-Analysis.：This paper describes the core features of the R package mmeta, whichimplements the exact posterior inference of odds ratio, relative risk, and risk difference given either a single 2 × 2 table or multiple 2 × 2 tables when the risks within the same study are independent or correlated.
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anyida05 edited on
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感谢@的回复。能不能顺便帮助我解答下首帖的问题啊，SNP新手，搞得有点头大～～～～
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hzdlj 感谢@的回复。能不能顺便帮助我解答下首帖的问题啊，SNP新手，搞得有点头大～～～～ 这篇文章 即是直接合并 的OR
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这篇文章 即是直接合并 的OR 谢谢，我先下载下来学习下～～～～
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谢谢，我先下载下来学习下～～～～这篇文章跟我的观点是一致的，co-dominat模型和additive模型。
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xxsl_2007 TT VS CT VS CC是共显性模型，co-dominant；要作的话，分3个计算，TT VS CT，TTVS CC，CC VS CT additive model 是位点比较，如C VS T。 X版，additive model 是位点比较，如C VS T。应该是不对的。这篇的
additive model (指OR6)
Besides the finest genetic model, several other possible genetic models were also assessed: co-dominant model (modified OR1 and OR2), (C/C versus T/T) and (C/T versus T/T); dominant model (OR4), (C/C and C/T) versus T/T; recessive model, C/C versus (C/T and T/T) (OR5); additive model (OR6) (table S1). For additive model, scores of 0, 1, and 2 were assigned to genotype CC, CT, and TT respectively and per-allele ORs were calculated by logistic regression model. Sensitivity analysis was performed to assess the effects of each study (especially the studies which do not observe HWE), on the pooled results.
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X版，additive model 是位点比较，如C VS T。应该是不对的。这篇的
additive model (指OR6)
Besides the finest genetic model, several other possible genetic models were also assessed: co-dominant model (modified OR1 and OR2), (C/C versus T/T) and (C/T versus T/T); dominant model (OR4), (C/C and C/T) versus T/T; recessive model, C/C versus (C/T and T/T) (OR5); additive model (OR6) (table S1). For additive model, scores of 0, 1, and 2 were assigned to genotype CC, CT, and TT respectively and per-allele ORs were calculated by logistic regression model. Sensitivity analysis was performed to assess the effects of each study (especially the studies which do not observe HWE), on the pooled results.说实话，我也有点迷糊了。
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X版，additive model 是位点比较，如C VS T。应该是不对的。这篇的
additive model (指OR6)
Besides the finest genetic model, several other possible genetic models were also assessed: co-dominant model (modified OR1 and OR2), (C/C versus T/T) and (C/T versus T/T); dominant model (OR4), (C/C and C/T) versus T/T; recessive model, C/C versus (C/T and T/T) (OR5); additive model (OR6) (table S1). For additive model, scores of 0, 1, and 2 were assigned to genotype CC, CT, and TT respectively and per-allele ORs were calculated by logistic regression model. Sensitivity analysis was performed to assess the effects of each study (especially the studies which do not observe HWE), on the pooled results. 根据这段话的描述，我还是觉得additive model是位点的比较，这段文字是T vs. C， 因为对CC、CT、TT分别编码为0,1,2，这样就对应T allele 的个数。
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纠结了好几天，决定认为additive model就是T:C。理由：1，additive的英文意思是“相加的，叠加的”，按字面意思理解，应该是表示“TT*2＋CT”。2，尽管有很多论文指出TT:CC才是additive model，但是我觉得这不一定正确。下图是一篇clinical cancer research上面的文章，主要原因不是因为该杂志的影响因子高，AACR旗下的期刊以严谨而著称，最重要的是，这篇文章的作者里面有一位统计学家（文章见附件）。3，我在论文中写到：The ORs for allele comparison were calculated for wild type homozygotes versus heterozygotes and mutant type homozygotes, wild type homozygotes versus mutant type homozygotes, wild type homozygotes and heterozygote versus mutant type homozygote。实际上我有一个失误，就是我用了四种方法（还有一个C:T），但是这个地方只交代了三种。而审稿人的意见是： Four different genetic models were tested. The standard practice is to test the additive model, and test other models only if the additive model is significantor there is a prior hypothesis to do so. In fact, it does not appear that the additive model was even tested.这说明按照审稿人的逻辑，wild type homozygotes versus mutant type homozygotes不能算是addtive method。TT VS CT VS CC是共显性模型，这是很明确的，剩下的就只有C:T了。从审稿人的意见我能明显感觉到，他是meta专家。我按照这个思路去改文章，等有消息了再向大家反馈，感谢大家的回复。clinical cancer research上的那篇文章见附件：
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1.个人意见：分别计算多种遗传模型，让读者选择的做法值得商榷。2.基因模型应该根据数据统计结果来判断，可以参考下文，没必要纠结到底选择哪个基因模型，再进行统计分析。A Method for Meta-Analysis of Case-Control Genetic Association Studies Using Logistic Regression（Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology, Vol. 6 [2007], Iss. 1, Art. 17），可以用metagen命令实现。
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看来additive model还是位点比较，我记得我以前看过的文章貌似都是这么认为的。
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zhangdog 1.个人意见：分别计算多种遗传模型，让读者选择的做法值得商榷。2.基因模型应该根据数据统计结果来判断，可以参考下文，没必要纠结到底选择哪个基因模型，再进行统计分析。A Method for Meta-Analysis of Case-Control Genetic Association Studies Using Logistic Regression（Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology, Vol. 6 [2007], Iss. 1, Art. 17），可以用metagen命令实现。 张版，老实说，我也是依葫芦画瓢，拿不准该选用什么模型，所以就什么模型都用上，让读者自己挑选吧。但是我发现貌似全世界90%的SNP相关的meta都是这么干的啊，不论是中国人还是老外，这个情况真的让我很费解，我实在没有足够的理论基础去否定这种做法。张版推荐的文章，数学原理太深奥了～～～～～metagen后面该跟什么啊？
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张版，老实说，我也是依葫芦画瓢，拿不准该选用什么模型，所以就什么模型都用上，让读者自己挑选吧。但是我发现貌似全世界90%的SNP相关的meta都是这么干的啊，不论是中国人还是老外，这个情况真的让我很费解，我实在没有足够的理论基础去否定这种做法。张版推荐的文章，数学原理太深奥了～～～～～metagen后面该跟什么啊？命令使用很简单，书中有介绍
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hzdlj 纠结了好几天，决定认为additive model就是T:C。理由：1，additive的英文意思是“相加的，叠加的”，按字面意思理解，应该是表示“TT*2＋CT”。2，尽管有很多论文指出TT:CC才是additive model，但是我觉得这不一定正确。下图是一篇clinical cancer research上面的文章，主要原因不是因为该杂志的影响因子高，AACR旗下的期刊以严谨而著称，最重要的是，这篇文章的作者里面有一位统计学家（文章见附件）。3，我在论文中写到：The ORs for allele comparison were calculated for wild type homozygotes versus heterozygotes and mutant type homozygotes, wild type homozygotes versus mutant type homozygotes, wild type homozygotes and heterozygote versus mutant type homozygote。实际上我有一个失误，就是我用了四种方法（还有一个C:T），但是这个地方只交代了三种。而审稿人的意见是： Four different genetic models were tested. The standard practice is to test the additive model, and test other models only if the additive model is significantor there is a prior hypothesis to do so. In fact, it does not appear that the additive model was even tested.这说明按照审稿人的逻辑，wild type homozygotes versus mutant type homozygotes不能算是addtive method。TT VS CT VS CC是共显性模型，这是很明确的，剩下的就只有C:T了。从审稿人的意见我能明显感觉到，他是meta专家。我按照这个思路去改文章，等有消息了再向大家反馈，感谢大家的回复。clinical cancer research上的那篇文章见附件： 请问最终结果是什么，等待你的好消息。另可以附上上面那篇文章吗？
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朋友，结果如何呢？
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Additive model根据遗传编码AA，Aa，aa是0，1，2，所以实质上计算2aa+Aa是等同的。
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hzdlj 第一次和朋友合作搞SNP的meta论文中做了4种模型，当时由于对“显性”、“隐性”等概念搞不清楚，所以就在方法中写了： The ORs for allele comparison were calculated for wild type homozygotes versus heterozygotes and mutant type homozygotes, wild type homozygotes versus mutant type homozygotes, wild type homozygotes and heterozygote versus mutant type homozygote. 最近反复思考SNP中的几种模型，有几个问题始终无法解决，查询过论坛，众说纷纭，不知道谁的说法正确。先说说我的理解，一个SNP位点，比如是“C123T”，我的理解是这样的：1，这说明在人群中，C可能占优势，T相对较少。或者说C是是 wild type，T是mutant type ,是否正确？2，也可以写成123 C&T或123C/T，是否正确？3，已知C对应的氨基酸为Arg，T对应的氨基酸为Gln，所以该SNP也可以写成Arg123Gln，是否正确？4，关于几种模型的计算方法问题，最麻烦：
显性模型（Dominant model）：TT VS CT+CC，在输入Review manager的时候events就是输入TT，total输入总数（CC+TT+CT），实际上就是相当于我说的：wild type homozygotes and heterozygote versus mutant type homozygote. ，只是我的写法不太标准，应该是mutant type homozygote versus wild type homozygotes and heterozygote。
隐性模型（Recessive model）：TT+CT VS CC，在输入Review manager的时候events就是输入CT+TT，total输入总数（CC+TT+TC）。实际上就相当于我的方法中描述的wild type homozygotes
heterozygotes and mutant type homozygotes，只是标准的描述应该是heterozygotes and mutant type homozygotes versus wild type homozygotes。
关于上述这两种模型的定义，应该是争议不大，但是我有一个疑问：以显性模型为例，本来在event那栏应该输入TT的样本量，但是我输成了CT+CC的样本量，是否可行？解释上稍微麻烦点（需要转个弯），这样是否可行？
最郁闷的就是additive mode，翻阅了论坛的各种帖子，看了不下10篇SNP的meta，绝大部分人认为additive mode就是TT VS CC。然而，最令人郁闷的是，审稿人的意见是：
Four different genetic models were tested. The standard practice is to test the additive model, and test other models only if the additive model is significantor there is a prior hypothesis to do so. In fact, it does not appear that the additive model was even tested.
审稿人认为我没有用additive model，那我就纳闷了，我那个wild type homozygotes versus mutant type homozygotes算啥玩意呢？
最郁闷的是，我查阅了一篇文章，作SNP meta的，很多人都在引用，是一个搞遗传统计学的人写的（全文见附件）：这篇文章总体上应该是很可信的。我读得一知半解，总认为additive model不是TT vs CC，而应该是 TT VS CT VS CC。依据之一就是表1（如下图）中说的那句话“Genotypes analysed by Armitage’s test for trend”。我认为，三组以上才谈得上Trend，两组哪里来的trend呢？问题来了：1，additive model到底是什么东西，为什么审稿人说我没有做additive model？有没有更简单或者权威一点的文献。2，如果additive model真是TT VS CT
VS CC，怎么在Review manager里面计算其OR？@楼主：您的文章应该发表了吧，additive model到底是什么呢？我看了书应该是CC VS CT
VS TT,可是如何录入软件呢
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各位高人，请指点：以下分别是reviewer的意见和我自己讨论，请问：我怎么回复呢，先谢谢。等着这篇文章毕业，拜求各位！Reviewer：The authors explanation about the haplotypes is not solid enough. Their argumentmay apply to GAT, but not GAC.我在文章中论述：In this study, we investigated the association between five FCRL3 SNPs (rs945635, rs3761959,rs7522061, rs, and rs7528684) and SSNHL in a Chinese Han population.The results demonstrated a significant association between three SNPs (rs7528684, rs3761959,andrs7522061)and SSNHL. In the case of rs7528684, the AA genotype and the A allelesignificantly increased the risk of SSNHL, but the GG genotype and the G alleledecreased the risk. Conversely, the AA genotype of rs3761959 was identified asan SSNHL risk factor, but the AG genotype was found to confer protection. Forrs7522061, the TT genotype significantly increasedthe risk of SSNHL, whereas the CT genotype decreased the risk. Lastly, althoughrs945635 expression was not significantly different between the two groups, aweak protective association was detected between rs945635 and SSNHL patientswith the CC genotype and the G allele.Haplotype analysis of the three significant FCRL3 SNPs—rs7528684, rs3761959,and rs7522061—revealed that the AGT, GAC, and GAT haplotypeswere associated with a significantly increased risk of SSNHL, whereas the GGC andGGT haplotypes were associated with a notably decreased risk of this disorder.Together, these results support an association of FCRL3 with the putative autoimmune disorder SSNHL, and this is consistentwith earlier studies that suggested that SSNHL is such a disorder. However, tothe best of our knowledge, this is the first study to evaluate an associationbetween FCRL3 SNPs and SSNHL in aChinese Han population (White and Fahey, 2011; Chien et al., 2012).
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这是我看到的一篇文章[img]file:///c:/users/administrator/appdata/roaming/360se6/User Data/temp/.jpg[/img]
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意思是additive model指CC VS GG 或CC VS CG
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显性模型（Dominant model）：TT VS CT+CC，在输入Review manager的时候events就是输入TT，total输入总数（CC+TT+CT），实际上就是相当于我说的：wild type homozygotes and heterozygote versus mutant type homozygote. ，只是我的写法不太标准，应该是mutant type homozygote versus wild type homozygotes and heterozygote。
隐性模型（Recessive model）：TT+CT VS CC，在输入Review manager的时候events就是输入CT+TT，total输入总数（CC+TT+TC）。实际上就相当于我的方法中描述的wild type homozygotes
heterozygotes and mutant type homozygotes，只是标准的描述应该是heterozygotes and mutant type homozygotes versus wild type homozygotes。
关于上述这两种模型的定义，应该是争议不大，但是我有一个疑问：以显性模型为例，本来在event那栏应该输入TT的样本量，但是我输成了CT+CC的样本量，是否可行？解释上稍微麻烦点（需要转个弯），这样是否可行？
最郁闷的就是additive mode，翻阅了论坛的各种帖子，看了不下10篇SNP的meta，绝大部分人认为additive mode就是TT VS CC。然而，最令人郁闷的是，审稿人的意见是：
Four different genetic models were tested. The standard practice is to test the additive model, and test other models only if the additive model is significantor there is a prior hypothesis to do so. In fact, it does not appear that the additive model was even tested.
审稿人认为我没有用additive model，那我就纳闷了，我那个wild type homozygotes versus mutant type homozygotes算啥玩意呢？
最郁闷的是，我查阅了一篇文章，作SNP meta的，很多人都在引用，是一个搞遗传统计学的人写的（全文见附件）：这篇文章总体上应该是很可信的。我读得一知半解，总认为additive model不是TT vs CC，而应该是 TT VS CT VS CC。依据之一就是表1（如下图）中说的那句话“Genotypes analysed by Armitage’s test for trend”。我认为，三组以上才谈得上Trend，两组哪里来的trend呢？问题来了：1，additive model到底是什么东西，为什么审稿人说我没有做additive model？有没有更简单或者权威一点的文献。2，如果additive model真是TT VS CT
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windy0411 请问能给出这篇文献的名字或者链接吗？感激不尽！！！http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3531285/
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lisayuexian
楼主：您的文章应该发表了吧，additive model到底是什么呢？我看了书应该是CC VS CT
VS TT,可是如何录入软件呢
请问您会了吗？
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看来additive model还是位点比较，我记得我以前看过的文章貌似都是这么认为的。 请问楼主有没有文献支持啊？我现在也在被审稿人问到这个问题，位点比较和additive mode有什么区别，实在是不明白。
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正在找这几种模型的区别呢。
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新手，来长知识的。
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