&双语生物(bilingual_biology)　
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上海高中生物第1册练习册答案
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即送15丁当
热点图(heat map) 是用的哪个软件做出来
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这个帖子发布于4年零196天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
问题已解决悬赏丁当:2
请问下面的这个热点图(heat map) 是用的哪个软件做出来的？（David好像做不出这种图）是我们自己做完聚类，然后再使用相应软件画图； 还是， 该软件既聚类，又同时可以画图？
不知道邀请谁？试试他们
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emanlee edited on
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可以用cluster 再加上treeview另外可以用R
附上我自己用的代码source(&http://bioconductor.org/biocLite.R&)biocLite(&BiocUpgrade&)biocLite(&preprocessCore&)install.packages(&gplots&)library(&gplots&)library(&preprocessCore&)data &- read.csv(&cluster_expression.txt&,header = TRUE,sep = &\t&,fill = TRUE)row.names(data) &- data$Namedata &- data[,2:length(data[1,])]data_matrix &- data.matrix(data)jpeg(&heatmap.jpeg&,width = 1200, height = 1200,res = 144)col = colorpanel(80, low =&white& , high = &darkblue&)heatmap.2(data_matrix,Colv = FALSE, Rowv=FALSE ,col = col,margins = c(12,12),dendrogram=&none&,trace = &none&,keysize = (1), = &none&)
//Colv 和Rowv你可以自己选择要不要聚类
我一般都是 自己用一些外部的软件做cluster 然后放到R里面画图
你也可以 自己直接用R聚类dev.off()
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你试试用R做吧
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qRT-PCR也可以做heat map了吗? 推测是不是ABI的小型qPCR array. 这样看来, ABI设计了相应的分析软件?或者干脆就是自己画的, 不是分析软件生成的? 我认得的一个实验室好象就是自己画的.一般来说只要chip platform兼容, Genespring, dChip等array software都可以分析数据并生成heat map.楼主问这个问题的目的是什么?---是简单了解一下, 还是要实际处理数据了? 如果就是问问, 我前面的信息应该就可以了. 如果是要处理自己的数据, 你们用的是什么chip?
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:谢谢你的回复。图中有PCR, 表示该组数据是用PCR测得的。我的数据（是从网络上下载的数据，不是我做实验得到的数据）在第一个帖子的附件中（ (33.5k) ）我的目的是，用某个软件画出附件中的数据的heat map图。画出来的图与截图一样或者相似。
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R，clustal x都很好用
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to :我用附件ABCABC.csv中的数据，用以下的R代码作出了图，但是效果没有第一个帖子的好，也没有图示（颜色和值之间的对应关系）nba &- read.csv(&F:ABCABC.csv&, sep=&,&)row.names(nba) &- nba$IDnba &- nba[,2:7]nba_matrix &- data.matrix(nba)nba_heatmap &- heatmap(nba_matrix, Rowv=NA, Colv=NA, col = cm.colors(256), scale=&column&, margins=c(5,10))
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找到了一个heatmap例子： (例子)
（使用gplots） （使用heatmap.2）
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emanlee edited on
emanlee 找到了一个heatmap例子： (例子)
（使用gplots） （使用heatmap.2）第一个测试了一下，可以出图，挺好用
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可能会用到 mark
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可以用cluster 再加上treeview另外可以用R
附上我自己用的代码source(&http://bioconductor.org/biocLite.R&)biocLite(&BiocUpgrade&)biocLite(&preprocessCore&)install.packages(&gplots&)library(&gplots&)library(&preprocessCore&)data &- read.csv(&cluster_expression.txt&,header = TRUE,sep = &\t&,fill = TRUE)row.names(data) &- data$Namedata &- data[,2:length(data[1,])]data_matrix &- data.matrix(data)jpeg(&heatmap.jpeg&,width = 1200, height = 1200,res = 144)col = colorpanel(80, low =&white& , high = &darkblue&)heatmap.2(data_matrix,Colv = FALSE, Rowv=FALSE ,col = col,margins = c(12,12),dendrogram=&none&,trace = &none&,keysize = (1), = &none&)
//Colv 和Rowv你可以自己选择要不要聚类
我一般都是 自己用一些外部的软件做cluster 然后放到R里面画图
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可以试一下这个小工具，直接出图，不用命令行和编程
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技术好贴，以后可能会用到。马克一下。
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可以用Mev做，网上很多教程。
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豆龟 可以试一下这个小工具，直接出图，不用命令行和编程 请问 数据怎么导入的？
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一楼的那个是用PermutMatrixEN做出来的软件很小
几百k我上传过的
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cluster 和 treeview两个软件比较容易学习
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可以试试cluater和treeview，比较简单。也可以用R，但是R需要有一定R语言基础，做热图需要比较多的调试。如果用R，推荐pheatmap。
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再补一个：老版主cdragon家的工具HemI也挺好用的，不必用R码代码啥的。http://hemi.biocuckoo.org/
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dachong99 edited on
一楼的那个是用PermutMatrixEN做出来的软件很小
几百k我上传过的太感谢了，我去下载来试试看
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谢谢，mark一个
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版主求教，软件安装后，不能完全显示界面有没有办法解决？
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版主，求救，软件安装后界面显示的不完全，有没有解决办法？
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各位求助，请问公司给出的热图是包括所有差异表达的miRNA,而我想要其中十几个差异比较大的miRNA 的热图，请问怎么处理啊
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好帖，太有用了，mark
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