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庄吕清等――分了模拟方法及模拟软件MaterialsStudio在高分了材料中的应用 2010年39卷第4期
嵛誓。o。tjl：?、‘；’j1
恭。j、t?lt．j一、o．、0 分子模拟方法及模拟软件MaterialsStudio在 高分子材料中的应用’ 庄昌清。岳红。张慧军 西北工业大学理学院应用化学系，陕西，西安710129 摘要：综述分子模拟的发展历史、分子模拟在高分子材料发展中的意义。介绍用于分子模拟计算的4种模拟方 法：量子力学从头算方法、分子力学方法、分子动力学方法和蒙特卡罗方法。简单介绍常见的分子模拟软件，重点介绍 Materials Studio在研究高分子材料的共混性，相容性。力学性能方面的应用。 关键词：分子模拟法；高分子材料；分子模拟软件；MaterialsStudio；力学性能 中图分类号：TP391．72文献标识码：A文章编号：1001―座机电话号码0 04―0081―04 MolecularSimulationMethodsandMaterialsStudio
toMacromolecularMaterial Applications ZHUANG Chang-qing，YUEHung，ZHANGHui-jun ofNorthwestern AppliedChemistryDepartment PolytechnicalUniversity，Xi’an，Shaanxi710129，China Abstract：The ofthemolecularsimulationandthe ofmolecularsimulationinmacromolecular development significance materialwas mechanics simulationandMonteCarlo discussed．Quantuminitio，molecularmechanics，moleculardynamics methodwereintroducedThemost molecularsimulation introducedandthe
of sofewareofthe popular w∞simplely application materialsstudioinmacromolecule’S andmechanical introduced． blend，compatibilitypropertyemphatically ofmolecular Keywords：molecularsimulation；macromolecularmaterial；softwaresimulation；MaterialsStudio；mechanical property 分子模拟是对真实分子系统的计算机模拟，许多通过实验 1985年仅有100多篇，2002年则有4000多篇。目前科学家和
很难得到或无法得到的数据，通过模拟却可以轻松
正在加载中，请稍后...分子模拟的应用领域问题 - 实验交流 - 生物秀
标题: 分子模拟的应用领域问题
摘要: [分子模拟的应用领域问题] 不知道利用分子模拟的手段能不能从分子的角度模拟液相与气相之间的相变过程？这个问题我考虑了很长时间了，如果能够实现的话，目前什么软件可以完成这个任务？多谢大侠指导。 关键词:[分子模拟 微波 相平衡 概率 热力学 化学势 自由能]……
不知道利用分子模拟的手段能不能从分子的角度模拟液相与气相之间的相变过程？这个问题我考虑了很长时间了，如果能够实现的话，目前什么软件可以完成这个任务？多谢大侠指导。回复
不知道利用分子模拟的手段能不能从分子的角度模拟液相与气相之间的相变过程？这个问题我考虑了很长时间了，如果能够实现的话，目前什么软件可以完成这个任务？多谢大侠指导。 GEMC应该可以做你这个东西。。。回复
GEMC应该可以做你这个东西。。。 您能说的再详细一些，因为我以前没有接触过分子模拟，因为遇到了实际的问题，所以才想到分子模拟的方法的。回复你可以试一试NAMD，这有一篇文献Structure and dynamics of water—molecular dynamics study
M. Soko &ł, A. Dawid, Z. Dendzik, Z. Gburski*
Institute of Physics, University of Silesia, Uniwersytecka 4, 40-007 Katowice, Poland
Received 30 December 2003; revised 18 February 2004; accepted 18 February 2004
Journal of Molecular Structure 704 (–345
/locate/molstruc回复相变过程可以通过分子数密度来体现回复我也来问一下达人，能不能模拟催化剂的表面形态，推测吸附类型，以及计算分子的扩散系数？回复
我也来问一下达人，能不能模拟催化剂的表面形态，推测吸附类型，以及计算分子的扩散系数？ castep估计可以做。。。。回复
不知道利用分子模拟的手段能不能从分子的角度模拟液相与气相之间的相变过程？这个问题我考虑了很长时间了，如果能够实现的话，目前什么软件可以完成这个任务？多谢大侠指导。 请问你关注的是相变的哪方面性质？
分子模拟是一门构建模型的艺术，针对不同的体系，不同的目的，那么模型，系综，能量模型可能完全不一样。你必须完整地描述你的想法，你的体系，和目的，才有讨论的空间。
比如，我有个同事模拟汽液相平衡，目的是计算焓变，那么使用分子力学力场，Gibbs系综MC方法就行，这种方法是弄两个盒子，一个气相，一个液相，两个盒子并不联通。但温度压力一致。并且，允许两个盒子中的分子以随机的方式消失，并出现在另外一个盒子中。当两盒子化学势相等时平衡，那么交换的分子数也趋于平衡。然后计算两边的平均能量差（气相一般按理想气体处理）。你看，这种模型，不涉及表面，不涉及蒸发过程，完全是一种理论上的理想模型。对于计算相变导致的焓变已经可以了。但是，化工工艺中，有时候关注并不仅是相变焓，还关心表面，蒸发速度等非平衡过程，那将是完全不同的问题。回复请问大家能用GROMACS软件模拟碳纤维初生纤维吗回复
请问你关注的是相变的哪方面性质？
分子模拟是一门构建模型的艺术，针对不同的体系，不同的目的，那么模型，系综，能量模型可能完全不一样。你必须完整地描述你的想法，你的体系，和目的，才有讨论的空间。
... 我也是想模拟气液相平衡，只不过我想得到的是在不同温度下平衡时气液相的组成。另外，我在研究微波场对气液相平衡时，气液相组成的影响。因为微波对分子有加速转动的作用，不知道通过分子模拟能不能实现。这就是我的现在的实际问题。请多指教。回复多组分体系吗？有点悬啊。
因为决定多组分的相平衡的是摩尔自由能，即化学势。单组分相平衡问题的实质，是一个分子究竟选择待在汽相，还是去液相呢？汽相势能高，液相势能低，分子当然一开始都愿意待在液相。但是由于在此时的温度下，动能kT不断驱动分子随机运动，所以分子一定概率被激发到高势能的汽相区，也有分子按一定概率从汽相返回。当两相自由能差满足ΔU+PΔV-TΔS=0时平衡，待在汽相区的分子数趋于稳定。这个汽相分子数，即满足相平衡的概率分布，由什么决定呢？两相平均势能差ΔU。
即假设待在汽相的概率是P1, 待在液相的概率是P2，则按照boltzmann概率分布有：
P1: P2=exp(-ΔU/kT)
P1,P2决定汽液两边的分子数。它是由矛盾斗争的双方， ΔU和kT决定的， 并且是指数次方的关系。这说明什么呢？这说明你结果的准确程度严重依赖于平均势能计算的准确程度，即分子间作用势能的大小。这就是我们为什么要把晶格能和蒸发焓调教准确的原因。这个蒸发焓越准确，平衡分布越准确。
下面说为什么多组分体系有点悬。很简单，你做A的力场参数，是拟合A的密度和蒸发焓的实验数据；你做B的力场参数，是拟合B的实验数据。请问，AB混合后，参数还能hold住吗？回答这个问题，要看体系。假设由于没有包含极化作用，或者由于分别拟合参数造成的累计误差为1kcal/mol，这个误差对于氢键体系，水丫，醇丫，分子间作用～10kcal/mol，所占的比例也就小，但是，对于烷烃类体系，分子间作用~2-3kcal/mol，那误差就大了去了，有时候结果是定性错误的。我见过一篇文献做混合体系热力学剩余性质，不用极化力场结果定性错误；用了极化力场，结果定性正确，定量误差仍然较大。这就是非极化经典力场模型无法克服的精度问题。
微波场好办。特定频率的微波加速特定分子的转动或平动。这个你只要做个动能谱分析，就能知道哪些分子的哪些运动能够被加速。再根据微波频率，看看相当于多大的平均速度增加，即kΔT=hv (v是频率)，然后把这个ΔT施加到特定分子的特定运动自由度之上，那就相当于加了微波场了。设定特定运动自由度的温度，这在大多数分子模拟工具中都能实现，GROAMCS， NAMD, LAMMPS, CPMD。
当你加了这个能量之后，相当于公式
P1: P2=exp(-ΔU/kT)
中的kT增加了，驱动力也增加了，那个加了温的分子必然以更大的频率飞向汽相。问题是，微波能量似乎很弱，一般只有～0.01kcal/mol。这个给P1: P2造成的影响有多大呢？你自己估算。我估算的结果是，大概有1%的差别。也就是说，如果你的模拟体系有1000个分子，加了微波以后，大概有10个分子会被蒸发。由于统计采样误差往往大于1%，这个微波造成的分布差别是否能够被精确预测很难预料。试试咯。回复我勒个擦，：P都变成笑脸了
求助帖不让修改，坑爹啊回复
多组分体系吗？有点悬啊。
因为决定多组分的相平衡的是摩尔自由能，即化学势。单组分相平衡问题的实质，是一个分子究竟选择待在汽相，还是去液相呢？汽相势能高，液相势能低，分子当然一开始都愿意待在液相。但 ... 非常感觉，我想给你评分 可是系统说你这个不是应助贴不能给分。回复
多组分体系吗？有点悬啊。
因为决定多组分的相平衡的是摩尔自由能，即化学势。单组分相平衡问题的实质，是一个分子究竟选择待在汽相，还是去液相呢？汽相势能高，液相势能低，分子当然一开始都愿意待在液相。但 ... 微波场有个特点是只对极性分子有加速的作用，对于非极性分子是没有加速分子运动的作用的，不知道这个特点在模拟中能否实现？另外，请问目前世界上有没有那个课题组是用分子模拟的手段研究混合物的气液相平衡的吗？我觉得这是化工发展的一个方向，如果没有人研究的话，我觉得我国可以首先着手开展这方面的工作。回复呵呵，请查阅这个期刊： Fluid phase equilibria
你会找到全世界很多志同道合的研究者
分子模拟预测流体混合物热力学数据一直是很多人努力的方向
上海交大孙淮教授课题组做这方面的力场开发和模拟，在国内是领先的
话说天大不是也有工业流体模拟这一块吗？
（我在这里聊天不是为了什么金币的，不需要）回复
呵呵，请查阅这个期刊： Fluid phase equilibria
你会找到全世界很多志同道合的研究者
分子模拟预测流体混合物热力学数据一直是很多人努力的方向
上海交大孙淮教授课题组做这方面的力场开发和模拟，在国内是领 ... 天大主要是集中在CFD的模拟上，分子模拟做流体力学的倒是不太深入。但是我觉得随着计算机技术的发展，从分子的尺度算到宏观尺度应该是热力学的发展方向了，不能仅用统计数来研究热力学了。
相关热词：
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求materials studio的详细中文教程！谢谢
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Materials Studio 最强大的材料模拟计算平台
作为最新科研趋势，模建与模拟已经走进了高分子材料研发领域.Materials Studio作为最强大的材料模拟计算平台应运而生。
软件及公司简介
Accelrys(美国)公司是世界领先的计算科学公司，是一系列用于科学数据的挖掘、整合、分析、模建与模拟、管理和提交交互式报告的智能软件的开发者
，是目前全球范围内唯一能够提供分子模拟、材料设计、化学信息学和生物信息学全面解决方案和相关服务的软件供应商，所提供的全面解决方案和科技服务满足了当今全球领先的研究和开发机构的要求。
Accelrys材料科学软件产品提供了全面和完善的模拟环境，可以帮助研究者构建、显示和分析分子、固体、表面和界面的结构模型，并研究、预测材料的结构与相关性质。Accelrys的软件是高度模块化的集成产品，用户可以自由定制、购买自己的软件系统，以满足研究工作的不同需要。
Accelrys软件用于材料科学研究的主要产品是Materials Studio分子模拟软件，它可以运行在台式机、各类型服务器和计算集群等硬件平台上。Materials Studio分子模拟软件广泛应用在石油、化工、环境、能源、制药、电子、食品、航空航天和汽车等工业领域和教育科研部门；这些领域中具有较大影响的跨国公司及世界著名的高校、科研院所等研究机构几乎都是Accelrys产品的用户。
Materials Studio分子模拟软件采用了先进的模拟计算思想和方法，如量子力学（QM）、线性标度量子力学(Linear Scaling QM)、分子力学(MM)、分子动力学(MD)、蒙特卡洛(MC)、介观动力学(MesoDyn)和耗散粒子动力学（DPD）、统计方法QSAR(Quantitative Structure – Activity Relationship )等多种先进算法和X射线衍射分析等仪器分析方法；模拟的内容包括了催化剂、聚合物、固体及表面、界面、晶体与衍射、化学反应等材料和化学研究领域的主要课题。
Materials Studio分子模拟软件支持Windows和Linux操作平台，而且界面非常友好、操作简便，使化学及材料科学的研究者们能更方便地建立三维结构模型，并对各种小分子、晶体、无定型以及高分子材料的性质及相关过程进行深入的研究，得到切实可靠的数据。
Materials Studio软件使任何研究者都能得到和世界一流研究部门相一致的材料模拟技术。
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1、问：用MS构造晶体时要先确立空间群,可是那些空间群的代码是啥意思转帖链接见：.cn/thread-214-1-1.html
1、问：用MS构造晶体时要先确立空间群,可是那些空间群的代码是啥意思啊,看不懂,我想做的是聚乙烯醇的晶体,嘿嘿,也不知道去哪
可以查到它的空间群
答：A、要做晶体，首先要查询晶体数据，然后利用晶体数据再建立模型。晶体数据来源主要是文献，或者一些数据库，比如CCDC。
你都不知道这个晶体是怎么样的，怎么指定空间群呢？要反过来做事情哦：）
B、我不知道你指示的代码是数字代码还是字母代码,数字代码它对应了字母的代码，而字母的代码它含盖了一些群论的知识(晶系,对
称操作等),如果要具体了解你的物质或者材料属于那一个群，你可以查阅一下相关的手册,当然你要了解一些基本的群论知识.MS自带
了一些材料的晶体结构,你可以查询一下.
2、问：各位高手，我用ms中的castep进行运算。无论cpu是几个核心，它只有一个核心在工作。这个怎么解决呢？
答：请先确认以下几个问题：
1，在什么系统下装，是否装了并行版本。
2，计算时设置参数的地方是否选择了并行。
3，程序运算时，并不是时时刻刻都要用到多个CPU
3、问：我已经成功地安装了MS3.1的Linux版本，
串行的DMol3可以成功运行。
但是运行并行的时候出错。
机器是双Xeon5320(四核)服务器，rsh和rlogin均开启，RHEL4.6系统。
其中hosts.equiv的内容如下：
ibm-console
machines.LINUX的内容如下：
localhost:8
现在运行RunDMol3.sh时，脚本停在
& && &$MS_INSTALL_ROOT/MPICH/bin/mpirun $nolocal -np $nproc $MS_INSTALL_ROOT/DMol3/bin/dmol3_mpi.exe $rootname
$DMOL3_DATA
这一处，没法执行这一命令
并行运算时，出现以下PIxxxx(x为数字)输出
ibm-console 0 /home/www/MSI/MS3.1/DMol3/bin/dmol3_mpi.exe
localhost 3 /home/www/MSI/MS3.1/DMol3/bin/dmol3_mpi.exe
请问这是什么原因？谢谢！
答：主要是rsh中到ibm-console的没有设置
把/etc/hosts改为
127.0.0.1& && && && && &localhost.localdomain localhost ibm-console
在后面加个ibm-console
也希望对大家有帮助!
4、问：在最后结果的dos图中,会显示不同电子spd的贡献,我想问的是,
假设MS考虑的原子Mg的电子组态为2p6 3s2,那么最后的dos结果中的s,p是不是就是2p,跟3s的贡献.比如更高能量的3p是否可能出现在
如果可能的话，在这种情况下,如何区分2p和3p的贡献,谢谢.
答：A、取决于你的餍势
势里面没有3p电子，DOS怎么会有呢？
自然，你的1p1s也不会出现在你的DOS中。
B、我觉得原子没有d轨道但是计算出来的DOS图上有d轨道的贡献，这可能是电子跃迁所引起的，虽然按照教科书上的d轨道上没有电
子，但是不排除有电子跃迁过去，但及时跃迁也应该只是很少的而且一般也都是这样。
C、我考虑的是dos并非指电子出现的几率,而是能级的密度.3p构成导带能级不可能吗?
没有d电子出现d的贡献可以理解是跃迁过去,那是不是也不否认3p的可能?
既然不可能有3p,怎么会有1s1p?毕竟一开始计算中已经做了近似?
D、第一性原理计算高于费米面的能带本来就不怎么可靠的。
现在，计算的带隙小于实验值，很大的原因就来源于价带计算不准。
p能量高于s不太好理解
这里有成键反键的因素
p的反键是有可能小于s的成键的
另外有时候原子电子组态没有d电子的时候计算结果也出现了d轨道
估计是做轨道投影的问题。vasp就有这个问题，但是可以消除这个错误的。
5、问：那位高手能够介绍一下MS中CASTEP的势能模型的适用范围？
比如说LDA的（PWC,VWN），GGA的（PW91,BP,PBE,BLYP,BOP,VWN-BP,PRBE,HCTH），能够简述一下其大致差别更好
答：LDA局域密度近似（LDA）：局域密度近似（LDA）是第一阶梯。它仅仅采用空间点r处的电子密度n（r）来决定那点交换-相关能
密度的形式。交换-相关能密度由密度相同的均匀电子气完全确定。泛函的交换部分就准确的用均匀电子气的微分表达。各种不同的
局域密度近似（LDA）仅仅是相关部分表示方法不同，所有现代应用的局域密度泛函都基于Ceperly和Alder`s在８０年代对均匀电子
气总能量的Monte Carlo模拟。
广义梯度近似（ＧＧＡ）：ＧＧＡ是Jacob阶梯的第二个台阶，将电子密度的梯度也作为一个独立的变量（|∇n(r)|），在描述交换－
相关能方面，梯度引入了非定域性。ＧＧＡ泛函包含了两个主要的方向：一个称为“无参数”，泛函中新的参数通过已知形式中参数
或在其它准确理论帮助下得到。另外一个就是经验方法，未知参数来自于对实验数据的拟和或通过对原子和分子性质准确的计算。
Perdew,Burke and Emzerhof(PBE)以及Perdew-Wang from 1991(PW91)是无参数的，在量子化学中广泛采用的GGA，比如
Becke,Lee,Parr and Yang(BLYP)是经验性。LYP校正采用了密度的二阶Laplace算符，因此严格上讲属于Jacob阶梯的第三阶，但通常
仍然归类为GGA.
6、Linux上MS的安装问题
我在RHES4.6上安装MS3.0
但是在castep和dmol下的RunDMol3.sh大小为零，没有东西，
同时在share下也没有bin目录，也找不到ms_setuo.sh脚本
请问是什么原因？
相应的出现这样的错误信息：
/home/sript/MSI/3.0/3rdParty/regxpcom: error while loading shared libraries: libcxa.so.3: cannot open shared object
file: No such file or directory
答：假如你有Materials Studio 3.1的ISO版本以及licene.dat。在linux机器上的用户名为firefox。下面是安装Materials
Studio3.1 linux版本的步骤
&&1、假定把Materials Studio3.1的iso文件mount到/home/firefox/ms目录，切换到root帐号下，然后用下面的命令如下：
&&mount -o loop /home/firefox/MS_MODELING.iso /home/firefox/ms
&&2、文件mount上去后，退出root帐号，回到firefox帐号。然后到/home/firefox/ms/UNIX目录，运行下面的：
&&./Install
&&3、开始按提示安装了
&&1）、指定你要Materials Studio安装到的目录，比如/home/firefox/MaterialsStudio
&&2）、下面就是指定你所需要安装的模块了，根据自己的需要选择，当然也可以全部选上
&&3）、然后指定你License_Pack所在的目录，我们假定也是放到/home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack目录中，那么先建
立这样的目录：mkdir /home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack
& &接着按提示Enter。开始安装Licens_Pack了。
&&4）、下面把你所得到的licene文件msilic.lic拷贝到/home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack/licenses目录中，并改名为
msilicense.dat。
&&5)、把/home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack/licenses/msilicense.dat完整的文件名按提示输入。这些完成后。就基本
安装好了。下面就是把gateway运行起来。
&&4、到/home/firefox/MaterialsStudio/Gateway目录，运行下面的命令：
&&./msgateway_control_18888 start
&&提示说Gateway start succeeded - running as process xxxx。后，就启动成功了。
&&5、在ie的地址栏输入，http://127.0.0.1:18888/ ; 则页面会显示该机器上已经安装好的计算模块
&&基本就安装成功了。(注意之处：不要用root安装它)。
7、问：我想对NaYF4的电子云分布进行模拟计算,请各位高手指点怎么计算??
如果有NaYF4的结构的话,请分享一下.
答：如果是晶体的话，可以找相关的文献看晶格常数和原子坐标，自己构建模型后计算
如果没有文献，可以上无机晶体结构数据库ICSD查询，如果查到，直接导出来
就可以用ms算了
电子云分布算一下电子密度就可以了
可以用dmol和castep
如果要某个轨道的电子云，dmol算homo－lumo上下若干个轨道
castep算能带
最后那visulizer看电子云密度图就ok了
8、问：各位高手请教一下用demolJ计算分子轨道怎么看HUMO,LUMO图，其中的黄色蓝色代表什么啊，谢谢了
答：dmol计算的时候选择properties里面的orbitals
把homo和lumo选上
然后计算，算完以后打开analysis对话框
选择orbitals，就看到你算的homo和lumo了，然后import就在模型中可以看见homo和lumo了
9、求助有MS并行计算经验的朋友解答一下
我虽然在LINUX CLUSTER并行成功了，但是并行的时候CPU计算利用率很不均衡也不稳定
有时候100%有时候0%
而且计算到一定程度的时候会变换运行程序在LINUX中的进程名
换了一次之后CPU使用就开始出现不均衡的情况，有一个CPU 90%+，别的都是2-5%的样子进程处与sleeping状态只有那一个CPU在RUN
另外说一下我每个节点的硬件配置相同，用的是CASTEP模块，K点数是CPU数的整数倍，但是算能带的时候不知道如何调节K点数目，
不均衡不知道是不是算能带的时候导致K点在每个CPU上分布不均造成的
还想问一下 我各个节点都是同一个交换机下的机器，NFS的效率如何评估
答：A、你应该看看内存的使用率,一般如果内存不足,会造成你说的现象
B、所有节点空闲内存都在50%以上啊，发现只有一个节点的CPU占用的厉害 别的不超过10%
C、你选用的几个cpu进行计算,如果是一个,那就是你发生的问题原因,如果不是一个,而是选择几个cpu进行计算,那么应该是节点之间
的通讯问题了,这需要进行机群的的调节了
10、问：CASTEP能算pdos的自旋情况吗
答：可以计算体系的自旋态密度
alpha和beta分别为自旋向上和自旋向下
total spin是总自旋
计算的时候必须把自旋极化－spin polarized 选上才能画自旋态密度
11、问：大家帮忙看看这是什么问题
我再用demol计算动力学的时候,不管怎么设置参数它老出现这个提示
Error: SCF iterations not converged in& &50 iterations
Message: SCF not converging. Choose "Use Smearing" on DMol3 SCF panel
or set "Occupation&&Thermal" in the input file
You may also need to change spin or use symmetry
Resubmit DMol3
Message: DMol3 job failed
Error: DMol3 exiting
请教高手这是什么原因啊?
答：SCF not converging. Choose "Use Smearing" on DMol3 SCF panel
or set "Occupation&&Thermal" in the input file
无法收敛，加大计算步数。
你错误的原因是体系在50步内不能收敛,你可以增加收敛计算步数,比如增加到100
系统提示你改变"Use Smearing"和"Occupation&&Thermal" 的设置参数(这两个参数在设置对话框中),还提出建议让你改变自旋和对
称设置来试一试。
不收敛，解决方法一加大圈数，DMol3 calculations－》electronic标签下More选项－》SCF选项，中Max. SCF Cycles加大，最多
1000圈，如果1000圈收敛不了
就用方法二，加大smearing
在SCF标签下把orbital occypancy下面的勾打上，然后设置smearing
设置重小到大逐渐增大，smearing如果很大，虽然能收敛但是最后的构型有问题。
做MS计算，我的感觉是没有必要一步算到位，就是说你的计算精度（能量，力等等）可以一步一步来，或者是smearing慢慢变小，这
样容易收敛些。
12、新手请教几个不专业的问题
1.(1x1)CO中(1x1)是什么意思？
2.态密度、能态密度和电子态密度的区别？
3. K││-resolved是什么意思？
4.如何在半导体上建金属表面？
5.如何翻译？
& && &&&supercell geometry
& && && & the Vienna ab-initio simulation package (VASP)
& && &&&the generalized gradient approximation
& && &&&the plane wave expansion
& && &&&structural relaxations
& && &&&a tight-binding linear muffintin orbital (TB-LMTO) method
& && &&&the TB-LMTO method
& && &&&the principal-layer Green’s function technique
& && &&&the K││-resolved transmission
6．K││-resolved DOS at the Fermi energy这句话怎么理解啊？
7．用MS能不能计算一个体系的电导？如何去算？
答：1. (1×1)表示的是表面的构型，2×2是(1×1)的四倍，也就是x和y上分别用两倍单位平移定义表面的晶格常数a和b，c轴与表面
方向平行，c的大小取决于原子层和真空层厚度
2.应该是没有区别，可能是称呼不同而已。
3.不清楚什么意思
4. 用ms里面的layer builder构建界面，基底为半导体，半导体上长金属层是通过layer builder构建的
5.&&supercell geometry——超胞结构
& && &the Vienna ab-initio simulation package (VASP) ——维也纳从头算模拟软件包
& && &the generalized gradient approximation——广义梯度近似
& && &the plane wave expansion——平面波展开
& && &structural relaxations——结构弛豫
& && &a tight-binding linear muffintin orbital (TB-LMTO) method——紧束缚线性丸盒轨道
& && &&&the TB-LMTO method——紧束缚线性丸盒轨道方法
& && &&&the principal-layer Green’s function technique——？
& && &&&the K││-resolved transmission——？
6.不是很清楚，没有上下文
7 先计算出态密度。然后通过由玻尔兹曼方程推导出的电导率公式来算,见固体物理。提供两篇参考文献是做输运系数的计算的：
Georg K.H.Madsen, David J.Singh. Computer Physics Communications 175 (.
Philip B. Aleen ,Warren E.Pickett, Henry Karkauer. Physcical Review B 37 (~2726.
13、请问： 在用CASTEP计算材料空位缺陷时，如何才能实现只取一个空位呢？
答：降低对称性，再DELETE一个原子就可以了
在build下的symtrey有make P1
不是降低对称性，是构建超胞
make supper cell
然后就可以删去一个原子了
正常的话如果晶体是原胞，直接删除一个原子可能造成很大影响
可以建大一点的超晶胞(比如2×2×2超晶胞)然后删掉一个原子，这样比较合理，
毕竟缺陷浓度是很低的。
14、 MS是否可以做原子数在10-20个左右的簇合物的结构模拟
我想得到一些原子数在10-20个左右的一元或二元原子簇合物的低能构型。
MS里的分子模拟功能是否可以模拟出一些能量局部最小化的构型？
如果不行的话，麻烦熟悉这方面的虫子给推荐个软件，最好是免费的。
我的要求很简单，就只要找到低能量构型即可。
手动直接构建实在是太麻烦了，而且说服力很低。
谢谢指教！&&
答：A、可以，dmol模块可以达到你的要求
B、感谢楼上各位。
不过我琢磨了半天，好像无论是Gaussian还是MS,都是要给定基本定型的构型，然后进行优化后获得更精炼一些的构型。
我想做这样一件事： 已知原子数为 10 的构型，第 11 个原子任意放置，然后程序自动变化第11个原子的位置，甚至变化 11 个原
子的位置 （既第11个原子对其他10原子的构型进行微扰）得到不同能量的局部的低能构型。
自己琢磨的，肯定很多不足，不是否有相关的参考资料。还请赐教，
15、ms discover停电后如何处理
ms discover算了一个星期，还有三天就算完了，结果停电全没了
重开机，启动ms，提示有任务非正常关掉，载入auto recover，job explorer里面还显示未算完的任务，server console打不开，无
法查看是否正在算
查任务管理器，没有找到discover.exe进程，只有msstudio的进程，而且cpu占用高
手动停止job，然后从discover的dynamics模块下选中use restart result，但是结果显示完全从头开始算
没钱买ups，很不走运，两个星期内，这种停电出现两次了
请教大家有什么好的方法，从断电时的数据开始接着算
答：如果你在dynamic中trajectory的选项里save选择了full，那么在重启动时，在restart选项里，选中use restart date选项，就
16、求助：黄色和蓝色的电子云代表什么问题
请教各位一个问题，在MS的Dmol3下计算能量，在分析里查看HOMO和LUMO轨道的电子云的计算结果时，有两种颜色，默认的是黄色和
蓝色。这种颜色的不同代表什么意思？
还有一般用HOMO和LUMO轨道的电子云说明什么问题啊？我看很多文献说什么(π-π)派-派跃迁就是3.1415926所代表的那个希腊字母
，这里不知道怎么输入。还有（σ-σ)西格玛-西格玛等等，学习化学的人应该能够了解，可以从这上面看出来吗？
答：A、其实两种颜色的电子云不是代表homo和lumo的，只是说这个地方波函数是正号还是负号。因为对于电子云来说，其实是波函
数的平方，这个地方为了区别波函数的正负号，所以引进了两种颜色的电子云
B、在分子进行反应时，最高占据轨道（HOMO）和最低空轨道（LUMO）其有特别重要的作用。
分子轨道对称性守恒原理认为：在反应过程中，当有反应物分子轨道转变成产物的分子轨道时，其对称性始终保持不变，即始终都属
于同一个不可约表示。
如果反应物基态的分子轨道变成的是产物的基态的分子轨道，那么反应就是热允许的。（意即温和加热就可进行）
如果变成的是激发态的分子轨道，就是热禁阻的（意即不可能用温和加热的方法促其进行）。
如果反应物受光激发后由电子占据的分子轨道（激发态轨道）转变成产物的基态分子轨道，这一过程就是光允许的（意即用适当的光
照就可使其进行）。
若转变成产物的更高激发态分子轨道，就是光禁阻的（意即无法用光照促其进行）。
17、请问MS计算能带的问题
由CASTEP或DMol计算得到的能带，要看能带的带系宽度，是怎样看？
是默认费米能级为0吗？那就是只看0附近的宽度吗？
答：A、0两边的宽度，最高占据和最低未占据之间的宽度就是带隙
B、我没有仔细的看过castep的能带，但是看过课题组的人做过报告。
我印象中，对于非金属，castep的费米能级是在价带顶，找出价带顶最大的那个能量和导带底对应的最小的能量之差，就是带隙吧。
至于有的说dos看带隙，这个不大可靠，要看你取了多大的展宽因子，展宽因子大，非金属也变成金属了，没带隙。
另外对于dmol来说，何来什么能带 全部分子能级，不过可能有gap，要从homo-lumo的差值去算gap
C、横轴是布里渊区的高对称点，与晶体的对称性有关
纵轴表示能带的能量。
带隙可以分成直接带隙和间接带隙
直接带隙就是0eV上下最高和最低两个能带在某个高对称点(如G，X、R点等)之间的能量差。
间接带隙就是0eV上能量最低的能带上的最低点的能量值减去0eV下能量最高的能带的最高点的能量值。
18、什么是Overlap populations？
在一篇文章上看见
Table 2 Bond distances (A˚ ) and Overlap populations (/E/in brackets)& && && &
& && && && && && && && && && && && && &&&
TiO2& && && &TiO2/Sn6c& && && &TiO2/Sn5c& && && &TiO2/Sn6-in& && && &TiO2/Sn5-in& && && &
Ob–Me6c& && && &1.831 (172)& && && &1.963 (220)& && && &1.83 (165)& && && &1.831 (172)& && && &1.832 (171)& && && &
Op–Me6c& && && &2.066 (86)& && && &2.107 (32)& && && &1.989 (64)& && && &2.070 (84)& && && &2.069 (83)& && && &
Op–Me5c& && && &1.938 (122)& && && &1.912 (114)& && && &1.995 (139)& && && &1.988 (123)& && && &1.933 (120)& && && &
O1–Me6c& && && &2.065 (86)& && && &2.165 (86)& && && &2.097 (117)& && && &2.072 (115)& && && &2.086 (119)& && && &
O2–Me5c& && && &1.853 (130)& && && &1.854 (119)& && && &2.006 (122)& && && &1.865 (134)& && && &1.890 (112)& && && &
O1–Me6-in& && && &1.936 (160)& && && &1.950 (142)& && && &1.983 (163)& && && &2.056 (177)& && && &1.968 (161)& && &
O2–Me5-in& && && &1.968 (83)& && && &1.961 (84)& && && &1.950 (96)& && && &1.976 (86)& && && &2.047 (90)& && && &
请问Overlap populations 是什么？如何得到的？
答：A、Overlap populations
CASTEP计算性质时的population选项可以算
B、重叠布居
相当于键级的概念
一般来说，正值表示成共价键，正值越大，共价性越强
0表示纯离子键。
负值表示反键。
主要用于定性分析。不同的赝势、泛函计算的结果可能有差别
19、请教一下
这些数据在那？
您能把您算过的这部分给贴上来吗？
CASTEP计算性质时的population选项这个我已经算了
但是我找不到它在那
答：CASTEP 中计算的时候选择properties里面的population analysis下面的
bond population 计算得到的结果除了有atomic population以外还有就是bond population 也可以叫overlap population
在.CST或者.CASTEP文件最后部分。
20、用MS需要什么样的配置？谢谢！
老师打算买一台新的电脑做计算，我不知道一般需要什么样的配置就可以了！希望大家多提供点信息！谢谢了！
答：A、双核 至少奔D 2.8GHz 1G内存
高分子结构 最好准备买服务器！！！！
B、楼上的，没那么夸张吧？
CPU好像用不太多啊，一般的30-60原子有个普通双核也够用了吧？我没感觉出来双核比P2.8快多少啊？
你非要算蛋白质的话，那服务器也肯定不够。。。
内存大些倒是真是，应该需要2G也不嫌多的！
C、我觉得看你做什么体系
你如果做简单的分子体系
用demol可以解决的
谱图电脑夜可以的
如果算晶体
那必须是搞配置的机子
D、关键是cpu，内存，和硬盘
ms计算的结果还是蛮大的，我的硬盘都满了
要速度的话cpu双核可能没有单核快，因为并行效率在windows下好像不是很高
内存大是必须的，2G基本上可以，如果4G更好，反正现在内存也不是太贵
尽量多加点内存把，否则你想算一个稍大的体系，往往发现内存不够，确实够郁闷的。^_^
21、问：模拟晶体表面吸附时，怎么样才能做到只允许垂直于表面方向弛豫，而平行表面的方向不允许呢？是用“Modify--
Constraints”实现的吗？如何实现？
答：就是用“Modify--Constraints”
步骤：第一：选择要加限制的原子
& && && &第二：打开constrain对话框
& && && &第三：设置固定XY方向不考虑弛豫，实际上就是在x和y方向的笛卡儿或者分数坐标前打勾即可
22、问：与计算速度有关的都有什么因素，我计算的时候，CPU利用率约为百分之五十，刚开始出了几个点，可是后来好几天也没出
一个点，而且job explorer 显示是running,不知道怎么回事？
答：与计算速度有关的因素：cpu速度，内存大小，缓存多少，硬盘和主板接口速度等。
不知道你是用winxp版本还是linux/unix版本
如果是winxp版本，可能cpu是双核/双线程的，你交作业的时候选择单cpu
没有选择用2个cpu，所以cpu利用率大概在50％
23、请问我在CASTEP中计算掺杂后的模型，能用Reflex模块中XRD在计算吗？我直接将CASTEP中的.xsd文件激活后使用了Reflex结果
感觉很不对。
向各位请教！谢谢 我就是建立了一个结构.xsd，然后选了那个模块计算，出来的结果感觉是非常不合理的。你能给我举个例子吗？
答：新建一个文件，导入数据库中的FeS2（pyrite）
在reflex里面选power diffraction
设置xrd谱图的范围，靶的种类等等
点caculate
24、问：如何将MS的car文件装换为xyz文件， 坐标比较多。
答：利用MS的 Export 输出为mol 格式的文件
然后利用Hyperchem打开上面的输出文件
另存为xyz文件即可------解决方案--------------------:P:P:o;)好！！！------解决方案--------------------非常感谢！真实太好了！------解决方案--------------------非常不错，谢谢------解决方案--------------------:D:D:D:D:D------解决方案--------------------非常感谢！------解决方案--------------------收获颇丰，多谢！------解决方案--------------------这个问题集合太好了！------解决方案--------------------这个大大方便了我们，谢谢楼主。:P:P------解决方案--------------------感谢收集这些问答，辛苦了！！！！！！！！！！！------解决方案--------------------多谢LZ，太好了！------解决方案--------------------不错不错。。。------解决方案--------------------非常有利于初学者的学习------解决方案--------------------偶就是初学者,从打开软件就不会用别的了:(（本文来自互联网，不代表搜站(/)的观点和立场）本站所有内容来自互联网,若本站收录的信息无意侵犯了贵司版权，请给我们来信()，我们会及时处理和回复，谢谢编辑推荐最近更新