如何用GraphPad&Prism进行两组连续变量的比较
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TITLE="如何用GraphPad&Prism进行两组连续变量的比较" />&来源：AME科研时间
作者：胡志德
两组连续变量的比较是临床科研中经常遇见的问题，比如比较试验组和对照组的年龄是否相同。对于此类数据的分析，首先应看再试验设计上是否进行了配对，之后再看数据是否呈正态分布，方差是否齐。对于此类数据的数据，大致可以遵循图1所示的原则。
<img STYLE="margin-right: 0 margin-bottom: 0 margin-left: 0 padding: 0 height: auto ! box-sizing: border-box ! visibility: visible !" src="/blog7style/images/common/sg_trans.gif" real_src ="/maxwidth.2048/tc./p/mmbiz_qpic_cn/e4a547f48d7ec3a57be2b0f11bcde988.jpg"
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图1 两组变量变量比较的原则
可以用于两组资料比较的软件很多，比如SPSS，SAS和Stata等功能强大的专业统计软件。但笔者更倾向于用GraphPad
Prism，因为该软件操作简单，结果更容易解读。实际上，在临床科研中遇到的绝大部分统计问题，都可以通过GraphPad
Prism来解决。GrapgPad Prism是一款侧重于科学绘图的软件，但其同事具备简单的统计学功能。本文所采用GraphPad
Prism为6.0版本，其他版本的操作与此类似。该软件的安装教程在网上均可找到，在此不再赘述。本文仅简单演示如何在GraphPad
Prism进行两组连续变量的比较。
数据的录入
打开GraphPad Prism软件后，软件会让操作者选择数据的输入类型，此时注意选择“Column”这个选项。如图2所示：
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图2：数据类型的选择
之后分别输入两组变量的值。如图3所示，实验组共5个样本，检测数值分别为1，2，3，4和5；对照组也是5个样本，分别是4，5，6，7和8。也可以在表头上对数据进行标识，分别为Experiments和Controls。如果此处不进行标识，默认的组名是Dataset
A和Dataset B。
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图3 在GraphPad Prism中录入结果
结果的运算
结果录入完毕后，点击菜单栏中的Analyze，会出现如图4所示的界面。注意左侧一定要选中”t tests (and
nonparametric tests)”。
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图4 选择统计方法
点击图4中的OK，会进入如图5所示界面。在此界面中，软件要求作者选择是否配对（Paired和Unpaired），并决定选择参数检验还是非参数检验。所谓参数检验就是指配对t检验或独立样本t检验，而非参数检验则是指Mann-Whitney
U检验或配对Wilcoxon检验。如果选择参数检验（默认两组数据均呈正态分布），软件会让操作者选择方差是否齐。
如果方差齐，软件会选择t检验，如果不齐，软件推荐Welch法。需要说明的一点是，如果两组数据均呈正太分布，但方差不齐，此时应采用校正t检验，目前有三种主要的校正t检验法：Cochran
& Cox法、Satterthwait法和Welch法。GraphPad
Prism仅支持Welch法。
如果两组数据不呈正太分布，则应该选用非参数检验。非参数的两个选项分别是Mann-Whitney
U检验和Kolmogorov-Smirnov检验。一般选择Mann-Whitney U检验。
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选择统计方法
除了Experimental
Design以外，还可以对Optional选项里面的内容进行修改。如图6所示。一般建议选择“Discreptive
statistics for each data set”（展示各组数据的均数、中位数、标准差、秩和等）选项。在P
value一段，系统默认为双尾检验，一般建议不要更改。
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图6 统计选项
所有的选项选择完毕后，点击OK即可进行计算。
结果的解读
结果一般分为两个部分，一是差异是否具有统计学意义；二是差异有多大。如果研究者选择了Mann-Whitney
U检验，则可得到如图7所示的结果。
<img STYLE="margin-right: 0 margin-bottom: 0 margin-left: 0 padding: 0 height: auto ! box-sizing: border-box ! visibility: visible !" src="/blog7style/images/common/sg_trans.gif" real_src ="/maxwidth.2048/tc./p/mmbiz_qpic_cn/a0ddc6a6ea86ca7dfeec6b0a.jpg"
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图7 非参数分析结果的解读
参数分析结果的解读与此类似，只不过多了个F test to compare
variances，即方差是否齐。一般认为，P值大于0.10才可以认为两组数据方差相同（注意：是“大于”，不是“小于”！是“0.10”，不是“0.05”！！！！）。
检验数据是否呈正态分布
可能有的读者会问GraphPad
Prism能否判断数据是否呈正态分布。其实是可以进行正态分布检验的。以上述两组数据为例，首先点击Analyze，然后选择XY
Analysis下面的Column statistics。如图8所示：
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图8 进行正态分布检验
如图9所示，GraphPad
Prism提供了三种检验数据是否呈正态分布的方法：D’Agootino-Pearson法，Kolmogorov-Smirnov法和Shapiro-Wilk法。针对同一种数据，三种方法的计算结果大同小异。虽然GraphPad
Prism不推荐用Kolmogorov-Smirnov法，但根据笔者经验，在国际上发表论文时，多采用Kolmogorov-Smirnov法的结果，可能是因为当样本量太小时，Shapiro-Wilk法和D’Agootino-Pearson法无法给出检验结果。当然，也可以三种方法都选择，综合判断数据是否呈正态分布。
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图9 进行正态分布检验（第二步）
选择好统计方法之后点击OK，就可以得到正态检验的结果，如图10所示。需要特别说明的是：在正态检验中，一般认为P大于0.10才表述数据呈正态分布（注意：是“大于”，不是“小于”！是0.10，不是“0.05”！！！！）。在本案例中，两组数据的P值均为0.20，因此可以认为两组数据均呈正态分布。
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图10 Kolmogorov-Smirnov法结果的解读
综上，本文讨论了两组连续变量比较的原则，并就如何在GraphPad
Prism中进行两组变量的比较，以及如何进行正态检验进行了演示。实际上，很多软件都可以进行上述操作，只是笔者认为GraphPad
Prism的操作最为简单，结果也容易解读。通常情况下，我们在临床医学科研中遇到的统计学问题并不是十分复杂，使用GraphPad
Prism基本可以满足作者的要求。在国际杂志上发表论文时，很多作者也在文中说明自己的所用的统计学软件为GraphPad
Prism，审稿人并不会因为GraphPad
Prism较为简洁而认为统计结果不可靠。其实不管是什么统计软件，能解决科研中遇到的统计学问题才是关键。
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GraphPad Prism 6.0是适用于医学的科学绘图软件，主要用于各类医学领域专业公式的绘图操作，软件集生物统计，曲线拟合和科学绘图等多种功能于一体，并拥有ROC曲线分析、Bland-Altman分析等特色功能，小编为大家带来的这个版本还包含了序列号。
1.集生物统计、曲线拟合和科技绘图于一体，其所具有的功能均非常实用和精炼。
2.包括一些特色的功能ROC曲线分析、Bland-Altman分析等
3.曲线拟合功能是超越其他统计软体的制胜法宝。
4.线性/非线性拟合功能使用操作极其方便。
5.内置了Aadvanced Rradioligand Bbinding, Bacterial Growth, 剂量反映曲线，峰拟合等数十个生物统计模组。
6.绘图功能也很具特色，无需专门绘製统计图形，只要输入资料，图表自动生成且随资料改变及时更新，非常方便实用。
7.能进行自定义方程曲线拟合的软体中
8.操作最为简便快捷，拟合前参数设置方便，拟合速度快，并支援批量拟合
9.它是当之无愧为非线性拟合的高手。
10.Prism在科学图表的绘製方面可以视为Sigmaplot的替代软体。
11.包含了简单的试算表，可以直接输入原始数据，软体自动计算标准差和pvalue。
12.包含了其他几项数值分析的能力。
折线图最为统计图中很常见的一类图，它的特点是可以显示随时间而变化的连续数据，因此每个数据点都有一个相应的X轴值和Y轴值，所以我们在用graphpad做折线图时在数据表类型的选择上一般选XY图（XY graphs）。如下文实例。
1.1 根据Table1的1组原始数据（4个样本在4个时间点分别测得的OA值）做折线图
打开Graphpad prism 5软件，选择XY图（XY graphs），折线图图标，因为是原始数据，需要软件帮你计算均值和误差，因此你要告诉软件你的Y值的样本数是多少，这边的样本数是4，因此我们把样本数设为4，如下图
在Data分栏中将数据粘贴进去，如下图
[attach]65376[/attach]
在Data分栏中将数据粘贴进去，如下图
软件就会自动帮你算出均值和误差值，并做好折线图，把字体和坐标轴方向改成你想要的格式后，如下图一幅漂亮的折线图就做好了，简单吧?
1.2 根据Table2的原始数据（治疗组和对照组的4个样本在4个时间点分别测得的OA值）做折线图
打开insert 菜单的New Data Table功能，加入一张新的数据表，见下图
仍然选择XY图（XY graphs），告诉软件样本数是4
在Data栏中输入数据
软件已经自动帮你把图做好了，稍微美化后得下图
1.3 用已经处理好的1组数据做折线图
如果你的数据是用其他软件（excel,origin,etc..）已经处理过的，Graphpad prism也可以帮你完成剩下的作图工作，你只需告诉软件你输入的数据是已经计算好的就行了，比如你想用Table3的1组数据做折线图
新建一个数据表，仍然选择XY图（XY graphs），告诉软件你输入的是计算好的值，见下图
在data栏中粘贴数据，如下图
打开Graphs栏目下的Data3，看到软件已经做好了图，稍微调整一下字体的大小，就可以得出下图所示的折线图了
1.4 用已经处理好的2组数据做折线比较图
如果要用Table4所示的两组已经处理好的数据作图，步骤和1.3的一样。
仍然选择XY图（XY graphs），告诉软件你输入的是计算好的值，见下图
将数据粘贴进去
软件即时生成的图如下图所示
折线图的处理讲完了，简单吧，让我们来看看柱状图怎么做
柱状图可以很直观地表示出不同组别之间的数值差异，和折线图不同的一点是它的X轴对应的是组别而不是数值，因此在GraphPad分类栏的选择上也有所不同，见下文的实例 2.1根据Table 5的原始数据做柱状图
选择Column graphs栏，因为该栏默认输入的都是原始数据，因此没有输入样本数的地方，只需选择数据处理类型为(Mean&SD), 如下图。
在Data分栏中输入以下数据
软件就会自动帮你算出均值和误差值，并做好柱状图，见下图
2.2 根据Table6的原始数据做两组数据比较的柱状图
这次因为涉及到两组数据比较，所以我们选择grouped栏，图表类型选择柱状图，因为Grouped栏并不是像Column graphs栏一样默认输入的是原始数据，因此有输入样本数的地方，这边的样本数是4，因此我们相应地设置样本为4，见下图。
在Data分栏中输入以下数据
软件会自动帮你做好一幅漂亮的分组柱状图，如下图。
2.3 如果你的数据是已经处理过的数据也可以直接导入或拷贝到Graphpad
现在我们用Table7中的数据做一个柱状图
仍然选择Grouped栏，告诉软件你输入的值是已经计算好的，如下图
软件及时生成柱状图，如下图
2.4 用两组计算好的数据做一个两组比较的柱状图
用Table 8的数据做成两组比较的柱状图
操作步骤和2.3一样，只需多输入一组数据，仍然选择Grouped栏，告诉软件你输入的值是已经计算好的，如下图
在data栏中输入数据
软件即时生成的图如下图
折线图和柱状图的处理都讲完了，在graphpad数据表类型的选择上小编总结出了2条规律：
一．折线图，散点图这种有一一对应的X,Y值一般都选择XY栏
二．柱状图，箱型图这种有组别的数据需要用软件计算的选择column栏，处理加工过的数据一般选择group栏
3. 组合和导出图片
点击layout栏，出现下图所示界面
根据你的图片的数量，选择合适的布局，下图选择的是6张图分成3排排列
将做好的图片拖到对应的方格中，用添加文章工具加入图片编号，完成后如下图所示
然后导出图片 点击File目录下的Export，出现下图所示的界面，选择好符合相关SCI杂志要求的格式，分辨率和宽度，如下图
点击ok，一张漂亮的可以直接拿去投稿的组合图就做好了，见下图
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26.2 MB31.63 MB100.46 MB4.1 MB5.79 MB145.8 MB611.3 MB11.7 MB0 bytes98.3 MB44 MB0 bytes271 MB17.03 MB0 bytes不知不觉已到八月中旬，青涩的那年也即将踏入大学校园面对来自五湖四海的好基友。每周...
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感谢分享^_^
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谢谢楼主的分享，竟然还有教程，太贴心了
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【其他】Graphpad Prism5作图教程之第二篇：柱状图
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今天讲讲柱状图，柱状图可以很直观地表示出不同组别之间的数值差异，和折线图不同的一点是它的X轴对应的是组别而不是数值，因此在GraphPad分类栏的选择上也有所不同，见下文的实例2.1 根据Table 5的原始数据做柱状图选择Column graphs栏，因为该栏默认输入的都是原始数据，因此没有输入样本数的地方，只需选择数据处理类型为(Mean&SD), 如下图。在Data分栏中输入以下数据软件就会自动帮你算出均值和误差值，并做好柱状图，见下图
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2.2 根据Table6的原始数据做两组数据比较的柱状图这次因为涉及到两组数据比较，所以我们选择grouped栏，图表类型选择柱状图，因为Grouped栏并不是像Column graphs栏一样默认输入的是原始数据，因此有输入样本数的地方，这边的样本数是4，因此我们相应地设置样本为4，见下图。在Data分栏中输入以下数据软件会自动帮你做好一幅漂亮的分组柱状图，如下图。
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请问这种柱状图如何让他比较两者之间是否有统计学意义。
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你好，请教一下，如何用prism画平滑的曲线图，就像Excel一样
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楼主 请问怎么让每一分组里面的柱形紧挨到一起 而不是隔一块空白
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grasslandcy 楼主 请问怎么让每一分组里面的柱形紧挨到一起 而不是隔一块空白
谢谢 同求。
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同求。我会了 呵呵
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grasslandcy 我会了 呵呵 请求解答，万分感谢
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grasslandcy 我会了 呵呵 分享一下，谢谢。
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楼主知道怎么画下面的图吗？Y轴是出现的频数。
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我要学perl么 楼主知道怎么画下面的图吗？Y轴是出现的频数。这种分布图，战友可以试试SIGMAPLOT软件，图形要更丰富，然后选择分布图，数据放进去再修饰下应该会有你要的结果的
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xiaozou55 这种分布图，战友可以试试SIGMAPLOT软件，图形要更丰富，然后选择分布图，数据放进去再修饰下应该会有你要的结果的 好的，谢谢帮助！
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分享一下，谢谢。 就在图双击一下 会有属性的对话框
然后会有一个合并的的方框 后面打钩就行了
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请问如果一个柱子过高 影响对其他柱子的观察 想在中间截断一下 怎么画啊 谢谢
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就在图双击一下 会有属性的对话框
然后会有一个合并的的方框 后面打钩就行了 谢谢！！！
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zjzzyk 请问如果一个柱子过高 影响对其他柱子的观察 想在中间截断一下 怎么画啊 谢谢 看下图
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请教下，我输入了下列数据，但是SD在图片输出的时候怎么没有显示出来呀？？“T”头怎么不见了 。。该怎么更改才好呢。请您和各位路过的朋友不吝赐教
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cholytang 请教下，我输入了下列数据，但是SD在图片输出的时候怎么没有显示出来呀？？“T”头怎么不见了 。。该怎么更改才好呢。请您和各位路过的朋友不吝赐教双击柱形图就可以修改error bar 了
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谁人知1989 双击柱形图就可以修改error bar 了 请问想让柱形图的柱子变瘦点，应该怎样弄呢？谢谢
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谢谢！！！ 能截图说明一下么？
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grasslandcy 我会了 呵呵 能截图说明一下么？
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能截图说明一下么？ 不好意思 太久了 我都卸载了~~~~
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日月-星辰 @谁人知1989：双击柱形图就可以修改error bar 了?请问想让柱形图的柱子变瘦点，应该怎样弄呢？谢谢我摸索了下，好像不能调节单个柱子的大小，估计只能通过在layout中缩放整个图片来实现了
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谁人知1989 edited on
能截图说明一下么？楼主 请问怎么让每一分组里面的柱形紧挨到一起 而不是隔一块空白 谢谢
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prism和spass之间分析数据有什么区别吗
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看下图前辈，我的数据值相差很大，分别是4点几，5点几，两百多，还有一个将近700的。我也想做截断图，按照您的提示试了一下，做不好。不知道像这种数据值相差大的数据怎么来确定纵坐标最小间隔之类的参数？
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这款软件纵坐标最多可以分三段，至于如何选值，没有标准和定论，如何是孤立的单独值，可以考虑舍去
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多谢各位解答！！！
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标记，学习
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我想问下怎么做出 总共有5列 其中一列是基数水平列
另外4列为两两对比。eg：
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