关注今日：12 | 主题：99114
微信扫一扫
扫一扫，下载丁香园 App
即送15丁当
求助：TCGA数据做差异表达分析
页码直达：
求助诸位大神，我现在想用TCGA数据做转录组基因的差异表达。然而不知道应该下载哪些文件，下载了也不清楚要如何处理。我尝试过下载Expression matrix数据，但不懂得如何处理rsem数据。也试过下载*RNASeqV2.Level_3文件，但不知道其中文件名所对应的是哪个样本，如：unc.edu.0ab304f8-55-199e4037.rsem.genes.normalized_results。所以不知道哪个是normal，哪个是tumor。希望诸位大神能给点建议，什么都行~thanks in advance~
不知道邀请谁？试试他们
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
收起全部有料回复
处理TCGA原始数据和初级数据需要编程能力，例如R语言。如果是新手，建议你采用处理后数据，有几个很好的在线应用，既可以对TCGA数据进行可视话，也能够把处理后数据下载下来自己分析。1. cbioportal：2. UCSC Xena：3. Firehose：你可以自己尝试摸索一下。对于表达谱数据，建议你采用UCSC Xena。
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
这个文件（rnaseqv2-RSEM_genes_normalized_result）就是基因的mRNA表达数据，每列一个样本，每行一个基因，是我们常用的data；基因名字是Gene symbol | Entrez ID；样本中有原发肿瘤、正常对照、转移瘤等不同类型，需要区分并分离。把基因表达谱与样品临床信息进行匹配对齐后，即可进行差异表达分析。
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
RSEM和RPKM两种数据处理方法有区别，但我一般直接用TCGA给的RSEM；对数据取log2(*+1)，数据分布就非常类似基因芯片了。许多其他研究也采用这中方法。要得到基因上下调，就要进行差异表达分析，那就是另外一回事了。本人非专业生物信息学出身，以上信息仅供参考。
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
处理TCGA原始数据和初级数据需要编程能力，例如R语言。如果是新手，建议你采用处理后数据，有几个很好的在线应用，既可以对TCGA数据进行可视话，也能够把处理后数据下载下来自己分析。1. cbioportal：2. UCSC Xena：3. Firehose：你可以自己尝试摸索一下。对于表达谱数据，建议你采用UCSC Xena。
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
dvdhover 处理TCGA原始数据和初级数据需要编程能力，例如R语言。如果是新手，建议你采用处理后数据，有几个很好的在线应用，既可以对TCGA数据进行可视话，也能够把处理后数据下载下来自己分析。1. cbioportal：2. UCSC Xena：3. Firehose：你可以自己尝试摸索一下。对于表达谱数据，建议你采用UCSC Xena。非常感谢你的建议！我有编程能力能处理数据，但我是新手不清楚这些文件所包含数据的意思。你能解释下*rnaseqv2-RSEM_genes_normalized_result 这个文件的数据是什么意思么？我能用这个文件进行表达差异分析么？Thanks again~
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
这个文件（rnaseqv2-RSEM_genes_normalized_result）就是基因的mRNA表达数据，每列一个样本，每行一个基因，是我们常用的data；基因名字是Gene symbol | Entrez ID；样本中有原发肿瘤、正常对照、转移瘤等不同类型，需要区分并分离。把基因表达谱与样品临床信息进行匹配对齐后，即可进行差异表达分析。
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
dvdhover 这个文件（rnaseqv2-RSEM_genes_normalized_result）就是基因的mRNA表达数据，每列一个样本，每行一个基因，是我们常用的data；基因名字是Gene symbol | Entrez ID；样本中有原发肿瘤、正常对照、转移瘤等不同类型，需要区分并分离。把基因表达谱与样品临床信息进行匹配对齐后，即可进行差异表达分析。非常感谢大神！还有个问题，rnaseqv2-RSEM_genes_normalized_result 里面的data是RPKM值吗，如果不是的话它是什么值呢，如何能转化成RPKM？？又或者我该如何处理才能得出基因上下调的情况呢？？万分感谢！！(┬＿┬)
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
RSEM和RPKM两种数据处理方法有区别，但我一般直接用TCGA给的RSEM；对数据取log2(*+1)，数据分布就非常类似基因芯片了。许多其他研究也采用这中方法。要得到基因上下调，就要进行差异表达分析，那就是另外一回事了。本人非专业生物信息学出身，以上信息仅供参考。
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
针对TCGA数据建议还是使用Deseq和ergeR包进行差异分析，同意@的数据预处理方法，同时可以通过去除均值小于1的数据行滤过部分低丰度的数据。
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
同意的观点，DESeq和edgeR的确是最受推崇的RNASeq差异表达分析方法。我这里讲讲他们的缺点。首先就是两个包对数据要求严格，均要求“raw counts data”，但这种数据TCGA是不公开的；虽然也有报道根据FPKM值逆推，但毕竟不是原装的。另外一点就是这两种处理方法不够灵活，只能用来做差异表达，后续如果我想做heatmap，还得把数据取对数；其他如看不同基因表达的相关性、基因表达与拷贝数相关性、GSEA分析等，用上述处理方法都做不了，取对数是我看到的最佳方案。当然，这些都是个人意见，欢迎批评指正。
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
dvdhover 同意的观点，DESeq和edgeR的确是最受推崇的RNASeq差异表达分析方法。我这里讲讲他们的缺点。首先就是两个包对数据要求严格，均要求“raw counts data”，但这种数据TCGA是不公开的；虽然也有报道根据FPKM值逆推，但毕竟不是原装的。另外一点就是这两种处理方法不够灵活，只能用来做差异表达，后续如果我想做heatmap，还得把数据取对数；其他如看不同基因表达的相关性、基因表达与拷贝数相关性、GSEA分析等，用上述处理方法都做不了，取对数是我看到的最佳方案。当然，这些都是个人意见，欢迎批评指正。可以获取raw counts data数据，通过TCGA Assemble获取的数据就有raw counts，正好可以通过edgeR进行分析，DESeq对于电脑的要求较高，可能需要一定级别的电脑，edgeR可以自己电脑上进行！求加分！呵呵！
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
tstsw edited on
tstsw dvdhover 同意的观点，DESeq和edgeR的确是最受推崇的RNASeq差异表达分析方法。我这里讲讲他们的缺点。首先就是两个包对数据要求严格，均要求“raw counts data”，但这种数据TCGA是不公开的；虽然也有报道根据FPKM值逆推，但毕竟不是原装的。另外一点就是这两种处理方法不够灵活，只能用来做差异表达，后续如果我想做heatmap，还得把数据取对数；其他如看不同基因表达的相关性、基因表达与拷贝数相关性、GSEA分析等，用上述处理方法都做不了，取对数是我看到的最佳方案。当然，这些都是个人意见，欢迎批评指正。可以获取raw counts data数据，通过TCGA Assemble获取的数据就有raw counts，正好可以通过edgeR进行分析，DESeq对于电脑的要求较高，可能需要一定级别的电脑，edgeR可以自己电脑上进行！求加分！呵呵！TCGA v2数据里面有raw_count跟normalized_count,我用edgeR处理normalized_count数据，这样可以不？另外，我对edgeR还在摸索阶段，请问@tstsw，如何像你所说的，用edgeR去除均值小于1的数据行滤过部分低丰度的数据呢？？3q~
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
Jimson_ljs tstsw dvdhover 同意的观点，DESeq和edgeR的确是最受推崇的RNASeq差异表达分析方法。我这里讲讲他们的缺点。首先就是两个包对数据要求严格，均要求“raw counts data”，但这种数据TCGA是不公开的；虽然也有报道根据FPKM值逆推，但毕竟不是原装的。另外一点就是这两种处理方法不够灵活，只能用来做差异表达，后续如果我想做heatmap，还得把数据取对数；其他如看不同基因表达的相关性、基因表达与拷贝数相关性、GSEA分析等，用上述处理方法都做不了，取对数是我看到的最佳方案。当然，这些都是个人意见，欢迎批评指正。可以获取raw counts data数据，通过TCGA Assemble获取的数据就有raw counts，正好可以通过edgeR进行分析，DESeq对于电脑的要求较高，可能需要一定级别的电脑，edgeR可以自己电脑上进行！求加分！呵呵！TCGA v2数据里面有raw_count跟normalized_count,我用edgeR处理normalized_count数据，这样可以不？另外，我对edgeR还在摸索阶段，请问@tstsw，如何像你所说的，用edgeR去除均值小于1的数据行滤过部分低丰度的数据呢？？3q~R语言操作，&dataB=dataA[rowMeans(data)&1,]
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
tstsw Jimson_ljs tstsw dvdhover 同意的观点，DESeq和edgeR的确是最受推崇的RNASeq差异表达分析方法。我这里讲讲他们的缺点。首先就是两个包对数据要求严格，均要求“raw counts data”，但这种数据TCGA是不公开的；虽然也有报道根据FPKM值逆推，但毕竟不是原装的。另外一点就是这两种处理方法不够灵活，只能用来做差异表达，后续如果我想做heatmap，还得把数据取对数；其他如看不同基因表达的相关性、基因表达与拷贝数相关性、GSEA分析等，用上述处理方法都做不了，取对数是我看到的最佳方案。当然，这些都是个人意见，欢迎批评指正。可以获取raw counts data数据，通过TCGA Assemble获取的数据就有raw counts，正好可以通过edgeR进行分析，DESeq对于电脑的要求较高，可能需要一定级别的电脑，edgeR可以自己电脑上进行！求加分！呵呵！TCGA v2数据里面有raw_count跟normalized_count,我用edgeR处理normalized_count数据，这样可以不？另外，我对edgeR还在摸索阶段，请问@tstsw，如何像你所说的，用edgeR去除均值小于1的数据行滤过部分低丰度的数据呢？？3q~R语言操作，&dataB=dataA[rowMeans(data)&1,]
谢大神~还有个小问题，希望能解答一下。我输入topTaqs（），只能得到前十个显著基因。而我想得到其他所有基因的分析结果表（最重要的是要有FDR值），我应该输入什么命令呢？？最后一步了，求大神指教啊(┬＿┬)
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
谢大神~还有个小问题，希望能解答一下。我输入topTaqs（），只能得到前十个显著基因。而我想得到其他所有基因的分析结果表（最重要的是要有FDR值），我应该输入什么命令呢？？最后一步了，求大神指教啊(┬＿┬)你做到这里已经很厉害了，你设置显示条目数就行difflist&- topTags(et, n=100000)n值远超过基因数目就行，你没加n值，显示默认前10个。
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
Jimson_ljs tstsw dvdhover 同意的观点，DESeq和edgeR的确是最受推崇的RNASeq差异表达分析方法。我这里讲讲他们的缺点。首先就是两个包对数据要求严格，均要求“raw counts data”，但这种数据TCGA是不公开的；虽然也有报道根据FPKM值逆推，但毕竟不是原装的。另外一点就是这两种处理方法不够灵活，只能用来做差异表达，后续如果我想做heatmap，还得把数据取对数；其他如看不同基因表达的相关性、基因表达与拷贝数相关性、GSEA分析等，用上述处理方法都做不了，取对数是我看到的最佳方案。当然，这些都是个人意见，欢迎批评指正。可以获取raw counts data数据，通过TCGA Assemble获取的数据就有raw counts，正好可以通过edgeR进行分析，DESeq对于电脑的要求较高，可能需要一定级别的电脑，edgeR可以自己电脑上进行！求加分！呵呵！TCGA v2数据里面有raw_count跟normalized_count,我用edgeR处理normalized_count数据，这样可以不？另外，我对edgeR还在摸索阶段，请问@tstsw，如何像你所说的，用edgeR去除均值小于1的数据行滤过部分低丰度的数据呢？？3q~建议不要用edgeR处理normalized数据，这个在它官方说明里面说过，是不主张的。
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
emberwhirl 建议不要用edgeR处理normalized数据，这个在它官方说明里面说过，是不主张的。嗯嗯，我用的是raw_count。最近TCGA维护，能告诉我其他可以下载raw_count数据的方法吗。谢谢~
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
Jimson_ljs emberwhirl 建议不要用edgeR处理normalized数据，这个在它官方说明里面说过，是不主张的。嗯嗯，我用的是raw_count。最近TCGA维护，能告诉我其他可以下载raw_count数据的方法吗。谢谢~TCGA_Assembler是可以的。RTCGAToolbox是利用firehose下载的。不过最好都挂上vpn，不然链接中断就白费了
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
TCGA网站上有对数据的说明，可以好好看看！
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
组学服务 服务组学 Omics bioinformatics biotechnology 二代测序、CRISPR、单分子技术、细胞重编程、基于质谱分析的蛋白质组学 等等生物信息学学习资料
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
我是菜鸟一个，不会编程，求大神指点，有没有在线分析网站，谢谢！
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
apaperumbrella 我是菜鸟一个，不会编程，求大神指点，有没有在线分析网站，谢谢！大神给的三个在线网站：1. cbioportal：2. UCSC Xena：3. Firehose：cbioportal不会用的话可以看这个：firehose很简单，摸索一下就会，Xena我还不会用。另外建议还是学习编程吧，我也是零基础开始的，不难学。。
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
Jimson_ljs apaperumbrella 我是菜鸟一个，不会编程，求大神指点，有没有在线分析网站，谢谢！大神给的三个在线网站：1. cbioportal：2. UCSC Xena：3. Firehose：cbioportal不会用的话可以看这个：firehose很简单，摸索一下就会，Xena我还不会用。另外建议还是学习编程吧，我也是零基础开始的，不难学。。太谢谢！我看了下这些网站好像都是癌症相关的基因数据分析，但是我想要的是如何分析我所关注的基因，在不同疾病状态下的RNA-seq数据中是否有差异。简单的说就是用别人的数据，验证下我的猜想，不知道有没有类似的网站，谢谢了
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
apaperumbrella Jimson_ljs apaperumbrella 我是菜鸟一个，不会编程，求大神指点，有没有在线分析网站，谢谢！大神给的三个在线网站：1. cbioportal：2. UCSC Xena：3. Firehose：cbioportal不会用的话可以看这个：firehose很简单，摸索一下就会，Xena我还不会用。另外建议还是学习编程吧，我也是零基础开始的，不难学。。太谢谢！我看了下这些网站好像都是癌症相关的基因数据分析，但是我想要的是如何分析我所关注的基因，在不同疾病状态下的RNA-seq数据中是否有差异。简单的说就是用别人的数据，验证下我的猜想，不知道有没有类似的网站，谢谢了据我所知没有哦，所以才下数据自己分析嘛。你可以另外发帖问问，我的仅供参考。。
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
Jimson_ljs apaperumbrella Jimson_ljs apaperumbrella 我是菜鸟一个，不会编程，求大神指点，有没有在线分析网站，谢谢！大神给的三个在线网站：1. cbioportal：2. UCSC Xena：3. Firehose：cbioportal不会用的话可以看这个：firehose很简单，摸索一下就会，Xena我还不会用。另外建议还是学习编程吧，我也是零基础开始的，不难学。。太谢谢！我看了下这些网站好像都是癌症相关的基因数据分析，但是我想要的是如何分析我所关注的基因，在不同疾病状态下的RNA-seq数据中是否有差异。简单的说就是用别人的数据，验证下我的猜想，不知道有没有类似的网站，谢谢了据我所知没有哦，所以才下数据自己分析嘛。你可以另外发帖问问，我的仅供参考。。恩恩，谢谢啦！
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
关于丁香园求助分析方法，学习资料，问题求助_百度知道
求助分析方法，学习资料，问题求助
我有更好的答案
　经济学有一套以数量分析为特征的分析方法。主要有：实证分析法、边际分析法、均衡分析法、静态分析法、比较静态分析法、动态分析法、长期与短期分析法、个量与总量分析法等。
　　一、实证分析法：
　　经济学中的实证分析法来自于哲学上的实证主义方法。实证分析是一种根据事实加以验证的陈述，而这种实证性的陈述则可以简化为某种能 根据经验数据加以证明的形式。在运用实证分析法来研究经济问题时，就是要提出用于解释事实的理论，并以此为根据作出预测。这也就是形成经济理论的过程。
　　二、边际分析法：
　　是利用边际概念对经济行为和经济变量进行数量分析的方法。所谓边际，就是额外或增加的意思，即所增加的下一个单位或最后一个单位。在经济学分析中，简单地说，边际是指对原有经济总量的每一...
劳动经济学分析方法可以分为实证分析与规范分析两个层次。在实证分析中在稀缺性和... 从经济学的观点看,构成消费对象的消费资料不仅仅是有形的物质资料,而且还包括无形
其他类似问题
为您推荐：
等待您来回答
下载知道APP
随时随地咨询
出门在外也不愁 上传我的文档
 下载
 收藏
毕业于医学院校，在医院工作，有相对丰富的护理经验
 下载此文档
正在努力加载中...
从知识点出发延伸到深入阐述,cfalevel2的全A学习经验
下载积分：1500
内容提示：从知识点出发延伸到深入阐述,cfalevel2的全A学习经验
文档格式：DOCX|
浏览次数：0|
上传日期： 00:16:20|
文档星级：
该用户还上传了这些文档
从知识点出发延伸到深入阐述,cfalevel2的全A学习经验
官方公共微信