通过对植物基因测序的意义组进行de novo测序可以获得该物种的基因测序的意义组序列图谱，可以从基洇测序的意义组水平上对物种的生长、发育、进化、起源等重大问题进行研究加深我们对物种的认识，在新基因测序的意义的发现、物種改良等方面发挥巨大作用；

在已知植物基因测序的意义组的情况下对物种内的不同个体或某个个体的不同组织进行基因测序的意义组偅测序，可以在全基因测序的意义组水平上发现不同个体或组织细胞之间的差异通过这种方法，可以寻找出大量的单核苷酸多态性位点（SNP）插入缺失位点（InDel，Insertion Deletion）结构变异位点（SV，Structure Variation）拷贝数变异（Copy Number Variation，CNV）等变异信息从而获得生物群体的遗传特征。这对在群体水平上研究物种的进化历史、环境适应性、自然选择等方面具有重大意义利用全基因测序的意义组重测序有助于快速发现与植物重要性状相关的遺传变异，缩短分子育种的实验周期等

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