如果引物对是从primer5引物设计教程 bank里面选的，那么这个参考文献应该怎么写？

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2019-04-01 07:24 标签： primer5引物设计教程

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本发明专利技术提供了一种基于primer5引物设计教程3的bprimer5引物设计教程批量PCR引物设计方法所述方法包括：获取目标DNA序列的原始序列；提取DNA多态性数据中的高频多态性位点；对所述高频多态性位点进行标记；输出标记高频多态性位点的注释序列，所述注释序列和所述原始序列的碱基长度相同；读取所述注释序列並生成候选引物；筛选候选引物等。本发明专利技术提供的基于primer5引物设计教程3的bprimer5引物设计教程批量PCR引物设计方法能够回避高频多态性位点减少因目标人群遗传多样性而导致的扩增失败；能够批量检测引物的特异性，减少非特异扩增、引物二聚体等原因导致的扩增失败；能夠用于评估现有引物的特异性；能够对长目标片段进行自动分割


本专利技术设及PCR引物设计


，更为具体地说设及一种基于primer5引物设计教程3嘚 bPr imer批量PCR引物设计方法。

技术介绍 聚合酶链式反应(Polymerase Chain ReactionPCR)作为最基础的分子生物学实 验手段之一，能够在体外成百万倍地扩增目标DNA的拷贝数因洏被广泛应用于基因工程、 诊断试剂等领域。 PCR实验成败的一个关键因素是PCR引物设计的好坏因此，为设计出更好的引物 专利技术了种类眾多的PCR引物设计软件。最早且最基础的PCR引物设计软件是primer5引物设计教程O.5,而后 又在primer5引物设计教程O. 5的基础上设计了现在被广泛使用的primer5引物设计教程f开源PCR引物设计软件primer5引物设计教程f 最基本的功能包括设计PCR引物和设计杂交探针，并且具有免费、开源、跨平台等优点随后 研究者在primer5引粅设计教程3的基础上进行二次开发，形成了诸如NCBI primer5引物设计教程 BLAST,Batchprimer5引物设计教程S 等等衍生的引物设计软件进一步扩展了 primer5引物设计教程f的影响仂。 虽然primer5引物设计教程3和其衍生软件得到了广泛应用然而却仍不能完全满足实际项目中 用户的个性化需求，存在很大的改进空间primer5引物設计教程3及其衍生的引物设计软件存在如表1所 示的问题： 表l:primer5引物设计教程3及其衍生的引物设计软件存在的问题由上表能够看出，primer5引物设计敎程S-次只能输入一个片段无法批量操作；Batchprimer5引物设计教程S 着重改进了批量操作，但是它不能预防遗传多样性或同源基因引起的扩增失败吔不能直 接处理较长的目标序列;NCBI primer5引物设计教程 BLAST主要通过BLAST技术(Basic Local Alignment Search Tool ,BLAST)预测非特异扩增，但是它不支持批量操作;MPRIM邸着重改进了非特异 扩增预测和二级結构检测但是同样不能直接处理较长的目标序列。[000引同时引物设计领域还存在着众多商业软件，例如primer5引物设计教程 Premiere.0LIG0 7、 primer5引物设计教程 Analysis Software。尽管在人性化和易用度方面商业软件有明显优势适合不熟 悉生物信息学的实验人员使用;但是它们作为商业软件，源代码均不透明无法自行开发扩 展功能，也无法自行排除程序错误难W和其他开源软件交互，跨平台状况不佳并且还需 要支付授权费。

技术实现思路 本专利技术的目的是提供W解决

技术介绍所述的现有PCR引物设计方法在设计PCR引物时因没有预防遗传多样性而导致引 物设计失败的问题。 为了解决仩述技术问题本专利技术提供如下技术方案： -种基于primer5引物设计教程S的bprimer5引物设计教程批量PCR引物设计方法，所述方法包括：[001 ^ SOI:获取目标DNA序列的原始序列；[001引S02:依据所述目标DNA序列的原始序列提取DNA多态性数据中的高频多态性位点； S03:对所述高频多态性位点进行标记； S04:输出标记高频多态性位点的注释序列所述注释序列和所述原始序列的碱基 长度相同； S05:读取所述注释序列，并计算解链溫度和生成候选引物； S06:筛选候选引物嘚到引物。 优选地所述方法还包括:长目标片段的自动分割。 优选地所述长目标片段的自动分割包括:若所述目标DNA序列的原始序列未获得 候选引物，则将所述目标DNA序列的原始序列平均分为两个子序列并分别设计引物;若所 述两个子序列未获得候选引物，则将所述两个子序列繼续平分直至所述目标DNA序列的原 始序列有候选引物或所分得子序列的长度小于预设最低产物的长度。 优选地步骤SOl中所述获取目标DNA序列嘚原始序列包括:构建目标DNA序列的坐 标文件，并使所述坐标文件的每一行包括一个基因组坐标 优选地，所述基因组坐标的形式为C虹A:B+C形式 優选地，步骤S02中所述提取DNA多态性数据中的高频多态性位点包括:从所述DNA 多态性数据中提取与所述目标DNA序列的坐标文件相对应的高频多态性位點 优选地，步骤S03中所述对所述高频多态性位点进行标记包括：WlUPAC标准简并 码、"<〉"和"[r分别对所述高频多态性位点中的单核巧酸高频多态性位點、插入缺失标记 位点和目标DNA序列进行标注 优选地，步骤S06中所述筛选候选引物包括： 筛除所述解链溫度不在设定范围内的候选引物； 筛除单核巧酸高频多态性位点超过设定阔值的候选引物； 筛除3'端含有单核巧酸高频多态性位点的候选引物；[002引筛除3'端含有插入缺失标记位点嘚候选引物；筛除3'端5个碱基范围内含有简并碱基的候选引物； 筛除非特异性扩增的候选引物； 筛除存在风险的候选引物 优选地，所述筛除非特异性扩增的候选引物为使用iPCRess和In-SilicoPCR预测 候选引物是否非特异性扩增并将非特异性扩增的候选引物筛除。 本专利技术提供了一种基于primer5引粅设计教程 3的bprimer5引物设计教程批量PCR引物设计方法所述方法包括： SOl:获取目标DNA序列的原始序列；S02:依据所述目标DNA序列的原始序列提取DNA多态性 数据Φ的高频多态性位点；S03:对所述高频多态性位点进行标记;S04:输出标记高频多态 性位点的注释序列，所述注释序列和所述原始序列的碱基长度相哃；S05:读取所述注释序 列并计算解链溫度和生成候选引物；S06:筛选候选引物，得到引物本专利技术提供的基于 primer5引物设计教程S的bprimer5引物设计教程批量PCR引物设计方法能够回避高频多态性位点，进而减少因目标人群 遗传多样性而导致的扩增失败同时，本专利技术提供的引物设计方法能够批量检测引物的特 异性进而减少非特异扩增、引物二聚体等原因导致的扩增失败，并且能够用于评估现有引 物的特异性【附图說明】 为了更清楚地说明本专利技术实施例中的技术方案，下面将对实施例描述中所需要使 用的附图作简单地介绍显而易见地，对于本領域普通技术人员而言在不付出创造性劳动 的前提下，还可W根据运些附图获得其它的附图 图1是本专利技术实施例提供的基于primer5引物设计敎程S的bprimer5引物设计教程批量PCR引物设计方法的流程 图； 图2是本专利技术实施例提供的基于primer5引物设计教程S的bprimer5引物设计教程批量PCR引物设计方法中长目 标片段自动分割的示意图； 图3是本专利技术实施例提供的设计的 ATMe59_F7、KL 邸 166_。12和1_301_7 进行 PCR 实验的电泳图； 图4是本专利技术实施例提供的基于primer5引物設计教程3的bprimer5引物设计教程批量PCR引物设计方法设计的 L_301_巧进行PCR实验的峰值图； 图5是本专利技术实施例提供的基于primer5引物设计教程3的bprimer5引物设计教程批量PCR引物设计方法设计的 C虹1 -51-FO、C虹1-69-F0进行PCR实验的电泳图； 图6是本专利技术实施例提供的基于primer5引物设计教程3的bprimer5引物设计教程批量PCR引物设计方法设計的 化rl-51-R)进行PCR实验的峰值图； 图7是本专利技术实施例提供的基于primer5引物设计教程3的bprimer5引物设计教程批量PCR引物设计方法设计的 化rl-69-R)进行PCR实验的峰值图； 图8是本专利技术实施例提供的基于primer5引物设计教程3的bprimer5引物设计教程批量PCR引物设计方法设计的 乳腺癌风险基因 BRCAl、BRC本文档来自技高网

一种基于primer5引物设计教程3的bprimer5引物设计教程批量PCR引物设计方法，其特征在于所述方法包括：S01：获取目标DNA序列的原始序列；S02：依据所述目标DNA序列的原始序列提取DNA多态性数据中的高频多态性位点；S03：对所述高频多态性位点进行标记；S04：输出标记高频多态性位点的注释序列，所述注释序列和所述原始序列的碱基长度相同；S05：读取所述注释序列并计算解链温度和生成候选引物；S06：筛选候选引物，得到引物

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