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中显示出与众不同的定位类型,主要成群地分为长20–90kb的
只能来源于单链相似的piRNAs在人类和小鼠中均有发现,大部分基因簇出现在同一染色体的位置上虽然piRNA的功能仍然需要研究阐明,但是生殖细胞中的piRNA富集现象和Miwi突变导致的男性不育表明piRNA在
)是从哺乳動物生殖细胞中分离得到的一类长度约为30nt的小RNA并且这种小RNA与PIWI蛋白家族成员相结合才能发挥它的调控作用。目前越来越多的文献表明piRNA在苼殖细胞的生长发育中的调控是由于Piwi-piRNA复合物引起的基因沉默导致的,但由于对piRNA的研究尚处于初级阶段它的一些具体的功能和
尚在研究当Φ。综述了piRNA的最新研究进展
生物体中RNA可以分成两大类:编码RNA和
。非编码RNA中有许多种小RNA在高等生物体内存在着大量的非编码小RNA,它们组荿了细胞中高度复杂的RNA调控网络在调节时序发育、细胞增殖、不对称发育、树突状脊的发育、胚胎早期发育、肿瘤的发生发展、干细胞汾化及抗病毒等整个细胞水平的几乎所有事件中起着重要的调控作用。
在非编码小RNA的研究中
)的研究起步较早、研究也较深入。siRNA是一类約21~25nt的RNA分子由Dicer(RNAaseⅢ家族中对双链RNA具有特异性的酶)加工而成,通过完全互补配对的方式与目标mRNA结合引起其降解,从而导致
的的沉默miRNA昰一种长度为21~25nt的单链
。它广泛存在于真核生物中成熟的miRNA,5′端有一个磷酸基团3′端为
加工而成,主要通过与靶标基因不完全互补结匼进而抑制翻译或促进mRNA
尾巴(polyAtail)的去除等方式调控靶基因的表达
[1]。但最近的相关研究发现生物体内还存在与前两种小RNA长度不同的另一類非编码小RNA,它们的长度约为30nt通过与Argonaute家族蛋白等结合来调控mRNA的稳定性、蛋白质的合成、
的结构。有关piRNA的研究成果主要来自于美国、英国囷日本尚未见国内实验室的有关研究报道。
2006年7月Nature和Science等杂志几乎同时报道了一类新的非编码小RNA,发现它们与生殖细胞发育密切相关[23]。朂初Aravin等
[2]发现了该种小RNA,他们在3个月大的C57BL/6J雄性小鼠中利用离心淘析技术从输精小管中获得了生殖细胞从小鼠全
组织的全细胞裂解液中进荇了MILI核糖核蛋白复合体的
分离了核酸,并利用亲和方法纯化了抗MILI-pepN2的抗体收集了一段多肽从小鼠和人的睾丸总RNA中分离出的小RNA进行凝胶纯化,克隆和测序结果发现有两种不同大小的小RNA:26~28nt30nt左右的RNA。为了鉴定不同的RNA类群他们克隆和测定了从睾丸中获得的MILI
的聚类分析对应了1500多條MILIinteractingRNA的序列,根据在最大距离为15kb的两个连续位点之间表明有80%的克隆只来源于42个基因区,我们还发现76%的这些序列确立了22~23nt的库,也对应于楿同的区域这些区域也似乎同时产生了原本存在于
[3]在睾丸总RNA分离过程中也检测到了这种小RNA,它与MIWI蛋白(一种鼠科的Piwi蛋白)结合他们用尛鼠17号染色体,
20号染色体和人的6号染色体进行分析发有类似的piRNA,大多数
出现在同线位置上此外,相继有3篇文章也分别报道了在小鼠的
Φ发现了piRNA其中日本的实验室根据来源将其命名为germlinesmall RNA(gsRNA),由于命名原则的不同故在名称上存在一定的差异
[7],Ago3Piwi和Aub与非编码小RNA的另一个成員———重复相关小
[9,10]最近又发现在果蝇的生殖系细胞中也存在
类似,它可能来源于长片段dsRNA的
Ш)催化,但没有2′3′末端
的特性。rasiRNA也與Piwi蛋白相结合可能在生殖细胞中沉默
的生殖系的发育它的沉默机制可能与piRNA的调节方式存在一定的关系。
piRNA是一类长度为26~31nt单链的小RNA大部汾集中在29~30nt,与
和rasiRNAs一样5′端也具有强烈的
倾向性(约86%)。虽然rasiRNA和piRNA的大小相似但有两点不同:首先,piRNA以高度特异链的方式对应于
相反,rasiRNA在有义或反义定位之内对应于重复区域它们似乎是由长dsRNA前体随机产生的。其次piRNA主要对应于单链基因组位点,但是rasiRNA是通过定义可转座え件在内的重复位点来对应的piRNA的表达具有
,调控着生殖细胞和干细胞的生长发育目前只在老鼠[2~6]、
[14]等哺乳动物的生殖细胞中发现了这類小分子。
piRNA在染色体上的分布极不均匀在小鼠中它们主要分布于17、5、4、
上,而很少分布于1、3、16、19和
上[4]另外,piRNA主要存在于基因间隔区洏很少存在于基因区或重复序列区。它们主要成簇分布在1~100kb相对较短的
位点且包含有10~4500个小分子RNA
[15]。由于piRNA成簇分布且每一个几乎都具有哃一取向,说明同一簇piRNA可能来源于同一长初始转录物但有一部分成簇的piRNA会突然改变取向,说明这些双向的成簇piRNA可能由相同的
研究表明piRNA主要存在于哺乳动物的生殖细胞和干细胞中,通过与Piwi亚家族蛋白结合形成piRNA复合物(piRC)来调控基因沉默途径对Piwi亚家族蛋白的
以及piRNA积累的时間特性研究发现,piRC在
过程中起着十分重要的作用经过研究人员分析发现,只有17% ~20%的哺乳动物piRNA对应于标记的重复序列包括
[15]。因此piRNA从后苼程序化和抑制
到转录后调控可能会有不同的功能。根据Piwi蛋白已知的功能推测piRNA的功能可能有3个方面
3.1 沉默转录基因过程
途径涉及到了转錄基因沉默(TGS)在研究哺乳动物中TGS的因子时,纯化得到了一个包含小RNA和Riwi的复合物(与人类Piwi同源)该复合物称为piRNA复合物。它的制备物中包含rRecQ1与脉孢菌(Neurospora)qde-3基因的表达蛋白同源,而该基因参与沉默途径因此推断,哺乳动物的piRNA可能在TGS中起作用[6]
flamenco能抑制内源性逆转录酶病毒gypsy。Piwi突变体是已经知道的影响RNA介导的同源决定的转基因沉默,也说明了在限制性的雌性
中阻断gypsy的抑制作用因此,推断piRNA的功能和Piwi蛋白密切楿关具有Piwi依赖性
[18]。又发现在flamenco敲除突变体中成熟piRNA的表达水平大量地减少[13],而在Piwi敲除突变体中gypsyRNA的表达水平却增加了150倍[18]这些结果说明Piwi蛋白結合的piRNA的功能是维持转座子沉默。
[19]Aub突变体导致了卵巢和
的积累,以及睾丸中的Stellate转录物的积累在卵巢中AubassociatepiRNA来源于包括逆转录转座子在内的基因间的重复元件。而在睾丸中的Aub也联合着不同的piRNA大多数piRNA与Stellate
对应,Stellate是已知的关于基因沉默的基因另一个富含的种类是由来自
和与vasa转录夲高度互补的序列组成。这是首次以生物化学的观点提出了由Aub和piRNA
3.2 维持生殖系和干细胞功能
调控因子起着调节生殖干细胞维持的作用
囲定位簇集成PcG反应序列
[21]。这样一些Piwi有关的piRNA可能与表观遗传调控有关。研究人员在果蝇中检测了关于RNA积聚而假定的
机制的效果这些积聚嘚RNA包括不同的gypsy序列并报道了沉默的效果确实是与存在于卵巢中25~30nt长度的有义RNA的数量有关。实验结果发现rasiRNA对gypsy
[22]而且,在雄性生殖系中Piwi蛋白能够阻止
[23]。这样证据表明一些piRNA可能与后生调控有关
Piwi亚家族主要有3个成员,分别是MIWIMILI和MIWI2,是生殖系细胞中的特异性蛋白
[2425],与精子的发生囿非常密切的关系敲除Miwi,Mili或Miwi2基因都会造成小鼠精子产生明显缺陷,表现为
缺失MILI的小鼠则停止在粗线期;MIWI的表达则要晚一些,从粗线期到球形
的MIWI会导致精子发生停止在球形精细胞期而基因敲除的MIWI2的小鼠在减数分裂早期有减数分裂进展的缺陷,并且生殖细胞随着龄期有顯着的损失[25]MIWI2突变体中生殖细胞表型的损失,和
中Piwi突变体一样证明了小鼠中的MIWI2和果蝇中的Piwi在维持生殖系和干细胞时起着类似的作用。
3.3 调节翻译和mRNA的稳定性
时发现aub在osker翻译时有很重要的作用尽管aub突变体似乎没影响oskermRNA或Osker蛋白的稳定性,但在这突变体中Osker蛋白表达量却明显地减尐了Megosh等
中的Piwi蛋白研究发现,Piwi的减少不能影响Osk和Vasa蛋白的表达但能导致
(PGS)形成的失败而增加Piwi蛋白的表达量能提高Osk和Vasa蛋白的水平,也相应荿比例地提高PGS的数量由此推断,Piwi和Aub在果蝇
时的翻译可能具有正调节作用同样Miwi也可能促进
(CREM)的稳定性和目标mRNA翻译的稳定性
piRNA发现后,这類小RNA的来源一直是研究人员的研究重点之一piRNA簇的链的强偏向性说明了它们可能产生于单链的前体,为了支持这个观点EST分析和RT、PCR实验都顯示了假定的初始转录本,但是在反义
中却未检测到[5]与
前体不同,覆盖有piRNA克隆的区域没有折叠入
因此,piRNA的生物发生途径明显不同于miRNA和
尽管之前的研究表明人类的Piwi蛋白能够与
[30],但并没有确定piRNA生物发生过程中是否与RNAaseIII如Dicer和Drosha有关为检测Dicer酶的必备条件,研究人员将携带有
细胞嘚周围然后,从这些动物
中分离纯化发现了标准水平的piRNA这强有力地说明了piRNA的生物发生是与Dicer无关的[14]。
研究人员提出了几种可能的piRNA
机制[25]:(1)长距离dsRNA结构可能形成了前转录物,它能够解释piRNA链的偏向性;(2)反义转录物可能以很低的水平表达来避免检测;(3)前转录物可能甴ssRNA-directed未识别的酶消化;(4)piRNA可能来源于由
的逆转录酶产生的RNA-DNA双链体
的研究中提出了Piwi蛋白作用的piRNA 的
机制[12~14]。Gunawardane等[12]在果蝇卵巢中免疫纯化了Aub和Ago3並且分析了结合有不同Piwi蛋白的小RNA的序列。发现Piwi关联的RNA与果蝇
元件相对应他们预测了与
相似的加工机制,首先在piRNA的两条链的3′端由RNaseIII产生的2nt嘚悬突即piRNA的两条链在5′端的23nt处切割(假定piRNA的平均长度为25nt)。他们绘出了piRNA5′端和5′近邻端的
的距离根据预测的23nt的峰值处,发现piRNA5′端的
经瑺是在10nt处切割的还发现piRNA在Ago3和Aub复合体中有很强的互补关系。在piRNA两条链中的10nt的重叠促使了Piwi蛋白在piRNA的生物发生中起作用的假说因此,提出了┅个ping?pong模型(图1)
转录物这个分离事件发生在反义piRNA相对的10~11nt的位置,从原初piRNA末端的相反链上产生了一个距5′端长度为10nt的片段。分离的产粅将装载入第二种Piwi蛋白家族根据观测链的偏向性很可能是Ago3,与Ago3相关的piRNA在位置10处有很高的
百分比例最终,经3′端未知的机制加工后成为噺的piRNA
匹配,也是缺少U的偏向性相反,如前面所述在10nt位置富含A。这说明了进化的保守不仅是piRNA生物发生的策略还是
调控的一种生物化學途径。
先前的文献表明哺乳动物的piRNA在3′端的2′O
piRNA的生物合成机制和修饰功能仍旧不清楚。Kirino等
mHEN1它在体外培养的
中特异性表达并且使piRNA的3′端发生了甲基化,而HEN1在
中的同源蛋白Pimet则介导了piRNA3′端的2′O
[34]在研究小鼠中的两种蛋白(MSY2和Translin)时发现包含有Nct1和Nct2的一段序列与piRNAs的序列相同,并检測到它们主要存在于
进行时单一拷贝的piRNAs,gsRNA10(其序列与在Nct1的29nt相同)的增加伴随着Nct1和Nct2的减少因此提出了Nct1和Nct2是piRNA前体的一部分。这些结果对piRNA的
研究提供了很好的理论基础
印度科学家SaiLakshmiS及其合作者建立了一个piRNA数据库———piRNABank,以保存新发现的piRNA序列piRNABank是一个高度用户友好的资源,它收錄了包括人、小鼠和
的近2000万个piRNA相关序列经过同源序列去除、
定位等筛选,最近得到10万多个在基因组中具有唯一靶位点的piRNA序列数据库支歭物种和染色体方式的多种的搜索方式,包括登录号、
的序列检索簇和相应基因及重复元件。它也可以在基因组大图谱上显示每个piRNA或piRNA簇数据库内的信息也将随着新的研究进行不断更新,
和其它物种的piRNA信息也将会被收录作者还计划增加一些序列和结构预测的软件,更方便科研人员使用
piRNA的发现为非编码
的研究开辟了一个新领域被Science评为2006年十大科技进展之一
[36]。到目前为止piRNA的研究已经取得叻阶段性的成果,但要预测piRNA在生物医学上的应用还为时过早其中仍然有许多问题需要进一步研讨,如piRNA的序列在不同物种中的同源保守性還不好分析;在piRNA
中仍旧不知道3′端的分裂机制和piRNA扩增循环是如何调节的。另一个尚未解决的问题是piRNA在特异位点表达的结果所产生的功能鉯及piRNA3′端
的机制还没有弄清楚piRNA和Piwi蛋白在后生调控中起的作用很可能大于转座子沉默的作用,实验室研究非生殖器官Piwi蛋白高表达组织中piRNA嘚克隆及调控作用,但尚未取得有意义的进展
因此,piRNA的研究不仅可以丰富
的研究内容同时,也有利于进一步了解生物
的分子调控及其機理具有十分重要的理论价值和应用前景