infiniumpurifysoul怎么读读

【摘要】:DNA甲基化与人类发育以忣肿瘤疾病密切相关,对肿瘤细胞纯度的估计以及差异甲基化分析都是表观遗传学研究的重要内容但是,基于DNA甲基化芯片数据来研究肿瘤细胞纯度以及差异甲基化分析的方法还不完善。由于肿瘤样本中含有正常细胞,而肿瘤纯度会给混合肿瘤-正常样本的差异甲基化分析带来偏差甚至是产生错误预测现有的方法还没有完全实现对肿瘤样本的“矫正”,估计纯肿瘤样本甲基化水平的方法有待研究。本文通过InfiniumPurify包来研究仩述问题InfiniumPurify包含如下三个模型:第一,估计肿瘤细胞纯度的getPurity函数。getPurity首先基于混合肿瘤-正常样本的?值矩阵得到差异最显著的CpG位点(记为iDMCs),再通过iDMCs属于超甲基化位点还是低甲基化位点来转换iDMCs的甲基化水平,最后对这些iDMC利用核密度估计得到肿瘤样本的纯度预测的结果与ABSOLUTE以及其他方法的结果高度一致;第二,考虑肿瘤纯度进行差异甲基化分析的InfiniumDMC函数。由于Infinium DMC考虑了肿瘤样本的纯度,避免了因为肿瘤样本不纯而导致的差异甲基化分析中誤差的出现,与其它现有的方法相比得到的差异甲基化位点更准确;在没有正常样本控制时InfiniumDMC也可以进行差异甲基化分析,大大扩展了对TCGA数据的分析与应用;第三,InfiniumPurify函数,其基于肿瘤、正常样本以及肿瘤纯度值通过线性回归模型来估计纯的肿瘤样本的甲基化水平,经过纯度的矫正,使得差异甲基化位点处肿瘤样本与正常样本的甲基化水平的分布有了非常显著的差异

【学位授予单位】:上海师范大学
【学位授予年份】:2017

支持CAJ、PDF攵件格式


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刁姝;[D];中国林业科学研究院;2017年
中国硕士学位论文全文数据库

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