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&求助在windows下装过LAMMPS的高手。
求助在windows下装过LAMMPS的高手。
作者 lhllookatme
本人LAMMPS新手，通读一遍Manual，现在试着在windowsXP下安装LAMMPS，串行模式貌似直接在cmd中打命令，但按照Manual中的指令试着运行一个例子“lmp_win_no-mpi -in in.lj”提示为unknow command。。。安装并行需要MPICH2，进入到下载主页后，不知道下载哪个，是不是我应该下载IA32那个啊。。总之感觉好繁琐啊，请高人指点，是不是大家都不推荐在win 下安LAMMPS啊。谢谢
电脑如果不是是64位就下载IA32呗，不过不推荐在win下安LAMMPS，LZ还是在linux下用吧（推荐UBUNTU的系统），
引用回帖:: Originally posted by akakcolin at
电脑如果不是是64位就下载IA32呗，不过不推荐在win下安LAMMPS，LZ还是在linux下用吧（推荐UBUNTU的系统）， 谢谢。您的回复。我再研究几天win下的安装，不行的话就转战linux了，
这个时间整了WINDOWS版的lammps,跑的挺顺利的，按手册做就好了。
引用回帖:: Originally posted by liuxun200376 at
这个时间整了WINDOWS版的lammps,跑的挺顺利的，按手册做就好了。 我windows下串行的LAMMPS按手册安完了，但是不能运行例子，我就纠结了。
直接双击exe文件，然后输入jump in.lj就可以了
windows下不用安装，直接运行exe，然后jump in文件就ok了。不过windows下有些像reax之类的模拟，不能计算。具体要看你算什么方面了
请问楼上的：
模拟纳米管受冲击。可以么？
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体心立方多晶建模
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本帖最后由 LVJ1987 于
15:37 编辑
初学者做的体心立方多晶材料。建模，在1K最小化后用VMD显示晶界。请各位高手指点。有继续做下去的必要么。
由于二维表面显示的是切过晶粒后的尺寸，所以有大有小。所以有什么方法可以计算或者显示每个晶粒的大小？
不胜感激。
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个人理解，晶粒尺寸是个平均值，用总体积除以晶粒数目就是晶粒的平均体积
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谢谢，以前有的前辈做过确实是只求平均值 2# bianjianjun
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求单个晶粒体积的话，先设法把该晶粒原子个数求出来，每个原子体积可以近似算出来，相乘即可。
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谢谢回复，不过这样算会不会太粗略了，毕竟原子之间还有间距吧？ 4# guozhengrong
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5# LVJ1987
我这里说的原子体积是每个原子占有的体积，=总体积/总原子数
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楼主用什么方法建的多晶模型 我想用vornoni方法建立 苦于不会编写c能否发一份给我 万分感谢
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http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=26749就是用这个帖子上的编程，其实我不能用C自己编，就是在上面改了几个参数来建立自己需要的晶体。
7# zhangningy
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请教楼上，如何将晶界处的原子着色。是否在够造的时候指定type？在后期模拟中晶界的变化怎么反应出来的。 8# LVJ1987
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就是输出中心对称参数来染色的，有的用配位数染色，好像都可以的 9# luomia
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实验室的同学马上就要毕业离校了，整得我也没心情学习，索性写写我学习lammps的一些感受与大家分享一下吧！
从去年9月份开始学习lammps到现在已经快1年了，可以说lammps给我带来了巨大的帮助，可以说是一种飞跃吧！当然从对lammps一无所知到现在的基本能使用，我是经历了一个痛苦的过程。尽管这个过程是必须的，但是在学习中我也有一些感受与大家分享，希望能对大家学习lammps有所帮助。
下面我将我的学习lammps的历程大致写一下。
我是做纳米切削过程的分子动力学模拟的，我们所在国内这个方向开展研究算是早的吧，从2000年开始就有人在做，到现在已经毕业了好几个博士了。目前还有数十个博士生在开展这个方面的研究。他们主要都是自己编程，VC+OpenGL，出了不少成果，也发了不少高水平的文章，我感觉他们真是嗷嗷厉害。
当我刚开始接触这个方向的时候，此前对分子动力学一无所知，甚至没有听说过，老板给了我一些资料，其中就包括《分子模拟—从算法到应用》这本我的入门教材，虽然看起来很生涩，虽然看了好多遍，虽然看得一知半解，但是好歹对分子动力学有一个大致的了解。我感觉这本书为我以后学习lammps打下了基础。我有几个厉害的师兄，他们都是自己编程，并且也出了成果。但是我一点编程基础都没有，所以当他们把源程序给我的时候，我心里更多的是茫然和压力。虽然师兄们不厌其烦地给我讲解程序结构，分子动力学原理，虽然我也尝试着学习VC，看懂源程序，但是一学期过去了我毫无进展，——几十万行的代码，即使你有编程基础，看懂也会很费劲，更何况我这编程白痴？
于是在师兄们的建议下，我开上上网寻找一些分子动力学资料，特别是软件资料。在暑假前我找到了lammps，当然同时还有很多其他的软件，他们都是开源的。当时我的困难有两个：一是我该选择哪种软件？因为基本上都是英文的，我不可能每个软件大致去学习、了解一遍；二是我选择的这个软件能否实现我要做的切削过程？带着这两个疑问，我查看了一些资料，最后决定选择lammps试试看。
开始我在百度上搜到了lammps的主页，上去云里雾里地浏览了一番，重点看了官网上的图片，发现有几个图片和我做的工件很像，能做固体的材料。这也增加了我的信心。然后我大致看了看lammps的手册，发现里面有morse势、EAM势这两种我们师兄用到过的势函数。接着我对照例子看了看，信心也上来了，觉得lammps能行。
但是我还是不敢确定，于是我就抱着试试看的态度给作者写了一封邮件，附上了别人做的分子动力学模拟切削的图片，问他能不能做我要的东西。结果Steven回答：No
哈哈，于是9月初我就开始了我的lammps学习之路。
首先一个难题就是安装lammps。此前我对linux系统一点都不熟悉，就是知道寝室一个同学装过redhat。于是我先后下载了redhat，中华镭，红旗桌面，Suse，ubuntu，等等，反正就是一个焦头烂额啊！这个过程就省去不写了。
接着就是安装lammps了。现在网上有很多安装lammps的步骤，都是最近才出来的。我当时安装的时候是没有搜到。没办法，只能看着手册一步一步做了。当时就有材料研盟这个QQ群，里面有很多高手用过lammps，在他们的指导之下我终于也安装上了lammps，生成了lmp_serial这个可执行文件。
我第一件事就是运行一下例子爽爽！看着屏幕上快速闪过的字符，心里别提有多高兴了！
接下来就是开始啃手册了。我的感觉是要想使用lammps，必须下狠心来攻克lammps手册！我依然清晰地记得，从2006年9月份到2006年10月份，我几乎花了一个月的时间在学习手册。每天开着金山词霸，盯着屏幕，脑子里就是lammps，茶饭不思，睡觉不香。每天的工作就是装系统，写in文件，运行，装软件。这个过程也省略不写了。我想提的就是显示分子动力学图像这个，刚开始花了几天把xmovie琢磨明白了，看到屏幕上能出现图像，高兴坏了。但是xmovie只能显示二维的，现在什么年代了，必须得显示三维的。于是我就看pizzy，里面有显示三维的工具。但是不论我怎么试，那个OpenGl始终装不上去。两个星期过去了，还是显示不了三维的。这个时候我已经把切削模型建立出来了，能够显示二维的切削过程。但是我还是感到很沮丧，都想着放弃了。当时给自己说，到十一前如果不能显示三维，就不做了。马上就出了转机，我师兄以前安装过VMD，他建议我看看这个能不能显示。于是我又是一阵找，找到了vmd的官网，学习手册，不断地调试，终于两天后能显示三维了！
以上就是我学习和使用lammps的一个过程。我觉得有几点需要注意：
1。如果你对lammps是否可以做你的东西感到不确定，你可以给作者写信问一下。作者是个好人，一般都会回复你的！至少我的信他全回了。
2。lammps对linux系统没有特别的要求，只有有g++都行。我用过redhat，suse,ubuntu等，这些系统都能满足需要。可能就是一些linux系统对新硬件支持不够。我目前使用的是ubuntu，它对新硬件支持不错。
3。确定使用lammps后，就要对他毫不怀疑，不能自己动摇。因为在学习lammps的过程中你会遇到很多很多困难，但是坚持就是胜利，相信我！
4。开始自己做东西之前必须得啃掉手册。可以先通读一遍，然后就自己感兴趣的内容细细琢磨一遍。接着就是学习命令了，特别是对那些重点的命令，就得一个一个字地看，弄清楚这个命令中每个符号的含义。否则你自己编写in文件的时候还得花费时间回头看这些命令的用法。我建议先把例子看懂，结合例子来学习手册和命令。
5。多和别人讨论，也许别人一句话就能让你产生灵感。学习lammps需要交流。lammps交流群号：
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&想请熟悉lammps的高手给我们做一下培训，有报酬。
想请熟悉lammps的高手给我们做一下培训，有报酬。
作者 ktwyw
我们想拿lammps做一些软质体系（如聚合物、蛋白质、DNA、表面自组装单分子层）有关的研究，但因为我自己没有这方面的经验，学生们自己摸索起来又很痛苦，想请熟悉lammps的老师或同学过来给我们做一下培训。有用lammps从事过如下相关研究课题（1项或多项均可，最好有科研论文可以证明）的虫友优先考虑：
（1）表面聚合物刷的构象、动力学及界面浸润性
（2）蛋白质的界面吸附
（3）粗粒化高分子或者所谓generic polymer model的lammps模拟
（4）Steered MD
（5）Replica-Exchange MD
我们是小课题组，经费有限，但愿意为应邀来给我们培训的老师或同学提供以下报酬：
（1）包食宿和交通费用
（2）每天提供不少于1000￥的培训费，具体数额还可以商量。
另外，我们也非常愿意借助这样的机会，与同行们建立一些分子模拟领域的学术交流与合作。
培训地点在苏州大学独墅湖校区，培训时间可以面议。欢迎有意愿的老师和同学和我联系，联系方式：王衍伟， 。
本人诚心求助，希望大家勿喷。
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