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check-cif常见a类错误解答九隆祥
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&CheckCIF会出现一些A类错误
CheckCIF会出现一些A类错误
附件里面是我的晶体数据，CheckCIF会出现一些A类错误，以及Calculated和Reported 不一样的情况。由于投稿着急需要，麻烦哪位帮我处理一下，非常感谢。
附件1是我自己处理过的，附件2是测试老师给我的原始数据。
希望哪位高人帮我处理一下，处理好的话给点RNB也可以
將精修後檔案上傳到下面這個網址, 請參照看看, 另外晶體鍵長鍵角數據已經修改, 在目錄內會有Z.rtf (word 檔)
引用回帖:: Originally posted by cfocus20 at
將精修後檔案上傳到下面這個網址, 請參照看看, 另外晶體鍵長鍵角數據已經修改, 在目錄內會有Z.rtf (word 檔)
... 楼上，非常感谢。我看你给我处理的还是有A类的错误，消除不掉是吗，
引用回帖:: Originally posted by mlma at
楼上，非常感谢。我看你给我处理的还是有A类的错误，消除不掉是吗？ 第二個檔案仍有問題!
引用回帖:: Originally posted by cfocus20 at
第二個檔案仍有問題! 是的，但是第一个我传上去Check还是有A类错误啊
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&各位虫友，CIF文件里这几个A类错误怎么解决啊
各位虫友，CIF文件里这几个A类错误怎么解决啊
作者 刘呈锋
checkcif后有几个A类错误，LC新手完全不知该怎么修改，请大家帮忙看一下
Alert level A
SYMM001_ALERT_1_A&&_symmetry_cell_setting is missing
& && && && &The cell setting should be one of the following
& && && && &*&&triclinic
& && && && &*&&monoclinic
& && && && &*&&orthorhombic
& && && && &*&&tetragonal
& && && && &*&&rhombohedral
& && && && &*&&trigonal
& && && && &*&&hexagonal
& && && && &*&&cubic
& && && && &The following tests will not be performed.
& && && && &SYMMS_01,SYMMS_02
EXPT005_ALERT_1_A&&_exptl_crystal_description is missing
& && && && &Crystal habit description.
& && && && &The following tests will not be performed.
& && && && &CRYSR_01
PLAT043_ALERT_1_A Calculated and Reported Mol. Weight Differ by ..& &&&174.29 Check
PLAT051_ALERT_1_A Mu(calc) and Mu(CIF) Ratio Differs from 1.0 by .& && &51.95 %& &&&
PLAT078_ALERT_1_A No H-atoms, but _solution_hydrogens reported as& && &&&geom Check
PLAT079_ALERT_1_A No H-atoms, but _hydrogen_treatment reported as& && & mixed Check
PLAT122_ALERT_1_A No _symmetry_space_group_name_H-M Given ........& &&&Please Do !
打开pcf文件把响应信息填上，晶体描述自己填上就OK了！
cif都没填全。。。晶系，Z值，分子都没给。找个懂得人帮你填填吧，
你的结构精修还没完成,很多信息都不全.H也没有加上.
大家都很踊跃啊!
加氢之后再说吧，这应该是主要问题
大多都是需要手动填的。楼上说得对，可能氢没加完。
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(正式写手)
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求助！这些A类错误和B类错误如何修改已有1人参与
Alert level A
CHEMW03_ALERT_2_A ALERT: The ratio of given/expected molecular weight as
calculated from the _atom_site* data lies outside
the range 0.90 && 1.10
From the CIF: _cell_formula_units_Z 1
From the CIF: _chemical_formula_weight 307.30
TEST: Calculate formula weight from _atom_site_*
atom mass num sum
C 12.01 104.00 1249.14
H 1.01 88.00 88.70
N 14.01 32.00 448.22
O 16.00 16.00 255.98
Mn 54.94 4.00 219.75
Calculated formula weight 2261.81
PLAT043_ALERT_1_A Calculated and Reported Mol. Weight Differ by .. 488.63 Check
PLAT051_ALERT_1_A Mu(calc) and Mu(CIF) Ratio Differs from 1.0 by . 338.40 %
PLAT902_ALERT_1_A No (Interpretable) Reflections found in FCF .... Please Check
Alert level B
SYMMS02_ALERT_1_B No unit-cell angle should be equal to 90 for a triclinic
Cell 10.0 18.0490
Angles 90.0 90.0000
PLAT112_ALERT_2_B ADDSYM Detects New (Pseudo) Symm. Elem. n 100 %Fit
PLAT113_ALERT_2_B ADDSYM Suggests Possible Pseudo/New Space Group P2/n Check
如题，求大神
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(小有名气)
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虫号: 2701430
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【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...感谢参与，应助指数 +1: 金币+70, ★★★★★最佳答案
引用回帖:: Originally posted by
... 为了不必要的麻烦，你用原始数据，打开后重新定一个空间群（图中1处点击一下，会提供给你合适的空间群，在右侧～1所连箭头下点黑色小三角，选一个合适的空间群），然后正常解吧，解完如果不知道Z值，可以先check cif文件，看一下计算z值和sum分子式，分别在1处和2处手动改就可以了。不知道是不是你想要的
(小有名气)
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空间群定错，总分子式没改，Z值没改，先改Z再改分子式
(正式写手)
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引用回帖:: Originally posted by
空间群定错，总分子式没改，Z值没改，先改Z再改分子式 请问这得怎么改
(小有名气)
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凭空没法和你说呀，上图或者传文件吧
(小有名气)
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告诉你了，你不知道在哪改么？用的什么解析软件？是olex2吗
(正式写手)
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引用回帖:: Originally posted by
告诉你了，你不知道在哪改么？用的什么解析软件？是olex2吗 是olex2
(正式写手)
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求回复 明天给你上图
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引用回帖:: Originally posted by
明天给你上图
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&A类错误cif求解
A类错误cif求解
作者 yy0520yy
帮忙看看！
DENSX01_ALERT_1_A&&The ratio of the calculated to measured crystal density
& && && && &lies outside the range 0.80 && 1.20
& && && && &Calculated density =& && &1.229
& && && && &Measured density& &=& && &0.000
SHFSU01_ALERT_2_A&&The absolute value of parameter shift to su ratio & 0.20
& && && && &Absolute value of the parameter shift to su ratio given& &1.154
& && && && &Additional refinement cycles may be required.
PLAT026_ALERT_3_A Ratio Observed / Unique Reflections too Low ....& && && &12 Perc.
PLAT029_ALERT_3_A _diffrn_measured_fraction_theta_full Low .......& && & 0.94& && &
PLAT080_ALERT_2_A Maximum Shift/Error ............................& && & 1.15& && &
PLAT053_ALERT_1_A Minimum Crystal Dimension Missing (or Error) ...& && && & ?
PLAT054_ALERT_1_A Medium&&Crystal Dimension Missing (or Error) ...& && && & ?
PLAT055_ALERT_1_A Maximum Crystal Dimension Missing (or Error) ...& && && & ?
PLAT093_ALERT_1_A No su's on H-atoms, but refinement reported as .& && &mixed
[ Last edited by sanko211 on
at 10:14 ]
Measured density& &=& &&&？ 不填数值（如果测定了的话，就填上，原来为0.00不对）
继续精修，多修几轮，使其收敛，第二个问题就消除了
第三个问题不好解决，可能晶体质量差或空间群定错
完整度低于95%，在ins文件中ACTA 50可获得最大完整度，你是一下，这也说明晶体较差或空间群有误
下个问题和第二个问题相同
在ins文件中加上命令SIZE 后跟晶体大小
把mixed改为contr，
抱歉，刚才打字错了，最后一条中漏掉了字母s，应为constr
一楼是正解 你试一试用IMIT啊
PLAT029_ALERT_3_A _diffrn_measured_fraction_theta_full Low .......& && & 0.94&&
太低了，试一下omit -3 50
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