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文档介绍：
最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用 BLAST 进行序列比对……, 这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。现在我就结合我自己使用 NCBI 的一些经历( 经验) 跟大家交流一下 BCBI 的使用。希望大家都能发表自己的使用心得,让我们共同进步! 我分以下几个部分说一下 NCBI 的使用: Part one 如何查找基因序列、 mRNA 、 Promoter Part two 如何查找连续的 mRNA 、 cDNA 、蛋白序列 Part three 运用 STS 查找已经公布的引物序列 Part four 如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主,将这个帖子置顶! 从发帖到现在,很多战友对该帖给与了积极的关注,在此向给我投票的(以及想给我投票却暂时不能投票的)各位战友表示真诚的感谢,谢谢各位战友! 请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。关于 NCBI 其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充 First of all ,还是让我们从查找基因序列开始。第一部分利用 Map viewer 查找基因序列、 mRNA 序列、启动子( Promoter ) 下面以人的 IL6 (白细胞介素 6 )为例讲述一下具体的操作步骤 1. 打开 Map viewer 页面, 网址为: .gov/mapview/index.html 在 search 的下拉菜单里选择物种, for 后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示: 2 .点击“ GO”出现如下页面: 3. 在步骤二图示的右下角有一个 Quick Filter, 下面是让你选择的几个复选框,在 Gene 前面的小方框里打勾,然后点击 Filter. 出现下图: 说明一下: 1 、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。 2 、下面参考序列给出了三个, 是不同的部门做出来的, 经我验证, 序列有微小的差异, 但总体来说基本相同。尽管你分别点击后, 序列代码、序列代码等有所差异, 但碱基基本一致, 不影响大家研究分析序列。现在普遍采用的是最上面的那个序列, 这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。我也推荐大家使用这个序列。 4 .点击上述三条序列第一条序列(即 reference )对应的&Genes seq& ,出现新的页面, 页面下方为: 5 .点击上图出现的“ Download/View Sequence/Evidence ”,即下载查看序列等功能, 结果如图所示: 先对上面这张图做点简要的说明,在 Sequence Format (序列输出格式)后面是一个下拉式选择菜单, 默认的为 FASTA 格式, 还有一个是 GenBank 格式。我推荐大家选择 GenBnak 格式,因为这个格式提供了很多该基因的信息,而 FASTA 格式只有基因序列。 6 .在 Sequence Format 后选择 GenBank ,然后点击下面的 Display ,目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。点击后如图所示(网页较大,只抓取一小部分以作示范) : 在上述打开的网页中,你可以看到基因长度,基因序列,以及这个基因是如何被报道出来的等各种信息。你会看到: mRNA join(,,,, ) 这代表了从基因的 3598 位开始就是转录区了, 即我们常说的 mRNA 片断, 由于内含子的存在, 所以 mRNA 在 DNA 序列上分成了几段。 CDS join(,,,, ) CDS 代表编码序列,即蛋白编码区是从 3660 开始的( ATG ) ,由于剪接作用所以 CDS 区也是不连续的。说到这里,可能很多朋友都已经明白了 promoter 即启动子区域在哪里了。但我还是再唠叨几句: 转录起始位点前面是基因的调控区, 启动子区没有明显的位置定义, 大家也只是猜测它的大体位置,如果你要研究 promoter 区的话,建议你选择转录起始位点前的 2000 个碱基进行研究, 一般默认的是这样。当然你如果觉得长度太长不好研究的话, 也可以只研究-1000 到0 这一千个碱基,因为一般情况下,启动子区的变异都在这个区域内。这样大家就可以找到自己的目的基因序列和启动子了,这种方法可能使用的人不是很多, 但我个人比较喜欢, 因为它最大的优点是可以找到启动子区域和其他调控区域。希望大家可以发帖交流,让我们把 NCBI 用的更好! 6 第二部分如何查找连续的 mRNA 、 cDNA 、蛋白序列(依然以人类的 IL6 为例) 1 .进入 NCBI 主页: .gov/ 在 search 后面选择 Gene ,在 for 后面填写需要查找的基因的名字。如图所示: 出现了很多基因序列,在每个序列的右边还有“ Order cDNA clone ”的链接,这些序列中有些序列是跟你的目的基因同名的,有些是别名( Other Aliases )与你的目的基因一致,根据每个序列的介绍认真选择你的目的基因。上图中我需要的 IL6 是标号为 2 的序列。 2.1 查找 cDNA 序列 2.1.1 点击 Order cDNA clone, 出现目的页面如图所示: 2.1.2 点击 Clone Sequence 后面的链接即可得到 cDNA 序列。点击后如图所示(只抓取其中一部分) 2.2 查找 mRNA 、蛋白序列回到步骤 1 点击“ Go”之后出现的页面, 点击目的基因的名字, 出现以下页面( 只抓取相关部分): 页面的下半部分,即可以获取 mRNA 和蛋白序列的部分: 找到“ NCBI Reference Sequences (RefSeq) ”,它分为几个板块,第一个“ mRNA and Protein ”区可以让我们找到连续的编码 mRNA 序列和蛋白序列。在 mRNA and Protein 下面有两个序列代码(中间划有一个箭头) ,这代表了 mRNA 序列和蛋白序列。分别点击就可以得到相应的序列页面。点击后如图所示, mRNA 序列:1
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浏览：44次求助：请问如何查找某一特定基因的序列以及它的SNP位点？谢谢
寻找基因序列要看你的实验目的而定。完整基因序列应该是包括mRNA和内含子序列的完整基因，随着人类基因组草图的完成，这些序列都能从NCBI网站获得。通常我们需要的是cDNA序列。克隆基因要根据长度设计引物，一般并不需要扩增全长基因。下面就以你提到的人APC基因为例，简单说一下基本过程。
1.登陆PubMed，设定检索词，定位目标基因（所有序列资料在里面都有，直接或通过链接）
2 进入Entrez Gene数据库中的人APC基因链接，获取基因序列或者mRNA序列。
3.基因SNP一般在dbSNP和CGAP数据库中进行检索，这些数据库中已经根据EST序列分析获取了SNP资料，并进行了分类，例如编码区和非编码区的SNP；同义或者错义SNP等。
当然这种通过数据库挖掘（databases mining）的办法获取的SNP信息很大部分还需要进一步的实验验...
你好！我是初学者，我想在dbSNP数据库中查找某个基因位点的中国汉族人群的基因型和基因频率，页面内容很多，“MAF/MinorAlleleCount”这个是我需要用到的么？可以教我怎么找么？
寻找基因序列要看你的实验目的而定。完整基因序列应该是包括mRNA和内含子序列的完整基因，随着人类基因组草图的完成，这些序列都能从NCBI网站获得。通常我们需要的是cDNA序列。克隆基因要根据长度设计引物，一般并不需要扩增全长基因。
下面就以你提到的人APC基因为例，简单说一下基本过程。
1.登陆PubMed，设定检索词，定位目标基因（所有序列资料在里面都有，直接或通过链接）
2 进入Entrez Gene数据库中的人APC基因链接，获取基因序列或者mRNA序列。
3.基因SNP一般在dbSNP和CGAP数据库中进行检索，这些数据库中已经根据EST序列分析获取了SNP资料，并进行了分类，例如编码区和非编码区的SNP；同义或者错义SNP等。
当然这种通过数据库挖掘（databases mining）的办法获取的SNP信息很大部分还需要进一步...
寻找基因序列要看你的实验目的而定。完整基因序列应该是包括mRNA和内含子序列的完整基因，随着人类基因组草图的完成，这些序列都能从NCBI网站获得。通常我们需要的是cDNA序列。克隆基因要根据长度设计引物，一般并不需要扩增全长基因。
下面就以你提到的人APC基因为例，简单说一下基本过程。
1.登陆PubMed，设定检索词，定位目标基因（所有序列资料在里面都有，直接或通过链接）
2 进入Entrez Gene数据库中的人APC基因链接，获取基因序列或者mRNA序列。
3.基因SNP一般在dbSNP和CGAP数据库中进行检索，这些数据库中已经根据EST序列分析获取了SNP资料，并进行了分类，例如编码区和非编码区的SNP；同义或者错义SNP等。
当然这种通过数据库挖掘（databases mining）的办法获取的SNP信息很大部分还需要进一步...
你好！我是初学者，我想在dbSNP数据库中查找某个基因位点的中国汉族人群的基因型和基因频率，页面内容很多，“MAF/MinorAlleleCount”这个是我需要用到的么？可以教我怎么找么？
寻找基因序列要看你的实验目的而定。完整基因序列应该是包括mRNA和内含子序列的完整基因，随着人类基因组草图的完成，这些序列都能从NCBI网站获得。通常我们需要的是cDNA序列。克隆基因要根据长度设计引物，一般并不需要扩增全长基因。
下面就以你提到的人APC基因为例，简单说一下基本过程。
1.登陆PubMed，设定检索词，定位目标基因（所有序列资料在里面都有，直接或通过链接）
2 进入Entrez Gene数据库中的人APC基因链接，获取基因序列或者mRNA序列。
3.基因SNP一般在dbSNP和CGAP数据库中进行检索，这些数据库中已经根据EST序列分析获取了SNP资料，并进行了分类，例如编码区和非编码区的SNP；同义或者错义SNP等。
当然这种通过数据库挖掘（databases mining）的办法获取的SNP信息很大部分还需要进一步的实...
其他答案（共7个回答）
你好！我是初学者，我想在dbSNP数据库中查找某个基因位点的中国汉族人群的基因型和基因频率，页面内容很多，“MAF/MinorAlleleCount”这个是我需要用到的么？可以教我怎么找么？
你好！我是初学者，我想在dbSNP数据库中查找某个基因位点的中国汉族人群的基因型和基因频率，页面内容很多，“MAF/MinorAlleleCount”这个是我需要用到的么？可以教我怎么找么？
你好！我是初学者，我想在dbSNP数据库中查找某个基因位点的中国汉族人群的基因型和基因频率，页面内容很多，“MAF/MinorAlleleCount”这个是我需要用到的么？可以教我怎么找么？
寻找基因序列要看你的实验目的而定。完整基因序列应该是包括mRNA和内含子序列的完整基因，随着人类基因组草图的完成，这些序列都能从NCBI网站获得。通常我们需要的是cDNA序列。克隆基因要根据长度设计引物，一般并不需要扩增全长基因。
下面就以你提到的人APC基因为例，简单说一下基本过程。
1.登陆PubMed，设定检索词，定位目标基因（所有序列资料在里面都有，直接或通过链接）
2 进入Entrez Gene数据库中的人APC基因链接，获取基因序列或者mRNA序列。
3.基因SNP一般在dbSNP和CGAP数据库中进行检索，这些数据库中已经根据EST序列分析获取了SNP资料，并进行了分类，例如编码区和非编码区的SNP；同义或者错义SNP等。
当然这种通过数据库挖掘（databases mining）的办法获取的SNP信息很大部分还需要进一步的实验验证。
下面截几张图，希望有助于理解：
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1.登陆PubMed，设定检索词，定位目标基因（所有序列资料在里面都有，直接或通过链接）
（缩略图，点击图片链接看原图）
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2 进入Entrez Gene数据库中的人APC基因链接，获取基因的mRNA序列。
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2 进入Entrez Gene数据库中的人APC基因链接，获取基因序列
你好！我是初学者，我想在dbSNP数据库中查找某个基因位点的中国汉族人群的基因型和基因频率，页面内容很多，“MAF/MinorAlleleCount”这个是我需要用到的么？可以教我怎么找么？
寻找基因序列要看你的实验目的而定。完整基因序列应该是包括mRNA和内含子序列的完整基因，随着人类基因组草图的完成，这些序列都能从NCBI网站获得。通常我们需要的是cDNA序列。克隆基因要根据长度设计引物，一般并不需要扩增全长基因。
下面就以你提到的人APC基因为例，简单说一下基本过程。
1.登陆PubMed，设定检索词，定位目标基因（所有序列资料在里面都有，直接或通过链接）
2 进入Entrez Gene数据库中的人APC基因链接，获取基因序列或者mRNA序列。
3.基因SNP一般在dbSNP和CGAP数据库中进行检索，这些数据库中已经根据EST序列分析获取了SNP资料，并进行了分类，例如编码区和非编码区的SNP；同义或者错义SNP等。
当然这种通过数据库挖掘（databases mining）的办法获取的SNP信息很大部分还需要进一步的实验验证。
你好！我是初学者，我想在dbSNP数据库中查找某个基因位点的中国汉族人群的基因型和基因频率，页面内容很多，“MAF/MinorAlleleCount”这个是我需要用到的么？可以教我怎么找么？
关于这个问题，如果把序列下载下来然后一个个去找，不是一个好办法。可以用下面这个办法，首先找到一篇关于这个位点的相关文献，必须有详细的方法学描述，简单来说就是有引...
你去拿尺子量撒!!!你在画长点撒！！
有编码意义的序列，也就是编码序列，大体说有两类，一是编码区中可以真正编码蛋白质的，包括真核生物基因编码区中外显子和原核生物的编码序列，还有非编码区中的可以指导蛋...
启动子和终止子分别位于基因的非编码区上游和下游，一个是启动转录，一个是使转录停止。它们与终止密码不同，因终止密码是位于编码区的部分转录而来的，在mRNA上，它是...
答: 植物神经紊乱吃黛力新好吗？请问戴力新的作用是什么？哪位知道啊？
答: 2008年4月在苏州举办第十八届中国园艺与盆景艺术培训
一、培训班由中国盆景艺术家协会、中国花卉盆景杂志社主办，苏州市盆景协会和苏州市虎丘山风景名胜区管理处承办...
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这个问题分类似乎错了
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