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水晶4918 心级878 精华0主题帖子
1、我在使用diffusion toolkit做完处理后，在TrackVis追踪到的全脑纤维素图，为什么我的结果纤维素都是这么短呢？？可能是哪块设置问题？
2、我从机器上拿到的DTI数据文件中专门有一个FA数据文件（每个被试），我想问下如果比较两组被试FA值得差异直接就用这些图做统计吗？怎么处理这些图？
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[]： 看到滴油faust在心情记录中发牢骚，好心的拿出 水晶 3
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水晶4425 心级702 精华0主题帖子
确实追踪的不好，但是具体怎么解决我也不熟悉。你的参数大概是什么呢？
祝滴友们马年新春快乐！
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水晶4918 心级878 精华0主题帖子
ncu6096 发表于
确实追踪的不好，但是具体怎么解决我也不熟悉。你的参数大概是什么呢？
我使用Diffusion toolkit做的，我就把原始的DTI数据输进去，然后基本上什么也没动，因为是第一次使用这个软件。结果出来就这样了，也不知道什么原因，还请大神指点~~对于我的第二个问题能够给与回答吗？非常感谢！
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水晶4425 心级702 精华0主题帖子
<font color="#9057649 发表于
我使用Diffusion toolkit做的，我就把原始的DTI数据输进去，然后基本上什么也没动，因为是第一次使用这个 ...
才6个方向啊？
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水晶4918 心级878 精华0主题帖子
不是，这是之前处理的有错，后来改了是30个方向。冒昧的问一句可否加你QQ私聊
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水晶4425 心级702 精华0主题帖子
第二个问题，FA也可以用上面的那个软件做，还需要进行空间标准化和平滑才能进行两组之间的基于全脑体素的分析（VBA）
[]：ncu6096 想试试炫富的感觉，甩出 4
水晶给脑科学资讯栏目编辑当加班费.
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ncu6096 发表于
第二个问题，FA也可以用上面的那个软件做，还需要进行空间标准化和平滑才能进行两组之间的基于全脑体素的分 ...
也就是说如果我在机器上直接拿到了FA数据的话，就只需要把这些数据进行空间标准化以及平滑后就可以做统计分析了？那些时间校正和头动校正还用做吗？
[]： 不满水滴人物专访栏目对自己偶像滴油的漫不经心，甩出 1
水晶让hcp总版限期整改.
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水晶4425 心级702 精华0主题帖子
<font color="#9057649 发表于
也就是说如果我在机器上直接拿到了FA数据的话，就只需要把这些数据进行空间标准化以及平滑后就可以做统计 ...
时间校正是BOLD数据，多个时间点的数据。
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水晶4918 心级878 精华0主题帖子
ncu6096 发表于
时间校正是BOLD数据，多个时间点的数据。
根据您的经验，我得到上面的追踪结果问题可能出现在哪？可以改写什么参数进行调解下
[]： 不满水滴人物专访栏目对自己偶像滴油的漫不经心，甩出 3
水晶让hcp总版限期整改.
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水晶4425 心级702 精华0主题帖子
<font color="#9057649 发表于
根据您的经验，我得到上面的追踪结果问题可能出现在哪？可以改写什么参数进行调解下 ...
你那是6个方向的吗？是1.5T的做出来的吗？
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3秒自动关闭窗口软件安装使用心得（11）
对于PANDA输出的结果文件简略的介绍：
处理目录下00010…等文件夹是代表了三个被试的结果文件。/logs/存放了一些程序运行的信息。
/subject_info/存储了原路径与目的路径的对应关系。
/native_space/存放了被试在个体空间下的结果。L1是Lambda1，L2是Lambda2，L23是Lambda23。
AllScanningParameters.xls向我们展示了每个个体扫描参数信息。
Subject_info.txt中包含了输入输出结果间的对应关系。
1.&&&&&AllAtlasResult:
共生成了12个电子表&#26684;，包含了FA,MD,AD和RD的区域平均弥散系数。并且是在像素大小为1*1*1 mm3的标准空间之上建立的。这个电子表&#26684;可以直接拷贝进SPSS软件进行分析。
2.&&&&&Results for TBSS-basedanalysis
在Merged4Dskeleton文件夹中保存着所有尺度下的4D头骨信息，并且是有randimise statistics作为输入产生的。每一个4D头骨信息都是有所有的3D头骨信息所产生的。SubjectID.txt向我们展示了个体被试4D头骨信息的顺序。
在MeanData文件夹下，储存了对于randomise statistics很有用的平均FA头骨mask信息。
而mean FA mean FA skeleton对于展示统计结果来说十分有用。
在AllAtlasResult文件夹中，创建了12个电子表&#26684;，包含了个体头骨图像的区域平均&#20540;。
3.&&&&&Result for whole-brainvoxel-based analysis
/standard_space/中按照_2mm_s6mm.nii.gz命名的个体可以被用于基于像素的全脑分析。这些图片是在标准空间中用2x2x2 mm3的像素表示的，并经过了6mm的高斯平滑核平滑。
4.&&&&&在standard_space folder中的其他文件
1234图挂了
5.&&&&&trackvis floder
这里面是全脑白质追踪的结果，.trk文件可以用trackvis软件打开，*_S.trk将会在Deterministic fiber tracking 选项被勾选后Apply spline filter的情况下被创建。
6.&&&&&Results for network analysis
Deterministic
(1)*_Matrix_FA_*.文件是沿着两个区域之间fibers的全体voxel平均FA矩阵。FA&#20540;向我们展示了白质中水分子弥散的各向异性，经常被用于检验脑连接方面的微观结构。
(2)*_Matrix_FN_*两个区域之间所有的神经数目矩阵。这个矩阵向我们提供了白质连接质量的参数，这是用统计两个区域之间的streamlines connections来得到的。
(3) *_Matrix_Length_*，是两个区域之间的平均神经纤维长度，通常，*_Matrix_FN_*和*_Matrix_Length_*被联合起来使用来消除因为追踪形态学算法而带来的bias。
(4)*_ROISurfaceSize_*在每个ROI终结的fibers的表面积（像素数量）
(5)*_ROIVoxelSize_*每个ROI内的像素数（可以理解为ROI的大小或者是表面积吧？）
4,5中得到的量可以用来修正原始的矩阵结果。
从第i个区域向第j个区域的概率可能会和从第j个区域向第i个区域不同，这个没有影像的。（为啥呀？？！！）
无论如何，这两个概率在cerebral cortex上是高度相关的。因此我们可以取这两个概率的平均&#20540;来得到一个针对每个个体的共向系统化矩阵。接下来，我们使用GRETNA去衡量人脑的拓扑结构。
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