tmpred跨膜膜外IG结构域域怎么看

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的茶树鸟氨酸转氨酶基因CSδ-OAT克隆与表达分析
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官方公共微信Prediction of Transmembrane Regions and Orientation
The TMpred program makes a prediction of membrane-spanning regions and their orientation. The algorithm is based on the statistical analysis of TMbase, a database of naturally occurring transmembrane proteins. The prediction is made using a combination of several weight-matrices for scoring.
TMbase - A database of membrane spanning proteins segments
Biol. Chem. Hoppe-Seyler 374,166
For further information see the
documentation.
Usage: Paste your sequence in one of the supported
into the sequence field below
and press the &Run TMpred& button.
Make sure that the format button (next to the sequence field) shows the correct format
Choose the minimal and maximal length of the hydrophic part of the transmembrane helix
Output format
Query title (optional)
Input sequence format
Plain Text
READSEQ convertible
SwissProt ID or AC
GenPept gi
Query sequence:
or ID or AC or GI
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生物学上的跨膜结构域指的是什么?怎样预测?
唯yui一319
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跨膜结构域（transmembrane domain,TM）,常常是由跨膜蛋白的效应区域所展现.跨膜蛋白,通俗说即跨越膜的两端的蛋白质,其跨膜部分为β桶或α螺旋结构.有一种专门预测跨膜区的方法：TMpred .它依靠一个跨膜蛋白数据库,其包含了每个序列的一些附加信息：如跨膜结构区域的数量、跨膜结构域的位置及其侧翼序列的情况.Tmpred利用这些信息并与若干加权矩阵结合来进行预测.
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甘蔗蔗糖转运蛋白ShSUT4基因的克隆及和糖份积累间的关系.pdf 66页
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--------------------------Page1------------------------------甘蔗蔗糖转运蛋白shsuT4基因的克隆及其与糖份积累问的关系内容提要甘蔗是一种重要的糖料作物，同时也是一种高光效的C4植物，其成熟茎节中积累高浓度蔗糖的机制已经成为了研究的热点。蔗糖是甘蔗从源到库转运过程中的主要形式，蔗糖的转运一是通过共质体途径，即通过胞间连丝在细胞间进行转运；二是通过质外体途径，即穿过细胞壁和组织间的细胞间隙进行转运。转运方式的不同主要取决于组织类型和发育时期。蔗糖在质外体和共质体间的转运需要质膜上的蔗糖转运蛋白介导。因此，分离克隆甘蔗中蔗糖转运蛋白基因肋SUⅣ，进一步鉴定转运蛋白的功能，可为阐明甘蔗蔗糖的运输和积累机制提供理论依据，另外还可为培育高蔗糖含量的甘蔗新品种提供理论基础。本实验通过R．T-PCR和RACE技术获得了甘蔗蔗糖转运蛋白基因繇S阴■。序列分析显示．淞叼彳，1867bp，具有完整的编码阅读框，编码区为47．1555bp，共编码501个氨基酸，并具有典型的12次跨膜结构的特征。ShSUT4与玉米的蔗糖转运蛋白SUT4同源性达95％。为内参基因，对甘蔗蔗糖转运蛋白基因ShSUT4进行初步ImPCR表达分析。结果显示ShSUT4基因几乎在所有检测的组织中都表达，在叶中表达最强，根中最弱。为了进一步揭示分离克隆到的基因与甘蔗蔗糖转运与积累的关系，本文先采用DNS法对成熟甘蔗体内糖份积累的规律进行了测定，DNS测定结果显示：成熟甘蔗1．3节糖份较低、4．9节糖份快速积累、13．15节达到最大值后逐渐趋向平稳；再以不同茎节的RNA作为模板进行|S掰们￥RT-PCR表达测定，并分析了黝。S研￥蔗1．3节表达最低、5．6节最高、16．17和20．21节表达量趋向平稳。说明册们￥的表达量与甘蔗糖份积累呈正相关。又对不同含糖量的甘蔗品种的成熟茎节进行．沁W≯RT-PCR表达分析，结果表明，ShSUT4表达量也与甘蔗品种的糖含量呈正相关。综合上述所有结果分析，初步推断出ShSUT4与甘蔗蔗糖转运与积累过程密切相关。这些研究成果为进一步深入研究甘蔗蔗糖积累的机制奠定了良好的基础。关键词：甘蔗蔗糖转运蛋白基因克隆RT-PCR糖含量测定--------------------------Page2------------------------------AbstractaefjfbctiVeC4isancrop，andllighphotosynthesisSugarcaneimpoIrtantsugar0fsucroseofconeentrationsbysugarcaneaCcurnulationSpecies．Thephenomenalbeent11efocusofintellseisthe(．铴cc厅口rzfmD历c办缎，“聊L．)hasstudy．Sucrosem旬orsourcet0slnktranslocatedinorgaJlscarbontmsport行omcornpo伽【dsu朗∽ane．DuringfollowaceUtocell、，iaeithersyⅡ1plaLsmicpa也way，moVing仃omorganS，sucroseofcellwallsandintercell“armove印oplasmicallythrou曲也espacesplaSmodesmata'oraIldofon也etissuedeVelopment．tissues．Thet)，pestagemetransponpattemdependsandthelsofsucrosebetweenthecomp抓ments1hnsferapoplaSmicsymplasmiclocatedintheandmedi砷edplasmabytrallsporterproteinsbeat0idemificationofsucrosesugarcanemaypathwaytransponergenes∞S∽啤)inmecha血smofsucrosesugarcane，elucida【tetheacc啪ulationandtransporter．mregulatorytllecultivalssucrosecontentusingtransportera11dt0breedsugarcaIlebyhi曲sucrosegene·isolatedfromR1’-PCRandSucrosesugarcaJlebytransportergene黝S们￥h嬲beenshowed帆ofcDNAanalysisEnds(黜屺E)technjque．SequencesR邳idAmplificationaIll50350lis1867
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