小木虫 --- 600万学术达人喜爱的学术科研平台
&&查看话题
一段序列的，生物信息学分析，求高手指导
自己做的orfv羊口疮病毒的研究，采集的病料经过pcr得到的序列经过测序，如下：ATGGATCCACCCGAAATCCTTGGCTTATAATCGTGGTTTGCCGAGGCCGCGGGACCAAGGAGGTGTTCCCCACGCTGCCG
TACCTAGTGGGCCTCGCCGACGACCCGCCCAAGCCTCAACCCGCACCTGCTCCCTCTCCTGCGCCAGCGCCTGCCCCAGC
GCCGGCCCCAGCTCCGTCACCGGCCCCTGCGCCGGCACCCAAGCCATCTCCTCCCGCGCCGCACCCCAAGGGCGACCACG
TGCTCAAGGCGGTGGAATGGAAAGACGTGGACTCCAAAGACTACCCGCACTTCTTCACGGACATGTGCAAGTCCACGTGT
CCGAAGGAGATGCAGCGCCGCGCGGCACACCACCTCAACCTTTGGGAGAGCATATCGGCCGGCACTGTCTCCACCAAGTA
CTCCGACAATGACTTCATCCTGGTGGTCGACAACGACATGACCTTCCGCAAGCCCGAGATGGTAAAGCCGCTCATCGAGG
CGATGAAGACGAACGGCTGGTACATGGCACAGCTCAAGGAGACCTACATGACCGGCGCGCTGGCCACCAACGTCCCCGGC
ACCGGCGACCCCGAGCTCATGGTCTACCCCGGCGGATACGACGTCTCGCTGGACGCCTACATCATCAACGTCGGCGGCAT
GAAGAAGCTCTACGACGCGATCATCAAGGATGGAGGGCTGCGCAGCGGCCTGCTCACCGAGGTGTTCACGCTAGAGAAGC
GGCTCTCTCTGGCGCGCGTGGTGCTCTCCGGCGCCGAGCAGGTGGTCTACCCTGAGTACTACATACAGGTGAAGACGCGG
CTCGGCGGCGCGCCCTCCCTGTGGTCGCTGCTCGCCACGTGGCTGGCGCGCTTCTGGCCCGGCGCCATCTACTTCCTCAC
CACGCCGCTCTTCTCCTTCATGGGGCTCTTCGACGTGGACGTGGTCGATGTTTTCATCCTGGCATACCTGCTGGTGCTCG
TGCTGCTGCTGCCGAACTCGCGGCTGCTGTGCCCTCATCGGTCCAGTCACGGCCATCGTGTGA
&&共计1023bp，经过翻译得到331个氨基酸，但是中间有9个终止密码子，对进行下一步的生物信息学分析造成很大影响，二级结构，跨膜结构等，我请教了一些人 ，也说没有见过这么多的…也没有合适的办法，特此请教。
测序了，几次应该没错了。
学术必备与600万学术达人在线互动！
扫描下载送金币
北京学而思教育科技有限公司 地址：北京市海淀区北三环甲18号中鼎大厦A座1层102室 电话：010-您的位置： &
烟草抗番茄斑萎病毒基因筛选与生物信息学分析小木虫 --- 600万学术达人喜爱的学术科研平台
&&查看话题
测序小RNA文库，鉴定植物病毒，用生物信息学如何分析
小弟我把有植物病毒的花叶做了小RNA文库，公司没有帮我分析，现在需要分析是哪种病毒，小弟我没有接触过生物信息学，所以请高手指点一下，如何鉴定这个病毒
已经做了基因测序，还有做了小RNA文库
因为不太了解你实验的设计和目的，如果单从做进化树的角度，一般可以用核酸序列或者氨基酸序列来做，但是要统一。比如我一般都是用蛋白的序列，就是搜集和你目的蛋白相似性高的其他相邻物种蛋白序列或者模式生物蛋白序列。然后用MEGA 5.0 软件，一般构建的树（方法）有3种 邻近法 最大似然法 还有一种忘了，根据需要选，或者都可以尝试主要就是软件上的操作了，先比对序列，然后选择方法构建，也不难，你百度一下，都有介绍怎么操作的，很方便的。
具体原理我说不清，大致思路的话我个人理解是：把你的目的序列和搜集到的其他物种序列 比对后，用MEGA软件，通过不同算法，计算物种之间的进化距离，然后会有一个分类，计算时候会让你选择重复次数，可以选择1000次，然后最后会得出一个 bootstrap，简单解释就是概率，就是把你这个目的蛋白和其他物种归为一类的概率，或者说可信度。然后还会提供进化距离，会显示和其他物种亲缘关系的远近。我的表述或许不太准确，大致这个理解。
学术必备与600万学术达人在线互动！
扫描下载送金币
北京学而思教育科技有限公司 地址：北京市海淀区北三环甲18号中鼎大厦A座1层102室 电话：010-您的位置：
马铃薯Y病毒功能基因的扩增、克隆及生物信息学分析
马铃薯Y病毒功能基因的扩增、克隆及生物信息学分析
Amplification, Cloning and Bioinformatic Analysis of functional Genes in Potato virus Y
发布时间：　　浏览量：16　　收藏数：0　　评论数：
福建农林大学植物病毒研究所，福州，350002；
【目的】本文针对马铃薯Y病毒的功能基因进行扩增、克隆和生物信息学分析。【方法】首先提取病株的RNA进行单基因克隆，获得8个功能基因的测序结果，然后将基因序列翻译成氨基酸序列，综合使用多种生物信息学方法分析氨基酸序列。【结果】根据TMHMM预测P3蛋白后半部分有一个跨膜螺旋序列；SignalP分析结果显示8个蛋白的N端均无信号肽，均属于非分泌型蛋白；COILS Server 预测可知P1、HC-Pro、P3、CI、VPg、NIb包含卷曲螺旋区域；使用PSORT II Prediction 工具进行亚细胞定位，结果证明这些蛋白有多个定位位置。【结论】成功完成了8个功能基因的生物信息学分析，为PVY功能基因的功能研究和抗体的制备提供参考价值。
植物病理学；马铃薯Y病毒；功能蛋白；生物信息学分析
SHI Fengyang，
CHANG Fei，
ZHAO Shuang，
ZOU Wenchao，
ZHAN Jiasui*
Institute of Plant Virology, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002；
Abstract：
【Object】In this paper, we have studied the eight important genes in potato virus Y with gene amplification and bioinformatic analysis. 。【Method】First, we extract RNA from potato leaves exhibiting typical symptoms and clone single gene, then translate these gene sequences into amino acid sequences，the last we import these sequences into related bioinfomatic software to gain the physicochemical properties and the parameters of the structure domains and the subcellular localization. We found three stable proteins (HC-Pro, CI and NIa) and five instable proteins (P1, P3, VPg, NIb and CP). According to the GRAVY, we can know these proteins can dissolved in water. We found a transmembrane in the latter half of P3 protein according to the TMHMM, at the same time we found no any signal peptide in the eight proteins according to the analysis of SignalP, hence there are no secretory proteins in these functional proteins. P1, HC, P3, CI, VPg and Nib have coil regions on the basis of the COILS Server analysis. The subcellular location by PSORT II Prediction suggest these proteins have more than one locations.
Keywords：
potato virus Y; informatic analysis.
PDF全文下载：
&&&&（）（19）
作者简介：
史凤阳（1986），男，在读硕士研究生，马铃薯病毒
通信联系人：
詹家绥（1963），男，教授，病原物群体遗传和进化
【收录情况】
中国科技论文在线：史凤阳，常飞，赵爽等.&马铃薯Y病毒功能基因的扩增、克隆及生物信息学分析[EB/OL].北京：中国科技论文在线&
[].http://www./releasepaper/content/.
发表期刊：
首发论文搜索
&> 信息科学与系统科学
&> 地球科学
&> 畜牧、兽医科学
&> 基础医学
&> 临床医学
&> 预防医学与卫生学
&> 军事医学与特种医学
&> 中医学与中药学
&> 工程与技术科学基础学科
&> 测绘科学技术
&> 材料科学
&> 矿山工程技术
&> 冶金工程技术
&> 机械工程
&> 动力与电气工程
&> 能源科学技术
&> 核科学技术
&> 电子、通信与自动控制技术
&> 计算机科学技术
&> 化学工程
&> 纺织科学技术
&> 食品科学技术
&> 土木建筑工程
&> 水利工程
&> 交通运输工程
&> 航空航天科学技术
&> 环境科学技术
&> 安全科学技术
&> 图书馆、情报与文献学
&> 体育科学
尊敬的作者，欢迎您在本站投稿：
注：请投稿作者直接在本站注册并登录提交文章，
任何个人或机构宣称代理在本站投稿均为侵权行为
本学科今日推荐
本文作者合作关系
本文相关论文
农业机械化农业生态学植物病理学农产品贮藏与加工果树学
&&&&&&&&&&&&&&
中国科技论文在线
&|&&|&&|&&|&&|&nbsp
农业基础学科
植物保护学
农学其他学科
马铃薯Y病毒功能基因的扩增、克隆及生物信息学分析
&&收藏本文
&&推荐本文给好友
&&订阅本文所在学科
&&分享到我的圈子
多个邮箱请用逗号“，”隔开
分享到我的圈子你正在使用的浏览器版本过低，将不能正常浏览和使用知乎。