GaussView化学反应中的有关计算SN2反应

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2017-06-25 13:08 标签： 化学反应热的计算ppt
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[ppt]高斯软件最基本的一些操作，从linux到gaussview 到高斯的一些计算
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这是我刚上量化计算时老师的课件，很不错，内容很初级，适合初学者~·
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学习学习（625）
有机分子的分子振动频率都可以通过查相关的常数计算出来。
有了振动频率，也就能得到红外吸收峰的位置了。
可用的软件，典型的是Gaussian E01/GaussView509 (当前版本号）
为了用软件模拟方式获得有机小分子的红外吸收峰位置，查阅了已经发表的关于使用Gaussian/GaussView进行红外光谱教学演示的中文论文，也看了Gaussian Video Demonstration的视频材料。
我发现，还是老外录制的视频靠谱：我随便画了个小分子，用中文文献中设置的计算方法，半天出不来结果；根据老外视频中计算甲醛的时候的Calculation setup, 瞬间就出结果了。——我就纳闷了：国人怎么历来就这么不靠谱、这么让人不放心呢？
对于苯甲醛来说，计算时一个可行的设置（其它默认即可submit）：
得到红外吸光度和波数关系的谱图
主要演示苯甲醛羰基伸缩振动，和，芳香环的扭曲振动。
在不考虑其它同位素原子的情况下，正常计算结果是（频率波数，红外吸收峰强度），从波数都是跟芳香苯环有关的振动，1776是一个很强的羰基伸缩振动：
顺便， 是一款非常不错的可以把屏幕操作录制下来、导出为GIF动画或视频文件的、portable的绿色的小软件(windows)。
看看能下载不？
有这样一个寄生虫意义的网站，， 自己不创作任何内容，但是全文抓取CSDN博客上的文章，还把原文中作者信息和版权有关的信息抹掉。
这是侵权网站抓取的我的博客的内容和目录。
这样的人实在太无耻了。
我想联合一些同样被侵权的网友起诉这个网站，不知道CSDN是不是可以出头组织下？
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第三章：GaussView使用：
用高斯进行几何优化后，在GaussView中发现断了根键（或者成键方式变化了），这是什么原因啊？
GaussView显示时的成键断键问题的确是对初学者的一个影响挺大的问题。
事实上各个版本的GaussView （包括最新的5.08）只是用来搭建模型和分析计算结果中各种性质。
GaussView对成键断键的判断还没有上升到使用波函数以及各种布居分析给出的键级的层次，在默认的情况下，它对成键与否的判断时唯一的判据是两个原
子之间的距离。我想GaussView内部肯定对每一个原子都给出了一个最大成键半径，当两个原子之间的距离大于二者最大成键半径之和，那么默认是不显示
成键的。GaussView是否显示成键只能作为一个小小的参考，因为他关于那个最大半径的定义很多时候是不合适的。
不过图形显示中是否成键是可以改变的，在GaussView默认外置的菜单中有一个图标，鼠标放上去会显示"Modify
bond"，选中该图标，再去分子显示窗口中选择任意两个你要选择的原子，就可以为他们定义是否成键，成什么级别的键。
为了搭建模型方便，你可以让距离很远的两个原子通过键连起来，好一同移动，也可以让距离很近的两个原子之间断开键，以便调整相互位置。
在使用GaussView时，如果想保留你搭建模型时原子之间的连接关系，可以在计算设置选项卡的General选项卡中选择“Write
connectivity”，这样保存后的输入文件下次打开时还会显示当前的连接关系。
由于输出文件.out或者.log不保存原子之间的连接关系，因此，使用GaussView打开输出文件时，程序还是通过原子之间的距离来判断是否成键。
如果想在打开优化之后的结构中显示你在输入文件中定义的连接关系，可以在输入文件中定义检查点文件，也就是在在计算设置选项卡的Link0选项卡中自行输
入%chk=文件名.chk，这样计算完成后，用GaussView打开检查点文件会显示你开始定义的连接关系。需要注意的是，如果你的结构在优化的过程
中变化较大，那么你开始定的连接关系有可能是错的。另外，如果在linux做的计算，而GaussView是windows版的，需要先使用
Gaussian自带的formchk工具将检查点文件转换为.fchk文件才能在windows下打开。即在linux下执行：formchk
文件名.chk，将生成"文件名.fchk”文件
Gaussian计算需要很多的人为参与，使用GaussView软件的时候也是一样的。
想固定某部分原子（键长、键角、二面角、相对位置、相对方向。。。。）怎么做？
1.opt=modredundant 命令
在坐标后面写上你要固定的原子序号，例如
1 2 f，限制1-2原子间键长
1 2 3 4 f，限制1-2-3-4原子间二面角
2.使用constants指定，如下例可以固定水的键角105.4度
H2 O R H1 A
Variables:
Constants:
3.使用列标记，把直角坐标下的第二列改为-1，则会固定原子坐标，
改为比-1还小的数值，这些被改动的原子间的相对位置固定。
GaussView怎么打不开输出文件？
后续问题：我明明放在桌面上了啊，怎么会有中文路径呢？
后续问题：不好意思，楼上说的我还是不太明白。请问什么是路径啊？
果你对电脑并不熟悉，建议你使用4以下版本，因为GV4在临时文件存储中在命名时带有中文的时间显示，有时候会导致gv打不开文件（使用虚拟盘可以解决这
一问题，所以建议新手先不要急着用）。在gv存储路径中不应该有中文出现，所谓路径就是在你电脑分区中的位置，如e:11123.out。而桌面在
电脑中的位置是C:Documents and
SettingsAdministrator桌面。所以放在桌面上的结果文件gv不会认识的！【图9】
如果你要用GV4以上的版本，你要自己手动做一些调整：
在你的GV4.1的面板上，点击CostomFragment的图标，出现一个对话框。你把对话框中的Library改成你的GV的安装位置
比如，我的安装位置D:ProgramFilesgview4，那我就把CostomFragment中的Library改成“D:ProgramFilesgview4”
原子可以改变编号吗？怎么改？
原子当然可以改变编号了，这在寻找过渡态的时候有大用处。
工具栏上有个A的按钮，【图10】打开它可以改变原子编号，还可以插入虚原子，改变原子坐标等等。注意改变原子编号的时候要按顺序，比如从小到大，不要乱改。
Gaussview能搭建离子吗？怎么搭建？
gview只是用来画分子的，也仅仅就是画出来而已，这个不存在电荷或者自由基的概念。想要说明是离子还是自由基，需要在gaussian输入文件中修改电荷和多重态。
当然，画分子的时候多少也有一些技巧，比如要画C正离子，画完甲烷，删掉一个H，直接改电荷虽然也行，但是既然已经是C正离子了，那个C再保持sp3杂化
就不是那么准确了，这个时候不如把四个H都去掉，然后一个一个加，加上3个H，这个时候说它是C正离子构型上应该更合适一些——如果有亲核试剂进攻，从两
侧来都可以了。自由基也以此类推，只不过是修改多重度而已。
以上网友发言只代表其个人观点，不代表新浪网的观点或立场。用Gaussian计算的过渡态用GaussView打开后没有振动显示
用Gaussian计算的过渡态用GaussView打开后没有振动显示
为什么用Gaussian03计算的过渡态用GaussView4.1.2打开后没有振动显示（不能看振动方向）？
注意G09与G03的out文件的细微差别，尤其是空格的地方。本版之前讨论过。
有时 linux 环境下算的 在window 下很难打开的。这属于正常现象。好像有一个专门看频率的软件molekel。你可以下载下来用他试试。
你如果打开的是chk文件，可能看不到频率，这个时候可以打开想用的out文件，可以看到
是否计算频率并正常结束??
是否选中Show displacement vector.拖动右边的滑动块,加大比例看看.

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