pymol画结构，画错了怎么ai如何删掉画板

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2017-06-10 12:24 标签： ai怎么删掉画板
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蛋白质作图软件pymol教程 Pymol学习笔记
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3秒自动关闭窗口如何用pymol做动画
近期大家都在学习如何用pymol做动画，有一些同学问我怎么做。大家都发现了其实用免费版的pymol是不能做的。上过颜宁老师的课的同学，都应该看过张旭学姐的natrue paper里的动画做得很漂亮。[1]我请教过她，加上自己摸索，总结出了一个比较简单的做动画的方法，供大家参考。谁有其他好的方法，可以一起分享讨论。需要准备的工作：
找到合适的目标蛋白：具有两个不同的构像结构的蛋白，序列最好相同
Google下载morph_dist.inp这个文件
下载安装Yale University提供的Crystallography&NMR System这个软件[2]，建议在linux系统里安装
下载安装pymol软件[3]
Window movie maker 或者其他任何可以利用图片生成动画的软件具体操作：
用pymol将两个蛋白align在一起保存（右边控制栏A&align&to molecule--），align之后保存文件（save molecule as&）
将morph_dist.inp这个文件保存到与两个蛋白pdb文件相同的路径下，用文本编辑器打开，将其中的initial pdb和final pdb改成自己的两个pdb文件名。即分别为初始状态和最终状态。例如，自己保存的两个蛋白为A.pdb和B.pdb，则改成：initial="A.pdb";final="B.pdb";
3. 在安装有CNS软件的linux机器上打开terminal，进入到文件保存的路径（cd 命令进入路径），输入cns，回车
@morph_dist.inp 命令，软件就会自己开始计算中间态pdb了，默认生成的是20个pdb。名字为frame*.pdb
5. 运行结束后输入以下几行命令：mv frame0.pdb frame00.pdbmv frame1.pdb frame01.pdbmv frame2.pdb frame02.pdbmv frame3.pdb frame03.pdbmv frame4.pdb frame04.pdbmv frame5.pdb frame05.pdbmv frame6.pdb frame06.pdbmv frame7.pdb frame07.pdbmv frame8.pdb frame08.pdbmv frame9.pdb frame09.pdbls frame*pdb |awk '{print ("load",$0",mov,"NR) }' & load_overall.pml其作用是使名字格式统一，并将所有pdb整合到一个文件当中，即load_overall.pml
6. 这时候才用到pymol。打开pymol，在命令栏中输入 @ load_overall.pml， 这时候就能看到结构了。不过看到的不是20个结构，二十20个中的第一个，右边有显示1/20的字样。
7. 在pymol命令栏中输入mset 1x10 1-20 20x10 20-1, 回车后发现底下会多出一条进度条，即已经生成了动画
8. 输入mplay，即可看到蛋白的构像变化。动的过程中可以像静止的结构一样调节其zoom，orientation，color等参数，找到自己认为合适的状态
9. File&Save session as--
保存动画，格式为pse，用pymol打开即可
10. 若需要做成视频文件，File-SaveMovie as&png，pymol会自己将每一帧图片保存下来，然后用window movie maker等软件将图片生成视频文件即可。Reference：[1]Xu Zhang, Wenlin Ren et al. Crystal structure of an orthologue of the NaChBac volt
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钢结构基础柱，中间带洞怎么画
1、钢结构基础柱，中间带洞怎么在软件中绘制，洞是不是预留刚柱的？
2、A-A剖面绿色的是什么啊？是预埋件吗？这个工程量该怎么算？
3、A-A剖面菱形的箍筋怎么在软件中绘制
地区：山西
等级：12 级
头衔：总经理★
1、钢结构基础柱，中间带洞不需要在软件中绘制，按计算规则不扣除，洞是为钢柱底部抗剪键预留的。
2、A-A剖面绿色的是H型钢柱，不是预埋件，这个工程量按H钢的理论重量*柱长度算。
&3、A-A剖面菱形的箍筋在柱截面编辑中--点是--然后编辑画箍筋。
提问者对最佳答案的评价：5星
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地区：陕西
等级：8 级
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雨篷板用圈梁画准确吗
没有洞啊，绿色的形钢柱。
地区：河北
等级：14 级
头衔：中国区总裁
1、钢结构基础柱，中间带洞怎么在软件中绘制，洞是不是预留刚柱的？ 2、A-A剖面绿色的是什么啊？是预埋件吗？这个工程量该怎么算？ 3、A-A剖面菱形的箍筋怎么在软件中绘制
1、钢结构基础柱，中间带洞，在图形中可以用自定义点来画，也可以手工计算，在钢筋中不用画。洞是在安装钢柱时，钢柱下有个突出的钢块，是加强底板处抗剪用的。
2、A-A剖面绿色的是上部钢柱截面，为H型钢柱，不是预埋件，这个在工程量按上部钢柱的截面计算钢结构重量。
3、A-A剖面菱形的箍筋在软件中，定义基础短柱时的其他箍筋中选择对应钢筋图形中菱形箍筋，并输入钢筋信息。
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