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生物信息学中多序列比对等算法的研究--参考论文文献资料可复制黏贴.pdf108页
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大连理工大学 博士学位论文
生物信息学中多序列比对等算法的研究 姓名：张敏 申请学位级别：博士 专业：计算机应用 指导教师：迟忠先 座机电话号码 摘 要 “海量”的生物数据为生命科学研究提供了广阔前景，同时也对现有的生物数据
处理能力提出了严峻挑战。如何从浩如姻海的生物序列数据中挖掘出有价值的生物信
息，以获取基因、蛋白质结构、功能和进化等理性知识是生物信息学研究的主要目的。
多序列比对和系统发育分析是生物信息学的重要研究领域，而提高分歧较大序列的多
序列比对准确率和重构合理的全基因组系统发育树是该领域的主要研究课题，本文对
此进行了深入研究和探讨，主要研究成果如下： 本文深入、细致地研究了当今国际上各种多序列比对算法，系统地阐述了最具代
和Muscle，并具体地分析了各算法的优缺点。 ClustalW是目前国际上使用最为广泛且有效的多序列比对程序，但存在着对分歧
较大且进化距离非均匀的多序列比对准确率低的问题。针对上述问题，本文借鉴了
MultAtign算法，综合了迭代比对和渐进比对策略的优点，提出了一种新的迭代渐进
多条蛋白质序列构成的142组参考多序列比对数据集为测试数据，将本算法同 3．1％。
比对的准确性，其准确率分别比MultAlin和clustalw高出19．6％311 针对以往渐进比对算法中距离矩阵基于两序列比对来构建，而存在着无法反映序
列间的结构信息差异，以及人为设定参数，难以客观、有效地反映序列间进化距离的
问题，本文引入一种新的计算序列间迸化距离的信息理论方法――FDOD方法。该方
法通过序列中相邻子序列分布 完全信息集CIS 来描述序列，充分考虑到序列中相
邻字符的相关性，
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3秒自动关闭窗口常见问题FAQ
1. 从单机版升级到云同步版本后，学习单元都没有了怎么办？
可以通过“导入学习单元”将单机版的学习单元导入。导入学习单元有四种方式：
主菜单“资料管理”菜单下的“导入学习单元…”
从工具栏的“导入学习单元”（必须在导航树上双击学习单元根节点，工具栏才会显示该按钮）
右键单击“学习单元根节点”，右键菜单上的“导入学习单元”
在导航树上双击学习单元根节点，在右侧主界面中点击“导入学习单元…”创建，如下图。
点击“导入学习单元”后弹出学习单元导入窗口，用户可选择老版本的学习单元cel文件进行导入：
选择完cel文件后，点击“开始导入”：
待数据导入完成后，会提示“更新学习单元完成”，此时点击“取消”或关闭结束导入，或继续选择新的学习单元进行导入。
2. 如何将EndNote的题录导入到CNKI E-Learning？
以Endnote X6为例，在EndNote中选中要导出的一条或多条题录，在EndNote的文件菜单上选择“导出...”，在弹出的导出框中，输出样式选择“EndNote Export”，保存后再到CNKI E-Learning中选择该文件导入即可。
如果默认输出样式中没有“EndNote Export”，则点“选择另一个样式...”，在弹出的“选择一个样式”的窗口中选中“EndNote Export”，再点“选择”即可。
3. 如何更换阅读界面中“高亮”的颜色？
当前“高亮”只支持一种背景颜色。
4. 如何将工具栏隐藏，需要的时候再显示？
在工具栏的空白处点击右键，勾掉“显示/隐藏工具栏”，即可将工具栏隐藏。如下图所示：
若想显示工具栏，则在主菜单栏空白处点右键，重新勾上“显示/隐藏工具栏”即可重新显示工具栏。
5. 安装时遇到“MoveFile失败”错误如何解决？
安装CNKI E-Learning，遇到如下图错误时，请将错误提示中的OCR文件夹删除，后重装即可。
6. 安装时遇到“无法注册动态链接库或控件（DLL/OCX）”错误如何解决？
安装CNKI E-Study，遇到如下图错误时，请先中止安装，再下载VC2012运行库（vcredist_2012_x86.exe）安装即可。
VC2012运行库的微软官方下载地址：
安装CNKI E-Learning，遇到如下图错误时，请先中止安装，再下载VC2008运行库（vcredist_2008_x86.exe）安装即可。
VC2008运行库的微软官方下载地址：
7. 升级到E-Learning 2.2版本后，文献库怎么找不到了？
2.2版本，文献库升级为“综合学习单元”，原文献库下的“我的分类”升级为综合学习单元下的分类文献夹；“未分类文献”升级为“要学习的文献”。“综合学习单元”具有原文献库和学习单元的所有功能。
8. 从E-Learning中“插入题录到Word”时，提示“没有安装Word”，可是实际上已经安装了Word，如何解决？
这个问题可能是由于用户安装的Office Word版本是精简版，部分信息不全导致E-Learning无法检测到Word，建议安装完整版的Office Word。
9. CNKI E-Learning能批量下载吗？
可以。请按照以下步骤下载全文：
1)在检索文献；
2)选择要导出题录的文献后，点“导出/参考文献”；
3)确认检索结果后，点“导出/参考文献”；
4)输出格式选择“CNKI E-Learning ”,然后点“导出”；
5)系统会自动打开CNKI E-Learning，选择导入题录的位置（默认选择当前打开的学习单元下的文献夹），点“确定”；
6)CNKI E-Learning会提示导入成功；
7)在提示导入成功界面，点击“下载”；
8)下载管理窗口中会出现这些文献，并自动批量下载。
10. 请问E-Learning支持导入哪些题录格式？
当前版本支持CNKI E-Learning、Endnote、RIS、PDL、NoteExpress的题录格式。例如将NoteExpress（以NoteExpress 2为例）题录导入到E-Learning，请按照如下步骤：
1)在NoteExpress中选择要导出的题录，点击菜单栏“文件”—>“导出题录”；
2)在导出题录界面中，“使用样式”选择“NoteExpress”；
3)打开E-Learning，选择要导入题录的文献夹，然后选择刚刚在NoteExpress的导出题录文件（*.txt）；
4)在E-Learning的导入题录界面中，样式过滤器选择“NoteExpress”，点击“预览”，查看导入题录完整后，点击“确定”，即可将NoteExpress中题录成功导入到E-Learning。
11. CNKI E-Learning支持64位的操作系统吗？支持WPS吗？
CNKI E-Learning支持64位的操作系统，但是当前版本只支持32位的Office Word，暂不支持64位Office Word。
CNKI E-Learning支持2014年5月最新抢鲜版的WPS。
WPS官方下载网址：
12. Word中生成的文后参考文献怎么不完整？
到CNKI E-Learning中选择文献更新题录，然后插入引文或更新引文。如果更新题录不成功，需要手工补全题录信息。
13. 有些文献是图片形式，我用矩形框圈住，但是无法做笔记。
在图片上记笔记的功能会在今年实现，笔记的其他功能也会进一步完善。
14. 我在临时阅读中做笔记，为何将临时阅读文献移动到学习单元所做笔记丢失？
临时阅读不支持笔记的保存。若您在临时阅读的文献上做笔记后，关闭E-Learning时会提示您“是否将其保存到学习单元？”，您可根据需要选择是否保存。建议您将临时阅读的文献拖动到学习单元后再做笔记。
15. 如何在单位和家庭中的电脑上共享数据？
建议您导出学习单元后，将学习单元文件（*.cel）和全文文件夹(学习单元名称_contents)存储到移动硬盘或网盘实现不同PC间共享。
16. PDF文档原本是白色的背景颜色，看的时间长了，眼睛比较累，怎么能改变PDF文档的背景颜色呢？
在菜单栏中选择：工具——系统设置——全文背景设置，即可以修改您的阅读背景颜色。
17. 请问如何修改引文样式？
在Word中点击：CNKI E-Learning插件—>更换引文样式，您可以选择一种参考文献样式进行更换，同时系统也为您提供了“CNKI标准样式”和“国标样式”，您可通过打开以上任一样式文件，编辑该样式后点击“保存”到本地计算机，即可默认使用编辑后的新样式。
18. Microsoft Word 2003为什么不显示CNKI E-Learning的插件呢？
请在Word菜单栏选择：视图——工具栏——勾选上CNKI E-Learning即可；若以上操作中，“工具栏”上不显示CNKI E-Learning，请在菜单栏中选择：帮助——关于Microsoft Office Word——禁用项目，选择“加载项：CNKI E-learning插件（cnkirefaddin.dll）”，点击“启用”即可。
19. 在Word中插入引文后，文后参考文献没有对齐显示怎么办？
选中文后参考文献，点击右键选择“段落”—>“中文版式”—>勾选“允许西文在单词中间换行”，即可将参考文献对齐显示。