如何计算中位值cuffdiff中的FPKM值

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2017-06-06 09:58 标签： 统计学中t值如何计算
FPKM - 搜狗百科
RPKM,Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads, is defined in thisway [Mortazavi etal., 2008]:每1百万个map上的reads中map到外显子的每1K个碱基上的reads个数。假如有1百万个reads映射到了人的基因组上，那么具体到每个外显子呢，有多少映射上了呢，而外显子的长度不一，那么每1K个碱基上又有多少reads映射上了呢，这大概就是这个RPKM的直观解释。举例：比如对应到该基因的read有1000个，总reads个数有100万，而该基因的外显子总长为5kb，那么它的RPKM为：10^9*1000(reads个数)/10^6(总reads个数)*5000(外显子长度)=200或者：1000(reads个数)/1(百万)*5(K)=200这个值反映基因的表达水平。FPKM与RPKM计算方法基本一致。公式如下：不同点就是FPKM计算的是片段（fragments），而计算的是数据（reads）。Fragment比read的含义更广，因此FPKM包含的意义也更广，可以是pair-end的一个fragment，也可以是一个read。FPKM和 代表每千个碱基的转录每百万映射读取读取。 FPKM代表每千个碱基的转录每百万映射读取的碎片。
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如何根据RPKM值求差异表达基因？
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现在手里有100个患者和20个对照的RNA-seq的结果，给的是RPKM值，据我了解cuffdiff需要bam文件，而DEseq是要根据read count做的，请问针对RPKM值应该有什么方法求差异表达基因呢？t检验可以么？是否因为RNA-seq数据时泊松分布所以不适用呢？谢谢
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t检验会出现比较对的假阳性，可以用fdr校正一下。如果没有生物学重复的话，建议用DEGseq。
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古钧 t检验会出现比较对的假阳性，可以用fdr校正一下。如果没有生物学重复的话，建议用DEGseq。谢谢 但是 DEGseq需要用到read counts，现在我没有read counts值 只有RPKM值 应该怎么办呢？
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lchengy2009 谢谢 但是 DEGseq需要用到read counts，现在我没有read counts值 只有RPKM值 应该怎么办呢？也可以用edgeR包。read counts 需要联系给你做测序的公司，让他们提供一下。如果有服务器的话，亦可以自己跑一遍，不过比较费时间。
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可以将数据log 转换后进行t检验，或者用非参数检验，比如秩和检验。
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