怎么去发现一种Llincrna与lncrna可能和mirRNA-126相关

转过路角忽然发现,3岁的儿子已在路口等着自己回来。
在0℃的江苏无锡街头,环卫工用双手疏通下水道。
声明:本文由入驻搜狐公众平台的作者撰写,除搜狐官方账号外,观点仅代表作者本人,不代表搜狐立场。
  导语:当很多小伙伴还徘徊在miRNA时,lncRNA已经横空出世,还没得来得及反应过来lncRNA到底是怎么回事时,circRNA又开始崭露头角了。科研就是这样,你落后一步,便步步落后,跟娶媳妇生孩子是一样一样的。说回正题,应部分解螺旋粉丝的要求,今天老谈帮大家整体梳理了曾经红极一时、目前热度不减的IncRNA的研究思路和模式以及相关工具,希望能对那些想在IncRNA研究上有所作为的小伙伴能助上一臂之力。
  lncRNA研究思路
  IncRNA参与了X染色体沉默、基因组印记以及染色质修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等多种重要的调控过程。很多人看到lncRNA的热度还没有过去,经常会问老谈如果没有相关的工作基础,如何开始lncRNA的研究?今天我们就褪去虚伪外衣,研究的大方向是这样子的:
  1. 寻找到lncRNA分子
  2. lncRNA分子表型研究
  3. lncRNA通过何种机制调节表型?
  老谈将这些研究方向及实验手段按层次的方式绘成流程图,如下所示:
  首先,是样本的准备与收集。高质量的样本是实验结果具有可靠性的前提。
  其次,是lncRNA检测。可以先通过芯片的方式高通量筛选到目的基因,然后通过q-PCR或Northern blot的方法验证所得到的芯片结果。
  再次,其研究方向根据研究目的而定。如果是研究生物标志物,那么可以通过收集更多的临床样本,研究lncRNA对疾病的指示作用。如果是研究其功能,则是研究其细胞表型、分子表型及机制。
  小伙伴们是不是觉得这和miRNA的总体研究思路相似呢?这时可以根据各自的实验平台条件选择相应的研究。值得注意的是,lncRNA的功能研究并不像miRNA一样通过3’UTR影响翻译套路,总的来说lncRNA机制研究套路还不成熟。对于很多科研工作者而言,lncRNA分子的获得及其细胞表型的获得并非难事,关键在于如何进行下一步研究,这时候就要涉及到对功能研究的定位。归纳如下:
  lncRNA的功能分为3方面:
  1. 通过修饰染色体参与表观调节;
  2. 通过与转录因子的相互作用参与转录调节;
  3. 通过影响mRNA处理过程参与转录后调节。
  在以上3个方向的研究中,其中转录后调节相对简单,大家在选择lncRNA的时候,可以对其序列做一下分析,看看自己研究的lncRNA是作为miRNA的sources还是sinks?
  另外两方面的调节机制均涉及RNA-蛋白质的相互作用。在没有目的蛋白的时候,此时不得不使用先进技术,用于检测RNA-蛋白质相互作用的实验手段如下:
  RNA-蛋白质相互作用的检测手段有nRIP、CLIP;lncRNA由于其长片段核苷酸序列,则碱基之间相互作用,通常具有二级结构,可通过RNase足迹等实验手段进行探讨;在染色体结构修饰作用中,还会涉及RNA-RNA的相互作用,可通过CHIRP等实验手段来研究。
  由于上述实验手段比较难得,lncRNA的机制研究相对还是比较困难。那我们该怎样进行lncRNA研究呢?咱换个思路,不要将lncRNA作为一个调节分子,而是把lncRNA当做和mRNA一样的分子来研究,尽管很少表达蛋白。在体外,可以通过分子干扰手段,进行分子及表型研究;在体内,也是如此。两者通过各种组合,那就等着发5分的文章吧。
  LncRNA研究模式
  我们先来谈一谈“老瓶”――基因研究模式。
  首先向大家灌输“文章模块化拆解的核心思想”。打个比喻,不管是亿万富翁还是街头的流浪汉,作为人这个物种,他都有手脚心肝肺等,即使他们的外在地位不一样,但作为物种来讲,他们组成形式都差不多。基础科研的文章也一样,十篇文章可能有十个分值,但是他们的组成模块其实差不多,都是由“领域”、“分子”、“效应”、“通路”组成(如下图所示),不同的文章就是不通模块的组合。
  上面这个研究模式大家是不是很亲切?
  其实,lncRNA研究也可以装进上面那个老瓶里,只不过把“gene”换成“lncRNA”而已。下面是一个lncRNA普通模板实例:领域(胆囊癌)、分子(lncRNA)、效应{方法验证(敲减效率)、细胞层次(MTT实验、转移小室、克隆形成实验)和动物层次}。
  这篇文章并不涉及机制研究,所以各位小伙伴是不是觉得分外眼熟?除去机制研究,和普通基因的研究模式是不是很接近呢!
  基本套餐的lncRNA和基因研究不同点在于机制研究,两者的研究手段不一样。lncRNA机制研究的常用技术为:RACE技术、RNA pulldown技术、RIP(RNA immunoprecipitation)技术。幸运的是,目前lncRNA不需要做到机制层面也能发表一篇2-3分档次的SCI,有兴趣的小伙伴还不赶紧小试身手!
  经典的教科书上所记录的中心法则: DNA→RNA→蛋白。但是随着分子生物学的不断发展,非编码RNA已经越来越显示出重要的功能。经过将近十年的深入研究,研究者已经发现了多种lncRNA的作用模式。但是面对纷繁复杂的lncRNA作用模式,小伙伴们是不是感到无从下手?今天老谈就把lncRNA的作用模式总结一下,希望帮助小伙伴们更好地理解。
  lncRNA 的作用模式可以分为四大类: signal,decoy,guide,scaffold。
  1、signal:
  lncRNA的第一种作用是调控下游基因转录。已有研究发现,不同的刺激条件和信号通路下,lncRNA将会被特异性地转录,并作为信号传导分子参与特殊信号通路的传导。一些lncRNA分子被转录后,拥有调控下游基因转录的作用。从生物体的角度而言,利用RNA进行转录调控是具有明显优势的,因为利用RNA进行调控,且不涉及蛋白质的翻译,因此具有更好的反应速度,对于机体的某些急性反应可以做出更好更迅速的反应。
  2、decoy:
  lncRNA的第二种作用是分子阻断剂。这一类lncRNA被转录后,会直接和蛋白(一般都是转移因子/转录调节子)结合,从而阻断了该分子的作用和信号通路。由于lncRNA的结合,这类转录因子的功能被阻断,从而调控下游的基因转录。
  3、guide:
  第三种作用模式是lncRNA与蛋白结合(通常是转录因子),然后将蛋白复合物定位到特定的DNA序列上。研究发现lncRNA介导的这种转录调控作用可以是顺式作用模式,也可以是反式作用机制,因此仅仅从lncRNA的序列上是无法获得信息的。
  4、scaffold:
  lncRNA 还可以起到一个“中心平台”的作用,即多个相关的转录因子都可以结合在这个lncRNA分子上。在细胞机体中,当多条信号通路同时被激活,这些下游的效应分子可以结合到同一条lncRNA分子上,实现不同信号通路之间的信息交汇和整合,有利于机体/细胞迅速地对外界信号和刺激产生反馈和调节。
  需要注意的是,虽然lncRNA的作用模式可以总结为上述四种,但是这四种作用机制和模式是相互关联,而非相互排斥的。千万不要孤立且割裂地看待lncRNA的作用方式,这样会使视野受限,不利于更好地理解lncRNA的机制。
  lncRNA的常用数据库大全
  有关所有lncRNA全方面的功能研究还需要进一步的探索,少不了需要装配研究的利器,帮助我们在寻求相关lncRNA信息时能够手到擒来,不费吹灰之力!今天老谈就跟大家分享一些研究lncRNA的数据库,帮助大家做好科研准备工作。
  1.NONCODE:
  NONCODE提供对长链非编码RNA的全面注释,包括表达和ncFANs计算机软件预测的lncRNA功能。这是非编码RNA研究的知名数据库,已经更新到2014年的8月了。
  网址:http://www.noncode.org
  Note:小伙伴们要小心使用时,可能出现的各种状况,因为这个网站对lncRNA的命名方法是他们网站内部命名的系统!!要哭了有没有,根本找不到你要的lncRNA……但有个办法解决,因为他们的网站有Blast系统,你如果有lncRNA序列的话,还是能找到对应的编号的。对于lncRNA在不同组织中的表达的研究还是挺有用的。
  2.lncRNAdb:
  提供有生物学功能的长链非编码RNA的全面注释。这是长链非编码RNA研究领域的大牛Johnmattick实验室构建的网站。
  网址:http://www.lncrnadb.org/
  Note:这个用下来凭良心说还行,输入lncRNA名称之后,会对这个lncRNA的功能及表达进行注释。这个网站用的是NCBI上Gene的命名法,使用上还是没有障碍的。
  3.CHIPbase:
  提供长链非编码RNA的表达图谱和转录调控的全面鉴定和注释,整合了高通量的RNA-seq鉴定的lncRNA及其表达图谱和ChIP-Seq实验技术鉴定的转录因子结合位点。
  网址:http://deepbase./chipbase/
  Note:中大的这个数据库主要是对于一些lncRNA的表达及lncRNA与转录因子之间的关系的一个注释数据库。主要可以了解与转录因子相关的lncRNA的结合情况。要调取lncRNA的表达数据,劝你选别的数据库,因为这个网站极其坑爹,只能输入GeneSymbol,并不是基因名,其实是lncRNA的转录名,一般是什么“RP11-XXXX”。举个例子:lncRNA2-1的基因名其实是“LncRNA2.7”,转录名是“RP11-34P13.8”,这需要注意哦。
  4.LncRNome:
  超过18000转录本目前已作为lncRNA标注,覆盖先前注释非编码转录本,包括大型基因间非编码RNA、反义RNA和加工的假基因。但在提供稳定的注释,交叉引用和生物相关的信息资源方面有显著的差距。由印度CSIR基因组和整合生物学研究所的研究人员开发的lncRNome,旨在填补这一空白,他们通过把生物显著性的各种各样的信息注释整合到一个全面的知识库。
  网址:http://genome.igib.res.in/lncRNome
  Note:三哥三姐确实NB,但记住:查询的话,还是转录名:“RP11-XXXX”那种,也有其他命名法的“HAS-LNCXXXX”这种。功能上挺强大,有lncRNA的二级结构,lncRNA的蛋白互作功能预测,还有lncRNA的SNP位点。总的来说还不错,就是搜索起来麻烦点。
  5.Starbase:
  一个高通量实验数据CLIP-Seq(或称为HITS-CLIP, PAR-CLIP , iCLIP)和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA,miRNA-lncRNA,miRNA-circRNA,miRNA-ceRNA和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。
  网址:http://starbase./
  Note:中大的良心之作,主要功能就是查询lncRNA与miRNA的互作,蛋白及lncRNA的互作,以及正在火的ceRNA预测。不过主要功能其实还是在miRNA上。
  6. LncRNADisease:
  提供了文献报道的疾病相关的长链非编码RNA的注释。
  网址:http://cmbi./lncrnadisease
  Note:可以在网站中浏览。注意,是浏览lncRNA与疾病的关系注释,其实还是蛮有用的。可以免去我们为lncRNA名字纠结的麻烦。
  lncRNA的种类远远超过编码RNA,4%~9%的哺乳动物基因组序列产生的转录本是lncRNA(相应的编码蛋白的RNA比例是1%-5%)。另外,还有LNCipedia、NRED、PLncDB等lncRNA数据库,功能与上述几个略有重复,老谈觉得精通几个功能强大的数据库足矣!不过分享再多也需要小伙伴们亲身使用才能真正带来益处。
  来源:解螺旋
  医学科研干货免费下载,请关注“肽度时界”公众号,关注后回复“指定数字”获取:
  1.医学科研实验常用protocol--回复“001”领取
  2.质粒图谱大全--回复“002”领取
  3. 医生晋升方法/执业医生题库/晋升程序与制度/考试口诀等--回复“003”领取
  4.中国互联网预约挂号服务市场专题研究报告2016--回复“004”领取
  5. 科研必备软件(12大分类50款)免费下载 --回复“005”领取
  6. 2016年全球二代基因测序行业投研报告 --回复“006”领取
  7. lncRNA超级干货(68篇文献免费阅读) --回复“007“领取
  8. SCI论文超级干货合集(SCI论文写作技巧+配图软件+施一公大咖经验+文献检索+SCI经验书籍) --回复“008” 领取
  9. 中国移动医疗市场年度研究报告2016 --回复“009”领取
  10.信号通路与信号转导系列文件+Cell网站细胞信号通路图(超多干货)--回复“010”领取
欢迎举报抄袭、转载、暴力色情及含有欺诈和虚假信息的不良文章。
请先登录再操作
请先登录再操作
微信扫一扫分享至朋友圈
搜狐公众平台官方账号
生活时尚&搭配博主 /生活时尚自媒体 /时尚类书籍作者
搜狐网教育频道官方账号
全球最大华文占星网站-专业研究星座命理及测算服务机构
专注移动医疗,医学科研,大健康行业的资讯与观点
主演:黄晓明/陈乔恩/乔任梁/谢君豪/吕佳容/戚迹
主演:陈晓/陈妍希/张馨予/杨明娜/毛晓彤/孙耀琦
主演:陈键锋/李依晓/张迪/郑亦桐/张明明/何彦霓
主演:尚格?云顿/乔?弗拉尼甘/Bianca Bree
主演:艾斯?库珀/ 查宁?塔图姆/ 乔纳?希尔
baby14岁写真曝光
李冰冰向成龙撒娇争宠
李湘遭闺蜜曝光旧爱
美女模特教老板走秀
曝搬砖男神奇葩择偶观
柳岩被迫成赚钱工具
大屁小P虐心恋
匆匆那年大结局
乔杉遭粉丝骚扰
男闺蜜的尴尬初夜
客服热线:86-10-
客服邮箱:长链非编码RNA(lncRNA)简介 - 生化分子 - 生物秀
标题: 长链非编码RNA(lncRNA)简介
摘要: [长链非编码RNA(lncRNA)简介]什么是长链非编码RNA?
长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)是一类本身不编码蛋白、转录本长度超过200nt的长链非编码RNA分子,它可在多层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达。lncRNA最初被认为是RNA聚合酶II转录的副产物,是一种“噪音”,不具有生…… [关键词:编码 基因 转录 蛋白质 转录本 作用机制 剪切]……
什么是长链非编码RNA?
长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)是一类本身不编码蛋白、转录本长度超过200nt的长链非编码RNA分子,它可在多层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达。lncRNA最初被认为是RNA聚合酶II转录的副产物,是一种“噪音”,不具有生物学功能。然而,今年来的研究表面,lncRNA参与了X染色体沉默、染色体修饰和基因组修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等过程,其调控作用正在被越来越多的人研究。
lncRNA的分布
据统计,哺乳动物(mammalian)蛋白编码基因占总RNA的1%,长链非编码RNA占总RNA的比例可达4%-9%,这些长链非编码RNA是基因功能研究的又一座宝库。目前发现的许多lncRNA都具有保守的二级结构,一定的剪切形式以及亚细胞定位。它们在基因组上相对于蛋白编码基因的位置,可以分为5种:正义链(sense)、反义链(antisense)、双向(bidirectional)、内含子间(intronic)、基因间(intergenic),其所在的位置与其功能有一定的相关性。
lncRNA的作用机制
长链非编码RNA的作用机制非常复杂,至今尚未完全清楚。根据目前的研究,lncRNA的作用机制如要有以下几种(如图)。
编码蛋白的基因上游启动子区(橙色)转录,干扰下游基因(蓝色)的表达;
抑制RNA聚合酶II或者介导染色质重构以及组蛋白修饰,影响下游基因(蓝色)的表达;
与编码蛋白基因的转录本形成互补双链(紫色),干扰mRNA的剪切,形成不同的剪切形式;
与编码蛋白基因的转录本形成互补双链(紫色),在Dicer酶的作用下产生内源性siRNA;
与特定蛋白质结合,lncRNA转录本(绿色)可调节相应蛋白的活性;
作为结构组分与蛋白质形成核酸蛋白质复合体;
结合到特定蛋白质上,改变该蛋白质的细胞定位;
作为小分子RNA(如miRNA、piRNA)的前体分子。
lncRNA的研究方法
相关热词:
..........
生物秀是目前国内最具影响力的生物医药门户网站之一,致力于IT技术和BT的跨界融合以及生物医药领域前沿技术和成功商业模式的传播。为生物医药领域研究人员和企业提供最具价值的行业资讯、专业技术、学术交流平台、会议会展、电子商务和求职招聘等一站式服务。
官方微信号:shengwuxiu
电话:021-lncRNA与蛋白之间相互作用的方法(另有学术交流活动通知)_解螺旋_传送门
你是真实用户吗(Are you a robot)?
我们怀疑你不是真实用户,已对你的访问做了限制。如果您是真实用户,非常抱歉我们的误判对您造成的影响,您可以通过QQ()或电子邮件()反馈给我们,并在邮件和QQ请求信息里注明您的IP地址:220.177.198.53,我们会尽快恢复您的正常访问权限。另外,如果您不是在访问的当前页面,我们建议您移步
或者 在浏览器中输入以下地址:http://chuansong.me/n/ 访问,您所访问的网站是从抓取的数据,请直接访问,会有更好的体验和更及时的更新。We suspect you are a robot.We are really sorry if you are not,and you can email us () with your current IP address: 220.177.198.53 to get full access to .If you are not accessing
for the current page,you'd better visit
for better performance,as the current website you are accessing is just spam.
觉得不错,分享给更多人看到
解螺旋 微信二维码
分享这篇文章
解螺旋 最新头条文章
解螺旋 热门头条文章当前位置: >
摘要 : 癌症相关的lncRNA研究是进展最快,成果最丰富的新兴领域。研究者利用Arraystar LncRNA芯片对不同癌症的鉴别、发生、发展、恶化、转移等现象进行较多的深入研究,为其他领域的lncRNA研究建立完善的方法学体系指引了研究方向。 人类基因组能够产生10000多种长链非编码RNA(lncRNA),但是至今为止,人们只知道几十种lncRNA分子的功能。癌细胞基因组非常混乱,且常常出现拷贝数变异(somatic copy-number alterations,SCNAs)。虽然大多数拷贝数变异都是基因组不稳定造成的,但有一少部分SCNAs会致癌。使用大规模基因组图谱和全基因功能筛选已经可以发现致癌的蛋白编码SCNAs。但是,人体内蛋白编码序列很少,癌细胞中许多SCNA都在非编码区域。 有很大比例的lncRNAs 都与染色质(DNA-蛋白质复合物)调控因子有关,其中有一部分通过调节相关基因表达的特异染色质标记物,对特定的染色体区域进行标记。lncRNAs 和转录因子之间相互联系可以编程分步骤对转录因子进行化学修饰,使得增强子向靶基因提供连贯的信息流。这些研究结果还加强了关于lncRNA
癌症相关的lncRNA研究是进展最快,成果最丰富的新兴领域。研究者利用Arraystar LncRNA对不同癌症的鉴别、发生、发展、恶化、转移等现象进行较多的深入研究,为其他领域的lncRNA研究建立完善的方法学体系指引了研究方向。
人类基因组能够产生10000多种长链(lncRNA),但是至今为止,人们只知道几十种lncRNA分子的功能。癌细胞基因组非常混乱,且常常出现拷贝数变异(somatic copy-number alterations,SCNAs)。虽然大多数拷贝数变异都是基因组不稳定造成的,但有一少部分SCNAs会致癌。使用大规模基因组图谱和全基因功能筛选已经可以发现致癌的蛋白编码SCNAs。但是,人体内蛋白编码序列很少,癌细胞中许多SCNA都在非编码区域。
有很大比例的lncRNAs 都与染色质(DNA-蛋白质复合物)调控因子有关,其中有一部分通过调节相关的特异染色质标记物,对特定的染色体区域进行&标记&。lncRNAs 和转录因子之间相互联系可以编程分步骤对转录因子进行化学修饰,使得增强子向靶基因提供连贯的信息流。这些研究结果还加强了关于lncRNAs介导增强子-启动子成环机制的认识。RNA介导的蛋白质招募要求一种对启动子相关组蛋白标记具有亲和力的蛋白质,位于增强子元件末端,可以稳定DNA成环,促进三维空间信息的沟通。这意味着lncRNAs不仅仅是简单的支架,它更像是一个复杂的计算机电路板,连接各种不同的分子元件,并指挥系统的逻辑运算。
近期的研究发现,人类癌症过程中有许多的 lncs失调,了解这些转录物是如何生成的以及调控机制对于该领域的研究非常重要。复杂的RNA机制旨在促进以癌症的诊断和预防的目的的RNA工程技术的发展,而不是简单地对于lncRNA水平进行调控。
下面就介绍几个与肿瘤相关的lncRNA。
H19 是第一个被发现的非编码RNA 基因,它在多种癌症中如食道癌、结肠癌、肝癌、膀胱癌和转移性肝癌等都异常表达。但是H19具有癌基因和抑癌基因的双重功能。比如在肝癌、前列腺癌中H19表达量升高,发挥了类似于癌基因的作用;在结肠癌细胞株和原发性结肠癌中,H19 作为miR-675 的前体,表达量上调。miR-675具有下调抑癌基因RB表达的作用,因此H19在结肠癌细胞株和原发性结肠癌中发挥了癌基因的作用。相反,在对结肠癌、畸胎瘤、肝癌等模型的研究中发现,缺少H19可促进肿瘤的发生或肿瘤的增大,这显示H19在肿瘤中起抑癌基因的作用。最新的研究显示,P53,HIF1-&和H19 之间存在相关性。实验显示,体外过表达HIF1-&和同时抑制P53 基因表达可协同提高中H19的表达水平;且在P53 突变型细胞或无P53的肿瘤细胞制备的移植瘤体内,H19的表达水平同样显著提高。H19作为癌基因还是抑癌基因的差异主要是由于lncRNA 的双功能的自然特性或可能依不同的背景而定,然而H19准确的功能和生物学作用仍有待进一步确定。
HOX 基因的反义基因间RNA( HOX antisense intergenic RNA,HOTAIR) 是一个长度为2.2 kb 的基因,定位在哺乳动物12q13. 13 上HOXC位点,不编码任何蛋白质。这个非编码RNA在原发性和转移性乳腺癌中显著上调,高出正常乳腺组织2000倍,而且HOTAIR 的表达与肿瘤转移和预后有关。同样的,与正常非癌变的结肠组织比,HOTAIR在结肠癌组织中的表达量增加,而且高表达HOTAIR的病人预后差。有研究表明,HOTAIR与哺乳动物多梳蛋白抑制性复合物2( PRC2) 密切相关,而PRC2介导了发育过程中控制分化的几千个基因的转录表达。HOTAIR可至少连接两个不同的组蛋白修饰复合物,从而充当一个脚手架的作用,如其5&端区连接PRC2 复合物,负责H3K27 的甲基化;3&区连接LSD1(组蛋白赖氨酸去)介导H3K4me2 的去甲基化。最近,Chou等通过RNA纯化染色体分离结合测序技术研究发现,HOTAIR能与更广泛的PRC2 和H3K27连接,表明HOTAIR 同染色体的相互作用与PRC2 的重定位和基因沉默相关。目前,尽管HOXAIR 重编程染色体状态而启动癌症的转移是清楚的,但是HOTAIR 活性的准确作用机理仍有待阐明。
母系表达基因3 ( materally expressed gene 3,MEG3) 是第一个被发现有肿瘤抑制功能的lncRNA。MEG3是由10 个外显子组成的单拷贝印迹基因,到目前为止,由于不同的剪接方式共发现12 个MEG3表型,每个表型包含共同的外显子1-3 和8-10。而外显子4-7 则有不同的链接方式;同时,MEG3 基因的最后几个内含子可编码miR-770。在结构上,12个不同表型的MEG均具有3 个明显的二级结构域。功能上,MEG3能与cAMP、P53、鼠双微基因2( MDM2)和生长分化因子15 相互作用,MEG3 作为调控性RNA 可通过依赖性和非依赖性P53 而起作用。MEG3本身的表达受表观遗传学的控制,在多种癌症类型中MEG3 存在异常CpG 甲基化。MEG3 表达于多种正常组织中,特别在脑组织呈现高表达,然而,在脑癌及一些肿瘤细胞株中不表达,说明MEG3 具有肿瘤抑制因子的作用。Zhang等报道,MEG3 与脑膜瘤的病理发生、临床进展相关,在正常脑膜细胞高表达,而在大多数人脑膜瘤组织或细胞株中不表达,同时MEG3 表达的缺失与肿瘤的分级存在强烈的相关性。最新研究显示,MEG3 与神经胶质瘤增殖相关,MEG3 的异位过表达抑制细胞增殖,诱导细胞凋亡。从功能上看,MEG3 抑制脑膜瘤细胞的DNA 合成及细胞集落的形成,而且刺激P53 介导的转录活化。在对多发性骨髓瘤、急性髓性白血病、骨髓增生异常综合症病例MEG3 基因启动子差异性甲基化区的甲基化状态分析发现, 57%的多发性骨髓瘤存在异常的甲基化谱,并且甲基化谱与疾病的亚型和疾病的阶段具有相关性,同时发现, 34.9% MDS和47.6%的急性骨髓性白血病有异常甲基化,但在甲基化状态与核型、疾病亚型和预后评分系统间没有重要联系。目前,MEG3在上的重要性及在肿瘤发生的作用还在不断研究中。
肺腺癌转移相关转录因子1 ( metastasis-associated lung adenocarcinoma transcript 1,MALAT1)广泛表达于正常人组织、成年人脑组织中,且呈现高水平表达,敲除小鼠成神经瘤细胞株的MALAT1 基因后影响了神经原轴突与树突发育相关的基因的表达,提示MALAT可能与神经系统的发育有关。有报道指出,在多种人肿瘤包括前列腺癌、结肠癌、肝癌、子宫癌中MALAT1 表达上调。Xu等发现在结肠癌病人中MALAT1 的3'末端存在突变,而MALAT1的一个重要生物功能域就定位在此突变区。另有研究者通过qRT-PCR对9例肝癌细胞株和112 例肝癌病例包括60例已获得肝移植的病例进行了MALAT1表达分析,他们发现无论在癌细胞株还是临床病例中,MALAT1的表达均上调,而且在MALAT1高表达的病例中,肝移植后的病例也更易复发,因此经多研究分析,MALAT1可作为预测肝癌复发的一个重要生物标志。同时,在HepG2 细胞中,抑制MALAT1表达能有效降低细胞活力、流动性和侵袭力,并增加细胞对凋亡刺激的敏感性。研究还发现高水平MALAT1与转移密切相关,多项研究提示MALAT1调控细胞的流动性。例如沉默MALAT1表达将阻止肺腺癌细胞体外的迁移,减少宫颈癌细胞的增殖和侵袭潜力。
图1 LncRNA MALAT1通过调节SR剪接因子的磷酸化调控可变剪接
ANRIL是细胞周期激酶抑制因子4b( INK4b) 位点的反义非编码RNA ( antisense non-coding RNA in the INK4 Locus),其表达与INK4a的表观遗传学沉默相关。INK4b-ARF-INK4a 位点在调控细胞周期、细胞衰老、干细胞的自我更新和调亡中具有重要的作用。ANRIL的异常表达和单核苷酸多态性与包括癌症在内的一些疾病有关。而且,INK4b-ARF-INK4a在白血病、黑色素瘤、肺癌和前列腺癌等多种肿瘤中易发生缺失和高甲基化。另有证据表明ANRIL是介导INK4b-ARF-INK4a沉默的机制之一。像HOTAIR 连接PRC2 和LSD1 复合物一样,ANRIL可连接两个多梳抑制复合物PRC1、PRC2,从而导致ANRIL/PRC 介导INK4b-ARFINK4a基因沉默,然而,需要进一步阐明的是ANRIL与染色体调控因子是如何相互作用的。
随着人们对lncRNA 在肿瘤发生中作用的认识,人们开始着手开发以lncRNA 为靶点的新药。尽管对lncRNA 作用的分子机制的认识还相当有限, lncRNA 有可能成为临床肿瘤治疗的理想靶点。
作者:广州赛诚生物 点击:次
热门文章TOP

我要回帖

更多关于 lincrna和lncrna区别 的文章

 

随机推荐