连锁不平衡&Linkage&Disequilibrium
连锁不平衡 Linkage Disequilibrium
不同基因座位的各等位基因在人群中以一定的频率出现。在某一群体中，不同座位某两个等位基因出现在同一条染色体上的频率高于预期的随机频率的现象，称连锁不平衡
(linkage disequilibrium) 由于 HLA
不同基因座位的某些等位基因经常连锁在一起遗传，而连锁的基因并非完全随机地组成单体型，有些基因总是较多地在一起出现，致使某些单体型在群体中呈现较高的频率，从而引起连锁不平衡。
&& &　例如两个相邻的基因A
B, 他们各自的等位基因为a b. 假设A B相互独立遗传，则后代群体中观察得到的单倍体基因型 AB 中出现的P(AB)的概率为
P(A) *　P（B）．　实际观察得到群体中单倍体基因型 AB 同时出现的概率为P(AB)。
计算这种不平衡的方法为：　D　=　P（AB）－ P(A) *　P（B）．
& & 连锁不平衡又称等位基因关联（allelic
association），其原理其实很简单。假定两个紧密连锁的位点1，2，各有两个等位型（A，a；B，b），那么在同一条染色体上将有四种可能的组合方式：A—B，A—b，a—B，和a—b。假定等位型A的频率为Pa，B的频率为Pb，那么如果不存在连锁不平衡（如组成单倍型的等位型间相互独立，随机组合）单倍型A—B的频率就应为PaPb。而如果A与B是相关联的，单倍型A—B的频率则应为PaPb+D，D是表示两位点间LD程度的值。如果位点2上的等位型B与疾病易患性有关，那么将会观察到等位型A的频率在病人群体中高于对照群体。换句话说，等位型A与该疾病性状相关。事实上，可以检测遍布基因组中的大量遗传标记位点，或者候选基因附近的遗传标记来寻找到因为与致病位点距离足够近而表现出与疾病相关的位点，这就是等位基因关联分析或连锁不平衡定位基因的基本思想。
已投稿到：
以上网友发言只代表其个人观点，不代表新浪网的观点或立场。53医学免疫学笔记-第9页
上亿文档资料，等你来发现
53医学免疫学笔记-9
3.转录调节基因或类转录因子基因家族调节DNA结；第二节MHC的多态性一、多态性的基本概念；●多态性(polymorphism)指一个基因座；●多态性：指一个基因座位上存在多个等位基因；▲因而MHC的多态性是一个群体概念，指群体中不同；▲某基因座位，某个体最多只能有两个等位基因，分别；二、连锁不平衡和单体型(了解)；●连锁不平衡(linkagedisequi
3.转录调节基因或类转录因子基因家族
调节DNA结合蛋白NF-κB的活性
4. MHCⅠ类相关基因（MIC）家族
MIC是NK细胞激活性受体NKG2G配体
MHC的多态性 一、多态性的基本概念 ●多态性(polymorphism)指一个基因座位上存在多个等位基因。多态性是一个群体概念，指群体中不同个体在等位基因拥有状态上存在差别，即群体中各座位等位基因的变化； ●多基因性着重于同一个体中MHC基因座位的变化。
●多态性：指一个基因座位上存在多个等位基因 ▲因而MHC的多态性是一个群体概念，指群体中不同个体在等位基因拥有状态上存在差别； ▲某基因座位，某个体最多只能有两个等位基因，分别来自父、母；
二、连锁不平衡和单体型(了解) ●连锁不平衡(linkage disequilibrium)指分属两个或两个以上基因座位的等位基因，同时出现在一条染色体上的几率高于随机出现的频率。 ●单体型(haplotype)；是染色体上不同座位等位基因的特定组合。
某些单体型在群体中可呈现较高的频率，比单一HLA基因型别更能显示人种和地理的特点。检测单体型比分析单一的等位基因频率，更有助于搜寻HLA匹配的器官移植供者(了解)。
●MHC的遗传学特点 单体型（haplotype)：同一条染色体上MHC不同座位等位基因的特定组合。
三、HLA多态性的产生及意义 ▲HLA基因结构的变异为进化提供了基础。变异涉及突变、重组、转换等，而基因转换可产生性新的等位基因。新的等位基因在群体中得到积累，形成了多态性。 ▲MHC多态性从基因的储备上，造就了不同个体对病原体的反应性和易感性不同。这一现象的群体效应，赋予物种极大的应变能力。
●MHC多态性：从基因的储备上，造就了各式各样的个体，他（她）们对抗原（病原体）入侵的反应性和易感性并不相同。
●有利的方面
赋於整个物种极大的应变能力，使之能对付多变的环境及各种病原体的侵袭。
MHC高度多态性具有强大生命力的体现 。
●不有利的方面 ▲对于某个体：对某病原体的侵袭缺乏诱导免疫反应的能力或诱导的免疫反应的能力低下； ▲对于某个体：疫苗研制考虑MHC的多态性；
▲对于某个体：器官移植等
MHC分子和Ag肽的相互作用 一、 Ag肽和HLA分子相互作用的分子基础 锚定位： Ag肽往往带有两个或两个以上和HLA分子凹槽相结合的特定部位。 锚定残基：在锚定位的氨基酸残基,称anchor residue。能和同一类HLA分子结合的Ag肽，其锚定位和锚定残基往往相同或相似。
●Ⅰ类基因及其产物
▲抗原结合槽：
二头封闭的凹槽，容纳抗原肽的最佳长度为9个氨基酸；其中第2位和第9位氨基酸为锚着残基(anchor residue)；插入凹槽，底部的 “袋”中，通过氢键 与Ⅰ分子结合；抗原肽中间隆起部位作为T细胞表位被TCR识别。
●Ⅰ和Ⅱ类分子抗原结合槽极为相似
●MHC Ⅰ类和Ⅱ类分子和抗原肽的相互作用
▲Ⅰ类分子结合的抗原肽
9个氨基酸多肽 ▲Ⅱ类分子结合的抗原肽
①13~18个氨基酸多肽；
②9个氨基酸为核心结合序列Core binding sequence
●包容性(flexibility) ：MHC分子对抗原肽的识别并非呈现严格的一对一关系，而是一种类型的MHC分子识别一群带有特定共同基序的肽段，由此构成两者相互作用的包容性。 ▲共同基序中以‘x’表示的氨基酸，其顺序和结构可以改变； ▲同一MHC分子（特别是Ⅱ类分子）所要求的锚定残基往往不止一种氨基酸，结果是，符合某一共同基序的肽链数量可以相当地多，造成一种MHC分子有可能结合多种抗原肽，活化多个抗原特异T细胞克隆； ▲不同MHC分子接纳的抗原肽，也可以拥有相同的共同基序。
第四节 MHC的生物学功能 一、作为抗原提呈分子参与适应性免疫应答 1.T细胞以其TCR实现对抗原肽和MHC分子的双重识别(MHC限制性) ●作为抗原肽受体结合并递呈抗原―MHC主要的生物学功能 ▲递呈自身抗原、与胸腺内CD8+T细胞/ CD4+T细胞TCR结合，参与T细胞选择、分化与发育； ▲参与递呈内源性抗原和外原性抗原，诱导成熟T细胞的免疫应答； ▲T细胞以其TCR实现对抗原肽和MHC分子的双重识别。
CD4 Th细胞识别Ⅱ类分子提呈的外源性抗原肽；
CD8 CTL识别Ⅰ类分子提呈的内源性抗原肽；
形成T细胞在抗原识别和发挥效应功能中的MHC限制性（MHC restriction）。
2.被MHC分子结合并提呈的成份，可以是自身抗原，甚至是MHC分子本身。参与构成自身免疫性、参与对非己MHC抗原的应答，并参与T细胞在胸腺中的选择和分化有关。 3.MHC是疾病易感性个体差异的主要决定者。 4.MHC参与构成种群基因结构的异质性
二、作为调节分子参与固有免疫应答 1.经典的Ⅲ类基因为补体成份编码，参与补体反应和免疫性疾病的发生。 2.非经典Ⅰ类基因和MIC基因产物可作为配体分子，以不同的亲和力调节NK细胞和部分杀伤细胞的活性； 3.炎症相关基因参与启动和调控炎症反应，并在应激反应中发挥作用。 “辩证观点”
●参与免疫调节 ▲NK细胞的“丧失自我”识别方式
NK细胞对靶细胞的杀伤无需严格的MHC限制性. 而是以“丧失自我”(missing self)的识别方式杀伤缺乏MHC I类抗原或I类抗原发生突变的靶细胞。
正常条件下，抑制性受体识别细胞正常表达的MHC I类分子，使NK细胞不能杀伤自身正常细胞。
病毒感染细胞/肿瘤细胞，丢失MHC I类抗原或I类抗原发生突变/上调表达活化性受体识别的分子（ MHC A/B ），使NK细胞活化。 ▲参与母胎免疫耐受 滋养层细胞：高表达非经典HLA-E、HLA-F、HLA-G分子；不表达经典HLA-A、HLA-B I类分子及II类分子(DR、DQ、DP)；但表达经典HLA-C分子。
可溶性HLA-G分子：G5、G6、G7；存在于整个妊娠期母胎界面/母体血液中；可能是妊三亿文库包含各类专业文献、专业论文、外语学习资料、各类资格考试、高等教育、生活休闲娱乐、文学作品欣赏、中学教育、53医学免疫学笔记等内容。　
　医学免疫学 第一章 免疫学的基本内容 一、重点与难点提示: 本章重点掌握免疫的含义、免疫的三大功能、免疫应答的类型及特点,免疫系统 的组成及各自的功能。 二、... 　医学免疫学重点笔记(精华版)_医学_高等教育_教育专区。考医师资格很好的选择~~~医学免疫学一免疫的概念:机体对“自己”或“非己”的识别、应答过程中所产生的生物... 　医学免疫学笔记_临床医学_医药卫生_专业资料。医学免疫学笔记 第一章 、第事章一、重点不难点提示: 本章重点掌握克疫m含丿、克疫m三大功能、克疫应答m类型及... 　医学免疫学笔记_基础医学_医药卫生_专业资料。一、抗原(antigen, Ag)定义: 指能刺激机体产生 (特异性) 免疫应答, 并与免疫应答产物抗体和致敏淋巴细胞结合, 发挥... 　医学免疫学笔记_临床医学_医药卫生_专业资料。第一章 、第二章 二、基本概念及要点: 1.免疫:是指机体识别和排除抗原性异物的功能,从而维持机体的生理平衡和稳定... 　医学免疫学笔记_临床医学_医药卫生_专业资料。第一篇 ? (一) 名词解释? 1 ?中枢免疫器官:免疫细胞发生、分化、发育、成熟的场所(包括骨髓和胸腺) 。? 2 ?... 　2014年执业医师考试医学免疫学笔记必背版_临床医学_医药卫生_专业资料。医学免疫...器官非特异性自身免疫性疾病:SLE、类风关 2、 1)自身抗体自身免疫病:重症肌... 　医学免疫学笔记_医学_高等教育_教育专区。免疫学笔记 第一章 免疫学概论第一节 医学免疫学简介医学免疫学 是研究人体免疫系统结构和功能的科学,其阐明免疫系统识别...关注今日：0 | 主题：55927
微信扫一扫
【求助】连锁不平衡分析&[精华]
页码直达：
这个帖子发布于9年零99天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
我做的结果如下。仅分析了case的连锁不平衡情况。148 controls & 100 cases observed--------------------------------------------------------------------------Linkage Disequilibrium testsD': Site2Site1&&0.738 r2: Site2Site1&&0.529-------------------------------------但位点1不符合哈迪温格森平衡，那请问我的这两个位点属于连锁不平衡吗？可与对照比，第一个位点没有意义，第二个位点有意义。我做的结果如下。仅分析了case的连锁不平衡情况。148 controls & 100 cases observed--------------------------------------------------------------------------Linkage Disequilibrium testsD': Site2Site1
0.738 r2: Site2Site1
0.529-------------------------------------但位点1不符合哈迪温格森平衡，那请问我的这两个位点属于连锁不平衡吗？可与对照比，第一个位点没有意义，第二个位点有意义。最近几年来，分子遗传标记很热！所以其分析一直是很多人关心的问题！查看了很多国内文献，错误很多！园子里的相关问题也很多！所以开此贴方便大家谈论，学习！希望高手留下宝贵经验！希望初学者也把自己心得体会留下！liyi3344520
不知道邀请谁？试试他们
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
liyi3344520 编辑于
收起全部有料回复
提问题之前，请查阅此贴！1.遗传统计学大讨论
[精华] 2.紧急求助： 关于连锁不平衡的问题，多谢了！3,连锁不平衡系数与单倍型频率计算 4,Re:【求助】连锁不平衡的SNP位点与癌的相关性 5.我们为什么要研究"连锁不平衡" 6.请问大家什么软件能做连锁不平衡的计算呢 7.SNP连锁不平衡计算讨论帖8.询问两个概念，传递不平衡vs连锁不平衡9求助:正在自学医学遗传学，请教几个问题！10【求助】HLA-A、B、DR的连锁不平衡参数该用什么程序11.H-W平衡和连锁不平衡的矛盾? 12.菜鸟请教连锁不平衡13.求助：连锁不平衡结果分析！！！14.Re:【求助】请大家帮我分析一下连锁不平衡结果15.Re:【求助】核心家庭连锁不平衡的对照问题？ 16.Re:【交流】连锁不平衡中的D'和r2 的意义和关系
17.【紧急求助】【2分酬谢】单体型及连锁不平衡分析18.急求连锁不平衡系数的计算公式！
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
人类基因组中连锁不平衡（linkage disequiibrium， LD）的程度和分布情况在基因定位中极其重要，无论是作为复杂疾病精细定位时的工具，还是作为未来全基因组关联分析的基础。另外，连锁不平衡的知识还有助于有关人类的历史和起源，染色体重组等的研究。本节将从连锁不平衡的理论基础，如何应用在复杂疾病的研究中，这一方法存在的局限性，以及一些统计遗传软件的介绍来试图给出这一遗传疾病研究的重要工具的大概。连锁不平衡分析的群体遗传学基础连锁不平衡的含义连锁不平衡又称等位基因关联（allelic association）,其原理其实很简单。假定两个紧密连锁的位点1，2，各有两个等位基因（A,a; B,b），那么在同一条染色体上将有四种可能的组合方式：A-B,A-b,a-B,和a-b。假定等位基因A的频率为Pa，B的频率为Pb，那么如果不存在连锁不平衡（如组成单倍型的等位基因间相互独立，随机组合）单倍型A-B的频率就应为PaPb。而如果A与B是相关联的，单倍型A-B的频率则应为PaPb＋δ，δ是表示两位点间LD程度的值。如果位点2上的等位基因B与疾病易患性有关，那么将会观察到等位基因A的频率在病人群体中高于对照群体。换句话说，等位基因A与该疾病性状相关。事实上，可以检测遍布基因组中的大量遗传标记位点，或者候选基因附近的遗传标记来寻找到因为与致病位点距离足够近而表现出与疾病相关的位点，这就是等位基因关联分析或连锁不平衡定位基因的基本思想。产生和破坏连锁不平衡的因素基因组中紧密连锁的基因位点在随机交配的群体中经过许多世代的重复交换而被随机化，出现了连锁平衡。概括地说，连锁不平衡可能有如下三个原因：1，被考察的群体来源于等位基因频率不同的群体，而且两个群体混合的时间不足以产生完全的随机化。2，两个基因位点之间的距离非常接近，以至于尚未经历足够的世代来被重组分开。3，某些连锁基因位点的等位基因的组合（单倍型）通过自然选择保持较高的频率。当由于以上原因群体开始偏离连锁平衡时，达到新的平衡所需的时间取决于基因位点间连锁的紧密程度：连锁越紧密，达到平衡的时间就越长。
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
人类基因组中连锁不平衡（linkage disequiibrium， LD）的程度和分布情况在基因定位中极其重要，无论是作为复杂疾病精细定位时的工具，还是作为未来全基因组关联分析的基础。另外，连锁不平衡的知识还有助于有关人类的历史和起源，染色体重组等的研究。本节将从连锁不平衡的理论基础，如何应用在复杂疾病的研究中，这一方法存在的局限性，以及一些统计遗传软件的介绍来试图给出这一遗传疾病研究的重要工具的大概。连锁不平衡分析的群体遗传学基础连锁不平衡的含义连锁不平衡又称等位基因关联（allelic association）,其原理其实很简单。假定两个紧密连锁的位点1，2，各有两个等位基因（A,a; B,b），那么在同一条染色体上将有四种可能的组合方式：A-B,A-b,a-B,和a-b。假定等位基因A的频率为Pa，B的频率为Pb，那么如果不存在连锁不平衡（如组成单倍型的等位基因间相互独立，随机组合）单倍型A-B的频率就应为PaPb。而如果A与B是相关联的，单倍型A-B的频率则应为PaPb＋δ，δ是表示两位点间LD程度的值。如果位点2上的等位基因B与疾病易患性有关，那么将会观察到等位基因A的频率在病人群体中高于对照群体。换句话说，等位基因A与该疾病性状相关。事实上，可以检测遍布基因组中的大量遗传标记位点，或者候选基因附近的遗传标记来寻找到因为与致病位点距离足够近而表现出与疾病相关的位点，这就是等位基因关联分析或连锁不平衡定位基因的基本思想。产生和破坏连锁不平衡的因素基因组中紧密连锁的基因位点在随机交配的群体中经过许多世代的重复交换而被随机化，出现了连锁平衡。概括地说，连锁不平衡可能有如下三个原因：1，被考察的群体来源于等位基因频率不同的群体，而且两个群体混合的时间不足以产生完全的随机化。2，两个基因位点之间的距离非常接近，以至于尚未经历足够的世代来被重组分开。3，某些连锁基因位点的等位基因的组合（单倍型）通过自然选择保持较高的频率。当由于以上原因群体开始偏离连锁平衡时，达到新的平衡所需的时间取决于基因位点间连锁的紧密程度：连锁越紧密，达到平衡的时间就越长。
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
这些东西是基于统计学的，因此，仅仅放一个数字是没有意义的，关键是和别的数据去比，只要和别的数据显著不同，就可以说这一区域或者这一组样本存在一些特别的东西，那么用什么做背景呢，可以是其他组的样本，如你的control，也可以是基因组或染色体或染色体区域的平均水平另外，不符合HW平衡有很多原因，你也要具体分析
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
bioyoung 这些东西是基于统计学的，因此，仅仅放一个数字是没有意义的，关键是和别的数据去比，只要和别的数据显著不同，就可以说这一区域或者这一组样本存在一些特别的东西，那么用什么做背景呢，可以是其他组的样本，如你的control，也可以是基因组或染色体或染色体区域的平均水平另外，不符合HW平衡有很多原因，你也要具体分析看不懂！因为是初次接触这方面的东西。能麻烦您讲得细点可以吗？另外，象这样的属于连锁不平衡吗？
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
maxon 不算LD我看有些文献D'0.6多就说是连锁不平衡了。
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
要D&0.7，R &0.3才符合连锁不平衡性
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
人类基因组中连锁不平衡（linkage disequiibrium， LD）的程度和分布情况在基因定位中极其重要，无论是作为复杂疾病精细定位时的工具，还是作为未来全基因组关联分析的基础。另外，连锁不平衡的知识还有助于有关人类的历史和起源，染色体重组等的研究。本节将从连锁不平衡的理论基础，如何应用在复杂疾病的研究中，这一方法存在的局限性，以及一些统计遗传软件的介绍来试图给出这一遗传疾病研究的重要工具的大概。连锁不平衡分析的群体遗传学基础连锁不平衡的含义连锁不平衡又称等位基因关联（allelic association）,其原理其实很简单。假定两个紧密连锁的位点1，2，各有两个等位基因（A,a; B,b），那么在同一条染色体上将有四种可能的组合方式：A-B,A-b,a-B,和a-b。假定等位基因A的频率为Pa，B的频率为Pb，那么如果不存在连锁不平衡（如组成单倍型的等位基因间相互独立，随机组合）单倍型A-B的频率就应为PaPb。而如果A与B是相关联的，单倍型A-B的频率则应为PaPb＋δ，δ是表示两位点间LD程度的值。如果位点2上的等位基因B与疾病易患性有关，那么将会观察到等位基因A的频率在病人群体中高于对照群体。换句话说，等位基因A与该疾病性状相关。事实上，可以检测遍布基因组中的大量遗传标记位点，或者候选基因附近的遗传标记来寻找到因为与致病位点距离足够近而表现出与疾病相关的位点，这就是等位基因关联分析或连锁不平衡定位基因的基本思想。产生和破坏连锁不平衡的因素基因组中紧密连锁的基因位点在随机交配的群体中经过许多世代的重复交换而被随机化，出现了连锁平衡。概括地说，连锁不平衡可能有如下三个原因：1，被考察的群体来源于等位基因频率不同的群体，而且两个群体混合的时间不足以产生完全的随机化。2，两个基因位点之间的距离非常接近，以至于尚未经历足够的世代来被重组分开。3，某些连锁基因位点的等位基因的组合（单倍型）通过自然选择保持较高的频率。当由于以上原因群体开始偏离连锁平衡时，达到新的平衡所需的时间取决于基因位点间连锁的紧密程度：连锁越紧密，达到平衡的时间就越长。
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
人类基因组中连锁不平衡（linkage disequiibrium， LD）的程度和分布情况在基因定位中极其重要，无论是作为复杂疾病精细定位时的工具，还是作为未来全基因组关联分析的基础。另外，连锁不平衡的知识还有助于有关人类的历史和起源，染色体重组等的研究。本节将从连锁不平衡的理论基础，如何应用在复杂疾病的研究中，这一方法存在的局限性，以及一些统计遗传软件的介绍来试图给出这一遗传疾病研究的重要工具的大概。连锁不平衡分析的群体遗传学基础连锁不平衡的含义连锁不平衡又称等位基因关联（allelic association）,其原理其实很简单。假定两个紧密连锁的位点1，2，各有两个等位基因（A,a; B,b），那么在同一条染色体上将有四种可能的组合方式：A-B,A-b,a-B,和a-b。假定等位基因A的频率为Pa，B的频率为Pb，那么如果不存在连锁不平衡（如组成单倍型的等位基因间相互独立，随机组合）单倍型A-B的频率就应为PaPb。而如果A与B是相关联的，单倍型A-B的频率则应为PaPb＋δ，δ是表示两位点间LD程度的值。如果位点2上的等位基因B与疾病易患性有关，那么将会观察到等位基因A的频率在病人群体中高于对照群体。换句话说，等位基因A与该疾病性状相关。事实上，可以检测遍布基因组中的大量遗传标记位点，或者候选基因附近的遗传标记来寻找到因为与致病位点距离足够近而表现出与疾病相关的位点，这就是等位基因关联分析或连锁不平衡定位基因的基本思想。产生和破坏连锁不平衡的因素基因组中紧密连锁的基因位点在随机交配的群体中经过许多世代的重复交换而被随机化，出现了连锁平衡。概括地说，连锁不平衡可能有如下三个原因：1，被考察的群体来源于等位基因频率不同的群体，而且两个群体混合的时间不足以产生完全的随机化。2，两个基因位点之间的距离非常接近，以至于尚未经历足够的世代来被重组分开。3，某些连锁基因位点的等位基因的组合（单倍型）通过自然选择保持较高的频率。当由于以上原因群体开始偏离连锁平衡时，达到新的平衡所需的时间取决于基因位点间连锁的紧密程度：连锁越紧密，达到平衡的时间就越长。
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
提问题之前，请查阅此贴！1.遗传统计学大讨论
[精华] 2.紧急求助： 关于连锁不平衡的问题，多谢了！3,连锁不平衡系数与单倍型频率计算 4,Re:【求助】连锁不平衡的SNP位点与癌的相关性 5.我们为什么要研究"连锁不平衡" 6.请问大家什么软件能做连锁不平衡的计算呢 7.SNP连锁不平衡计算讨论帖8.询问两个概念，传递不平衡vs连锁不平衡9求助:正在自学医学遗传学，请教几个问题！10【求助】HLA-A、B、DR的连锁不平衡参数该用什么程序11.H-W平衡和连锁不平衡的矛盾? 12.菜鸟请教连锁不平衡13.求助：连锁不平衡结果分析！！！14.Re:【求助】请大家帮我分析一下连锁不平衡结果15.Re:【求助】核心家庭连锁不平衡的对照问题？ 16.Re:【交流】连锁不平衡中的D'和r2 的意义和关系
17.【紧急求助】【2分酬谢】单体型及连锁不平衡分析18.急求连锁不平衡系数的计算公式！
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
谢谢loisice和liyi3344520，又加深了理解。
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
首先简单介绍一下连锁不平衡概念Linkage disequilibriumIn population genetics, linkage disequilibrium is the non-random association of alleles at two or more loci, not necessarily on the same chromosome. It is not the same as linkage, which describes the association of two or more loci on a chromosome with limited recombination between them. Linkage disequilibrium describes a situation in which some combinations of alleles or genetic markers occur more or less frequently in a population than would be expected from a random formation of haplotypes from alleles based on their frequencies. Non-random associations between polymorphisms at different loci are measured by the degree of linkage disequilibrium (LD).The level of linkage disequilibrium is influenced by a number of factors including genetic linkage, the rate of recombination, the rate of mutation, random drift, non-random mating, and population structure. For example, some organisms (such as bacteria) may show linkage disequilibrium because they reproduce asexually and there is no recombination to break down the linkage disequilibrium.Linkage disequilibrium measure, DIf we look at haplotypes for two loci A and B with two alleles each—a two-locus, two-allele model—the following table denotes the frequencies of each combination:Haplotype&&FrequencyA1B1&&x11A1B2&&x12A2B1&&x21A2B2&&x22Note that these are relative frequencies. One can use the above frequencies to determine the frequency of each of the alleles:Allele&&FrequencyA1&&p1 = x11 + x12A2&&p2 = x21 + x22B1&&q1 = x11 + x21B2&&q2 = x12 + x22if the two loci and the alleles are independent from each other, then one can express the observation A1B1 as "A1 is found and B1 is found". The table above lists the frequencies for A1, p1, and for B1, q1, hence the frequency of A1B1, x11, is according to the rules of elementary statistics x11 = p1q1.The deviation of the observed frequency of a haplotype from the expected is a quantitycalled the linkage disequilibrium and is commonly denoted by a capital D:D = x11 − p1q1In the genetic literature the phrase "two alleles are in LD" usually means that D！=0 . Contrariwise, "linkage equilibrium" denotes the case D= 0.The following table illustrates the relationship between the haplotype frequencies and allele frequencies and D.&&A1&&
TotalB1&&x11 = p1q1 + D
&&x21 = p2q1 − D
&&q1B2&&x12 = p1q2 − D&&x22 = p2q2 + D&&q2Total
1D is easy to calculate with, but has the disadvantage of depending on the frequency of the alleles. This is evident since frequencies are between 0 and 1. There can be no D observed if any locus has an allele frequency 0 or 1 and is maximal when frequencies are at 0.5. Lewontin (1964) suggested normalising D by dividing it with the theoretical maximum for the observed allele frequencies. Thus D'=D/Dmax, when
D &= 0, when D&0,D'=D/Dmin .Dmax is given by the smaller of p1q2 and p2q1. Dmin is given by the larger of − p1q1 and − p2q2Another measure of LD which is an alternative to D' is the correlation coefficient between pairs of loci, denoted as r2=D2/(p1p2q1q2)
. This is also adjusted to the loci having different allele frequencies. There is some relationship between r and D' Role of recombinationIn the absence of evolutionary forces other than random mating and Mendelian segregation, the linkage disequilibrium measure D converges to zero along the time axis at a rate depending on the magnitude of the recombination rate c between the two loci.Using the notation above, D = x11 − p1q1, we can demonstrate this convergence to zero as follows. In the next generation, x11', the frequency of the haplotype A1B1, becomesx'11=(1-c)x11+cp1q1 This follows because a fraction (1 − c) of the haplotypes in the offspring have not recombined, and are thus copies of a random haplotype in their parents. A fraction x11 of those are A1B1. A fraction c have recombined these two loci. If the parents result from random mating, the probability of the copy at locus A having allele A1 is p1 and the probability of the copy at locus B having allele B1 is q1, and as these copies are initially on different haplotypes, these are independent events so that the probabilities can be multiplied.This formula can be rewritten as x'11-p1q1=(1-c)(x11-p1q1)so that D1=(1-c)D0where D at the n-th generation is designated as Dn. Thus we have Dn=(1-c)**n*D0If
n→∞, then(1-c)**n →0, so that Dn converges to zero.If at some time we observe linkage disequilibrium, it will disappear in future due to recombination. However, the smaller the distance between the two loci, the smaller will be the rate of convergence of D to zero.摘自“http://en.wikipedia.org/wiki/Linkage_disequilibrium”
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
liyi3344520 编辑于
各位师兄师姐好：我用SHESIS程序做的结果如下。336 controls & 156 cases observed--------------------------------------------------------------------------Linkage Disequilibrium testsD': 95333
0.054r2: 95333
0.001Haplotype analysis(All those frequency&0.03 will be ignored in analysis.)Loci chosen for hap-analysis: 33, 953
&&Case(freq)&&Control(freq)&&Chi2&&MonteCarlo p&&Fisher's p&&Pearson's p&&Odds Ratio [95%CI]C A*&&118.12(0.176)&&27.51(0.088)&&12.966&&-&&&&0...205 [1.422~3.420]C T*&&200.88(0.299)&&131.49(0.421)&&14.297&&-&&&&0...585 [0.443~0.774]G A*&&124.88(0.186)&&37.49(0.120)&&6.670&&-&&&&0...671 [1.128~2.475]G T*&&228.12(0.339)&&115.51(0.370)&&0.887&&-&&&&0...874 [0.661~1.156]-------------------------------------请问我的这两个位点是不是不属于连锁不平衡？如果没有连锁不平衡，单倍体分析还有意义吗？急求大侠帮助 ，论文就要交差，仍是一头雾水
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
不错的介绍 谢谢各位 :I:I
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
连锁不平衡（LD）应当从概念上去理解，在郭平仲的数量遗传学的群体遗传部分说的很清楚，建议看一下。
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
很有收获，谢谢各位！
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
学了很多~~
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
liyi3344520 提问题之前，请查阅此贴！1.遗传统计学大讨论
[精华] 2.紧急求助： 关于连锁不平衡的问题，多谢了！3,连锁不平衡系数与单倍型频率计算 4,Re:【求助】连锁不平衡的SNP位点与癌的相关性 5.我们为什么要研究"连锁不平衡" 6.请问大家什么软件能做连锁不平衡的计算呢 7.SNP连锁不平衡计算讨论帖8.询问两个概念，传递不平衡vs连锁不平衡9求助:正在自学医学遗传学，请教几个问题！10【求助】HLA-A、B、DR的连锁不平衡参数该用什么程序11.H-W平衡和连锁不平衡的矛盾? 12.菜鸟请教连锁不平衡13.求助：连锁不平衡结果分析！！！14.Re:【求助】请大家帮我分析一下连锁不平衡结果15.Re:【求助】核心家庭连锁不平衡的对照问题？ 16.Re:【交流】连锁不平衡中的D'和r2 的意义和关系
17.【紧急求助】【2分酬谢】单体型及连锁不平衡分析18.急求连锁不平衡系数的计算公式！学习了，非常感谢分享！！！
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
终于有所明白了，谢谢各位1
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
liyi3344520 提问题之前，请查阅此贴！1.遗传统计学大讨论
[精华] 2.紧急求助： 关于连锁不平衡的问题，多谢了！3,连锁不平衡系数与单倍型频率计算 4,Re:【求助】连锁不平衡的SNP位点与癌的相关性 5.我们为什么要研究"连锁不平衡" 6.请问大家什么软件能做连锁不平衡的计算呢 7.SNP连锁不平衡计算讨论帖8.询问两个概念，传递不平衡vs连锁不平衡9求助:正在自学医学遗传学，请教几个问题！10【求助】HLA-A、B、DR的连锁不平衡参数该用什么程序11.H-W平衡和连锁不平衡的矛盾? 12.菜鸟请教连锁不平衡13.求助：连锁不平衡结果分析！！！14.Re:【求助】请大家帮我分析一下连锁不平衡结果15.Re:【求助】核心家庭连锁不平衡的对照问题？ 16.Re:【交流】连锁不平衡中的D'和r2 的意义和关系
17.【紧急求助】【2分酬谢】单体型及连锁不平衡分析18.急求连锁不平衡系数的计算公式！
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
受益匪浅，谢谢
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
非常有用，谢了。
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
学习了，真的感谢！
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
谢谢楼上的大段详细解释！
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
yshtao65 连锁不平衡（LD）应当从概念上去理解，在郭平仲的数量遗传学的群体遗传部分说的很清楚，建议看一下。请问在哪里能看淡郭平仲的数量遗传学的群体遗传部分？
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
谢谢了~~对于我们初学者太重要了
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
很好，刚好需要，太感谢了
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
谢谢啦，真的很有用啊！
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
谢谢了！学习之~！
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
学习了，不过随着二代测序，这项不知有否变更
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
关于丁香园