麻烦请问下如果一个蛋白质分子量单位的分子量在8

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蛋白质习题
一、是非题 1.所有蛋白质分子中N元素的含量都是16%。 2.蛋白质是由20种L-型氨基酸组成,因此所有蛋白质的分子量都一样。 3.蛋白质构象的改变是由于分子内共价键的断裂所致。 4.氨基酸是生物体内唯一含有氮元素的物质。 5.组成蛋白质的20种氨基酸分子中都含有不对称的α-碳原子。 6.酸和酶水解蛋白质得到的氨基酸不产生消旋作用。 7.用层析技术分离氨基酸是根据各种氨基酸的极性不同。 8.用凝胶电泳技术分离蛋白质是根据各种蛋白质的分子大小和电荷不同。 9.从细胞内提取出某种物质,凡是用羧肽酶A水解不产生游离氨基酸的,可肯定地判断它是非肽物质。 10.蛋白质构象的变化伴随自由能的变化,最稳定的构象自由能最低。 11.刚性平面结构的肽单位是蛋白质主链骨架的重复单位。 12.蛋白质分子的亚基就是蛋白质的结构域。 13.同一种氨基酸的对映体旋光度相等但方向相反。 14.烷基化和烃基化都是与氨基酸的氨基发生的反应。 15.在酸性条件下茚三酮与20种氨基酸部能生成紫色物质。 16.蛋白质变性是其构象发生变化的结果。 17.脯氨酸不能维持α-螺旋,凡有脯氨酸的部位肽链都发生弯转。 18.从原子组成上可以把肽键看作是一种酰胺键.但两者并不完全相同。肽键的实际结构是一个共振杂化体,6个原子位于同一个面上。 19.甘氨酸与D-甘油醛的构型相同。 20.氨基酸自动分析仪可以鉴定除色氨酸以外的所有氨基酸。 2I.蛋日质的空间结构在很大程度上是由该蛋白质的一级结构决定的。 22.胶原蛋白在水中煮沸转变为明胶,是各种氨基酸的水溶液。 23.蛋白质和酶原的激活过程说明蛋白顺的一级结构变化与蛋白质的功能无关。 24.肌红蛋白和血红蛋白的α和
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蛋白分子量
范文一:四招判断胶原蛋白的优劣
近年来,由于胶原蛋白在保持肌肤弹性、防止皮肤衰老方面的确切功效而受到女性的青睐,许多产品的价格动辄每克几元甚至几十元,但据央视每周质量周报报道,一些商家为了牟取暴利,不但在价格上虚高,而且还以次充好,那怎么样判断胶原蛋白的优劣呢?
一、看原料:生产胶原蛋白的主要原料有两类,一是猪、牛的骨头和皮,二是鱼类的鱼鳞和鱼皮。由于猪、牛骨头和皮中含有较多的脂肪,再加上近几年口蹄疫的暴发,使用猪牛骨头和皮生产胶原蛋白的厂家越来越少,高端的胶原蛋白几乎都是以鱼鳞或者鱼皮为原料;
二、看工艺:生产胶原蛋白的工艺有化学法和酶法(生物法)两种,所谓化学法,就是用强酸或者强碱等化学制剂把原料中的胶原蛋白分解出来,然后回收酸或碱,同时把胶原蛋白和其他杂质分离,由于酸碱法会破坏原料中的活性物质,而且生产过程中严重腐蚀设备、对环境造成污染,现在已基本被淘汰;所谓酶法,就是以一种或者多种生物酶在常温下对原料进行分解,然后通过分子膜把低分子的胶原蛋白分离出来;
三、看分子量:国内外学术界已拿到充分的临床试验证据,证明分子量1000道尔顿以下的胶原蛋白在口服吸收和外用美容方面都有明显
效果。空军总医院皮肤科、北京军区总医院、西苑中医院等权威医院的临床研究表明,分子量小于1000道尔顿的胶原蛋白,不管是口服还是外用,其吸收率均超过90%;
四、看氨基酸含量:氨基酸是构成蛋白质的基本单位,是蛋白质生成的前体,但并不是所有的氨基酸都能构成胶原蛋白,其中的脯氨酸、羟脯氨酸、甘氨酸、谷氨酸、精氨酸是构成胶原蛋白最重要的几种氨基酸,理论上说,上述氨基酸的含量越高,胶原蛋白的吸收越好。以猪牛骨头为原料并且采用化学法生产的胶原蛋白肯定不含氨基酸,所以也不会有任何美容的效果,以鱼鳞、鱼皮为原料采用生物法生产的胶原蛋白,上述氨基酸含量一般可以达到30%以上,少数生物技术先进的可以达到50%,这样的胶原蛋白,只要使用1、2次(不管是口服还是外用)美容的效果都非常明显。
范文二:中分子量蛋白Marker I
使 用 说 明 书
包 装 量:
度:每种蛋白约0.1-0.2mg/ml在1×loading Buffer
储运温度:收到产品后分装冻存,避免反复冻融降解蛋白,-20℃ (长期保存请置于-70℃ )(用于小胶5ul/次
可用20次 用于大胶10ul /次 可用10次)
制品说明:本产品是由6种蛋白质分别纯化后混合而成的蛋白质溶液,分子量范围为14KD-94KD,经SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳后,用考马斯亮蓝R-250(Coomassie Blue R-250)染色后可得清晰的7条蛋白带。建议使用分离浓度为12%~15%。
适用胶浓度:最优适用于12% (37.5:1 丙烯酰胺:双丙烯酰胺)的聚丙烯酰胺凝胶。 该Marker也可用于8-15%的胶。胶浓度为8-10% 时蛋白Marker中低分子量的蛋白易于同染料前沿跑在一条线上不易区分,在12-15%的胶上及梯度电泳中,所有的条带都能锐利清晰分开。
推荐上样量:
20ul 胶厚度大小 0.75mm thick mini 1.5mm thick mini 0.75mm thick large 1.5mm thick large
操作步骤:
3. 室温融解Marker或37- 40°C 温浴几分钟使之融解,混匀均一,不要高温加热。 为避免污染最好分装保存以备使用,取所需体积的Marker置于一干净离心管中并封好口。
上样并进行 SDS-PAGE电泳。
4. 该Marker适用于考马斯亮蓝, 银染或其他蛋白染色方法。
注意:银染比考马斯亮蓝染色敏感度高10~100 倍,相应的银染需要减少用量。
6. 变性蛋白Marker储存于-20°C。
在非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳中不要使用该Marker,因为在该Marker的储存缓冲液中存在SDS。
质量检测:
5ul 的该 Marker 用于 12% 的凝胶进行SDS-PAGE电泳 (mini gel)并用考马斯亮蓝R-250染色,能得到6条亮度相同的锐利条带。
NOT FOR HUMAN OR DRUG USE
范文三:南京林业大学实验报告
实验四 蛋白质分子量的测定
SDS—聚丙烯酰胺凝胶电泳法
一、实验原理
1.聚丙烯酰胺凝胶电泳( PAGE )是根据被分离物质所带的电荷多少及其分子大小、形状的不同,在电场的作用下,产生不同的移动速度而分离的方法。它具有电泳和分子筛的双重作用。
2.SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳( SDS-PAGE) ,是在聚丙烯酰胺凝胶系统中引进SDS(十二烷基硫酸钠)。
3.SDS是阳离子去污剂,作用有四:去蛋白质电荷、解离蛋白质之间的氢键、取消蛋白分子内的疏水作用、去多肽折叠。(空间构象破坏)
4.蛋白质与SDS分子按比例(1.4gSDS/g蛋白质)结合,形成带负电荷的SDS-蛋白质复合物,其负电荷远远超过了蛋白质分子原有的电荷,因而降低或消除了各种蛋白质分子之间天然的电荷差异,由于SDS与蛋白质的结合是按重量成比例的,因此在进行电泳时,蛋白质分子的迁移速度取决于分子大小。
5.当分子量在15KD到200KD之间时,蛋白质的迁移率和分子量的对数呈线性关系,符合下式:logMW=K-bX,
式中:MW为分子量,X为迁移率,k、b均为常数。
若将已知分子量的标准蛋白质的迁移率对分子量对数作图,可获得一条标准曲线,未知蛋白质在相同条件下进行电泳,根据它的电泳迁移率即可在标准曲线上求得分子量。
二、凝胶的原理
1.聚丙烯酰胺(Acr)单体和交联剂 N , N –亚甲基双丙烯酰胺(Bis 在催化剂的作用下聚合成含有酰胺基侧链的脂肪族长链。相邻的两个链通过亚甲基桥交联起来就形成三维网状结构的聚丙烯酰胺凝胶。
2.双丙烯酸铵决定交联形成的程度,丙烯酰胺决定决定交联的长度 3.常用的催化剂(包括催化剂和加速剂)
(1)过硫酸铵 (AP) – TEMED (四甲基乙二胺)系统
在 Acr 和 Bis 的溶液中放入这个催化系统后,过硫酸铵 [(NH4)2S2O8 ] 产生出游离氧原子使单体成为具有游离基的状态,从而发生聚合作用。聚合的初速度和过硫酸铵浓度的平方根成正比。这种催化系统需要在碱性条件下进行(pH8.8)。
(2)核黄素– TEMED 系统
这是一个光激发的催化反应。核黄素在光照下分解,被还原成无色型,但在有氧条件下,无色型又被氧化成有游离基的黄素环,使聚合作用开始。
4.凝胶的浓度:
常用的所谓标准胶是指浓度为 7.5 %的凝胶,大多数生物体内的蛋白质在此
胶中电泳都能得到满意的结果。当分析一个未知样品时,常常先用 7.5 %的标准凝胶或用4%~ 10%的凝胶梯度来试测,选出适宜的凝胶浓度。
5.SDS-PAGE电泳系统有两种:
(1)连续聚丙烯酰胺电泳系统:凝胶全部有分离胶组成,不具备浓缩效应。 (2)不连续的聚丙烯酰胺电泳系统:由浓缩胶和分离胶组成。
通过浓缩效应、电荷效应和分子筛效应 ,使蛋白质在进入分离胶之前,快、慢离子之间浓缩成一薄层,有利于提高电泳的分辨率。
三、 实验试剂:
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
Acr(acrylamide)/Bis 储备液 10% (w/v) SDS : TEMED(四甲基乙二胺)
过硫酸铵 (AP):10%现配现用 Tris-HCL缓冲系统,
分离胶缓冲液(1.5 mol/L Tris-HCl, pH 8.8) 浓缩胶缓冲液(0.5 mol/L Tris-HCl, pH 6.8
电极泳缓冲液:使用的Tris-甘氨酸缓冲系统:pH 8.3内含SDS 样品缓冲液(62.5 mmol/L Tris-HCl, pH 6.8 ) 染色液(考马斯亮蓝 R-250) 脱色液:( 甲醇:冰醋酸:水=4:1:5) 溴粉兰:0.1%
四、实验步骤:
l. 贮液配制:
? 应注意:
(1)配好的贮液用棕色瓶盛装置冰箱内保存,可放 l ~ 2 个月。
(2)过硫酸铵应当天配制。
(3)如有不溶物要过滤。
(4)显色液用前再混和。
(5)电极缓冲液用时稀释 10 倍。
2. 安装夹心式垂直板电泳槽
3.配胶:采用不连续系统
1)分离胶的制备(10ml,12%):
4. 样品的处理及点样:
将提取的蛋白质(或标准蛋白)中加入等体积的上样缓冲液,混匀,置于沸水浴中加热5min,冷却后经10000rpm离心15min,取上清液点样。 5.电泳:
将制好胶的电泳槽放入底座中,加入电极缓冲液,上层液中加入溴粉兰指示剂,连接好电泳仪,开始电泳。
浓缩胶恒压75V,分离胶恒压120V,电泳时间约90min。 6.染色和脱色:
? 当蓝色染料迁移至距离橡胶框下缘 1 cm 时,电泳结束。
? 将胶剥离,放入容器中,用蒸馏水清洗2-3遍,倒入染色液染色2-3h或静置过夜。
染色结束后,用蒸馏水冲洗胶2-3遍,以清除多余的染料,倒入脱色液,置于脱色摇床上脱色,中间换1-2次脱色液,直至背景色完全脱掉。 ? 附: 样品的制备
称取植物材料 1 g ,放入研钵内,加 pH8.0 提取液 1 mL ,于冷水浴中研成匀浆,然后以 2 mL 提取液分几次洗入离心管,在高速离心机上以 8000 rpm 离心 10min
注意事项 :
制备凝胶应选用高纯度的试剂,否则会影响凝胶聚合与电泳效果。
五、实验结果
logMV=K-bX
由图线得:K= 8.44
六、反思总结
本次实验操作十分复杂并且耗时长,所以我们就以理论方式来完成这次实验。通过学习理论知识我知道这次实验有一定的危险性,所以在做实验时就要需要注意人身安全。
范文四:蛋白质分子量的测定(SDS---聚丙烯酰胺凝胶电泳)
一、实验目的
1、 了解SDS-PAGE法测定蛋白质的原理;
2、 掌握SDS-PAGE法测定蛋白质的方法与操作步骤。
二、实验原理
SDS是一种阴离子去污剂,当其与蛋白质混合,重量比达到1.4克/1克时,SDS能破坏蛋白质分子间以及其他物质分子间的非共价键使蛋白质的构象发生变化,继而使蛋白质变性解离成单一亚基,从而降低或消除了各种蛋白质分子间的天然电荷差异,形成SDS-蛋白质负离子,因此,当电泳时,蛋白质分子的迁移率取决于其分子大小,当蛋白质分子量在1.2X104~16.5X104之间时,蛋白质的迁移率和分子量的对数呈直线关系,符合下列方程。
LogMW=K-bm
(LogMW为分子量的对数,K、b为常数,m为迁移率)
若将已知分子量的标准蛋白质的迁移率对分子量的对数作图,可获得一条标准曲线,未知蛋白质在相同条件下进行电泳根据它的电泳迁移率即可在标准曲线上求得其分子量。
三、实验准备
1、 实验所需试剂与作用
2、 实验所需仪器设备
四、实验步骤
1、 电泳槽的安装:干燥的两块玻璃板装入配套塑料夹套内,垂直固定在电泳槽上,周边用
1.5%的琼脂密封。
2、 按比例配好分离胶,用移液管快速加入,大约5厘米左右,之后加少许蒸馏水,静置40分钟。
( 注:凝胶配制过程要迅速, 催化剂TEMED要在注胶前再加入,否则凝结无法注胶。注胶过程最好一次性完成,避免产生气泡。)
3、 用滤纸把水吸干,按比例配好浓缩胶,连续平稳加入浓缩胶至离边缘5mm处,迅速插入样梳,静置40分钟。(样梳需一次平稳插入,梳口处不得有气泡,梳底需水平。) 4、拔出样梳后,在上槽内加入缓冲液,没过锯齿时可拆去底端的琼脂糖。(要使锯齿孔内的气泡全部排出,否则会影响加样效果。)
5、样品处理:将各种标准蛋白质和待测样品分别溶于蛋白质处理液(浓度2mg/ml),在沸水中加热3~4min,待冷却后作点样用。
6、点样:用微量注射器分别吸取标准蛋白质样品液5μl,按分子量(从小到大)的顺序注入样品槽内的浓缩胶面上,同时吸取待测样品液25μl,注入其它样品槽内,在样品上小心地注入电极缓冲液。(注:注射器不可过低,以防刺破胶体,也不可过高,在样下沉时会发生扩散。)
7、电泳:加样完毕,两槽注入电极缓冲液,接通电源(上负下正),调节电流为10mA,当指示剂进入分离胶后,电流需加大到20mA,电压恒定在40~90伏之间,约3~4h后,指示剂达到距前沿1~2cm时,可终止电泳。 8、固定:置凝胶于固定液2小时或过夜。
9、染色和脱色:将已固定的凝胶先用蒸馏水洗一次,然后置于染色液中4小时。将凝胶置于 脱色液中重复漂洗至背景清晰为止,加温50~60℃会加速脱底色。亦可用电脱色。 10、测量各管凝胶长度,和蛋白质区带移动距离。 五、实验结果
本次实验结果失败。 六、结果及分析
本次实验所用的过硫酸铵已经失效。所制的分离胶,浓缩胶都不能凝固。
范文五:蛋白质分子量分解问题的模型
针对实验室拥有或不拥有计算机的情况下,要求出组成蛋白质分子得可能组合问题,本文建立了一般的n元一次线性方程通用模型,利用“动态规划”算法编写FORTRAN程序求解解的数目(如:当X=1000时,解的个数为28268个)。
然而,蛋白质分解解的个数随X的增大以指数关系增加,程序运算时间也随X的增大以指数增长,针对此种情况,本文考虑了三种简化模型,即“考虑含氮范围的模型、考虑含氮量模型、已知只含几种特定氨基酸模型”,并对模型进行运算验证;进一步,根据约束条件编写FORTRAN程序,具体求解出可能解的数目及具体的各种氨基酸组成,使研究人员更加方便的对求解结果进行判断,最终,较快的求解出该种蛋白质的具体成分。
另外,文章对通用模型和简化模型都进行了测试,针对不同的对应的解的个数和计算机运行时间作了分析,根据程序输出的多组数据拟合出了“N-X曲线”和“T-X曲线”;由“曲线”函数可知随着X的增大,解的个数和计算机运行时间呈指数函数递增。
关键词:n元一次线性方程
可能解 一、 问题重述
生命蛋白质是由若干种氨基酸经不同的方式组合而成。在实验中,为了分析某个生命蛋白质的分子组成,通常用质谱实验测定其分子量x (正整数),然后将分子量x分解为n个已知分子量a[i](i=1,.......,n)氨基酸的和的形式。某实验室所研究的问题中:n=18, x?1000,a[i](i=1,.......,18)分别为57, 71, 87, 97, 99, 101, 103, 113, 114, 115, 128, 129, 131, 137, 147, 156, 163, 186
要求针对该实验室拥有或不拥有计算机的情况作出合理解答,使在实验室中能够较快且简单的算出可能的氨基酸组成。
二、 问题分析与模型假设
蛋白质分子量很大且缺乏计算机的情况下,求解需要复杂繁琐的数学计算过程,耗时巨费且容易出现错误,因而只在理论上可解,实际中,该方法不可行。
考虑实验室解决该问题的具体实际情况(包括仪器设备、人员素质),需要具体考虑实验室的实验条件,搜集实验室够得到的实验数据;根据具体实验数据建立相关实际模型,编写FORTRAN程序求解问题;根据实际条件及分析,作出如下假设:
1. 给定的蛋白质分子量X与氨基酸分子量a[i]值是准确的,没有测量误差; 2. 假设所有被测定的蛋白质均由给定分子量的这20种氨基酸构成, 而不
含有其它种类的氨基酸;且构成生命蛋白质的主要氨基酸有两对氨基酸的分子量相等,故为18种相对分子质量;
3. 题中的氨基酸的相对分子质量(已除去一分子水),相加求和得到的理论
∑n分子量与实际存在误差,即:因此,假设氨基酸水化时,1a[i].xi≥X;
脱去水的数量误差对实际分子量的影响忽略不计;
4. 假设氨基酸分子结合过程中是任意排列组合的, 不存在互斥或互补现象,
即任何两种氮基酸都可以同时存在于同一个蛋白质中, 没有任何一种氨基酸的存在是以其它氨基酸的存在为前提的。实际中这一假设是成立的; 5. 假设在蛋白质中, 每种氨基酸存在的概率是相等的, 不存在某种必须存
在的氨基酸;
6. 假设该实验室拥有测定物质化学性质的仪器
三、 符号系统
a[i],i=1,2,…,17,18:第i种氨基酸的实际分子量
e[i],i=1,2,…,17,18:第i种氨基酸的分子中N原子个数
,i=1,2,…,17,18:某种蛋白质分子中各组成氨基酸的数目
X: 蛋白质分子的实际分子量
Pn:由凯氏定氮法测得的蛋白质含氮量 四、 模型建立与求解 (一)
N元一次线性方程通用模型
根据所给定的分子量X及a[i]测定蛋白质的组成,实际就是求n元线性方程∑n1a[i].xi=X 的所x的整数解的问题。
因此,在没有任何约束条件的情况,根据假设建立一般的通用模型是:
∑a[i].xi=X
{xi为非负整数(i=1,2…18)
解这个模型的一般方法是采用穷举方法,编写循环算法的程序求解。从理论上说, 采用枚举法可以求出此方程式的全部非负整数解,但实际上, 若采用循环思想编写程序,计算耗时巨费、效率低下,且当X很大时, 方程式的全部解指非负整数解的个数是一很大数目如(当X=1000时,解的个数为28268个);并且解的个数随X的增大以指数关系增加(见图一),又因为蛋白质都要达到一定的大小才能够发挥对新陈代谢的调节作用等生理作有关于用,所以一般的生命蛋白质的分子量在600~1000000道尔顿之间, 所以即使利用计算机也难以得出全部解同时大量的解,故针对一般的通用模型求解采用循环枚举方法无实际意义。
针对循环算法耗时巨费的问题,我们采用“动态规划”的程序算法、利用FORTRAN语言编译程序,算出已测定分子量的蛋白质的所有可能解(当X=1000时,计算出结果28268种可能结果仅耗时1s左右)。利用matlab画出N-X图、T-X图,有:解的个数随X的增大以指数关系增加(图一),程序运算时间也随X的增大以指数增加(图二),以此确定可以采用“动态规划”程序求解一般模型的X范围,确定采用简化模型的X的范围。
(二) 建立补充约束条件的简化模型
本问题为大规模离散数学问题,由于通用模型求解耗时巨费、可能解的数量巨大且存在大量无意义的解。因此,需要根据实验室的具体情况建立若干补充的约束条件, 以尽可能多地消除无实际意义的解、减少解的数量,加快求解速度。
1. 已知蛋白质氮含量的范围
根据现有的科学知识知道“生命蛋白质中氮含量约在15%~17%之间”,据此建立含氮量模型:
∑a[i].xi=X
∑[]14ei.xi1 15%<<17%
{xi为非负整数(i=1,2…18)
通过在(一)部分的基础模型上加上含氮量范围的约束条件,使得符合要求的氨基酸组成数量以及运算时间相对减少,具体数据如下表所示:
从上表中我们可以看出加了关于蛋白质氮含量范围的约束条件后蛋白质分子量在1000以内时,其组成种类有所减少,但当蛋白质分子量大于1000后,结果仍然是过于庞大而失去实际意义,比如当X=1500,解的个数为341950,因此,要想获得更加少的、精确的结果,我们需要更多的约束条件。
2.已知蛋白质中氮的准确含量
∑a[i].xi=X
18[]∑14ei.xi1 =Pn
{xi为非负整数(i=1,2…18)
经过查阅资料,我们了解到在生物实验室中可以通过凯氏定氮法、显色反应
等科学实验比较精确地测定蛋白质的含氮量。因此,当我们获得了一个蛋白质分子得氮含量Pn后,便可以通过上面的方程大大减小结果的范围甚至直接获得精确解。
3.已知蛋白质中含有的氨基酸种类
假设实验室拥有一台氨基酸分析仪,于是便可以确定一种蛋白质仅由几种特定的氨基酸组成,设氨基酸种类为m,显然m ?18,则模型为:
∑a[i].xi=X
{xi为非负整数(i=1,2…,m)
五、 模型分析与结论
本文建立的一个通用模型和三个简化模型,其中n元一次线性方程通用模型适用范围最广,最具有一般性。无论蛋白质分子量X 和氨基酸分子量a[i]取值如何,模型总是有效的,不失一般性,但由于解的个数繁多,运算也相对繁琐。在实验室拥有计算机的情况下,本文采用FORTRAN语言并运用“动态规划”算法编译程序,运行效率较高,时间较短;但随着X 的增大,解的个数和运算时间呈指数增加,经过测试X=2200时,运算时间t≥1000s,整数解个数 ≥1. 7 1 8 个,程序还有待改进之处。因此,在此基础上并考虑到不同实验室的设备条件和获取以上信息的能力不同,建立了三个简化模型,以满足不同的实际情况的需要。
另外,通用模型的建立思想和分析方法对其它可建立n元一次线性方程模型的同类问题具有一定的指导意义。 模型的误差分析
(1)X的测定误差是影响结果正确的一个重要因素如果的测量值与真实值相差,其结果将会有很大的变化;(2)a[i]的测量误差对模型的结果也会有一定的影响;(3)在生命蛋白质含氮量的约束条件中, 关于含氮量的范围在不同的资料中有点不同,本文选取的数值可能会引起误差;(4)凯氏定氮法测量的是一定数目的蛋白质中总的含氮量,当根据比例将其化为一个蛋白质分子中的含氮量时可能会产生误差。 模型的优点
我们给出的一系列模型,特别是最一般的模型,适用范围较广,这主要表现在无论增大氨基酸的种类还是增加其他的约束条件,它总是有效的。除此之外,模型的结果不仅能够给出所有可能的组成测量的蛋白质的种数,同时还能够列出相应的不同氨基酸的个数,因而我们的模型对于分析蛋白质组成这一问题有着实际意义;
考虑到不同实验室的设备条件和获取以上信息的能力不同, 我们给出了不同模型以满足不同的实际情况的需要;
我们建立这些模型的方法和思想对其它类似问题也很适用, 象多糖等类似高分子化合物的组成分析,我们只需改变模型中的某些参数就可作类似分析 模型的缺点
模型的缺点仍然在于如何解决模型给出的解数目太多的问题例如当时最一般的模型给出了个解、改进的模型中最多可以将其减少到几个。然而一般来说,蛋白质的分子量都在2000以上,那么解的个数即使是改进的模型也将仍然是个庞
大的数字。改进的模型中,由于约束条件对试验数据的要求较严格, 因而我们构造的某些测试数据可能是不现实的,从而某些模型中得到了不太理想的结果;一些模型所加入的约束条件可能也有不太现实的;蛋白质合氮量的约束条件只是基于一般情况而没有考虑例外情况
六、 参考文献
[1].程龙.张云军.赵蕊.蛋白质氨基酸的组合问题.中国知网.
[2]. 孙浩,史团委,柏建韦,刘扬,倪克闯. 蛋白质分子量分解问题数学模型
及求解[J] 中国论文在线.
[3].赵静,但琦.数学建模与数学实验[M],北京:高等教育出版社,2008
程序代码一:通用模型求解程序代码
!PROG: 分子量分解 LANG: FORTRAN
RECURSIVE SUBROUTINE F(I,X,N)
IMPLICIT NONE
INTEGER,INTENT(IN)::X,I
INTEGER,INTENT(OUT)::N
INTEGER::J
INTEGER,DIMENSION(18)::Q
Q=(/57,71,87,97,99,101,103,113,114,115,128,129,131,137,147,156,163,186/)
IF(I>18) RETURN
IF(MOD(X,Q(I))==0) N=N+1
IF(X<Q(I)) RETURN
DO J=0,X/Q(I)-1
CALL F(I+1,X-Q(I)*J,N)
!状态转移方程X(n+1)=X(n)—S(n)
ENDSUBROUTINE
PROGRAM DBZ
IMPLICIT NONE
INTEGER::X,N,I
REAL::time_begin, time_end
CALL CPU_TIME ( time_begin )
CALL F(I,X,N)
CALL CPU_TIME ( time_end )
PRINT *, 'Time of operation was ', time_end - time_begin, ' seconds'
!输出运算所用的时间
!输出组成个数 END PROGRAM
程序代码二:简化模型程序代码
!PROG: 分子量分解 LANG: FORTRAN
RECURSIVE SUBROUTINE F(I,X1,X,S,N)
IMPLICIT NONE
INTEGER,INTENT(IN)::X,I,X1
INTEGER,INTENT(OUT)::N
INTEGER::J
INTEGER,INTENT(INOUT)::S
INTEGER,DIMENSION(18)::Q,M,K=0
Q=(/57,71,87,97,99,101,103,113,114,115,128,129,131,137,147,156,163,186/)
M=(/14,14,14,14,14,14,14,14,28,14,28,14,14,42,14,56,14,28/)
IF(I==18.AND.MOD(X,Q(I))==0) THEN
PRINT*,K ,"----"
IF(I>18) RETURN
IF(MOD(X,Q(I))==0.AND.SUM(K)>=0.15*X1.AND.SUM(K)<=0.17*X1) THEN
IF(X<Q(I).AND.MOD(X,Q(I-1))==0) THEN
K(I-1)=(X/Q(I-1))*M(I-1)
PRINT*,K,"----"
IF(X<Q(I)) RETURN
DO J=0,X/Q(I)-1
K(I)=J*M(I)
CALL F(I+1,X1,X-Q(I)*J,S,N)
ENDSUBROUTINE
PROGRAM DBZ
IMPLICIT NONE
INTEGER::X,N,I,S=0,X1
CALL F(I,X1,X,N,S)
PRINT*,N,S
!输出符合氮范围的蛋白质组成的种类 END PROGRAM
附录二:20种常见氨基酸的名称,分子式和分子量
预染蛋白质分子量标准 产品编号
P0067 产品名称 包装 预染蛋白质分子量标准产品简介:
? 碧云天生产的预染蛋白质分子量标准(Prestained Protein Molecular Weight Marker)包含了从19kD
到117kD共6种纯化的预染蓝色蛋白质(见右图),适合作为SDS-PAGE或Western的蛋白质分子量
标准。特别适合在Western时使用,这样在转膜后可以直接清楚地观察到转膜效果。
本预染蛋白质分子量标准已经配制在1X的SDS-PAGE上样缓冲液中,可以直接使用,无需煮
根据上样孔的大小,本预染蛋白质分子量标准通常每次上样5-10微升,就可以在电泳时、电泳
后或转膜后观察到非常清楚的蛋白条带。 ? ?
包装清单:
— 产品名称 包装 预染蛋白质分子量标准管 说明书 1份
保存条件:
-20℃保存,一年有效。
注意事项:
? 本预染蛋白质分子量标准不可在100℃加热或煮沸。 本预染蛋白质分子量标准用1X SDS-PAGE上样缓冲液配制,不适用于非变性PAGE
胶。 预染蛋白质分子量标准每一批次的分子量大小有所不同,属正常现象。请参考随产品 所附的说明书确定精确的分子量。 为了您的安全和健康,请穿实验服并戴一次性手套操作。
使用说明:
1. 在上样时根据加样孔的大小每孔上样5-10微升预染蛋白质分子量标准。
2. 通常电泳至蓝色的溴酚蓝基本上到达凝胶的底部时停止电泳。
3. 对于预染蛋白质分子量标准,在电泳时、电泳后或转膜后都可以观察到如右图的清晰条带。
使用本产品的文献:
1. Dong X, Wang JN, Huang YZ, Guo LY, Kong X.
Cell - penetra ting Peptide PEP - 1 - med ia ted Tran sduction of Enhanced Green Fluorescent Prote in in to Human Aortic SmoothMuscle Cells.
J YMC. ):71.
2. Deng XQ, Chen LL, Li NX.
The expression of SIRT1 in nonalcoholic fatty liver disease induced by high-fat diet in rats.
Liver Int. ):708-15.
3. Dong X, Wang JN, Tang JM, Pan GD, Huang YZ, Yang JY, Cao SF.
Cell2penetrating pep tide PEP21 mediated transmembrane delivery of enhanced green fluorescent p rotein in vivo of mouse.
Basic & ClinicalMedicine. July 2007;Vol.27 No.7.
4. Cai H, Yin D, Zhang L, Yang X, Xu X, Liu W, Zheng X, Zhang H, Wang J, Xu Y, Cheng D, Zheng M, Han Y, Wu M, Wang Y.
Preparation and biological evaluation of 2-amino-6-[18F]fluoro-9-(4-hydroxy-3-hydroxy-methylbutyl) purine (6-[18F]FPCV) as a novel PET probe for imaging HSV1-tk reporter gene expression.
Nucl Med Biol. ):717-25.
5. Dong X, Wang JN, Huang YZ, Guo LY, Kong X.
Cell-penetrating Peptide PEP-1-mediated Transduction of Enhanced Green Fluorescent Protein into Human Colorectal Cancer SW480 Cells.
Chinese Journal of Cancer.):216-219.
6. Cheng BQ, Jiang B, Bao J.
Construction and expression of ga lectin2 3 shRNA recombinant vector and its effect on prolifera tion ra te of colorecta l cancer lovo cells.
J FourthMilMedUniv.).
7. Deng XQ, Cheng JL, Zhang YP, Li NX, Chen LL.
Effects of caloric restriction on SIRT1 expression and apoptosis of islet beta cells in type 2 diabetic rats.
Springer Verlag. 2009.
范文七:蛋白质分子量标准(宽)
Protein Molecular Weight Marker (Broad)
使 用 说 明 书
TaKaRa Code:D532A
度:18 μg/μl
●制品内容(约
200次量) 5×Loading Buffer 1000 μl 1 M DTT(Dithiothreitol) 100 μl
●制品说明
Protein Molecular Weight Marker(Broad Range)是由九种纯化好的不同分子量的蛋白质组成的,它的分子量范围为:6.5 KDa~200 KDa。进行聚丙烯酰胺凝胶电泳时,经考马斯亮蓝R-250染色后的各种蛋白质的条带强度均一。每微升本制品的蛋白量为18
μg,稀释20倍后进行聚丙烯酰胺凝胶电泳,每次取5 μl(for SDS-PAGE mini gel)。以每次使用5 μl(20倍稀释液)计算时本制品约可使用
次。 ●保存条件
制品原液可在-20℃下长期保存,制品的20倍稀释液可在-20℃下保存2~3个月,制品的原液和制品的20
倍稀释液都应避免多次反复冻融。
●制品中的各种蛋白质种类
蛋白种类 来
源 MW(Da) 肌球蛋白 猪
200,000β半乳糖苷酶 大肠杆菌 116,000磷酸酶b 兔子肌肉
97,200 牛血清蛋白 牛 66,409 卵清蛋白 鸡蛋白 44,287 碳酸苷酶 牛 29,000 胰蛋白酶抑制剂 大豆 20,100 溶菌酶 鸡蛋白 14,300 抑肽酶
●使用注意
推荐使用5~20%的聚丙烯酰胺梯度凝胶。浓度太低时,低分子量的蛋白迁移速度快于溴酚兰;浓度太高时,高分子量的蛋白分离效果不好,有可能聚集于分离胶的上部。
●使用方法
首先按以下方法配制“稀释液”。
5×Loading Buffer 20 μl
* 稀释液可于室温下放置一个月左右。
按以下方法稀释本制品。 稀释液
灭菌蒸馏水 73 μl
* 20倍的制品稀释液可在-20℃下保存2~3个月,但应避免多次反复冻融。如果一次稀释量较多时,可以小
量分装后在-20℃下保存,以避免反复冻融。
3. 均匀混合后,100℃加热处理5分钟,然后取
5 μl进行5~20%的聚丙烯酰胺凝胶电泳(for
SDS-PAGE mini gel)。 4. 5~20%聚丙烯酰胺梯度凝胶电泳、12%聚丙烯酰胺凝胶电泳后,经考马斯亮蓝R-250染色后的结果如下。
97.266.444.3
44.329.029.0
20.120.114.314.36.5
范文八:PAGE测定蛋白质分子量
一、实验目的
1. 理解SDS-PAGE测定蛋白质分子量的原理
2. 掌握垂直板电泳的操作方法
3. 掌握运用SDS-PAGE测定蛋白质分子量
二、实验原理
带电质点在电场中向带有异相电荷的电极移动,这种现象称为电泳。
聚丙烯酰胺凝胶是由单体丙烯酰胺和交联剂N,N-甲叉双丙烯酰胺在催化剂和加速剂的作用下聚合并联成三维网状结构的凝胶,以此凝胶为支持物的电泳称为聚丙烯酰胺凝胶电泳(简称PAGE)。
蛋白质在普通PAGE凝胶中的电泳速度取决于蛋白质分子的大小、分子形状和所带电荷量。而SDS-PAGE凝胶电泳在样品及电泳缓冲溶液中加入了SDS。
SDS(十二烷基磺酸钠)是一种阴离子去污剂,它能破坏蛋白质分子之间及其他物质分子之间的非共价键,使蛋白质变性解离成亚基,并且和蛋白质亚基结合成带负电荷的蛋白质-SDS棒状复合物。
当蛋白质样品中加入SDS后,由于SDS与蛋白质分子的结合,使蛋白质分子带上大量的负电荷,其电荷量远远超过蛋白质分子原来所带的电荷量,因而掩盖了不同蛋白质之间的电荷差异。同时,所有蛋白质-SDS复合物的形状均近似于长的椭圆棒,他们的短轴是恒定的,约1.8nm。而长轴与蛋白质分子量的大小成正比,从而又消除了不同蛋白质分子之间分子形状的差异。这样电泳的速度只取决于蛋白质分子量的大小,蛋白质分子在电泳中的相对迁移率和分子质量的对数成直线关系。可用下式表示:
lgM?A?B?de do
(de =样品迁移距离,do=电泳前沿距离,A、B均为常数)
以标准蛋白质分子质量的对数和其相对迁移率作图,绘制出标准曲线,根据所测样品的相对迁移率,从标准曲线上便可查出其分子质量。
该方法快速、简便、分辨率高,在很多情况下超过超速离心、常用的层析及一般的电泳技术,是一种既经济又快速测量分子量的方法。并且所需样品少,可同时测定多个样品,是实验室常用的蛋白质分子测定方法之一。
三、实验所需的试剂与仪器
(一)试剂
1. 凝胶贮备液
丙烯酰胺29.2g和亚甲基双丙烯酰胺0.8g重蒸水溶解后,定容至100ml,棕色试剂瓶4℃保存,30天内使用。
2. 分离胶缓冲液:1.5mol/L Tris-HCl,pH8.8。
18.15 gTris,少许重蒸水溶解,用1M HCl调pH8.8,重蒸水定容至100ml,4℃保存。
3. 浓缩胶缓冲液:0.5mol/LHCl,pH6.8。
6gTris,少许重蒸水溶解,用1M HCl调pH6.8,重蒸水定容至100ml,4℃保存。
10%SDS,室温保存。
Tris3g,甘氨酸14.4g,SDS1.0g加重蒸水溶解定容至1000ml,4℃保存。
7. 低分子量标准蛋白质。
开封后溶于200
μl重蒸水,加200μl
2倍样品缓冲液,分装20小管,-20℃9. 染色液
0.25g考马斯亮蓝R250,加入40ml甲醇,10ml冰醋酸,蒸馏水定容至100ml,过滤。
10. 脱色液
50ml甲醇,75ml冰醋酸与875 ml重蒸水混合。
11. 待测蛋白样品。
12. 1%琼脂糖(最好用电极液配)
(二)器材?
1. 直流稳压电泳仪。
2. 垂直平板电泳槽(含玻璃板、夹条、梳齿、夹子等)。
3. 移液器(5.0ml、1.0ml、200μl)。
4. 微量注射器(20μl、100μl)。
5. 烧杯、培养皿、试管、滴管、直尺。
6. 脱色摇床
四、操作方法
1. 将所需器材洗净晾干。
2. 把玻璃板在灌胶支架上固定好,并1%琼脂糖封玻璃板两侧及底部。
3. 按比例配好分离胶,用移液管快速加入,大约5厘米左右,之后加少许
分钟至浓缩胶完全聚合。
缓冲液液面要高过点样孔,下槽要没过电极,没过锯齿时可拆去底端的琼脂糖。
始电流恒定在10mA,当进入分离胶后改为20mA,溴酚蓝距凝胶边缘约5mm时,停止电泳。
8.撬开玻璃板,将胶小心取出,置于一大培养皿中,加入染色液,染色1小时(摇床,37℃)。
9.倾出染色液,用蒸馏水漂洗数次后,加入脱色液脱色(摇床,37℃),每脱色15min后换一次脱色液,直至背景清晰。
10.用直尺分别量出标准蛋白质、待测蛋白质区带中心以及溴酚蓝前沿距分离胶顶端的距离,按下式计算相对迁移率(R):
相对迁移率 = 样品迁移距离(cm)/ 指示剂迁移距离(cm)
以标准蛋白质Mr的常用对数(lgMr)对相对迁移率作图,得到标准曲线。根据待测蛋白质样品的相对迁移率,从标准曲线上查出其相对分子量的常用对数,再换算出其相对分子量。
【注意事项】
1. 固定玻璃板时,两边用力一定要均匀,防止夹坏玻璃板。
2. 凝胶配制过程要迅速,催化剂TEMED要在注胶前再加入,否则凝结后无法注胶。注胶过程最好一次性完成,避免产生气泡。
3. 水封的目的是为了使分离胶上沿平直,并排除气泡。
4. 样梳需一次平稳插入。梳口处不得有气泡,梳底需水平。
5. 为避免边缘效应,最好选用中部的孔注样。注射器不可过低,以防刺破胶体,也不可过高,在样下沉时会发生扩散。
6. 剥胶时要小心,保持胶完好无损。
7. 用SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳法测定蛋白质相对分子量时,必须同时作准曲线。不能利用上次的标准曲线作为本次使用。
8. 有些蛋白质由亚基(如血红蛋白)或两条以上肽链(α-胰凝乳蛋白酶)组的,它们在巯基乙醇和SDS的作用下解离亚基或多条单肽链。此,对这一类蛋白质,SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳法测定的只是它们的亚基或是单条肽链的相对分子量。
9. 有的蛋白质(如:电荷异常或结构异常的蛋白质;带有较大辅基的蛋白质)不能采用该法测相对分子量。
10. 如果该电泳中出拖尾、染色带的背景不清晰等,可能是SDS不纯引起。
五、参考文献
1. 汪建雄,隋秀芝,陈育晖等,用SDS-PAGE电泳法测定小分子多肽分子量的研究[J]. 丝绸,2001(12)
2. 陈芳,陈久存,CHEN Fang等,蛋白质凝胶电泳及染色方法的几点改进
[J]. 安康学院学报,)
3. 田亚平,周楠迪,生化分离原理与技术[M]. 化学工业出版社,176~184
4. 李林,生物化学与分子生物学实验指导[M]. 人民卫生出版社,102~105
5. 吴士良,生物化学与分子生物学实验教程[M]. 科学出版社,43~48 6. 李惠芳,生物化学实验[M]. 中国医药科技,84~87
7. SDS-PAGE测定蛋白质的分子量,
/view/71a123d333d4b14e8524682e.html
8. SDS-PAGE测定蛋白质分子量及蛋白质的纯度鉴定,
http://www.yaojia.org/451.html
9. SDS-PAGE测定蛋白质的相对分子量,
10. SDS-PAGE测定蛋白质的相对分子量,
/view/79f0aa03de80d4d8d15a4fa4.html
11. SDS—聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)测定蛋白质分子量,
范文九:SDS-PAGE测定蛋白质分子量
一、实验目的
1、学习SDS-PAGE测定蛋白质分子量的原理。 2、掌握垂直板电泳的操作方法。
3、运用SDS-PAGE测定蛋白质分子量及染色鉴定。l 二、实验原理
1、带电质点在电场中向带有异相电荷的电极移动,这种现象称为电泳。电泳分类:移动界面电泳、区带电泳、稳态电泳。其中区带电泳是在半固相或胶状介质上加一个点或一薄层样品溶液,然后加电场,分子在支持介质上或支持介质中迁移。支持介质的作用主要是为了防止机械干扰和由于温度变化以及大分子溶液的高密度而产生的对流。区带电泳早期使用不同的支持介质有滤纸、玻璃珠、淀粉粒、纤维素粉、海砂、海绵、聚氯乙烯树脂;以后有淀粉凝胶、琼脂凝胶、醋酸纤维素膜,现在则多用聚丙烯酰胺(PAGE)和琼脂糖凝胶。
2、PAGE根据其有无浓缩效应,分为连续系统和不连续系统两大类,连续系统电泳体系中缓冲液pH值及凝胶浓度相同,带电颗粒在电场作用下,主要靠电荷和分子筛效应。不连续系统中由于缓冲液离子成分,pH,凝胶浓度及电位梯度的不连续性,带电颗粒在电场中泳动不仅有电荷效应,分子筛效应,还具有浓缩效应,因而其分离条带清晰度及分辨率均较前者佳。
3、SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳,是在聚丙烯酰胺凝胶系统中引进SDS(十二烷基磺酸钠), SDS能断裂分子内和分子间氢键,破坏蛋白质的二级和三级结构,强还原剂能使半胱氨酸之间的二硫键断裂,蛋白质在一定浓度的含有强还原剂的SDS溶液中,与SDS分子按比例结合,形成带负电荷的SDS-蛋白质复合物,这种复合物由于结合大量的SDS,使蛋白质丧失了原有的电荷状态形成仅保持原有分子大小为特征的负离子团块,从而降低或消除了各种蛋白质分子之间天然的电荷差异,由于SDS与蛋白质的结合是按重量成比例的,因此在进行电泳时,蛋白质分子的迁移速度取决于分子大小。当分子量在15KD到200KD之间时,蛋白质的迁移率和分子量的对数呈线性关系,符合下式:logMW=K-bX,式中:MW为分子量,X为迁移率,k、b均为常数,若将已知分子量的标准蛋白质的迁移率对分子量对数作图,可获得一条标准曲线,未知蛋白质在相同条件下进行电泳,根据它的电泳迁移率即可在标准曲线上求得分子量。
SDS电泳的成功关键之一是电泳过程中,特别是样品制备过程中蛋白质与SDS的结合程度。影响它们结合的因素主要有三个:
1)溶液中SDS单体的浓度,当单体浓度大于1mmol/L时大多数蛋白质与SDS结合的重量比为1:1.4,如果单休浓度降到0.5 mmol/L以下时,两者的结合比仅为1: 0.4这样就不能消除蛋白质原有的电荷差别,为保证蛋白质与SDS的充分结合,它们的重量比应该为1:4或1:3
2)样品缓冲液的离子强度。SDS电泳的样品缓冲液离子强度较低,通常是10~100mmol/L 3)二硫键是否完全被还原
采用SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳法测蛋白质分子量时,只有完全打开二硫键,蛋白质分子才能被解聚,SDS才能定量地结合到亚基上而给出相对迁移率和分子量对数的线性关系。因此在用SDS处理样品同时往往用巯基乙醇处理,巯基乙醇是一种强还原剂,它使被还原的二硫键不易再氧化,从而使很多不溶性蛋白质溶解而与SDS定量结合。有许多蛋白质是由亚基(如血红蛋白)或两条以上肽链(如胰凝乳蛋白酶)组成的,它们在SDS和巯基乙醇作用下,解离成亚基或单条肽链,因此这一类蛋白质,测定时只是它们的亚基或单条肽链的Mr。已发现有些蛋白质不能用SDS-PAGE测定分子量。如电荷异常或构象异常的蛋白质,带有较大辅基的蛋白质(某些糖蛋白)以及一些结构蛋白,如胶原蛋白等。一般至少采用两种方法测定未知样品的分子量,互相验证。
4、PAGE电泳中各种成分及其作用:
过硫酸铵:凝胶聚合的催化剂(过量会使离子强度升高。), 四甲基乙二胺:加速剂。(碱性条件下容易聚合)
丙烯酰胺与双丙烯酰胺:二者总浓度及相对比例决定凝胶的孔径、交联度,硬度及弹性。
浓缩胶与分离胶
浓缩胶:胶浓度低,交联度低,pH=6.7,蛋白带负电荷少,大孔胶。 pH=6.7时,电极缓冲液中甘氨酸负离子解离较少(慢离子),氯离子是快离子,蛋白迁移速率介于两者中间,局部电位梯度大,(快离子移动快,形成局部低电导区,产生高电位,使移动加快)从而产生浓缩效应。
分离胶:胶浓度高,交联度高, pH=8,蛋白带负电荷多,小孔胶, pH=8.0时,电极缓冲液中甘氨酸负离子解离较多,与氯离子一样,迁移速度加快,蛋白迁移速率最慢,部电位梯度小。 三、实验试剂和器材
1、材料:低分子量标准蛋白试剂盒,蛋白质样品。
30%丙烯酰胺,10%SDS(十二烷基磺酸钠),1.5mol/L pH8.9 Tris-HCl缓冲液,0.5mol/LpH6.8Tris-HCl缓冲液,10%过硫酸铵(AP),TEMED(四甲基乙二胺),样品缓冲液液,固定液,染色液,脱色液,SDS 电极缓冲液,琼脂糖。
垂直板电泳装置,直流稳压电源,移液管,滤纸,微量注射器,大培养皿。
4、部分凝胶制备
分离胶:12.5%,分离胶缓冲液3ml,丙烯酰胺贮备液5ml,10%过硫酸胺120ul,水4ml,TEMED12ul,混匀后灌胶,水封。
浓缩胶:5%,浓缩胶缓冲液3ml,丙烯酰胺贮备液1ml,10%过硫酸胺60ul,
水2ml,TEMED6ul。混匀,待分离胶凝固后,到去水,灌胶。 四、实验步骤
1、垂直电泳装置的装配:将玻璃板洗净晾干,在玻璃条两侧均匀涂抹凡士林
后,夹在两玻璃板之间两侧,固定在灌胶支架上。
2、灌胶:用琼脂凝胶将玻璃下端封好后,按比例配好的分离胶迅速加入玻璃
板之间,高度约玻璃板的2/3,加入少许水,静置40min,待凝固后,倒出水,并用滤纸把剩余的水分吸干,按比例配好的浓缩胶,连续平稳的加入浓缩胶至边缘5nm处,迅速插入样梳,静置40min,凝固后,在上槽内加入缓冲液后,拔出样梳。
3、加样:取10ul标准蛋白溶解液于EP管内,再加入10ul 2倍样品缓冲液,上样量为10ul。同样处理样品,用微量注射器距离槽底1/3处进样,加样前,样品在沸水浴中加热30min,去掉亚稳态聚合。
4、电泳:电泳槽内加入缓冲液,接通电源,进行电泳,开始电流恒定在10mA,当进入分离胶后改为20mA,溴酚蓝距离凝胶边缘5mm时,停止电泳。
5、凝胶板剥离与染色:电泳结束后,撬开剥离板,待凝胶板做好标记后放在大培养皿中,加入染色液,染色1h左右。
6、脱色:染色后的凝胶板用蒸馏水漂洗数次,再用脱色染液脱色,直至蛋白质区带清晰。 五、实验结果及分析 1)实验数据记录
染料的迁移距离=5.6厘米 2)绘制标准曲线
相对迁移率=蛋白质分子迁移距离/
染料迁移距离
以每个蛋白标准的分子量对数对它的相对迁移距率作图的得到标准曲线。量出未知蛋白的迁移率即可测出其分子量。这样的标准曲线只对同一块凝胶上样品的分子量测定才具有可靠性。
此标准曲线:lgMr=-1.233*相对迁移率+5.166
样品1的相对迁移率为0.464,由标准曲线得到其相对分子质量的值为 4.594 ,则其分子量应为 39264
样品2的相对迁移率为0.536,由标准曲线得到其相对分子质量的值为4.505 ,则其分子量为
样品3的相对迁移率为0.607,由标准曲线得到其相对分子质量的值为 4.418 ,则其分子量应为 26182
。 可能由于上样量少的原因,标准蛋白质分子那几条带不是很明显,导致结果存在偏差.
六、思考题
1、在不连续体系SDS-PAGE中,当分离胶加完后,需在其上加一层水,为什么? 答:加一层水的作用有下:
1)隔绝空气,防止分离胶中挤入空气。 2)降低温度,加速分离胶的凝固。
3)使分离胶上表面平整,即分离胶与浓缩胶相接面平衡,蛋白质分离效果好。 2、样品溶解液中各种试剂的作用是什么?
答:1)SDS的作用:SDS能断裂分子内和分子间氢键,破坏蛋白质的二级和三级结构,强还原剂能使半胱氨酸之间的二硫键断裂,蛋白质在一定浓度的含有强还原剂的SDS溶液中,与SDS分子按比例结合,形成带负电荷的SDS-蛋白质复合物,这种复合物由于结合大量的SDS,使蛋白质丧失了原有的电荷状态形成仅保持原有分子大小为特征的负离子团块,从而降低或消除了各种蛋白质分子之间天然的电荷差异,由于SDS与蛋白质的结合是按重量成比例的,因此在进行电泳时,蛋白质分子的迁移速度取决于分子大小。
2)巯基乙醇的作用:巯基乙醇是一种强还原剂,能使半胱氨酸之间的二硫键断裂,这样蛋白质被解聚,SDS才能定量地结合到亚基上。
3)溴酚蓝的作用:使蛋白质样品呈现蓝色,电泳时,可通过溴酚蓝的迁移距离来估测样品的位置。
4)甘油的作用:甘油可以使样品密度加大,使样品尽可能多的进入点样孔,而不易漂散。
5)Tris—Hcl的作用:缓冲的作用,保证PH的平衡与稳定。
3、在不连续体系SDS-PAGE中,离胶与浓缩胶中均含有TEMED和AP,述其作用?
答:1)TEMED即四甲基二乙胺,是一种加速剂,(碱性条件下易聚合)。
2)AP即过硫酸铵,是凝胶聚合的催化剂,(过量会使离子强度升高)。
范文十:常见蛋白质分子量参考值(单位:dalton)
肌球蛋白[myosin]
甲状腺球蛋白[thyroglobulin]
β-半乳糖苷酶[β-galactosidase]
副肌球蛋白[paramyosin]
磷酸化酶a[phosphorylase a]
血清白蛋白[serum albumin]
L-氨基酸氧化酶[L-amino acid oxidase]
地氧化氢酶[catalase]
丙酮酸激活酶[pyruvate kinase]
谷氨酸脱氢酶[glutamate dehydrogenase]
亮氨酸氨肽酶[glutamae dehydrogenase]
γ-球蛋白,H链[γ-globulin, H chain]
延胡索酸酶(反丁烯二酸酶)[fumarase]
卵白蛋白[ovalbumin]
醇脱氢酶(肝)[alcohol dehydrogenase (liver)]
烯醇酶[enolase]
醛缩酶[aldolase]
肌酸激酶[creatine kinase]
胃蛋白酶原[pepsinogen]
D-氨基酸氧化酶[D-amino acid oxidase]
醇脱氢酶(酵母)[alcohol dehydrogenase (yeast)]
原肌球蛋白[tropomyosin]
甘油醛磷酸脱氢酶[dlyceraldehyde phosphate dehydrogenase] 36,000
乳酸脱氢酶[lactate dehydrgenase]
胃蛋白酶[pepsin]
转磷酸核糖基酶[phosphoribosyl transferase]
天冬氨酸氨甲酰转移酶,C链[aspertate transcarbamylase, C chain]
羧肽酶 A[carboxypeptidase A]
碳酸酐酶[carbonic anhydrase]
枯草杆菌蛋白酶[subtilisin]
γ-球蛋白,L链γ-blobulin,L chain[]
糜蛋白酶原(胰凝乳蛋白酶原)[chymotrypsinogen
胰蛋白酶[trypsin]
木瓜蛋白酶(羧甲基)[papain (carboxymethyl)]
β-乳球蛋白[β-lactoglobulin]
18,400 17,500
肌红蛋白[myoglobin]
烟草花叶病毒外壳蛋白(TWV外壳蛋白)[TWV coat protein
天门冬氨酸氨甲酰转移酶,R链[aspartate transcarbamylase, R
chain] 17,200
血红蛋白[h(a)emoglobin] 17,000
Qβ外壳蛋白[Qβ coat protein]
溶菌酶[lysozyme]
R17外壳蛋白[R17 coat protein]
核糖核酸酶[ribonuclease或RNase]
细胞色素C[cytochrome C]
糜蛋白酶(胰凝乳蛋白酶)[chymotrypsin]

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