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welcometoo
请问PCR，real time PCR和Q-PCR引物设计有什么区别？此外，real time PCR扩增产物片段多大才合适？想做目的片段700bp(mRNA)的表达情况，该如何着手呢？看资料上还有什么内参外参呀什么的，晕晕的！
Re:PCR,real time PCR,Q-PCR引物设计区别?
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这也是我不明白的地方
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利用QPCR做相对定量的时候涉及到内参，一般扩增片段大小最好不要超过200bp，否则对扩增效率影响较大。一般的PCR就看你的目的是什么，如果涉及到半定量，利用QPCR引物也是可以的。rael time PCR跟QPCR应该是同一个意思，都是定量PCR37什么是DNA甲基化DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下，在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5'碳位共价键结合一个甲基基团。正常情况下，人类基因组“垃圾”序列的CpG二核苷酸相对稀少，并且总是处于甲基化状态，与之相反，人类基因组中大小为100—1000 bp左右且富含CpG二核苷酸的CpG岛则总是处于未甲基化状态，并且与56％的人类基因组编码基因相关。人类基因组序列草图分析结果表明，人类基因组CpG岛约为28890个，大部分染色体每1 Mb就有5—15个CpG岛，平均值为每Mb含10．5个CpG岛，CpG岛的数目与基因密度有良好的对应关系[9]。由于DNA甲基化与人类发育和肿瘤疾病的密切关系，特别是CpG岛甲基化所致抑癌基因转录失活问题，DNA甲基化已经成为表观遗传学和表观基因组学的重要研究内容。38什么是基因组注释？基因组注释(Genomeannotation) 是利用生物信息学方法和工具,对基因组所有基因的生物学功能进行高通量注释,是当前功能基因组学研究的一个热点。基因组注释的研究内容包括基因识别和基因功能注释两个方面。基因识别的核心是确定全基因组序列中所有基因的确切位置。39什么是Q30？Q30是指一个碱基的识别可靠性等于99.9%，或者说出错可能性是0.1%。Q20则是指碱基识别的可靠性等于99%。Q30数据量是指一批数据中，质量高于等于Q30的数据的量的总和。40测序数据的PF data/PF reads是什么意思？PF是pass filter的意思。也就是质量合格的意思。Illumina的测仪序会自动地对一个read(序列)的质量可靠性进行打分。对于前25个碱基中的是否有两个碱基的识别可靠性低于0.6，是PF的判断标准。这句话翻译成较容易理解的话: 就是前25个碱基中，如果低质量的数据有2个或更多，则这条read被判定为不合格，PF就不通过。反之，则质检通过。PF是国际公认的质检标准。数据质量标准？对于哺乳动物基因组重测序、外显子测序，数据质量是Q30的比例高于80%。对于mRNA测序，smRNA测序，对照Lane的数据质是Q30的比例高于80%。一般情况下:哺乳动物基因组重测序、外显子测序，GC比例在40%左右，Q30的比例是80~95%RNA-seq，GC比例在50%左右，Q30的比例是~80%。如果Poly(A)特别多的情况下，Q30会更低一些SmRNA-seq，因为有许多的read读通之后，只剩下一串的A，质量会更低，我们的实验结果%Q30在70~75%41测序中的Duplication是什么，如何避免，一般会有多少Duplication?所谓Duplication是指起始与终止位置完全一致的片段。引起Duplication的主要原因是因为在测序中有PCR过程，来源于同一个DNA片段PCR的产物被重复测序，就会是Duplication。次要原因是正巧两个片段的头和尾的位置完全一致。一般通过控制PCR的循环数来控制Duplication。一般控制PCR的循环次数在10~12个循环。42测序的插入片段一般是100bp到600bp.因为Hiseq测序过程中有一个桥式PCR的过程。如果插入片段过长，测桥式PCR产生的Cluster就会太大，而且光强也会减弱。所以插入片段的长度是有限制的。生信人(gh_be8b125d5abc)　
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本文结合各方面资料归纳总结了三代基因测序的发展历史、原理、优劣势，以及国内外布局的公司等。第三代单分子动植物全基因组De novo测序SIFT——预测氨基酸替代是否影响蛋白功能SIFT是预测氨基酸替代是否影响蛋白功能的开放性工具，由A*STA看看有没有你研究物种的基因组？上一期发布了大多数植物基因组（消息框输入 基因组
即可获得），下面把剩余的也贴出来了。在拉出大的列表之前，带电颗粒在电场作用下，向着与其电性相反的电极移动，称为电泳(electrophoresis, EP)。利用带电粒子在电场中移动速度不同而达到分离的技术称为电泳技术。Southern Blot实验原理Southern Blot用于凝胶电泳分离的酶切后DNA片段混合物中的特定一、质疑能力；二、归纳总结能力；三、逻辑分析能力；四、自省能力；五、自学能力；六、勇气；七、献身精神；八、联想能力；九、异想天开能力检索基因的注释信息，在我们平常的学习和工作中经常会遇到，现总结归纳一下，好备不时之需。今天写下此帖，并不是在教你使坏，经验所得。希望能给刚进入实验室或者即将进入的各位朋友有点启示。现有的转录组组装技术主要有三大方向：基于参考序列的组装，从头组装，两者结和。继续看吧！通过各种手段（选择清除分析、比较基因组学分析、转录组分析）获得的行驶某种功能的某基因，如果进行实验的验正呢？一般分为：基因上调（基因转染法）、基因下调（基因干扰法）后看蛋白表达水平、细胞功能改变、在体动物模型中相关功能的变化等。circos在线绘制的技能，你有get到吗？（1）从http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/index.html下载最新版在线BLAST，有没有你不知道的用法！引物设计干货！看看哪些名词你不知道？基因组文章常规分析内容研究这篇文章主要针对硬骨鱼MHCII（非特异性免疫）区缺失、MHCI（非特异性免疫）区扩张进行研究的。主要结论也很简单，MHCII区缺失大概是因为为了可以游的更远，关闭一套免疫系统，减少能量消耗，而MHCI扩张，更多的是一种代偿的作用。在NGS数据中，Unique reads指的是只能map到一个位置的reads。要判断一条read是否uni 看完之前高大尚的二代测序及三代测序，下面回归我们的本源一代测序。这可是测序的金标准！小编本次先带领大家如何特别福利：关注 "解螺旋" 微信公众号，回复关键词"9月"可索取2016年9月资源包：PCR实验宝典。作者：转录组分析是经久不衰，持续火热的分析，其分析内容有章可循，其常规的套路，你有get到吗？日Nature Genetics 在线发表由浙江大学和百迈客公司合作研究的芥菜基因组~还在愁那么大的转录组、基因组原始数据，要下到猴年马月吗？还在愁下个基因组数据源还要下几个小时吗？今天就教一下大家如何更加快速的（可都是几Mb/s的速度奥）下载NCBI数据，包括转录组、基因组原始数据SRA文件和基因组组装及注释数据！随着ncbi数据库各种资源的涌现，NCBI已经成为科研工作者必不可少的工具了。那么各位小伙伴们，你能说出NCBI有多少数据库吗？有哪些实用的工具吗？不知道的就进来看看吧！NCBI收录的最新动物基因组更新情况表昨天未贴完的动物基因组更新情况以及近年来测序动物基因组情况，供大家查阅！基因组是物种研究的基础，如果基因组组装的都有问题，说明就是一堆废纸，后面的分析再出花，也是渣。但是组装的好的话，虽然贵，但是价值也非常大。
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1、什么是OTU 、PCA、RDA？
答：OTU（Operational Taxonomic Units）是在系统发生学研究或群体遗传学研究中，为了便于进行分析，人为给某一个分类单元（品系，种，属，分组等）设置的同一标志。
PCA即主成分分析。将多个变量通过线性变换以选出较少个数重要变量的一种多元统计分析方法。
RDA即冗余分析，对比主成分分析可以发现，其实冗余分析就是约束化的主成分分析。
2、什么是Reads、Run、Barcode？
答：Reads: 高通量测序平台产生的序列标签就称为reads。
Run：指高通量测序平台单次上机测序反应。
Barcode：与Index同义，多指在Roche GS FLX 454测序平台的16S PCR产物的测序过程中接头序列所包含的的用来区分不同样本的序列。
3、什么是高通量测序（NGS）？
答：高通量测序技术是对传统Sanger测序革命性的改变, 一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定, 因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing，NGS )足见其划时代的改变, 同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能, 所以又被称为深度测序(Deep sequencing)。
4、高通量测序平台和DGGE分析环境微生物多样性，它们之间的区别？
答：一般认为土壤、海洋、肠道等生态系统中的微生物数量繁多、种类多样。传统的培养方法只限于对环境样品中极少部分（0.1%-1%）可培养的微生物类群的研究。 DGGE技术操作复杂、成本高、痕量菌发现困难，在其实验结果中往往只含有数十条条带，只能反映出样品中的优势种群，也无法得到细菌种类的绝对数量。而高通量测序技术能同时对样品中的优势种群及微量的劣势种群进行检测，获得样品中的微生物群落组成，并将其含量进行数字化，而且每个样品的测序量达到普通测序的几百倍，而单条序列的测序费用远低于普通测序。
5、Misq平台和罗氏454平台之间的区别在于？
答：罗氏454高通量测序技术能同时对样品中的优势物种、稀有物种及一些未知的物种进行检测，获得样品中的微生物群落组成，并将其含量进行数字化。测序费用比较高，后期数据分析比较麻烦。MiSeq高通量测序平台集中了Roche 454和Illumina HiSeq 2500的优点，不仅可实现对多样品的多个可变区同时测序，而且在测序速度和测序通量上都有进一步提升，而且测序费用相对于罗氏454便宜很多，后继分析没有那么麻烦。
6、做高通量平台分析整个实验周期是多少天？
答：根据不同客户的要求，实验周期也不尽相同。我们在接到客户提供的样品后，即刻进行实验，至全部实验及数据分析结束，一般控制在40个工作日内完成。
7、需要多少测序量？
答：由于不同环境样品的物种成分、丰度都各不相同，所需的测序量也不一样。我们会根据合作伙伴样品的具体情况及研究目的，进行测序深度数据库检索，给合作伙伴提供合理建议。
8、测序条数？
答：我们保证单个样本测序条数高于1.8万条/样本，样本平均测序条数高于3万条/样本。同时可以按照客户需求增加测序条数。
9、实验结果含那些数据？
答：我公司提供以下数据分析：
a. 汇总统计全部的测序结果。
b. 将全部序列进行比对，进行聚类/OTU划分， 列出每个OTU的代表序列。
c. 种属鉴定，与SILVA数据库进行比对，判断每类OTU详细的分类信息。
d. 热图分析
e. PCA分析
f. 根据测序序列与标准菌株序列，建立系统发育树分析。
h. VENN 图
i. RDA 分析
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微基生物――解码微生物的奥秘 肠道微生物多样性分析方案 （高通量测序illumina Miseq2*300bp
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微基生物科技（上海）有限公司 1 / 20 微基生物――解码微生物的奥秘 目 录 一、 引言...................................................................................................................................3 二、
分析流程：.......................................................................................................................3 2.1
技术路线：........................................................................................................................3 2.2
生物信息学分析流程........................................................................................................3 三、
微生物多样性分析服务标准：.......................................................................................4 四、
粪菌样本采集、存储及运输...........................................................................................4 粪便采集方式：.......................................................................................................................4 样本采集量：...........................................................................................................................4 样本存储：...............................................................................................................................4 运输方式：...............................................................................................................................4 五、
主要分析结果...................................................................................................................5 5.1
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分类学信息统计分析
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