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蛋白质组学
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Publisher: Springer-Verlag蛋白组学技术研究有氧运动影响C57BL/6小鼠骨骼肌代谢系列报道之三——有氧运动对胰岛素抵抗小鼠骨骼肌抗氧化相关蛋白的影响"Effects of Aerobic Exercise on Skeletal Muscle Metabolism in C57BL/6 Mice with Proteome Analysis" Report 3: Effects of Aerobic Exercise on the Antioxidant Proteins in Skeletal Muscle of C57BL/6 Mice with Insulin Resistance
褚晓蕾;牛燕媚;袁海瑞;刘效磊;尹苗苗;孙迟;黄雯;傅力;
目的:采用蛋白组学技术研究有氧运动对胰岛素抵抗(insulin resistance,IR)小鼠骨骼肌总蛋白表达的影响,通过分析差异表达蛋白,研究骨骼肌组织抗氧化相关蛋白在有氧运动后的表达变化,探讨其在有氧运动改善IR中的作用。方法:选取4周龄C57BL/6雄性小鼠80只,随机分为正常饮食组(NC,n=20)和IR模型组(n=60),分别饲以基础和高脂饲料10周。10周后经检测空腹血清胰岛素水平(fasting insulin,FIN)和口服葡萄糖耐量试验(oralglucose tolerance test,OGTT)鉴定模型是否成立。取40只成模小鼠再次随机分为高脂饮食安静组(HC)和高脂饮食运动组(HE)。HE组运动方案采用75%VO2max的有氧跑台训练,持续6周。6周后提取各组小鼠股四头肌总蛋白,经Bradford法检测蛋白浓度后进行蛋白质双向电泳(2-DE),采用ImageMaster 2D Platinum V5.0软件分析2-DE电泳图谱,并对所选取信号点用基质辅助激光解吸附离子化飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-fight massspectrometry,MALDI-TOF-MS)和高效液相色谱-串联谱法(liquid-chromatography-tandemmass spectrometry,LC-MS/MS)进行分析,经Mascot检索软件结合NCBI nr数据库鉴定差异表达蛋白后,使用相关统计软件对所得数据进行统计学分析。结果:10周高脂饮食后,高脂饮食组小鼠FIN水平比正常饮食组增加50%,OGTT曲线峰值时间点显著后移并出现平台期,证明10周高脂饮食可诱导小鼠产生IR。经过6周有氧跑台运动,HE组小鼠FIN水平较HC组下降17.2%,OGTT曲线峰值下降且时间点前移,平台期消失,表明6周有氧运动可显著改善IR小鼠症状。蛋白组学检测设定1.5倍为筛选差异表达蛋白的标准,据此比较HC组与HE组蛋白表达,共发现表达差异蛋白22个,运动后14个蛋白表达下调,8个蛋白表达上调。与抗氧化相关的蛋白为热休克蛋白27(heatshock protein27,HSP27),为运动后新增蛋白;超氧化物歧化酶(super oxide dismutase,SOD)运动后表达增加3.30倍。结论:6周有氧运动可显著增加小鼠骨骼肌抗氧化相关蛋白HSP27和SOD的表达,改善高脂饮食诱导的IR。
关键词： 有氧运动;胰岛素抵抗;蛋白组学研究;小鼠
国家自然科学基金();;
天津市应用基础及前沿技术重点研究计划(09JCZDJC17400)共同资助
参考文献：
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[8]曹志成,余坚文,梁荣能.蛋白质组学—引领后基因组时代.中国生物工程杂志,):33-38.
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[11]尹苗苗、牛燕媚、袁海瑞,等.蛋白组学技术研究有氧运动影响C57BL/6小鼠骨骼肌代谢系列报道之一——有氧运动对胰岛素抵抗小鼠骨骼肌脂代谢相关蛋白的影响.中国运动医学杂志,):618-624.
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[15]Aguirre V,Uchida T,Yenush L,et al.The c-jun NH(2)-terminal kinase promotes insulin resistance during association with insulin receptor substrate-1 and phosphorylation of Ser(307).Biol Chem,):.
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[19]刘群.2型糖尿病患者血清超氧化物歧化酶与丙二醛含量的测定及其临床意义.河北医药,):666-667.
[20]林文弢,黄森,翁锡全,等.运动及补充芦荟对糖尿病大鼠血清抗氧化酶活性的影响.中国运动医学杂志,):51-54.
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标题: 【专题讨论】蛋白质组学(Proteomics)研究工作该如何深入？
摘要: [【专题讨论】蛋白质组学(Proteomics)研究工作该如何深入？] 蛋白质组学(Proteomics)发展到今天，单凭双向电泳(two-dimensional electrophoresis)和质谱已经很难发高层次的文章了，工作需要深入。然而如何深入，从哪方面深入，运用什么实验方法深入，相信这些是困扰着像我一样的新手们的难题。 因此我真诚的邀请大家在这里畅所欲言，谈谈自己的高见。一个人的意见很可能会给其他战友重要的启示，毕竟这对我们来说是一个太重要的问题。 关键词:[蛋白质组学 双向电泳 质谱]……
蛋白质组学(Proteomics)发展到今天，单凭双向电泳(two-dimensional electrophoresis)和质谱已经很难发高层次的文章了，工作需要深入。然而如何深入，从哪方面深入，运用什么实验方法深入，相信这些是困扰着像我一样的新手们的难题。 因此我真诚的邀请大家在这里畅所欲言，谈谈自己的高见。一个人的意见很可能会给其他朋友重要的启示，毕竟这对我们来说是一个太重要的问题。
2-D电泳找出差异点，质谱鉴定蛋白，皆针对结果而言。从蛋白质组反推到基因组，找出事物发生的原因应该是面临的主要工作，但现在觉得很多搞基因组的不愿意搞蛋白质组，搞蛋白质组的又不愿意搞基因组，再加上中间又多个表观遗传，所以经常是2头下衔接不上。如肿瘤，大家知道，皆由突变引起。如果用蛋白质组学(Proteomics)方法发现差异点，无外乎要么上调，要么下调，要么丢失，要么多一个或多几个。接下来就要检测RNA水平，那么QRT-PCR就要用上了。如果RNA和蛋白不一致，这就变成个很麻烦的事情。如果一致，那么再找DNA。如果RNA 与DNA不一致，还要分析更多原因。如：NMD以及表观遗传，诸如什么CpG island甲基化，5"UTR和3"UTR等非编码区的突变等等。当然还有蛋白之间和蛋白与DNA间相互作用的问题，这个就更复杂。比如你查到蛋白A的水平有变化，其实是由蛋白B的突变而导致的。还有更多的复杂机制。反之，基因组学研究经常使用LoH，CGH, FISH等方法来找出差异的等位基因来分析肿瘤的诱因。总之，我觉得蛋白质组要想发好文章，还是要回到基因水平上来阐明机制和机理。个人愚见，水平有限。
请教各位高手，从蛋白质组反推到基因组，现在一般采用什么技术和方法，请多多赐教啊
我博士准备做蛋白组，学校要求发SCI2.0毕业，不知道，做现在做2-DE能否发2.0的文章了？所以想请教大家蛋白组做到什么样程度才能发高档次文章
作DIGE发2.0应该没什么问题。觉得好像上个质谱就能弄个proteomics.作蛋白质组很幸运了，如果你做分子学，细胞学，拼死拼活累3年下来，工作做了不少，要拿到能发生文章的有用数据很难。我想起以前我老板说的话，说干分子生物学的与做2-D上质谱这种相比，想说一句话太难了。
真的吗，害怕做不出东西，毕不了业
tiger22 的话给了我很大启发，这里我有一个问题，用质谱的方法得到了蛋白的序列后一定可以找到编码这个蛋白的基因序列吗，或者mRNA序列。如果能有基因的序列，那么把工作引入分子水平不是难事。另外，如果基因组和蛋白组一起做的话，很有可能会出现蛋白的表达量与mRNA不一致的现象，我曾经见过这样的文章。我想这应该是正常现象吧，就是传说中的转录后调控，一位作者在他MCP的文章中也是这样说的。
其实这个问题很早就存在了，但是对于2DE技术加上非常好的染色方法和样品处理过程，相信会有很好的结果的。这一点就需要研究设计时一定要严谨和完善。不过这个方法本身也存在缺限，这个没有办法的。相信会随着技术发展有所进步的！
做完了银染2-D, 做了分析后，找出了差异点，也做了质谱鉴定。现在应该是要做western验证2-D 的结果吧？但是有人说买抗体很贵，应该先用rt-PCR看看是不是真的有差异，然后再买抗体，也就是说2-D结果不一定准确。不知道是不是该这样呢？万一是由于mRNA和蛋白水平表达不同而造成rt-pcr与2-d结果不符？
good discussion, Thanks a lot!!Here is my point of view, proteomics per se is just a method, that"s it, and to be honest, it is not that mature at all, so that"s why proteomics itself becomes a hot area for research. Biological validation of your proteomics data like RT-PCR, western, or even genomics surely is important for the discovery of the underlying biological mechanism, but don"t forget proteomics is not just 2DE/2DLC coupled with MS identification, it can go much far beyond that. Proteomics for PTM, interactomics, proteomics target on specific organelle or protein complex, membrane proteomics, even topology for single protein, they all add more information for unveiling the biological mechanisms.....so my point is, if you want to do something "deep" base on proteomics, you can 1 use conventional methods to validate your hypotheses derived from you proteomics data or2 use new or more "targeted" proteomics techniques to investigate the proteome further 3, if you are an engineer, develop a new proteomics workflow for a specific type of biological question/sample
I agree with cavalier_sun，many people think proteomcis is just 2-DE+MS/MS, which may explain why we are discussing the question here. protein as the major function executor in a cell, It is the most important step to explain how gene regulate or determine phenotype.
蛋白质组的研究手段现阶段主要还是双向电泳(two-dimensional electrophoresis)，而双向电泳(two-dimensional electrophoresis)说到底仅仅就是个技术，无论做多深，无非就是把技术做的好一些。每年硕士博士一毕业，得到的双向电泳(two-dimensional electrophoresis)数据一大堆，可有用的又有几个？组学到底给我们带来了什么？仅仅就是一个概念、一种技术加上一大堆越来越多的不知道意义的数据？我的 God!
Well, if trained well, an undergraduate or a technician can do 2DE or 2DLC quite well just like you can, but what"s essential is the data mining, hypotheses establishment and validation, from which you draw important biological conclusions, and that"s what a Ph.D or postdoc about.
还是可以深入的如果你得到很多差一点那么可以使用通路分析软件，分析是那个通路在其中有重要作用，就如基因芯片一样如果点少，这种情况多，就看那些点变化最明显在看文献，就能找到与他相关的东西，或许就有些有价值的东西
我是个新手，学习学习
作蛋白质组学(Proteomics)一定可以发SCI吗,我做蛋白质磷酸化的鉴定可以发什么样的文章呢?另外,请教proteomics的影响因子是多少?还有哪里作蛋白质磷酸化鉴定比较好,价钱公道!!谢谢
一些蛋白质组学(Proteomics)相关的SCI收录杂志： PROTEOMICS IF: 5.483rapid communications in mass spectrometry 2.75 (这个期刊审稿特别快，一个月基本上就有结果了，快的时候一两周就有回音)analytical chemistry 5.45 （这个期刊偏重于新技术新方法）Journal of Proteome Research IF 6.917 （这个期刊偏重于新技术新方法）Molecular & Cellular Proteomics IF 9.624 （这个期刊偏重于生物学意义）BBA-PROTEINS PROTEOM 3.311 COMP BIOCHEM PHYS D (无) Immediacy Index: 0.80. IF估计在4-5。EXPERT REV PROTEOMIC 2.991 Electrophoresis 4BBA protein and proteomics 2.1
总之，我认为对基因和蛋白的研究要基于解决临床问题。其实，要是没有肿瘤没有疾病的话，咱做什么信号通路(Signaling Pathway)是没有饭吃的。所以做实验真的不要苛求什么通路，什么相互作用，谁磷酸了谁，只要能够真的对解决实际问题有帮助，那才是真正的研究。呵呵，研究疾病是为了世界上没有疾病，没了疾病，也就没了疾病的研究。
一些蛋白质组学(Proteomics)相关的SCI收录杂志： PROTEOMICS IF: 5.483rapid communications in mass spectrometry 2.75 (这个期刊审稿特别快，一个月基本上就有结果了，快的时候一两周就有回音)analytical chemistry 5.45 （这个期刊偏重于新技术新方法）Journal of Proteome Research IF 6.917 （这个期刊偏重于新技术新方法）Molecular & Cellular Proteomics IF 9.624 （这个期刊偏重于生物学意义）BBA-PROTEINS PROTEOM 3.311 COMP BIOCHEM PHYS D (无) Immediacy Index: 0.80. IF估计在4-5。EXPERT REV PROTEOMIC 2.991 Electrophoresis 4BBA protein and proteomics 2.1这些东西在哪里查呀,Molecular & Cellular Proteomics IF 9.624 有这么高吗,和我查得不太一样呢
上次英文简单说了一点看法，有人给我加分，受到鼓励，今天多说几句，望对学弟学妹们有点用。有人把蛋白质组学(Proteomics)分为三大块：1. expression proteomics2. function proteomics3. structure proteomics目前大多数人处在第一块，也就是最基础的那一块，而且多数是2-DE+MS。这部分可能越来越多地成为类似Microarray这样的工具，当然，发现基因、与代谢组学联系等等是很重要的。第二块是目前一些基础较好的实验室正在进行的工作。可以解释很多复杂生物学过程，是传统的功能基因组学(functional genomics)所不能代替的。第三块则需要昂贵的仪器以及生物数学模拟等关键技术，只有少数实验室在进行。还有systems biology也离不开proteomics
看见这个帖子，还是想讨论一下。有个困惑的问题：假设是肿瘤，在得到2-DE的数据以后，如果发现有spots的变化，那么如何用充足的数据来证明这个变化是与肿瘤相关的？这应该是2-DE之后最先需要阐明的问题，是否筛查正常人的pool就可以说明问题呢？还是需要进一步的功能研究？望不吝赐教。
需要前人的文献我发现了一些点做到了一些有意义的东西发现了一些新的功能我觉得看与点有关的文献非常重要蛋白质组只不过是一个工具
感触颇深，可能还要用生物信息(bioinformation)学来进行分析。我的方向也和这很有关，我师兄已纯化几个活性蛋白，未用2D，是HPlC,已送做MS,可能是新的东西，请教各位前辈，我想研究它的晶体结构，可行吗。谢谢！
本人是新手，刚刚接触蛋白质组学(Proteomics)的东西，想利用蛋白质组的技术寻找到差异蛋白后，确定几个感兴趣的蛋白，在细胞水平做一点功能相关的工作，不知这样的思路可不可行
现在觉得很多搞基因组的不愿意搞蛋白质组，搞蛋白质组的又不愿意搞基因组很同意tiger22朋友的这句话。
本人通过2-DE+MS找出了几个差异蛋白，正准备进一步研究其功能，学习了。
质谱分析得出的差异蛋白，有已知的，也应该有未知的，然后可以研究未知蛋白的一级结构，再怎样研究其功能呢？请各位赐教！
本人通过2-DE+MS找出了几个差异蛋白，正准备进一步研究其功能，学习了。请问下一步怎么研究功能呢？多谢！
我想请教大家一个问题:想用质谱鉴定某个膜蛋白,如何有效将膜蛋白从细胞膜上裂解下来?如何提高膜蛋白的提取量?谢谢了
敬爱的众位前辈们，一直想请教大家：双向电泳(two-dimensional electrophoresis)的重复性不是很好，大分子蛋白和疏水蛋白很难得到，蛋白显影灵敏度很低均不能体现样品中蛋白含量的真实差异，很多有用的蛋白几乎都不能检测出来（特别是一些重要的修饰和调节蛋白都是极微量的），做双向电泳(two-dimensional electrophoresis)、质谱工作只能得到那些几乎用处不大的蛋白或已经没有研究价值的蛋白，研究差异蛋白质组学(Proteomics)的处理方式就是哪几种，把个植物弄的死去活来，我们做这些费力不讨好的工作目的到底是什么呢？我知道自己很浅薄无知，一直弄不明白这些道理，目前很受打击，很迷茫！请各位前辈们指点迷津吧！谢谢！
谁说肿瘤都是突变引起的？有几个病人都是天生的有突变致癌基因的？蛋白组为啥就必须追述到基因组阐明原因的？2-D电泳找出差异点，质谱鉴定蛋白，皆针对结果而言。从蛋白质组反推到基因组，找出事物发生的原因应该是面临的主要工作，但现在觉得很多搞基因组的不愿意搞蛋白质组，搞蛋白质组的又不愿意搞基因组，再加上中间又多个表观遗传，所以经常是2头下衔接不上。如肿瘤，大家知道，皆由突变引起。如果用蛋白质组学(Proteomics)方法发现差异点，无外乎要么上调，要么下调，要么丢失，要么多一个或多几个。接下来就要检测RNA水平，那么QRT-PCR就要用上了。如果RNA和蛋白不一致，这就变成个很麻烦的事情。如果一致，那么再找DNA。如果RNA 与DNA不一致，还要分析更多原因。如：NMD以及表观遗传，诸如什么CpG island甲基化，5"UTR和3"UTR等非编码区的突变等等。当然还有蛋白之间和蛋白与DNA间相互作用的问题，这个就更复杂。比如你查到蛋白A的水平有变化，其实是由蛋白B的突变而导致的。还有更多的复杂机制。反之，基因组学研究经常使用LoH，CGH, FISH等方法来找出差异的等位基因来分析肿瘤的诱因。总之，我觉得蛋白质组要想发好文章，还是要回到基因水平上来阐明机制和机理。个人愚见，水平有限。
rt-PCR 如果有仪器算便宜的吧，有一个哥们发现了差异，一共买了12种一抗，就验证出来了一个，老板说你真幸运....不过相比较，你如果能买得起质谱，又养得起质谱，买12个抗体也小意思了吧....不过之后再买几只基因敲除的老鼠，然后再起早贪黑的克隆出蛋白质，纯化出来，做出结构，然后再反推这样的结构能够引起那些相互作用的蛋白质的调控！恩，然后你就可以去投science了，或者发现你开始发现的差异压根就不靠谱，或者十年以后被别人证明你的东西是错误的，不过这个时候也基本快退休了，或者成为院士但是又弄了一身负面新闻....恩，这就是做生命科学的人的一种命运，做完了银染2-D, 做了分析后，找出了差异点，也做了质谱鉴定。现在应该是要做western验证2-D 的结果吧？但是有人说买抗体很贵，应该先用rt-PCR看看是不是真的有差异，然后再买抗体，也就是说2-D结果不一定准确。不知道是不是该这样呢？万一是由于mRNA和蛋白水平表达不同而造成rt-pcr与2-d结果不符？
看来大哥在蛋白界混了很久了，呵呵，说的有道理，的确，我们这里所说的蛋白质组不过是冰山一角，可能连第一个层次都无法完全触及！既然，大哥先起了头，我也来这里发发牢骚...经常有人说，我是做蛋白组学的，呵呵，好吓人的称呼，小弟愚笨，问一句“啥叫组学，加ome的都是组学的内容？”那家里蹲大学的是不是也可以研究homics呢？（不认识homics吧，呵呵，就是为了让大家不认识，h ome,明白了？）不管怎样，蛋白组就是一个概念，是一个工具，你如果是化学/物理学的大牛，可以去说自己做蛋白组的，开发新的方法，用其他的学科去发掘这个新领域！否则，我们最好踏实一点说自己是研究某种特定功能或者现象的，使用到了组学方法，但是组学就很大程度上是概率事件，那么怎么验证，你的证据何在？记得一个大牛的门户上写着Do not do fasionable research! 不知道这个比喻是否恰当，现在掀起的争相蛋白组的情景，就像是全国人追阿甘一样，阿甘那么跑对你的意义真有那么大么？估计赚了最大便宜的是那些借助这个活动发财的公司吧（agilent，thermo....）大家手里的实验经费都是国家从那些农民工，从那些老一辈人嘴里手里抠出来的，我们大部分人也是工薪阶级的孩子，这些钱被我们这样稀里糊涂的用，大家心安么？劝大家有朝一日成为老板，或者即将成为老板，还是踏踏实实的做一点实验，发现一点对民众有用的东西，别光想着赶时髦，所有的审稿人都不是傻子，你真发现一点东西，不会因为你用的技术比较老就不相信你的，nature上面经常有通篇是克隆，western的文章啊，用流行的话说，那种人发的不是文章，是寂寞，能耐得住寂寞常年做western不多了....看了这些，估计是砖头乱飞了....上次英文简单说了一点看法，有人给我加分，受到鼓励，今天多说几句，望对学弟学妹们有点用。有人把蛋白质组学(Proteomics)分为三大块：1. expression proteomics2. function proteomics3. structure proteomics目前大多数人处在第一块，也就是最基础的那一块，而且多数是2-DE+MS。这部分可能越来越多地成为类似Microarray这样的工具，当然，发现基因、与代谢组***系等等是很重要的。第二块是目前一些基础较好的实验室正在进行的工作。可以解释很多复杂生物学过程，是传统的功能基因组学(functional genomics)所不能代替的。第三块则需要昂贵的仪器以及生物数学模拟等关键技术，只有少数实验室在进行。还有systems biology也离不开proteomics
如果你师兄都纯化出来了，那你算捡了一个大便宜，恭喜你了！不管是不是新东西，只要这个蛋白质结构未知就可以搞，why not？说实话，做结晶现在多半也是运气，你找个运气好的技术员干就行了，现在都有机械手，花钱买现成的screen kit，你是新人，测试那部分基本就是让你看就行了，然后你就在电脑前玩软件就好了前体是你老板有条件方便做衍射...Do it!感触颇深，可能还要用生物信息(bioinformation)学来进行分析。我的方向也和这很有关，我师兄已纯化几个活性蛋白，未用2D，是HPlC,已送做MS,可能是新的东西，请教各位前辈，我想研究它的晶体结构，可行吗。谢谢！
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标题: [专题讨论贴]蛋白质组学(Proteomics)研究工作该如何深入？
摘要: [[专题讨论贴]蛋白质组学(Proteomics)研究工作该如何深入？] 蛋白质组学(Proteomics)发展到今天，单凭双向电泳(two-dimensional electrophoresis)和质谱已经很难发高层次的文章了，工作需要深入。然而如何深入，从哪方面深入，运用什么实验方法深入，相信这些是困扰着像我一样的新手们的难题。 因此我真诚的邀请大家在这里畅所欲言，谈 关键词:[蛋白质组学 蛋白质组 肿瘤 基因组 质谱 基因 双向电泳 序列]……
蛋白质组学(Proteomics)(Proteomics)(Proteomics)发展到今天，单凭双向电泳(two-dimensional electrophoresis)(two-dimensional electrophoresis)(two-dimensional electrophoresis)和质谱已经很难发高层次的文章了，工作需要深入。然而如何深入，从哪方面深入，运用什么实验方法深入，相信这些是困扰着像我一样的新手们的难题。 因此我真诚的邀请大家在这里畅所欲言，谈谈自己的高见。一个人的意见很可能会给其他群友重要的启示，毕竟这对我们来说是一个太重要的问题。回复
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2-D电泳找出差异点，质谱鉴定蛋白，皆针对结果而言。从蛋白质组反推到基因组，找出事物发生的原因应该是面临的主要工作，但现在觉得很多搞基因组的不愿意搞蛋白质组，搞蛋白质组的又不愿意搞基因组，再加上中间又多个表观遗传，所以经常是2头下衔接不上。
如肿瘤，大家知道，皆由突变引起。如果用蛋白质组学(Proteomics)(Proteomics)(Proteomics)(Proteomics)方法发现差异点，无外乎要么上调，要么下调，要么丢失，要么多一个或多几个。接下来就要检测RNA水平，那么QRT-PCR就要用上了。如果RNA和蛋白不一致，这就变成个很麻烦的事情。如果一致，那么再找DNA。如果RNA 与DNA不一致，还要分析更多原因。如：NMD以及表观遗传，诸如什么CpG island甲基化，5"UTR和3"UTR等非编码区的突变等等。当然还有蛋白之间和蛋白与DNA间相互作用的问题，这个就更复杂。比如你查到蛋白A的水平有变化，其实是由蛋白B的突变而导致的。还有更多的复杂机制。
反之，基因组学研究经常使用LoH，CGH, FISH等方法来找出差异的等位基因来分析肿瘤的诱因。
总之，我觉得蛋白质组要想发好文章，还是要回到基因水平上来阐明机制和机理。
个人愚见，水平有限。
请教各位高手，从蛋白质组反推到基因组，现在一般采用什么技术和方法，请多多赐教啊
我博士准备做蛋白组，学校要求发SCI2.0毕业，不知道，做现在做2-DE能否发2.0的文章了？所以想请教大家蛋白组做到什么样程度才能发高档次文章
作DIGE发2.0应该没什么问题。觉得好像上个质谱就能弄个proteomics.作蛋白质组很幸运了，如果你做分子学，细胞学，拼死拼活累3年下来，工作做了不少，要拿到能发生文章的有用数据很难。我想起以前我老板说的话，说干分子生物学的与做2-D上质谱这种相比，想说一句话太难了。
作DIGE发2.0应该没什么问题。觉得好像上个质谱就能弄个proteomics.作蛋白质组很幸运了，如果你做分子生物学，细胞生物学，拼死拼活累3年下来，工作做了不少，要拿到能发生文章的有用数据很难。我想起以前我老板说的话，说干分子 ...
您的话给了我很大启发，这里我有一个问题，用质谱的方法得到了蛋白的序列后一定可以找到编码这个蛋白的基因序列吗，或者mRNA序列。如果能有基因的序列，那么把工作引入分子水平不是难事。另外，如果基因组和蛋白组一起做的话，很有可能会出现蛋白的表达量与mRNA不一致的现象，我曾经见过这样的文章。我想这应该是正常现象吧，就是传说中的转录后调控，一位作者在他MCP的文章中也是这样说的。
其实这个问题很早就存在了，但是对于2DE技术加上非常好的染色方法和样品处理过程，相信会有很好的结果的。这一点就需要研究设计时一定要严谨和完善。不过这个方法本身也存在缺限，这个没有办法的。相信会随着技术发展有所进步的！
做完了银染2-D, 做了分析后，找出了差异点，也做了质谱鉴定。现在应该是要做western验证2-D 的结果吧？但是有人说买抗体很贵，应该先用rt-PCR看看是不是真的有差异，然后再买抗体，也就是说2-D结果不一定准确。不知道是不是该这样呢？万一是由于mRNA和蛋白水平表达不同而造成rt-pcr与2-d结果不符？
good discussion, Thanks a lot!!
Here is my point of view, proteomics per se is just a method, that"s it, and to be honest, it is not that mature at all, so that"s why proteomics itself becomes a hot area for research. Biological validation of your proteomics data like RT-PCR, western, or even genomics surely is important for the discovery of the underlying biological mechanism, but don"t forget proteomics is not just 2DE/2DLC coupled with MS identification, it can go much far beyond that. Proteomics for PTM, interactomics, proteomics target on specific organelle or protein complex, membrane proteomics, even topology for single protein, they all add more information for unveiling the biological mechanisms.....so my point is, if you want to do something "deep" base on proteomics, you can
1 use conventional methods to validate your hypotheses derived from you proteomics data or
2 use new or more "targeted" proteomics techniques to investigate the proteome further
3, if you are an engineer, develop a new proteomics workflow for a specific type of biological question/sample
I agree with remenb，many people think proteomcis is just 2-DE+MS/MS, which may explain why we are discussing the question here. protein as the major function executor in a cell, It is the most important step to explain how gene regulate or determine phenotype.
蛋白质组的研究手段现阶段主要还是双向电泳(two-dimensional electrophoresis)(two-dimensional electrophoresis)(two-dimensional electrophoresis)(two-dimensional electrophoresis)，而双向电泳(two-dimensional electrophoresis)(two-dimensional electrophoresis)(two-dimensional electrophoresis)(two-dimensional electrophoresis)说到底仅仅就是个技术，无论做多深，无非就是把技术做的好一些。每年硕士博士一毕业，得到的双向电泳(two-dimensional electrophoresis)(two-dimensional electrophoresis)(two-dimensional electrophoresis)(two-dimensional electrophoresis)数据一大堆，可有用的又有几个？
组学到底给我们带来了什么？仅仅就是一个概念、一种技术加上一大堆越来越多的不知道意义的数据？
Well, if trained well, an undergraduate or a technician can do 2DE or 2DLC quite well just like you can, but what"s essential is the data mining, hypotheses establishment and validation, from which you draw important biological conclusions, and that"s what a Ph.D or postdoc about.
还是可以深入的
如果你得到很多差一点
那么可以使用通路分析软件，分析
是那个通路在其中有重要作用，就如基因芯片一样
如果点少，这种情况多，就看那些点变化最明显
在看文献，就能找到与他相关的东西，或许就有些有价值的东西
作蛋白质组学(Proteomics)(Proteomics)(Proteomics)(Proteomics)一定可以发SCI吗,我做蛋白质磷酸化的鉴定可以发什么样的文章呢?另外,请教proteomics的影响因子是多少?还有哪里作蛋白质磷酸化鉴定比较好,价钱公道!!谢谢
一些蛋白质组学(Proteomics)(Proteomics)(Proteomics)(Proteomics)相关的SCI收录杂志：
PROTEOMICS IF: 5.483
rapid communications in mass spectrometry 2.75 (这个期刊审稿特别快，一个月基本上就有结果了，快的时候一两周就有回音)
analytical chemistry 5.45 （这个期刊偏重于新技术新方法）
Journal of Proteome Research IF 6.917 （这个期刊偏重于新技术新方法）
Molecular & Cellular Proteomics IF 9.624 （这个期刊偏重于生物学意义）
BBA-PROTEINS PROTEOM 3.311
COMP BIOCHEM PHYS D (无) Immediacy Index: 0.80. IF估计在4-5。
EXPERT REV PROTEOMIC 2.991
Electrophoresis 4
BBA protein and proteomics 2.1
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总之，我认为对基因和蛋白的研究
要基于解决临床问题。其实，要是没有肿瘤没有疾病的话，咱做什么信号通路(Signaling Pathway)(Signaling Pathway)(Signaling Pathway)(Signaling Pathway)是没有饭吃的。所以做实验真的不要苛求什么通路，什么相互作用，谁磷酸了谁，只要能够真的对解决实际问题有帮助，那才是真正的研究。
呵呵，研究疾病是为了世界上没有疾病，没了疾病，也就没了疾病的研究。
一些蛋白质组学(Proteomics)(Proteomics)(Proteomics)(Proteomics)相关的SCI收录杂志：
PROTEOMICS IF: 5.483
rapid communications in mass spectrometry 2.75 (这个期刊审稿特别快，一个月基本上就有结果了，快的时候一两周就有回音)
analytical chemistry 5.45 （这个期刊 ... 这些东西在哪里查呀,Molecular & Cellular Proteomics IF 9.624 有这么高吗？和我查得不太一样呢
有人把蛋白质组学(Proteomics)(Proteomics)(Proteomics)(Proteomics)分为三大块：
1. expression proteomics
2. function proteomics
3. structure proteomics
目前大多数人处在第一块，也就是最基础的那一块，而且多数是2-DE+MS。这部分可能越来越多地成为类似Microarray这样的工具，当然，发现基因、与代谢组学联系等等是很重要的。第二块是目前一些基础较好的实验室正在进行的工作。可以解释很多复杂生物学过程，是传统的功能基因组学(functional genomics)(functional genomics)(functional genomics)(functional genomics)所不能代替的。第三块则需要昂贵的仪器以及生物数学模拟等关键技术，只有少数实验室在进行。还有systems biology也离不开proteomics
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看见这个帖子，还是想讨论一下。
有个困惑的问题：假设是肿瘤，在得到2-DE的数据以后，如果发现有spots的变化，那么如何用充足的数据来证明这个变化是与肿瘤相关的？这应该是2-DE之后最先需要阐明的问题，是否筛查正常人的pool就可以说明问题呢？还是需要进一步的功能研究？望不吝赐教。
需要前人的文献
我发现了一些点
做到了一些有意义的东西
发现了一些新的功能
我觉得看与点有关的文献
蛋白质组只不过是一个工具
感触颇深，可能还要用生物信息(bioinformation)(bioinformation)(bioinformation)(bioinformation)学来进行分析。我的方向也和这很有关，我师兄已纯化几个活性蛋白，未用2D，是HPlC,已送做MS,可能是新的东西，请教各位前辈，我想研究它的晶体结构，可行吗。谢谢！
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