三年级寒假计算作业
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三年级寒假计算作业
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&&查看话题
【求助】已经修改过很多遍，但是算完后表面结构完全扭曲了，请大家看看错误到底在哪里
输入文件如下，想计算一个有机分子在Au表面的吸附能，只用了一个Au（111）面，6个Au分子。使用VESTA软件建立的
NumberOfAtoms& && && &&&21
NumberOfSpecies 5
%block ChemicalSpeciesLabel
& && &&&1& && & 79& && &Au
& && &&&2& && & 1& && & H
& && &&&3& && & 6& && & C
& && &&&4& && & 7& && & N
& && &&&5& && & 8& && & O
%endblock ChemicalSpeciesLabel
PAO.BasisType& && && &&&split
PAO.BasisSize& &DZP
PAO.EnergyShift 200 meV
LatticeConstant& &4.0782 Ang
%block Latticeparameters
& && & 1&&1&&1& &90. 90. 90.
AtomicCoordinatesFormat Ang
# Default value: NotScaledCartesianBohr
#&&* Bohr or NotScaledCartesianBohr
#&&* Ang or NotScaledCartesianAng
#&&* ScaledCartesian
#&&* Fractional or ScaledByLatticeVectors
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
& && & 1.& &&&-0.& && &2.&&1
& && & 1.& && &2.& &&&-0.
& && & 4.& &&&-0.& &&&-0.
& && & 1.& && &1.& && &0.
& && & 3.& &&&-0.& && &0.
& && & 3.& && &1.& &&&-1.
& && &-1.& &&&-1.& &&&-4.
& && &-2.& &&&-2.& &&&-3.
& && &-0.& &&&-1.& &&&-3.
& && & 0.& &&&-1.& &&&-4.
& && &-2.& &&&-2.& &&&-2.
& && &-0.& &&&-1.& &&&-2.&&3
& && &-3.& &&&-2.& &&&-1.
& && &-1.& &&&-1.& &&&-1.
& && &-1.& &&&-1.& &&&-0.&&2
& && &-1.& &&&-1.& &&&-5.
& && & 0.& &&&-0.& &&&-1.
& && & 1.& &&&-0.& &&&-1.
& && &-3.& &&&-2.& &&&-4.&&4
& && &-4.& &&&-3.& &&&-4.&&5
& && &-4.& &&&-1.& &&&-5.&&5
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
%block GeometryConstraints
cellside z
%endblock GeometryConstraints
OptialCalculation .true.
Optical.EnergyMinimum 0 Ry
optical.energyMaximum 30 Ry
optical.broaden 0.05ev
Slabdipolecorrection .true.
kgrid_cutoff& && && && &30 Ang
XC.functional& &GGA
XC.authors& && &PBE
%block kgrid_Monkhorst_pack
MeshCutoff& && && && &&&200 Ry
MaxSCFIterations& && &&&100
DM.NumberPulay&&3
DM.NumberKick& && && &&&15
SolutionMethod&&diagon
MD.TypeOfRun& && && && &CG
MD.NumCGsteps& &&&800
MD.MaxCGDispl& && && &&&0.2 Ang
MD.MaxForceTol&&0.02 eV/Ang
PAO.energy shift 5mRy
没有取真空层，VESTA里面设置真空层的那一项，所以就没取， 老板只让我用一层，说这样可以早点出结果。解决的方法是不是增加层数，或者是固定衬底。如果这个是错误的，该怎么修改才正确呢。对于第三个覆盖度的问题。应该是又三种情况吧，但是本人实在是愚钝，文献看不明白atop之类还有覆盖度是1或者1/3又是该怎么设置。请大侠指点
计算必须要保证模型是正确的才可以进行下去啊。
减少计算量的地方不能从减小模型来考虑。你可以减少K点，如果体系太大，完全可以只算gamma点。
另外，你的坐标也有很严重的问题。周期性扩展方向是在x,y方向。但是你的Au原子Z坐标明显高度不一致，也就是说Au（111）面不在你的扩展方向上。
老板是做计算的，但是对siesta跟surface一窍不通
不过请问你是用什么做的图呢？MS?额，最近查盗版软件呢，不敢用了。对了，我想问一下为什么说3X3的对于这个有机分子都小呢，判断标准又是什么？
MS做的。 把单胞扩展成超单胞，测量下两个吸附分子之间距离。如果他们之间距离太小，可能就有相互作用。
非常感谢，我把下面的三层原子固定了，最后还要解开继续优化一遍吗？ kgrid_cutoff& & 0.0 Bohr 没有设置kgrid_Monkhorst_pack。只计算gamma点。
NumberOfAtoms& && && &&&51
NumberOfSpecies 5
%block ChemicalSpeciesLabel
& && &&&1& && & 79& && &Au
& && &&&2& && & 1& && & H
& && &&&3& && & 6& && & C
& && &&&4& && & 7& && & N
& && &&&5& && & 8& && & O
%endblock ChemicalSpeciesLabel
PAO.BasisType& && && &&&split
PAO.BasisSize& &DZP& &&&
PAO.EnergyShift 200 meV
LatticeConstant& &8.6514 Ang& &
%block Latticeparameters
& && & 1&&1&&3.128& &90. 90. 120.
AtomicCoordinatesFormat Ang& &&&
# Default value: NotScaledCartesianBohr
#&&* Bohr or NotScaledCartesianBohr
#&&* Ang or NotScaledCartesianAng
#&&* ScaledCartesian
#&&* Fractional or ScaledByLatticeVectors
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
&&0.& &-0.& & 0.
&&0.& &-0.& & 8.
&&1.& & 0.& & 5.
&&0.& & 1.& & 3.
&&2.& &-0.& & 0.
&&2.& &-0.& & 8.
&&4.& & 0.& & 5.
&&2.& & 1.& & 3.
&&5.& &-0.& & 0.
&&5.& &-0.& & 8.
&&7.& & 0.& & 5.
&&5.& & 1.& & 3.
-1.& & 2.& & 0.
-1.& & 2.& & 8.
&&0.& & 3.& & 5.
-1.& & 4.& & 3.
&&1.& & 2.& & 0.
&&1.& & 2.& & 8.
&&2.& & 3.& & 5.
&&1.& & 4.& & 3.
&&4.& & 2.& & 0.
&&4.& & 2.& & 8.
&&5.& & 3.& & 5.
&&4.& & 4.& & 3.
-2.& & 4.& & 0.
-2.& & 4.& & 8.
-1.& & 5.& & 5.
-2.& & 6.& & 3.
&&0.& & 4.& & 0.
&&0.& & 4.& & 8.
&&1.& & 5.& & 5.
&&0.& & 6.& & 3.
&&2.& & 4.& & 0.
&&2.& & 4.& & 8.
&&4.& & 5.& & 5.
&&2.& & 6.& & 3.
&&6.& &-2.& &14.
&&5.& &-2.& &15.
&&6.& &-2.& &12.
&&7.& &-2.& &12.
&&4.& &-2.& &14.
&&5.& &-2.& &12.
&&3.& &-2.& &14.
&&4.& &-2.& &13.
&&3.& &-2.& &12.
&&7.& &-2.& &14.
&&5.& &-2.& &10.
&&5.& &-2.& & 9.
&&5.& &-2.& &16.
&&5.& &-1.& &17.
&&5.& &-3.& &17.
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
%block GeometryConstraints
Position 1
position from 3 to 5
position from 5 to 9
position from 11 to 13
position from 15 to 17
position from 19 to 21
position from 23 to 25
position from 27 to 29
position from 31 to 33
position from 35 to 36
%endblock GeometryConstraints
OptialCalculation .true.
Optical.EnergyMinimum 0 Ry
optical.energyMaximum 30 Ry
optical.broaden 0.05ev
Slabdipolecorrection .true.
kgrid_cutoff& & 0.0 Bohr
XC.functional& &GGA
XC.authors& && &PBE
MeshCutoff& && && && &&&200 Ry
MaxSCFIterations& && &&&100
DM.NumberPulay&&3
DM.NumberKick& && && &&&15
SolutionMethod&&diagon
MD.TypeOfRun& && && && &CG
MD.NumCGsteps& &&&800
MD.MaxCGDispl& && && &&&0.2 Ang
MD.MaxForceTol&&0.02 eV/Ang
PAO.energy shift 5mRy
WriteCoorStep& && && &&&.true.
WriteForces& && && && & .true.
WriteCoorXmol& && && &&&.true.
WriteMDXmol& && && && & .true.
不过我还有一个问题这里应该考虑到吸附位置吗？，在顶位，穴位，桥位。看到一半都是顶位的能量最低，还有就是覆盖度的设置，是要通过计算体积来设置覆盖度吗，还是有其他的要求
最后的输入结构如下
要得到吸附能，还没算完呢，不知道对不对
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